基因總覽
HMGN3（high mobility group nucleosomal binding domain 3）是蛋白質編碼基因，產物屬於 HMGN 家族。其蛋白質可與核小體結合，並涉及染色質結構調節；來源也指出它與胰臟基因表現及眼部發育、星狀膠細胞功能可能有關。眼部發育與星狀膠細胞功能的描述標示為依相似性推論，並非在此來源中直接確立。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000620514 ★ | 79,201,245–79,234,682 | 7 |
| ENST00000703810 | 79,199,425–79,234,862 | 7 |
| ENST00000344726 | 79,199,425–79,234,862 | 6 |
| ENST00000706657 | 79,199,425–79,234,862 | 7 |
| ENST00000275036 | 79,199,425–79,234,862 | 6 |
| ENST00000706659 | 79,199,425–79,234,862 | 7 |
| ENST00000895450 | 79,199,425–79,234,862 | 5 |
| ENST00000895451 | 79,199,425–79,234,862 | 5 |
| ENST00000895452 | 79,199,425–79,234,862 | 6 |
| ENST00000895453 | 79,199,425–79,234,862 | 6 |
| ENST00000895454 | 79,199,425–79,234,862 | 4 |
| ENST00000895455 | 79,199,425–79,234,862 | 5 |
顯示 12/41 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
HMGN3 可結合核小體，調節染色質結構，進而影響依賴染色質的過程，包括轉錄、DNA 複製與 DNA 修復。這些作用描述了它與基因組染色質狀態及其相關細胞活動的關聯；來源未進一步說明其調節方向或作用機制細節。
在胰臟相關功能方面，HMGN3 會影響胰島素與升糖素的量，並調節參與胰島素分泌的胰臟基因表現。它可藉由特異性結合葡萄糖轉運蛋白 SLC2A2 的啟動子區域，並招募 PDX1 及其他轉錄因子，調節 SLC2A2 的表現。這項敘述指出了啟動子結合與轉錄因子招募的參與，但沒有提供其對 SLC2A2 表現造成的具體方向或幅度。
HMGN3 也透過結合 SLC6A9 的轉錄起始位點調節其表現。SLC6A9 編碼甘胺酸轉運蛋白，與中樞神經系統突觸連接處的甘胺酸濃度調節有關；因此，HMGN3 對 SLC6A9 的調節與這項甘胺酸轉運功能相連。來源未說明此調節如何改變突觸處甘胺酸濃度。
此外，HMGN3 可能參與眼部發育與星狀膠細胞功能；這些內容註明為依相似性推論，應視為可能的功能，而非已確立的結論。
Promoter 與基因調控
>HMGN3 ENST00000620514 GRCh38 chr6:79234582-79235682 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGCCAATTACATTGATTGATTCTCAGATATTAAAAAAGCAGCTTTGCATTCCCAAGATAAGCCCCACAG GTCATGATGTATTGTCCCTTTAAATGTTGTTGAGTTTCATTTACTAAAATTTTGTTCACGACTTTTGTGT CTATGTTTATGAGTGATATTGGTCTGTAACTCTCTTTTGAAGTCTTTCACTGGTTTTGGTATCAGAGTAA ATCTGGTCTCATAAAATGAATTCAGAAATATTTTTGCAATGCTCATTTTATGCCTTGCAGAACTTTGAGA AATATTACGCATAAAGTGTAACATGACGGGTGTCATTCAAATATATGTCTCAAATATAAAATAATCAGTT TTTGCCTTGTTCTTTCTTTTCCTAATTTCCGTAACAAACATGTCCTATTCGTCTTCACATCTAGTTTGAA GTTAGCTGAATTAGTGAGTGATTTATAATCACAGATTTCAGAAAATTAGAGCTAAGTGATTTTAGGGACT GTTGTCACTATATATCTAGGGGGGGAAACTGAGGCCTTTAGAAGTTGCCACGCTCTTCCAGTACAGAGTA CCTTCCCACGCTTTACAGATTCCCACCATGTAACATTCATTAAAAGCCTTTATGGGTAGGAAATGAATAA GGTACCTGCTGTGTATATATTTACATTATAAAGTTTACGTATTCATTCTTACTCTTTTTCCTTCCTATGA AGACACACACTGTTCTTATTCTTACAATCTCAAAGAGAGAGCAGCGAAACAATGAAACTTCAGGATTGTG TGGCCTGGAGGCTACTAGTTGAACTGGGCATGCTCAGTCGCCAGGCAGATTTTTTTCGGTGAAGTGGAAA CTACAACAGCGCGTACCGCGCGCGGAGGTGGGCGTGCCCTCGTGGAATTTAGAACGTTGCCTCAGCCAAT GGGGCCTCGCGGCCGGCTGGCGGGGCTCCTCATTGGAGCAGCAGGGAGGCGAGCAGAGGGCCCCCAGAGG GAGCCGCGGAGGTGCAGGTCGAAGAGGCCGGGCTACGTCGTGCCCTGCGCGTGAGCAGCTGCAGAGGCAG AGGCAGCATCCAGCGGCGGCGCCAGCAGTTCCAGTCCGTTGCTTTACTTTT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| HMGN3_1 ↗ | 6:79,234,634 | 負股 | 79,234,624–79,234,683 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_84BW7R · enhancer · 79231809–79231986 · regulatory
ENSR6_5NM6WG · CTCF_binding_site · 79232996–79233017 · regulatory
ENSR6_936G5C · promoter · 79233209–79233709 · regulatory
ENSR6_BKPK9 · enhancer · 79233710–79234603 · regulatory
ENSR6_BKPKD · promoter · 79234604–79235179 · regulatory
ENSR6_84BWCZ · enhancer · 79239079–79239247 · regulatory
ENSR6_84BWD9 · enhancer · 79239535–79239760 · regulatory
· motif · 79230359–79230368 · motif
· motif · 79230359–79230368 · motif
· motif · 79232897–79232910 · motif
· motif · 79232897–79232910 · motif
· motif · 79232998–79233014 · motif
· motif · 79233688–79233699 · motif
· motif · 79233815–79233828 · motif
