基因總覽
HIVEP zinc finger 3（HIVEP3）是蛋白質編碼基因，其產物為轉錄因子，屬於具有鋅指結構的蛋白質。蛋白質序列含多個 C2H2 型鋅指，以及一個 CCHC HIVEP 型鋅指；另有 ZAS1、ZAS2 區域與多段預測為無序的區域。這些結構特徵構成其辨識 DNA 序列及參與蛋白質調控的基礎。HIVEP3 可位於細胞質與細胞核，來源所述的主要生物學角色涵蓋基因轉錄調控、細胞生長，以及成人骨骼形成。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000372583 ★ | 41,506,365–41,918,922 | 9 |
| ENST00000643665 | 41,506,365–41,662,325 | 8 |
| ENST00000372584 | 41,506,365–41,918,922 | 8 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
HIVEP3 具有轉錄因子功能，可辨識免疫球蛋白與 T 細胞受體基因片段體細胞重組所需的 recognition signal sequence（RSS）七聚體序列，也能結合基因中的 kappa-B motif，例如 S100A4。kappa-B motif 是位於啟動子或增強子中的調控元件，存在於與免疫、發炎及生長相關的基因，並可回應病毒抗原、促分裂原與細胞激素。
HIVEP3 對 NF-κB 訊息有抑制作用，可強烈抑制 TNF 誘發的 NF-κB 活化。一方面，它能競爭結合 kappa-B motif，並在細胞核內抑制轉錄；另一方面，HIVEP3 與 TRAF2 結合後，可抑制 RELA 轉位至細胞核，並阻礙 IKK 複合體形成。與 TRAF 蛋白的作用也會抑制 NF-κB 與 JNK 介導的反應，包括細胞凋亡及促發炎細胞激素基因表現。
HIVEP3 的作用並非只有抑制轉錄訊息：在 T 細胞中，它正向調控 IL2 表現。細胞生長方面，HIVEP3 下調會促進細胞週期進程，最終形成多核巨細胞，支持其參與細胞生長調節。來源亦指出，HIVEP3 是成人骨骼形成的必要調節因子，但未進一步說明其作用機制。
Promoter 與基因調控
>HIVEP3 ENST00000372583 GRCh38 chr1:41918822-41919922 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGAGCAGACAGCGCCATGCTGGAGCTCTGGGGCTGGGGTGAAAAAGAAACTGTCAAAGACATTTGCCTTC TTAACACACGTGAGCAAGGTTAGGACTCTTGTTTCTTCTCAGCGCTACCTCTTTAAAAGCCAGAACAAAA CTGCAGTAAACACCATCTGGGTGGCTGAAGTACTCGAAGAATAATTTTTTTCAAAAAAATTTAGGCTGGA GGTTGTCTCTCCCCCTACCCTGTTTTTCTACCTCCATACCTCCATGCTGACCCTTAAAAGAAAAGTGAAA AACAAAACAACAGAACTCAATAACAAAATCTTGAAGAAGGGCCTAAGTCTGAATCGTAAAGACTCTAACT AAGGTTCAGGTGGTAGTTCTGATTCCTGATTCTGGTTGAAAGAAAGTATGTCTTGGAATGCGATGTGGCT CTGGATTATGTTCGACTTTAGAAATAGTGCCAGAACTATTCTTTGATTTGTGGACATGGACCCTGAGACT GCAGAGCAAGGCAGGGCAGGGCAAGGAGTGCCCGTGTTGAGCTCTCAGGTGCAGAGACCCCACTCCCTTC AGGCACTGTTGAGGCTCCCCGGCCCCTGATCTGCAGCCAGAGGCTGGTGAGGTGTGACACGCTTGCTGAC AAGAGTGCCCTGTCTCGTCTGACCCGTGAACATGGGTGTTCAGAAGTGAAGGATCATAGTGTTTACATAA CGTGCCAATTAGTACTGAGAAGCTCATCAGTGCAATAAATATTTATGACTTGCATTTGCATTTTTTCTCT CCACGTATATATATATAATATGTGTGCATATATATGTGCATATATATGCACATATATTATACATATATGT TGTTTTTTAAAAAGCACCAATAAATGAAATCCTTATCACTGTGTGCAAGCCTACTGTGCCTTTAGGCATG GGACTGGCTTCCTGCGCTGGGAGTGACAGCTATTCCGAAGTGATAATTGGTGTACTGTGTCTTTAAAAGG TTAAACCCCCTTTCAAAAAAGGTCTGGACTCCTAGTGGAAAAGACAAGCGAGGCATGGGTTGGCTCTGGA TTCAGAAAACAGCTGCTGATTAGATTCTGTGTCTGCAGGCTGAATTTATTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| HIVEP3_2 ↗ | 1:41,903,984 | 負股 | 41,903,974–41,904,033 |
| HIVEP3_3 ↗ | 1:41,918,685 | 負股 | 41,918,675–41,918,734 |
