基因總覽
ICA1L 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 islet cell autoantigen 1 like。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 2q33.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000358299 ★ | 202,773,176–202,871,766 | 13 |
| ENST00000617388 | 202,773,150–202,871,472 | 13 |
| ENST00000392237 | 202,773,150–202,872,103 | 14 |
| ENST00000909901 | 202,773,150–202,872,103 | 12 |
| ENST00000909904 | 202,773,150–202,871,707 | 15 |
| ENST00000909905 | 202,773,150–202,872,103 | 12 |
| ENST00000909906 | 202,773,150–202,871,707 | 14 |
| ENST00000909907 | 202,773,150–202,871,588 | 11 |
| ENST00000909908 | 202,773,150–202,872,103 | 11 |
| ENST00000909909 | 202,773,150–202,872,103 | 13 |
| ENST00000931778 | 202,773,150–202,872,103 | 14 |
| ENST00000942325 | 202,773,150–202,872,103 | 14 |
顯示 12/43 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>ICA1L ENST00000358299 GRCh38 chr2:202871666-202872766 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGACTCTACTAAAAATACAAAA AACTTAGCCAGGCGTGGTGGCAGGCGCCTGTAGTCCCAGCTATTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCG TGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGTACTCCGGCCTGGGCGACAGAGCG AGACTCCGTCTCAAATAAAATAAAATAAAATAAATTCTAGACTCACCCCATCTTTGTCATCATACAGATT TTAATTATCACCTCGAGTGTTAACCTTTTAATTCTTTGCTAGCCTATGTGTCGCAGTTGTAATTAATAAT TCGTATTCTGCTGTTTTAGGAAAGTTCTTTTAAGTTTTGGAGTCACCTTTAAAAAGAATGAAGTTTGAAT TTATTAAATTATCTCCTACTAGTAGTAAATAGTTTTGCCTTCCTTTTTGTTTTTTTCCTGAGACTTTCAG GATCCGGTTTTACCTTTTACTCTTGAAGATTCATCATAAACATTATGGATATGGATATGTGCATTTGAGA TTGGTTATGAACGGTTGTTAACTTAGACCTCTTTAAACCTTTAACACGGGAGTTAAATACAGCGGGCGAA CGCTTTCCGCCTAAGGAGCACTGGTGCTAAGGGGCCGCCCCAGAAGGCCCGGCAGGTCCGGGGGTGGGGG TGCTCGGAGGGAGCCGGGAGGGCCCCGGGCCAATGCCTTCCACTTCCCCACGCCTCAGAGAGCTCACACT CAGCTCCTCGTAATGTTCTGACCGGTTTGGTGTTTGTCATTTCACTTTATTAAGTAAAGAGGAAATCGGG AAAGGAGGAATAGAGAGGGTCCCCGAGTTCATTCAAGAGCAGACCGAGAGATGCTCCGATCCCGAGTCGG GCCGGTGGCGGGGTCAGGCCGGCGCCCGAGGGGGGCGAACGCGGACGCCAGGTCGCGCGGTTTAAATCTC CCGCCTCCCGCAGCGGGAGCCTGACACCTCCACGCACTGGTGCGGAGGGGCACTGGCTGCCGGAGGGCCG GGAGTCGGCGCGGGGCTCGCGGGCGGTGGCCGGAACGGGTGCCGGGACGGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ICA1L_1 ↗ | 2:202,841,857 | 負股 | 202,841,847–202,841,906 |
| ICA1L_2 ↗ | 2:202,871,663 | 負股 | 202,871,653–202,871,712 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_87Z382 · enhancer · 202870540–202870777 · regulatory
ENSR2_94ZJ54 · promoter · 202870778–202871278 · regulatory
ENSR2_53QPCTN · CTCF_binding_site · 202871229–202871250 · regulatory
ENSR2_B3H93N · promoter · 202871462–202872256 · regulatory
ENSR2_53QPCXW · CTCF_binding_site · 202871703–202871724 · regulatory
· motif · 202868360–202868371 · motif
· motif · 202870692–202870703 · motif
· motif · 202870990–202871001 · motif
· motif · 202871170–202871182 · motif
· motif · 202871172–202871179 · motif
· motif · 202871231–202871247 · motif
· motif · 202871297–202871310 · motif
· motif · 202871417–202871432 · motif
· motif · 202871513–202871526 · motif
· motif · 202871531–202871546 · motif
· motif · 202871531–202871546 · motif
· motif · 202871627–202871638 · motif
· motif · 202871705–202871721 · motif
· motif · 202871840–202871847 · motif
· motif · 202872123–202872134 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:482 aa
ICA1L 的產物 Islet cell autoantigen 1-like protein 長 482 個胺基酸。第 44 至 247 位胺基酸註記為 AH 結構域;第 365 至 393 位及第 427 至 449 位則分別註記為無序區域。
蛋白質三維結構
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 16 個夥伴
- KIFC3Q9BVG8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DPY30Q9C005 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FGFR3P22607 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GCC1Q96CN9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GFAPP14136 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRIN2CQ14957 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HGSO14964 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HRASP01112 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JPH3Q8WXH2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLF11O14901 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT27Q7Z3Y8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO2P25791-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NUP58Q9BVL2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RCOR3Q9P2K3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNPO3Q9Y5L0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Q9Y649Q9Y649 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
CTGACACCTCCACGCACTGGTGCGGAGGGGCACTGGCTGC40CGGAGGGCCGGGAGTCGGCGCGGGGCTCGCGGGCGGTGGC80CGGAACGGGTGCCGGGACGGATCACCGTACGGCCGAACGC120GACCCGAGGAGGCGGAAGAGCGGCGCCGTCACTCCATGGA160TTCCTTTGGGCAACCCAGACCAGAAGATAATCAGTCAGTA200GTCAGAAGAATGCAAAAGAAATACTGGAAAACTAAACAGG240TCTTTATCAAAGCAACAGGAAAAAAAGAGGATGAGCACTT280GGTGGCGTCTGATGCTGAACTGGATGCTAAACTTGAGGTT320TTTCACTCTGTTCAAGAGACATGCACTGAACTTCTGAAGA360TAATCGAGAAATACCAGCTAAGACTCAATGTTATATCAGA400GGAAGAAAATGAGCTAGGGCTCTTTTTAAAATTTCAAGCA440GAACGGGATGCAACTCAAGCTGGCAAAATGATGGATGCCA480CTGGCAAGGCACTTTGTTCTTCAGCCAAGCAAAGATTGGC520CCTGTGTACTCCTCTGTCTCGTCTGAAGCAAGAAGTAGCA560ACATTCAGTCAAAGGGCAGTATCTGATACCTTGATGACAA600TTAATCGGATGGAGCAGGCACGCACAGAATACAGAGGAGC640TCTACTGTGGATGAAAGATGTATCCCAAGAGCTGGACCCA680GACACCTTAAAGCAAATGGAAAAGTTTAGAAAAGTACAGA720TGCAAGTGAGAAATAGCAAAGCTTCTTTTGACAAGTTAAA760GATGGATGTTTGTCAGAAAGTGGATTTACTTGGAGCTAGT800CGCTGCAATATGCTATCTCATTCGCTCACTACCTACCAGA840GAACACTGCTTGGATTCTGGAAGAAAACAGCTCGAATGAT880GTCCCAAATTCATGAAGCCTGTATTGGCTTTCATCCGTAT920GATTTTGTAGCTCTCAAGCAACTACAAGACACGCCAAGCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。