基因總覽
HDAC9（histone deacetylase 9）是蛋白質編碼基因，其產物屬於組蛋白去乙醯化酶家族的 HD type 2 亞家族。來源所列蛋白質長 1011 個胺基酸，具有組蛋白去乙醯化酶區域，也包含多個已註記與其他蛋白質互作或具無序特性的區段。不同異構型的催化能力並不相同：異構型 3 缺少活性位點殘基，因此沒有催化活性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000686413 ★ | 18,495,749–19,002,416 | 26 |
| ENST00000417496 | 18,086,588–18,666,923 | 13 |
| ENST00000707077 | 18,086,588–18,668,052 | 12 |
| ENST00000433709 | 18,290,092–18,585,326 | 4 |
| ENST00000413509 | 18,290,422–18,590,486 | 4 |
| ENST00001019012 | 18,290,448–18,668,847 | 13 |
| ENST00001113640 | 18,495,521–18,545,926 | 3 |
| ENST00000868968 | 18,495,688–19,002,416 | 25 |
| ENST00001113641 | 18,495,699–18,545,926 | 3 |
| ENST00000413380 | 18,495,710–18,591,544 | 5 |
| ENST00001071301 | 18,495,710–18,668,842 | 11 |
| ENST00000430454 | 18,495,715–18,590,376 | 5 |
顯示 12/42 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
HDAC9 參與核心組蛋白的去乙醯化，作用對象包括 H2A、H2B、H3 與 H4 N 端的 lysine 殘基。此反應以水為反應物，將乙醯化的 lysine 還原為 lysine，並產生 acetate。組蛋白去乙醯化形成與表觀遺傳抑制相關的標記，因此 HDAC9 的作用與轉錄調控、細胞週期進程及發育事件有關。
HDAC9 也能抑制 MEF2 依賴的轉錄。來源指出，這項抑制可透過招募 HDAC1 和／或 HDAC3 達成；因此，HDAC9 的轉錄調控作用不僅涉及其自身對組蛋白的催化，也可藉由其他去乙醯化酶參與。異構型 3 缺少活性位點殘基，故不具催化活性，不能將所有異構型的功能一概視為相同。
在肌肉與心臟相關過程中，HDAC9 被認為可能抑制骨骼肌生成，並可能參與心臟發育。神經元方面，來源描述其可保護神經元免於細胞凋亡：一方面抑制 MAPK10 對 JUN 的磷酸化，另一方面透過招募 HDAC1 至 JUN 啟動子，抑制 JUN 的轉錄。這些作用分別涉及訊號調控與基因轉錄抑制；來源未提供足以進一步界定其發生條件或相對重要性的資訊。
Promoter 與基因調控
>HDAC9 ENST00000686413 GRCh38 chr7:18494749-18495849 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CAACCAATGTATAGCTGAATGCAGAACAGTCATAGTTGGGTACTAACCATATATATGATTTATCCATCAA CAGGTGCATATGCTCAGAAATTCTGTATCCATAAGAAATCAGACTACTTTCTTTTCCTTTTGCAAGTAAA TTGAATTTAGCCTGAGAGGCTGAGGGGAAATTTTCACATATAAGCCACGGTTTTGTGTTTTGTGTTTTGT TTTGTTTATAGATATAGTACTAACTGGATGGATGCGATAAAATTCATAGGTGGTACTAAGATACAATAGG ATTTGTGAAATGGACAATTGTCTTGCATAAATAGCAAGTAAAAAATCAAGCCTGTCCTTCATAAAAATTT TATTCTGGGGTGTGCTTGTTTTCCAAAAGTACCTCTGCTAAATCTCCTGTTAGTCCTGAAACTAGAAGGC AGAAAAGCTTCTAGTGCTACAGCCAACTGCAGTGTAGCCTGAGAAACAGGCAACAAAAATAGAACACCAG GATTGCTGTGCGTGGGTGAGGCAGAAACCACATTATGAGCAAAAGCTTCCAGTATTATTTTAGAACCAAT ACAGAGCTCTGTACTTCTCTCCTCTCTCTTCCAAAAACACATACTACAAAAATAAAATGAAATGAAATGT ATGTGCATTTGCCCTCTTAGAATTATGATTCTTAATTTTTTTTCTTGCCTTCCTTTCTTTGGAAGCGAAT CGCCAGTATGGAAACACAGTGTGTAAAGCAAGCTTCGAGAGAGGAAAGAGTTAATTGGTTTTAAGGCCCT GCGATAGAGAATTATGGTTGGAAAGATAGAGGCTGGACAGCTGGGTTTGCTGGGGTATTTTTAAATGCAT TAATGCAGGCTCCAATCACTCGGCCATGCTTGACCTATTTTTGGCTCAGGCCGACCATTGTTCTATTTCT GTGCCTGTGGGCCATGCTGTTGTTGATTCATATGCAAATGGATTATCACTCGCTTTAGCCAACTTGAGCT GAGAGAGACTGAGAAAGGGGGAAGAGAGGCACAGACACAGATAGGAGAAGGGCACCGGCTGGAGCCACTT GCAGGACTGAGGGTTTTTGCAACAAAACCCTAGCAGCCTGAAGAACTCTAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| HDAC9_2 ↗ | 7:18,086,942 | 正股 | 18,086,893–18,086,952 |
| HDAC9_1 ↗ | 7:18,495,749 | 正股 | 18,495,700–18,495,759 |
| HDAC9_3 ↗ | 7:18,496,260 | 正股 | 18,496,211–18,496,270 |
