基因總覽
H2AC12 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 H2A clustered histone 12,其產物 Histone H2A type 1-H 屬於 histone H2A 家族。它是核小體的核心組成之一;核小體由組蛋白與 DNA 組成,是染色質的基本結構單位。組蛋白的主要角色與 DNA 的緊密包裝及可接近性調節有關,因此 H2AC12 所屬的組蛋白家族參與染色質結構的形成。來源資料將此蛋白歸為 histone H2A 家族成員,並指出其 N 端前 22 個胺基酸區域註解為無序區。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000377459 ★ | 27,147,106–27,147,562 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Histone H2A type 1-H 是核小體的核心成分。核小體會將 DNA 包裹並壓縮成染色質,藉此限制需要以 DNA 為模板的細胞機制接觸 DNA。這種包裝與可接近性的調節,使組蛋白參與多種依賴 DNA 的細胞過程。
組蛋白因此在轉錄調控、DNA 修復、DNA 複製及染色體穩定性中具有重要角色。核小體對 DNA 的包覆會影響細胞機制能否接觸模板;DNA 可接近性的改變,則與上述過程的調節相關。來源將 Histone H2A type 1-H 列為核小體核心成分,並未進一步描述它在各項過程中的特定分子作用或個別效應。
DNA 可接近性可透過組蛋白的一系列翻譯後修飾調節,這些修飾也稱為 histone code;核小體重塑亦參與此調節。這些機制共同涉及染色質中 DNA 的可用程度,但來源未指出 H2AC12 或其產物特有的修飾、重塑途徑或調控條件。
Promoter 與基因調控
>H2AC12 ENST00000377459 GRCh38 chr6:27146106-27147206 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAGTATCCATTTTCGCGCCAAGAGCCAGGAAGCACTTTCTGTTAACACAAGTTTCCTGCACATCCCTAAT TTTTTAGGCGCCATATTCCTCACTCAGTACTAACAAAGTGTATGTGGCTTCTCCTTAGCCAGACTCGATT ACAAGCACTGCATGCATTACTCAGTGTGATAAGATCATGATAATCCCTTTAAAAAGATCGCCCGAATTTA AGCCTGGATTAGGAACACGTGTTTACAGCTCTAATATCGATAATTTAAGTGGCTCTTAAAAGAGCCTTTG GGGTTGGGCTTTAAGACGCTTACTTGGCAAGTTTACTTAGCGCTGGTGTACTTGGTGACGGCCTTGGTGC CCTCGGACACGGCGTGCTTGGCCAACTCCCCGGGCAGCAGCAGGCGCACGGCCGTCTGGATCTCCCTGGA GGTGATGGTCGAGCGCTTGTTGTAATGCGCCAGGCGGGAAGCCTCACCCGCGATGCGTTCGAAGATGTCG TTGACGAAGGAGTTCATGATTCCCATGGCCTTAGAGGAGATGCCGGTGTCGGGGTGGACCTGCTTCAGCA CCTTGTACACGTATACGGAGTAGCTCTCCTTGCGGCTGCGCTTGCGCTTCTTGCCGTCCTTCTTCTGCGC CTTAGTCACGGCTTTCTTCGAGCCCTTCTTGGGCGCGGGAGCGGACTTCGCTGGTTCCGGCATGTTGAAG GCGAACTACGAGCCTGAGACGAGCAGCAGATCGAGAAAACGGGAAGTAATGGGAGCAAGGTACCAGGAGT CGTTTTTATATAGGACCTCTCATGCAAATAAGGTGAAGAGTGAAAGTCCTGTATCTGATTGGTGGTTATT AGGGTGACGTCAGAGGTTAGTTATACCCAATCAACCCAATCTGCAAATCCAAAAGACGTACTTCCATTGG TTAAAACTAAGCTACAACCCTAACCAATGACATATCTTCTTTTTCGCGCCCAATAGTGTTTATAAAAGGC GCTGCCTTTCCTCGTTGGCTACTTTCAGTAAGTTGTGACCAGTATGTCTGGACGTGGCAAGCAAGGCGGT AAAGCTCGCGCCAAGGCCAAGACCCGCTCTTCTCGGGCTGGGCTTCAGTTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_9DQX2 · promoter · 27146845–27147116 · regulatory
ENSR6_9DQXZ · enhancer · 27150125–27150441 · regulatory
· motif · 27142329–27142341 · motif
· motif · 27144145–27144167 · motif
· motif · 27144145–27144167 · motif
· motif · 27144209–27144231 · motif
· motif · 27144209–27144231 · motif
· motif · 27146020–27146030 · motif
· motif · 27146043–27146052 · motif
· motif · 27146043–27146052 · motif
· motif · 27146075–27146086 · motif
· motif · 27146077–27146086 · motif
· motif · 27146099–27146110 · motif
· motif · 27146099–27146110 · motif
· motif · 27146101–27146110 · motif
