基因總覽
HERPUD1（homocysteine inducible ER protein with ubiquitin like domain 1）是人類蛋白質編碼基因，產物為 Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 1 protein。此蛋白位於內質網膜，具有多次穿膜特徵，並帶有 ubiquitin-like 結構域。其名稱也反映了其與內質網及 ubiquitin-like 區域的關聯；在細胞中，它是內質網品質管制系統的一員。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000439977 ★ | 56,932,142–56,944,864 | 8 |
| ENST00000951120 | 56,930,815–56,943,873 | 11 |
| ENST00000938506 | 56,931,057–56,943,881 | 10 |
| ENST00000855548 | 56,932,141–56,943,871 | 8 |
| ENST00000951121 | 56,932,141–56,943,882 | 8 |
| ENST00000855547 | 56,932,141–56,943,883 | 7 |
| ENST00000855546 | 56,932,141–56,943,903 | 6 |
| ENST00000300302 | 56,932,141–56,943,881 | 8 |
| ENST00000344114 | 56,932,141–56,943,881 | 6 |
| ENST00000379792 | 56,932,141–56,943,886 | 7 |
| ENST00001002074 | 56,932,141–56,943,883 | 8 |
| ENST00001002079 | 56,932,141–56,943,881 | 8 |
顯示 12/28 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
HERPUD1 是內質網品質管制（ERQC）系統的一員；此系統亦稱內質網相關降解（ERAD）。在此過程中，HERPUD1 參與透過 ubiquitin 依賴途徑降解內質網中錯誤摺疊的蛋白質，協助細胞處理未能正確摺疊的蛋白質。這是來源所述的主要功能，作用範圍指向內質網內蛋白質品質管制與降解。
HERPUD1 與 ubiquilins 結合，而此互作對 CD3D 經 ERAD 途徑有效降解是必要的。這項描述指出，HERPUD1 的參與不只與 ERAD 整體相關，也涉及特定受質 CD3D 的有效清除；來源並未進一步說明結合如何促成降解，因此不宜推定其分子步驟或其他受質的處理方式。
此外，HERPUD1 可能增強 presenilin 所介導的 amyloid-beta protein 40 生成。來源以「可能」描述此效應，並未將它表述為確定作用，也未提供其如何影響生成過程的細節。這項觀察與其在 ERQC／ERAD 中的角色分屬不同的功能描述，現有資訊不足以據此推論兩者之間的機制連結。
Promoter 與基因調控
>HERPUD1 ENST00000439977 GRCh38 chr16:56931142-56932242 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGACAAGCTCCTGACAACACCTGAAAAAACAGATGTCCCAAGGGGGTTGGAACAAGGAGGGAGCCGGGGC AATGTCAGTTTTGTTTTTCAAGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTACAGAGGAGGAGGAGGGAACGC CTACAATAAAGAGGCCTTTATGGTCCCACTTCAGGAATCGGAGAACCCCGCCCTCCTCGTCTCAGCCCCA ATTTAACGGGTGCATGTGTGAGTATCTTATAAAGTGACGCGTTTTGAGGGGGACTCCAGTGTGAGCAGGA CTGTGGCTGACTTGTCAATCATCATTAGGGTGATGTCCCAAACGTTCAAGTCTGAGGCCCAGGGAAATTG GCAACAGCTGCCTGGATGCCTCCATCCTCCCAGCCCAAGGAAAATCTGGCCTTGCTCCTTCGTTGTCTTT CTTAGGAGCACGTGGAGTTCTCCTAGGTGGGCTTGCACTCGGGGTCGCCCAGCCGTTCTTTGAGGGTTCG AGTGGGTAGGCTTCCCCTGTAGGACGGGCTTCCCCGTAGGTTTCCACGTGGGGCCACAGAGGCAGGAAAA GGGGAAGTGGGCACTGACACCTGGGGTGAAAAAGGGTGGGGGTGCGGCTTTGTGAGGAAAGAATTTGCAG AGACTGCTAAACTGGGGTCTGCTAGGATACCCCACTCCCCACCCCCTGCCTCGGGCGCCCTCAGCCACCC GAGCTGGGGGCCTCGCAGGTCTCAGACCAAGCTCCCCGCGCGGCCTGCAGCGCACCCAAACATGGCCACC GAACCCGGGTTCCCGGGGCACAGCCGCGCCTCTGGGTGACGCAGACGCGGCGGGTTGCATCAGCCCGTGC