| HDAC9_4 ↗ | 7:18,496,382 | 正股 | 18,496,333–18,496,392 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_56CGBQ · CTCF_binding_site · 18495153–18495174 · regulatory
ENSR7_C3SJX · promoter · 18495255–18496313 · regulatory
ENSR7_99C82 · enhancer · 18496314–18496770 · regulatory
ENSR7_8JNHR · enhancer · 18499497–18499708 · regulatory
· motif · 18495155–18495171 · motif
· motif · 18495263–18495271 · motif
· motif · 18495607–18495623 · motif
· motif · 18495610–18495626 · motif
· motif · 18495683–18495696 · motif
· motif · 18495683–18495696 · motif
· motif · 18495687–18495700 · motif
· motif · 18500065–18500078 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1011 aa
HDAC9 蛋白質長 1011 個胺基酸，屬於組蛋白去乙醯化酶家族的 HD type 2 亞家族。其 631–978 位胺基酸區段標註為組蛋白去乙醯化酶區域；另有多段區域被註記為無序區，並標出與 CTBP1、MEF2、MAPK10 及 ETV6 互作的區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
HDAC9 的定位資料標示為細胞核；來源未提供定位改變的條件或異構型間差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- BCL6P41182 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MEF2CQ06413 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ETV6P41212 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Ncor1Q60974 · UniProt INTERACTION · 2 experiments · 2 筆來源紀錄
HDAC9 可形成同源二聚體，並與 CTBP1、HDAC1、HDAC3、MEF2、MAPK10、ETV6、NCOR1 及 BCL6 互作；與 HDAC4、HDAC5 的互作則標示為可能。磷酸化形式與 14-3-3 的互作屬相似性推定。HDAC9 也在未受 T 細胞刺激時與 FOXP3 互作。來源未將上述所有關係都描述為特定複合體。
疾病與遺傳關聯
HDAC9 相關變異可能造成耳顎髁症候群 4，這是一種常染色體顯性顱顏畸形症候群，可有程度不一的下顎異常、顳顎關節 ankylosis、顎裂及特徵性耳部畸形；來源以「可能由影響該基因的變異造成」描述此關聯。另有一個 Peters anomaly 家族被報告有涉及 HDAC9 的染色體易位 t(1;7)(q41;p21)，該易位與 TGFB2 相關並導致缺乏 HDAC9 蛋白；此為家族中的染色體異常報告。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | HDAC9 可去除核心組蛋白 H2A、H2B、H3 與 H4 N 端 lysine 殘基上的乙醯基。組蛋白去乙醯化與表觀遺傳抑制相關，並參與轉錄調控、細胞週期進程及發育；HDAC9 也抑制 MEF2 依賴的轉錄。 | 含實驗來源 | 證據與來源Responsible for the deacetylation of lysine residues on the N-terminal part of the core histones (H2A, H2B, H3 and H4). Histone deacetylation gives a tag for epigenetic repression and plays an important role in transcriptional regulation, cell cycle progression and developmental events. Represses MEF2-dependent transcription PMID 11535832 ↗ |
| 功能 | 異構型 3 缺少活性位點殘基，因而沒有催化活性。HDAC9 可藉由招募 HDAC1 和／或 HDAC3 抑制 MEF2 依賴的轉錄；來源並指出其似乎抑制骨骼肌生成、可能參與心臟發育，且可透過抑制 MAPK10 對 JUN 的磷酸化及招募 HDAC1 抑制 JUN 轉錄，保護神經元免於凋亡。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Isoform 3 lacks active site residues and therefore is catalytically inactive. Represses MEF2-dependent transcription by recruiting HDAC1 and/or HDAC3. Seems to inhibit skeletal myogenesis and to be involved in heart development. Protects neurons from apoptosis, both by inhibiting JUN phosphorylation by MAPK10 and by repressing JUN transcription via HDAC1 recruitment to JUN promoter |