· motif · 79233834–79233849 · motif
· motif · 79233839–79233851 · motif
· motif · 79234099–79234112 · motif
· motif · 79234099–79234112 · motif
· motif · 79234458–79234474 · motif
· motif · 79234458–79234474 · motif
· motif · 79234646–79234657 · motif
· motif · 79234646–79234657 · motif
· motif · 79234650–79234666 · motif
· motif · 79234805–79234815 · motif
· motif · 79234877–79234888 · motif
· motif · 79234877–79234888 · motif
· motif · 79239533–79239545 · motif
來源指出 HMGN3 受雌激素調控，但未提供調控發生的條件、方向或分子機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：99 aa
HMGN3 蛋白長 99 個胺基酸，屬於 HMGN 家族。序列註解將其第 1 至第 99 位全長區域標示為無序區；此註解表示未提供特定有序結構區域的描述。
蛋白質三維結構
細胞內定位
HMGN3 的細胞內定位為細胞核；來源未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
HMGN3 與核小體及轉錄調節因子 SEHBP 有互作。另有體外資料指出，HMGN3 可與甲狀腺受體（TR）的配體結合域互作，且此互作需要甲狀腺激素存在；這項結果限於體外條件。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | HMGN3 結合核小體並調節染色質結構，影響轉錄、DNA 複製及 DNA 修復；也影響胰島素與升糖素的量及胰島素分泌相關胰臟基因表現。它結合 SLC2A2 啟動子並招募 PDX1 等因子，也結合 SLC6A9 轉錄起始位點調節其表現；眼部發育與星狀膠細胞功能則僅為依相似性推論的可能作用。 | 推論支持 | 證據與來源Binds to nucleosomes, regulating chromatin structure and consequently, chromatin-dependent processes such as transcription, DNA replication and DNA repair. Affects both insulin and glucagon levels and modulates the expression of pancreatic genes involved in insulin secretion. Regulates the expression of the glucose transporter SLC2A2 by binding specifically to its promoter region and recruiting PDX1 and additional transcription factors. Regulates the expression of SLC6A9, a glycine transporter which regulates the glycine concentration in synaptic junctions in the central nervous system, by binding to its transcription start site. May play a role in ocular development and astrocyte function (By similarity) |
| 交互作用 | HMGN3 與核小體及轉錄調節因子 SEHBP 互作；體外實驗顯示它可與甲狀腺受體（TR）的配體結合域互作，而且此互作需要甲狀腺激素存在。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with the ligand binding domain of the thyroid receptor (TR) (in vitro). Requires the presence of thyroid hormone for its interaction. Interacts with transcriptional regulator SEHBP. Interacts with nucleosomes PMID 11356838 ↗ · PMID 33468658 ↗ · PMID 7776974 ↗ |
| 細胞定位 | HMGN3 定位於細胞核。 | 資料庫紀錄 | |
| 調控 | HMGN3 受雌激素調控；來源未提供調控方向、條件或機制的進一步資訊。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GAAGAGGCCGGGCTACGTCGTGCCCTGCGCGTGAGCAGCT40GCAGAGGCAGAGGCAGCATCCAGCGGCGGCGCCAGCAGTT80CCAGTCCGTTGCTTTACTTTTTGCTTCACCGACATAGTCA120TTATGCCGAAGAGAAAGTCTCCAGAGAATACAGAGGGCAA160AGATGGATCCAAAGTAACTAAACAGGAGCCCACAAGACGG200TCTGCCAGATTGTCAGCGAAACCTGCTCCACCAAAACCTG240AACCCAAACCAAGAAAAACATCTGCTAAGAAAGAACCTGG280AGCAAAGATTAGCAGAGGTGCTAAAGGGAAGAAGGAGGAA320AAGCAGGAAGCTGGAAAGGAAGGTACTGCACCATCTGAAA360ATGGTGAAACTAAAGCTGAAGAGATCCACATCTCTCGCTC400AACTGTTAATGTCTCAACCTCCAGAGGCACCCCACCCAGC440ACACTGTCAGTAAAGGGGCAGATTGAAACAGTGAGAGCAC480AGAAAACTGAATCTGTAGATAACGAGGGAGAATGAATTGT520CATGAAAAATTGGGGTTGATTTTATGTATCTCTTGGGACA560ACTTTTAAAAGCTATTTTTACCAAGTATTTTGTAAATGCT600AATTTTTTAGGACTCTACTAGTTGGCATACGAAAATATAT640AAGGATGGACATTTTATCGTCTCATAGTCATGCTTTTTGG680AAATTTACATCATCCTCAAGTAAAATAAATATCAGTTAAA720TATTGGAAGCTGTGTGTAAGATTGATTCAGCATTCCATGC760ACTTGCTTTAAAATTTAGTCCTGTGCATACTGTGGTGTTT800TTACTGTGCATATTTGAATTTTTCATGCAGTTTTTCTAGA840GCAATAATCAGTGGTGCTTTTGTACCTAGGTTTTATGTGA880TTTTAATGAAACATGGATAGTTGTGGCCACCTGCTGACTA920TTTGTGGTTTAAAATAAAAGGTTTACTTGTCTGCAGAA958cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。