· motif · 27146116–27146127 · motif
· motif · 27146329–27146338 · motif
· motif · 27146329–27146338 · motif
· motif · 27146401–27146415 · motif
· motif · 27146707–27146724 · motif
· motif · 27146842–27146853 · motif
· motif · 27146894–27146907 · motif
· motif · 27146939–27146954 · motif
· motif · 27146939–27146954 · motif
· motif · 27146947–27146960 · motif
· motif · 27146947–27146960 · motif
· motif · 27147057–27147068 · motif
· motif · 27147505–27147520 · motif
· motif · 27150276–27150285 · motif
· motif · 27150276–27150285 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:128 aa
Histone H2A type 1-H 屬於 histone H2A 家族。蛋白質全長為 128 個胺基酸;第 1 至 22 位胺基酸區域註解為無序區。來源未提供其他結構域或功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Histone H2A type 1-H 的定位資料列為細胞核與染色體。 來源未提供定位改變的條件、動態或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
核小體是由 H2A、H2B、H3 與 H4 組成的組蛋白八聚體,每種組蛋白各含兩個分子。其組裝方式包含一個 H3-H4 異源四聚體,以及兩個 H2A-H2B 異源二聚體;八聚體可包裹約 147 bp 的 DNA。此資料描述核小體的組成與組裝,不另列特定蛋白質間的直接結合實驗。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | Histone H2A type 1-H 是核小體的核心成分。核小體將 DNA 包裹並壓縮成染色質,限制需要以 DNA 為模板的細胞機制接觸 DNA。組蛋白參與轉錄調控、DNA 修復、DNA 複製與染色體穩定性;DNA 可接近性則透過組蛋白翻譯後修飾(histone code)及核小體重塑調節。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Core component of nucleosome. Nucleosomes wrap and compact DNA into chromatin, limiting DNA accessibility to the cellular machineries which require DNA as a template. Histones thereby play a central role in transcription regulation, DNA repair, DNA replication and chromosomal stability. DNA accessibility is regulated via a complex set of post-translational modifications of histones, also called histone code, and nucleosome remodeling |
| 交互作用 | 核小體是組蛋白八聚體,由 H2A、H2B、H3 與 H4 各兩個分子組成,組裝為一個 H3-H4 異源四聚體和兩個 H2A-H2B 異源二聚體。此八聚體包裹約 147 bp 的 DNA。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源The nucleosome is a histone octamer containing two molecules each of H2A, H2B, H3 and H4 assembled in one H3-H4 heterotetramer and two H2A-H2B heterodimers. The octamer wraps approximately 147 bp of DNA |
| 細胞定位 | 此蛋白的定位資料列為細胞核與染色體。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACTTTCAGTAAGTTGTGACCAGTATGTCTGGACGTGGCAA40GCAAGGCGGTAAAGCTCGCGCCAAGGCCAAGACCCGCTCT80TCTCGGGCTGGGCTTCAGTTCCCCGTGGGCCGAGTGCACC120GCCTGCTCCGCAAGGGTAATTATGCCGAGCGGGTTGGAGC160CGGCGCGCCAGTGTACCTGGCTGCGGTGCTGGAGTACCTG200ACCGCTGAGATCCTGGAGCTGGCTGGCAATGCGGCCCGCG240ACAACAAGAAGACCCGTATCATCCCGCGTCACCTCCAACT280GGCCATCCGCAACGACGAGGAGCTCAACAAGCTGCTGGGC320AAAGTCACCATCGCGCAGGGTGGTGTCTTGCCCAATATCC360AGGCCGTGCTGCTGCCTAAGAAGACTGAGAGCCACCATAA400GGCCAAATAAGGAGCGAGGTTGTGAAAACTGGAAAACAAA440GGCTCTTTTCAGAGCCA457cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。