| 分子活性 | N(6)-acetyl-L-lysyl-[histone] + H2O = L-lysyl-[histone] + acetate | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | HDAC9 可形成同源二聚體，並與 CTBP1、HDAC1、HDAC3、MEF2、MAPK10、ETV6、NCOR1 和 BCL6 互作；與 HDAC4、HDAC5 的互作標示為可能。其磷酸化形式與 14-3-3 的互作為相似性推定；未受 T 細胞刺激時，HDAC9 與 FOXP3 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Interacts with CTBP1. The phosphorylated form interacts with 14-3-3 (By similarity). Interacts with HDAC1 and HDAC3, and probably with HDAC4 and HDAC5. Interacts with MEF2, MAPK10, ETV6, NCOR1 and BCL6. Interacts with FOXP3 in the absence of T-cell stimulation PMID 10487760 ↗ · PMID 10487761 ↗ · PMID 10655483 ↗ · PMID 11535832 ↗ · PMID 12590135 ↗ · PMID 17360565 ↗ |
| 細胞定位 | HDAC9 的細胞內定位標示為細胞核。 | 推論支持 | |
| 疾病關聯 | 耳顎髁症候群 4 是常染色體顯性顱顏畸形症候群，可出現程度不一的下顎異常、顳顎關節 ankylosis、顎裂與特徵性耳部畸形，也常見頰部突出、耳廓異常、小口及咀嚼或咬合問題。來源指出，影響 HDAC9 的變異可能造成此病。 | 含實驗來源 | 證據與來源Auriculocondylar syndrome 4 ARCND4 An autosomal dominant form of auriculocondylar syndrome, a craniofacial malformation syndrome characterized by variable mandibular anomalies, including mild to severe micrognathia, temporomandibular joint ankylosis, cleft palate, and a characteristic ear malformation that consists of separation of the lobule from the external ear, giving the appearance of a question mark (question-mark ear). Other frequently described features include prominent cheeks, cupped and posteriorly rotated ears, preauricular tags, and microstomia. Glossoptosis, masticatory abnormalities, orthodontic problems, and malocclusion occur in a majority of affected subjects. The disease may be caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 620457 PMID 34750192 ↗ |
| 疾病關聯 | 一個 Peters anomaly 家族中發現涉及 HDAC9 的染色體異常：t(1;7)(q41;p21) 易位與 TGFB2 相關，並導致 HDAC9 蛋白缺乏。此紀錄描述的是家族中的染色體異常及其蛋白質結果。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving HDAC9 is found in a family with Peters anomaly. Translocation t(1;7)(q41;p21) with TGFB2 resulting in lack of HDAC9 protein PMID 12706107 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAAGAGAGGCACAGACACAGATAGGAGAAGGGCACCGGCT40GGAGCCACTTGCAGGACTGAGGGTTTTTGCAACAAAACCC80TAGCAGCCTGAAGAACTCTAAGCCAGGTTTAATTGGTTTC120TTTTTCTCGTGGGTAGACTTAATAATTTTCTACGTATTCT160GACAAAGAAATAACCCCGAAGCACGTTCCTATTTCCCACC200TGCTTGTAGTTTCCGGGATAACCTAAACTCCAGAGAGCTA240TAGCATCCACTCTGTCCTTTCTGCTTTGCACACAGATGGG280GTGGCTGGACGAGAGCAGCTCTTGGCTCAGCAAAGAATGC320ACAGTATGATCAGCTCAGTGGATGTGAAGTCAGAAGTTCC360TGTGGGCCTGGAGCCCATCTCACCTTTAGACCTAAGGACA400GACCTCAGGATGATGATGCCCGTGGTGGACCCTGTTGTCC440GTGAGAAGCAATTGCAGCAGGAATTACTTCTTATCCAGCA480GCAGCAACAAATCCAGAAGCAGCTTCTGATAGCAGAGTTT520CAGAAACAGCATGAGAACTTGACACGGCAGCACCAGGCTC560AGCTTCAGGAGCATATCAAGTTGCAACAGGAACTTCTAGC600CATAAAACAGCAACAAGAACTCCTAGAAAAGGAGCAGAAA640CTGGAGCAGCAGAGGCAAGAACAGGAAGTAGAGAGGCATC680GCAGAGAACAGCAGCTTCCTCCTCTCAGAGGCAAAGATAG720AGGACGAGAAAGGGCAGTGGCAAGTACAGAAGTAAAGCAG760AAGCTTCAAGAGTTCCTACTGAGTAAATCAGCAACGAAAG800ACACTCCAACTAATGGAAAAAATCATTCCGTGAGCCGCCA840TCCCAAGCTCTGGTACACGGCTGCCCACCACACATCATTG880GATCAAAGCTCTCCACCCCTTAGTGGAACATCTCCATCCT920ACAAGTACACATTACCAGGAGCACAAGATGCAAAGGATGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。