CCACGTGCTCGGTCCGCCCTCTGCCACCCGGATCCGGACGCCGATTGGGCCACGTTGGGAGAGTGCCTCC GCCTCAGCCAATGGGCGGCAGCCACAGAGCGTTCTGTCCGCAGAGCCGGGCGCGGGGCTTCTATAAAAGG CGCCCGAAGCGGGGGCGCGCGCCCCAGAGACGTGAACTGTCGTTGCAGAGATTGCGGGCGGCTGAGACGC CGCCTGCCTGGCACCTAGGAGCGCAGCGGAGCCCCGACACCGCCGCCGCCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| HERPUD1_1 ↗ | 16:56,932,142 | 正股 | 56,932,093–56,932,152 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_5HDJX8 · CTCF_binding_site · 56931592–56931613 · regulatory
ENSR16_BFB3N · promoter · 56931652–56932170 · regulatory
ENSR16_5HDJZS · CTCF_binding_site · 56931936–56931957 · regulatory
ENSR16_5HDK45 · CTCF_binding_site · 56932430–56932451 · regulatory
ENSR16_9SL5S · promoter · 56933286–56933786 · regulatory
ENSR16_9SL64 · enhancer · 56934270–56934662 · regulatory
ENSR16_83N7CQ · enhancer · 56937095–56937259 · regulatory
· motif · 56931175–56931188 · motif
· motif · 56931175–56931188 · motif
· motif · 56931568–56931577 · motif
· motif · 56931568–56931577 · motif
· motif · 56931594–56931610 · motif
· motif · 56931697–56931710 · motif
· motif · 56931707–56931722 · motif
· motif · 56931938–56931954 · motif
· motif · 56932099–56932109 · motif
· motif · 56932151–56932164 · motif
· motif · 56932246–56932266 · motif
· motif · 56932432–56932448 · motif
· motif · 56933102–56933111 · motif
· motif · 56933127–56933140 · motif
· motif · 56933344–56933357 · motif
· motif · 56933348–56933361 · motif
· motif · 56933348–56933361 · motif
· motif · 56934295–56934307 · motif
· motif · 56935177–56935199 · motif
· motif · 56935177–56935199 · motif
· motif · 56936415–56936426 · motif
HERPUD1 的表現會在內質網壓力下上調；CREB3 也與其表現上調相關。來源未提供更進一步的調控條件或作用細節。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：391 aa
HERPUD1 蛋白長 391 個胺基酸，含位於第 10–72 位的 ubiquitin-like 結構域。拓樸註解顯示，第 1–263 位位於細胞質側，接著兩段穿膜螺旋分別位於第 264–284 位與第 290–310 位；兩者之間第 285–289 位為腔內區段，第 311–391 位則回到細胞質側。另有兩段被註記為無序區，分別位於第 100–126 位及第 318–359 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
HERPUD1 位於內質網膜，並具有多次穿膜特徵。 來源未提供定位隨條件改變的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
HERPUD1 與 PSEN1、PSEN2、UBXN6，以及 UBQLN1、UBQLN2、UBQLN4 有互作記錄；其中與 ubiquilins 的結合與 CD3D 經 ERAD 有效降解相關。HERPUD1 也是 HRD1 複合體的組成成員，該複合體至少包含 SYNV1/HRD1、FAM8A1、HERPUD1/HERP、OS9、SEL1L 和 UBE2J1。FAM8A1 與 SYNV1 結合可能促進 HERPUD1 招募至 HRD1 複合體；來源以可能性描述此招募關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | HERPUD1 是內質網品質管制（ERQC）系統的一員，該系統亦稱內質網相關降解（ERAD），參與以 ubiquitin 依賴方式降解內質網中的錯誤摺疊蛋白。