| HIVEP3_1 ↗ | 1:42,035,934 | 負股 | 42,035,924–42,035,983 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_8389D7 · enhancer · 41914628–41914820 · regulatory
ENSR1_C66B5 · enhancer · 41915771–41916827 · regulatory
ENSR1_C66B8 · enhancer · 41917074–41918696 · regulatory
ENSR1_BBBLN · promoter · 41918697–41919412 · regulatory
ENSR1_BBBLW · enhancer · 41920413–41921055 · regulatory
· motif · 41918147–41918159 · motif
· motif · 41918149–41918156 · motif
· motif · 41919871–41919891 · motif
· motif · 41919930–41919941 · motif
· motif · 41920158–41920171 · motif
· motif · 41920174–41920182 · motif
· motif · 41920226–41920237 · motif
· motif · 41920226–41920237 · motif
· motif · 41920228–41920237 · motif
· motif · 41920266–41920283 · motif
· motif · 41920385–41920398 · motif
· motif · 41920385–41920398 · motif
· motif · 41920386–41920399 · motif
· motif · 41920386–41920399 · motif
· motif · 41920636–41920647 · motif
· motif · 41921895–41921906 · motif
調控資料列出 12-O-tetradecanoylphorbol-13 acetate（TPA）；該資料未說明調控方向或具體機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：2406 aa
HIVEP3 蛋白質長 2,406 個胺基酸，含有 C2H2 型鋅指、CCHC HIVEP 型鋅指，以及 ZAS1 與 ZAS2 區域。序列中另註記三段酸性區域、一個核定位訊號，以及多段預測為無序的區域。其末端附近有六組四胺基酸的串聯重複序列，組成為 S-P-X-[RK]。
蛋白質三維結構
細胞內定位
HIVEP3 被記錄位於細胞質與細胞核；來源未提供兩處定位轉換的條件或動態差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- SFNP31947 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- YWHAGP61981 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
HIVEP3 與 TRAF1、TRAF2 及 JUN 有交互作用。另有相似性推斷指出，HIVEP3 可與 RUNX2 及 E3 ubiquitin ligase WWP1 形成多聚複合體；此複合體資訊屬 By similarity。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | HIVEP3 是轉錄因子，可結合 RSS 七聚體及基因中的 kappa-B motif；它抑制 TNF 誘發的 NF-κB 活化，涉及競爭 DNA 結合、抑制轉錄及藉 TRAF2 阻礙 RELA 入核與 IKK 複合體形成。它也調節 T 細胞 IL2 表現、細胞生長，並是成人骨骼形成的必要調節因子。 | 含實驗來源 | 證據與來源Plays a role of transcription factor; binds to recognition signal sequences (Rss heptamer) for somatic recombination of immunoglobulin and T-cell receptor gene segments; Also binds to the kappa-B motif of gene such as S100A4, involved in cell progression and differentiation. Kappa-B motif is a gene regulatory element found in promoters and enhancers of genes involved in immunity, inflammation, and growth and that responds to viral antigens, mitogens, and cytokines. Involvement of HIVEP3 in cell growth is strengthened by the fact that its down-regulation