基因總覽
HSPA13(heat shock protein family A (Hsp70) member 13)是人類的蛋白質編碼基因,其產物屬於 heat shock protein 70 家族。這個家族成員具有 ATPase 活性;HSPA13 的資料特別指出,其 ATPase 活性不依賴 peptide。現有資料提供了家族歸屬與這項酵素活性的基本資訊,但未進一步描述其完整分子功能或生物學角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000285667 ★ | 14,371,115–14,383,146 | 5 |
| ENST00000903931 | 14,368,767–14,383,157 | 4 |
| ENST00000903932 | 14,368,767–14,383,157 | 5 |
| ENST00001131802 | 14,368,767–14,383,157 | 5 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
HSPA13 的來源註解指出,它具有不依賴 peptide 的 ATPase 活性。換言之,該 ATPase 活性不需要 peptide 作為條件;不過,現有資訊未說明 ATP 水解的具體步驟、反應速率,或此活性如何受到其他分子調節。
HSPA13 被歸入 heat shock protein 70 家族,並具有上述酵素活性;但資料沒有進一步交代 ATPase 活性與家族中其他蛋白質功能之間的關係,也未提供其作用對象或參與的細胞過程。因此,能由目前資訊確認的功能範圍,限於 peptide-independent ATPase activity,不宜延伸推論其是否具有特定伴護作用或其他生物學效應。
Promoter 與基因調控
>HSPA13 ENST00000285667 GRCh38 chr21:14383046-14384146 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAACTCTAACAGCAAAAATGACAAAACCACTCTCAGAGGAGTCATTAAGTGCTACCAGTGACCAAGATGC GAGAAAAATCCTACTTCAGACTAGAACCTGAACAGCATGTCACAAGCGTCCTAAAATGGCTGTCACGTTA CAGGACTTGCCCATAAGGTCAATTTTGGCCACTTAAGACTTACTTGAAGAGAGAGCTAAGGGTTTTCTTT TTAATTTCGTTTTTGTTTTTGTTTTTAATGGCCCACGTCAGTGCTAGCAATAGAGAAAATGTGTCCCTGA TCCCTTGGATAAATCGAATTGACTGAAGAATGCTTGAATTCATTTATCCCAAAACAAAGGCAGACGGCTG AGGGTCACTGGAGTTTCAGGGCTGCTCCCAGCGTTGGAGCACGGACGCCAGAGCCGACTTCCCTCAGGCC CCGCACTGCGGCAGGGACCCTTCTACGGAGGATGGCTGGGGCTCCGGGAGGCTATAGGAACGCCATCTAG AAGCTAGATCTCAGGCAAACGAACGCGCTTTAAAAGGAATTAAAACGAAAGAACACAAACTCGAATCCTG GACCTGATTAGGGGCACGACCAAAGAAAGAAATAACTAACGGTTCTCACCCTCCCTTTCATTCCCTCCCG CGGAAAGAGAAAGGCTGGAACTCCGCTTCCCAGAATGCAAAGCGCGGGGCGGGGCTAAAGAGATAGCCTG TTTTCCCTCAAGTAGGATCGCGGGACCACAGGTTTGATTATAAACGCCAGTCTCTCGCCACGGCGCTCCT CCCCCTCAGTCTCACTGGTCCTGCCGGCCGTTGCGTGGAAGGGGGACTCAGTCGTCACTGGCAGCGGTTG AATGGAGGCTCTTTGCCCCGCGCCCTCACGGTAGATGAAGTCCTTGCTTTGGTCAGAGCGATAGCTTCTC CGATTGCCTCAGAGCAAGCGGACTACATTTCCCAGGGGGCTGCGGGACTGCCGGGAGGAGTGGGGGCGGT GCCTCACGTCTGGTACAGTCATCACAAGCCTGTTCGGCGGGACTGTGATGGCCAGAGAGATGACGATCTT AGGTGGGTTCCCGGGGGTCCTTGTTGCTCTTGCGGGCGTAGAGGCGATCTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| HSPA13_1 ↗ | 21:14,383,146 | 負股 | 14,383,136–14,383,195 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR21_97P5L · promoter · 14382236–14382736 · regulatory
ENSR21_97P5P · enhancer · 14382737–14383135 · regulatory
ENSR21_97P5S · promoter · 14383136–14383504 · regulatory
ENSR21_C3FJH · enhancer · 14383505–14384559 · regulatory
ENSR21_55DCC2 · CTCF_binding_site · 14383650–14383671 · regulatory
· motif · 14383059–14383076 · motif
· motif · 14383196–14383209 · motif
· motif · 14383196–14383209 · motif
· motif · 14383652–14383668 · motif
· motif · 14383659–14383669 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:471 aa
HSPA13 蛋白質長 471 個胺基酸,屬於 heat shock protein 70 家族。序列註解標示第 1–22 位為 Signal,並將第 315–352 位區域註記為無序區(Disordered)。
蛋白質三維結構
細胞內定位
HSPA13 的定位註記包括微粒體與內質網;現有資料未提供定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Microsome。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- B4GALT5O43286 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CRYGAQ24JT5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SGTAO43765 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- SGTBQ96EQ0 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- UBQLN1Q9UMX0 · UniProt INTERACTION · 8 experiments · 2 筆來源紀錄
- UBQLN2Q9UHD9 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- UBQLN4Q9NRR5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
HSPA13 與 UBQLN2 有結合關係。現有資料未指出兩者是否形成特定複合體,也未描述其功能關係或結合條件。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
ATCACAAGCCTGTTCGGCGGGACTGTGATGGCCAGAGAGA40TGACGATCTTAGGATCGGCTGTTTTGACTCTCCTGTTGGC80CGGCTATTTGGCACAACAGTATTTACCATTGCCTACTCCT120AAAGTGATTGGTATTGATCTTGGCACCACCTATTGTTCTG160TTGGGGTGTTTTTTCCTGGCACAGGAAAAGTAAAGGTGAT200TCCAGATGAAAATGGGCATATCAGCATACCCAGCATGGTG240TCTTTTACTGACAATGATGTATATGTGGGATATGAAAGCG280TAGAGCTGGCAGATTCAAATCCTCAAAACACAATATATGA320TGCCAAAAGATTCATAGGCAAGATTTTTACCGCAGAAGAG360TTGGAGGCTGAAATTGGCAGATACCCATTTAAGGTTTTAA400ACAAAAATGGAATGGTTGAGTTTTCTGTGACAAGTAATGA440GACCATCACAGTGTCCCCAGAATATGTTGGCTCTCGACTA480TTGTTGAAGTTAAAGGAAATGGCAGAGGCATATCTTGGAA520TGCCAGTTGCCAATGCTGTCATTTCTGTACCAGCAGAATT560TGATCTAAAACAGAGAAATTCAACAATTGAAGCTGCTAAC600CTTGCAGGACTGAAGATTTTGAGGGTAATAAATGAACCCA640CAGCAGCAGCTATGGCCTATGGTCTCCACAAGGCTGACGT680CTTCCACGTCTTGGTGATAGACTTGGGCGGAGGAACTCTA720GATGTGTCTTTACTGAATAAACAAGGAGGGATGTTTCTAA760CCCGAGCAATGTCTGGAAACAATAAACTTGGAGGACAGGA800CTTCAATCAGAGATTGCTTCAGTACTTATATAAACAGATC840TATCAAACATATGGCTTCGTGCCCTCTAGGAAAGAGGAAA880TCCACAGATTGAGACAAGCTGTGGAAATGGTCAAATTAAA920TCTGACTCTTCATCAATCTGCTCAGTTGTCAGTATTACTA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。