HERPUD1 可能增強 presenilin 介導的 amyloid-beta protein 40 生成；此外，它與 ubiquilins 結合，而此互作是 CD3D 經 ERAD 有效降解所必需。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the endoplasmic reticulum quality control (ERQC) system also called ER-associated degradation (ERAD) involved in ubiquitin-dependent degradation of misfolded endoplasmic reticulum proteins. Could enhance presenilin-mediated amyloid-beta protein 40 generation. Binds to ubiquilins and this interaction is required for efficient degradation of CD3D via the ERAD pathway PMID 16289116 ↗ · PMID 18307982 ↗ · PMID 28827405 ↗ |
| 交互作用 | HERPUD1 與 PSEN1、PSEN2、UBXN6、UBQLN1、UBQLN2 和 UBQLN4 有互作記錄，並是 HRD1 複合體的組成成員。此複合體至少包含 SYNV1/HRD1、FAM8A1、HERPUD1/HERP、OS9、SEL1L 和 UBE2J1；FAM8A1 與 SYNV1 結合可能促進 HERPUD1 被招募至該複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with PSEN1 and PSEN2. Interacts with UBXN6. Interacts with UBQLN1, UBQLN2 and UBQLN4. Component of the HRD1 complex, which comprises at least SYNV1/HRD1, FAM8A1, HERPUD1/HERP, OS9, SEL1L and UBE2J1. FAM8A1 binding to SYNV1 may promote recruitment of HERPUD1 to the HRD1 complex PMID 11799129 ↗ · PMID 16289116 ↗ · PMID 18307982 ↗ · PMID 18656546 ↗ · PMID 28827405 ↗ |
| 細胞定位 | HERPUD1 位於內質網膜，並被註記為多次穿膜蛋白。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | HERPUD1 的表現會受內質網壓力與 CREB3 調控而上調。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCCCCAGAGACGTGAACTGTCGTTGCAGAGATTGCGGGCG40GCTGAGACGCCGCCTGCCTGGCACCTAGGAGCGCAGCGGA80GCCCCGACACCGCCGCCGCCGCCATGGAGTCCGAGACCGA120ACCCGAGCCCGTCACGCTCCTGGTGAAGAGCCCCAACCAG160CGCCACCGCGACTTGGAGCTGAGTGGCGACCGCGGCTGGA200GTGTGGGCCACCTCAAGGCCCACCTGAGCCGCGTCTACCC240CGAGCGTCCGCGTCCAGAGGACCAGAGGTTAATTTATTCT280GGGAAGCTGTTGTTGGATCACCAATGTCTCAGGGACTTGC320TTCCAAAGCAGGAAAAACGGCATGTTTTGCATCTGGTGTG360CAATGTGAAGAGTCCTTCAAAAATGCCAGAAATCAACGCC400AAGGTGGCTGAATCCACAGAGGAGCCTGCTGGTTCTAATC440GGGGACAGTATCCTGAGGATTCCTCAAGTGATGGTTTAAG480GCAAAGGGAAGTTCTTCGGAACCTTTCTTCCCCTGGATGG520GAAAACATCTCAAGGCCTGAAGCTGCCCAGCAGGCATTCC560AAGGCCTGGGTCCTGGTTTCTCCGGTTACACACCCTATGG600GTGGCTTCAGCTTTCCTGGTTCCAGCAGATATATGCACGA640CAGTACTACATGCAATATTTAGCAGCCACTGCTGCATCAG680GGGCTTTTGTTCCACCACCAAGTGCACAAGAGATACCTGT720GGTCTCTGCACCTGCTCCAGCCCCTATTCACAACCAGTTT760CCAGCTGAAAACCAGCCTGCCAATCAGAATGCTGCTCCTC800AAGTGGTTGTTAATCCTGGAGCCAATCAAAATTTGCGGAT840GAATGCACAAGGTGGCCCTATTGTGGAAGAAGATGATGAA880ATAAATCGAGATTGGTTGGATTGGACCTATTCAGCAGCTA920CATTTTCTGTTTTTCTCAGTATCCTCTACTTCTACTCCTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。