promotes cell cycle progression with ultimate formation of multinucleated giant cells. Strongly inhibits TNF-induced NF-kappa-B activation; Interferes with nuclear factor NF-kappa-B by several mechanisms: as transcription factor, by competing for Kappa-B motif and by repressing transcription in the nucleus; through a non transcriptional process, by inhibiting nuclear translocation of RELA by association with TRAF2, an adapter molecule in the tumor necrosis factor signaling, which blocks the formation of IKK complex. Interaction with TRAF proteins inhibits both NF-Kappa-B-mediated and c-Jun N-terminal kinase/JNK-mediated responses that include apoptosis and pro-inflammatory cytokine gene expression. Positively regulates the expression of IL2 in T-cell. Essential regulator of adult bone formation PMID 11161801 ↗ |
| 交互作用 | HIVEP3 與 TRAF1、TRAF2 及 JUN 有交互作用；另依相似性推斷，HIVEP3 可與 RUNX2 及 E3 ubiquitin ligase WWP1 形成多聚複合體。 | 推論支持 | 證據與來源Interacts with TRAF1 and TRAF2 as well as with JUN. Forms a multimeric complex with RUNX2 and E3 ubiquitin ligase WWP1 (By similarity) |
| 細胞定位 | HIVEP3 的細胞內定位記錄為細胞質與細胞核；該資料未提供不同定位的條件、變化方向或動態資訊。 | 推論支持 | |
| 調控 | 調控資料列出 12-O-tetradecanoylphorbol-13 acetate（TPA），但未說明 TPA 對 HIVEP3 的調控方向或作用機制。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GGTCTGGACTCCTAGTGGAAAAGACAAGCGAGGCATGGGT40TGGCTCTGGATTCAGAAAACAGCTGCTGATTAGATTCTGT80GTCTGCAGGCTGAATTTATTCCGTGTTTTTCAGCAGCACG120AATTCAAGAGGGATGCTTCTGTTTGGGTTTCTGATCGTGA160TTTATATTTATTCAGAGGAATAACAGAGGGTGGATCTGTT200CCCGGCGCGAGCATGCTCACAACCAGCCGACTCTCCCATT240ATCCAGCTGCCTAGTTTGGTGCTTCAATGTACATGGCTAT280TCCGTGTGCATATGTGTGTATACAAACACGCATGCATGCC320TGGATGGACATACGTATGCACAGGTTATTTTTTAAGGACA360ATTCTTTCAATAAGGTCTTTACCCCTTACTTGAAACAGGT400GTTCATGAAAAAAATGCACAAAATCCTGCCTGGCCGGAAT440AATTCATGAAGAAGGGGCTGGATCCGTGGGTCAGAGAACA480CAGGACCAGTTTGCCATCCCAAGGCCGAAGGCCTCCCTCC520AACACAGTTCTCCAAGCTCTAGAAATCTCTGACACATCTT560GACCATGAGACCACGGCTGGTTTTTGGCAGGATTCGAGGC600ACAAACCCAGCAGCCTCAACCTAGTTCATGGAGGAGCCTC640GCGGGGTCCTGGCCAAGCAAGCCCGCCCCTCTGGTGGGAA680GAGCGGCGCCTAGGTGGAGGGTGGCTGCCGTAGGAGTGGA720CATGAATGCTGGCTTTCAGAGAGAACAGCGTTTCAGTTTT760GGTCATCGGAAGTGGTGCCTTCAGCACAGAAGAAGAGCGT800GATTTCTCCTCCAAGGCCGTTGATCTCCAACCCAGAACTA840AAGGGGAGAAGAGCCACCCCCAGCATCCAGCGTGGCATCT880CTTGTGCCAGGACCAGGGATGACTGGGCCATGGACACAGA920TGTCTCCAACCTTCAACCGTTTGCATAGCACACGGGGGAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。