基因總覽
GPRC5C 是人類蛋白質編碼基因,產物為 retinoic acid-inducible G protein-coupled receptor,屬於 G protein-coupled receptor 3 family。這項受體的名稱反映其可由 retinoic acid 誘導;現有資料並未提供其配體、下游訊號機制或作用組織等細節。其膜蛋白特徵與多段跨膜結構,提供了認識此受體的基本架構。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000392627 ★ | 74,432,088–74,447,429 | 4 |
| ENST00000582444 | 74,424,851–74,440,212 | 2 |
| ENST00000652232 | 74,430,345–74,447,427 | 4 |
| ENST00000877273 | 74,430,349–74,447,426 | 4 |
| ENST00001127313 | 74,430,929–74,449,213 | 4 |
| ENST00001007439 | 74,430,945–74,451,921 | 6 |
| ENST00001127312 | 74,431,165–74,459,120 | 5 |
| ENST00001034873 | 74,431,340–74,447,429 | 4 |
| ENST00001116689 | 74,431,340–74,441,308 | 3 |
| ENST00000960002 | 74,431,373–74,447,424 | 4 |
| ENST00001007440 | 74,431,378–74,451,656 | 5 |
| ENST00000960003 | 74,431,381–74,447,081 | 4 |
顯示 12/28 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
GPRC5C 的產物是一種可由 retinoic acid 誘導的 G protein-coupled receptor。現有註解將它與 retinoid 訊號及 G-protein 訊號的可能交互作用相連,表示這個受體或可作為兩類訊號途徑之間的關聯線索;但此處的證據僅支持「可能」的交互作用,不能據此認定其分子機制或因果關係已獲確立。
就功能意義而言,這項註解提出了 retinoid 與 G-protein 訊號之間可能存在聯繫的方向。它並未指出是哪一種 retinoid 直接作用於受體,也未說明 G-protein 的種類、訊號傳遞步驟或細胞反應。因此,較合適的理解是:GPRC5C 是一個受 retinoic acid 誘導的受體,其資料支持進一步關注 retinoid 與 G-protein 訊號如何相互關聯,但目前提供的描述不足以界定其具體生理作用。
Promoter 與基因調控
>GPRC5C ENST00000392627 GRCh38 chr17:74431088-74432188 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCAGCCCCTACGGGCCTCTGGCGCGGGCTAACTAGGCCTCGCTGCGGGCCCCCAGGACTGCGCACCCCAC CCCCCGCGAGGCCAGCAGCCCCGGGGGAAGGCGGCCGGAAAATCTCTTGTTTATCGGGCTGGATAAGTAC CAGCCTGGATTCGCTTCCCAATTTCTGCGGTCCAGCTTCAGCAGATTCCTGGGGCCGGAGGGGAAAGGGT GGCAACCCACAGATCCACCCCGGAACAGGGAGTGGGGGGTGGGGCTGGTGGGAACCTGACCTCCTGGAAA GGACGGACTCGGAGTCAGAGCCAACGTGTCCCGGAGCGCAGAGGCCCAGGGGGTCGCGCTAAACACTGTA CCTCGGGGAACAAAACCGTGAAGGCTAATTAGGACAAGTCGGAGCAGGGAACGGGGACGCCGGGAGGGGA GAGCGCGCTCCGAGTTGGGCAGAACCTGGAACGGTCACAGGAAACCCGGGCGCGGGGTAGTCGGGCCGAG GGGGACCTTTGCCCACGGTCCAGAGTGGTCTGGACTCGGCCCACGCGTGAGAGGAGCGCTTGGTGACGAT CCCACGTACGCTTGGTGACTGGTGGAGGTCCCAGAGAAGGACCGTGCGTGCAAAAGGCGAACCTCGGTGT GCGGTGTGTCCACGTGTGCAAGCTGGGGAGGGGAGGGGGCGCAGAAGGCGTGACAAAGACGGACTCTGTC TTGAGTGTGCGCCTCGCTCCGGCCCGCTCCCAGCGAACTGTGCCTGAAGTGTGTCTCACGGGAGGGCCAG GACGAAGGTGACAAAGGCTAGGTGTCCCCCACGGAGACGCGCCAAGGTAGCCCCGCGCGTGTCCGTAGGC GCGCTCTCTGGAAGACGCGGTGGGGGGTGCGCAGGGCTGCACCCTCACACCAATTGCCCCGGCGAAGGCC GAGCCCAGAAAGTGAGTGCGCGTGAGTGTGCGCGCGCCCGCATGCGGGGGCGTGGCAGTCAACAGCAACA ACCCACACGCCGGCAGGGCCAGAAACTCCCATCTCCCTCACCAGCCGGAAAGTACGAGTCGGCTCAGCCT GGAGGTGAGTCGGGGCGGGGAGGGCCGGGCAGGCTTTGTTCCTGTGTAAAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| GPRC5C_4 ↗ | 17:74,424,767 | 正股 | 74,424,718–74,424,777 |
| GPRC5C_2 ↗ | 17:74,431,005 | 正股 | 74,430,956–74,431,015 |
| GPRC5C_1 ↗ | 17:74,431,384 | 正股 | 74,431,335–74,431,394 |
| GPRC5C_3 ↗ | 17:74,433,721 | 正股 | 74,433,672–74,433,731 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_BJQRT · enhancer · 74427058–74427827 · regulatory
ENSR17_84749S · enhancer · 74429759–74429893 · regulatory
ENSR17_BJQSD · promoter · 74430894–74431538 · regulatory
ENSR17_BJQSH · promoter · 74431598–74432126 · regulatory
ENSR17_934JNG · promoter · 74433207–74433707 · regulatory
ENSR17_934JNL · enhancer · 74433708–74434153 · regulatory
ENSR17_5MHP2X · CTCF_binding_site · 74434012–74434033 · regulatory
ENSR17_8474FH · enhancer · 74436089–74436255 · regulatory
· motif · 74427235–74427245 · motif
· motif · 74427265–74427280 · motif
· motif · 74427285–74427294 · motif
· motif · 74427285–74427296 · motif
· motif · 74427285–74427296 · motif
· motif · 74427632–74427642 · motif
· motif · 74429765–74429773 · motif
· motif · 74430828–74430838 · motif
· motif · 74430880–74430890 · motif
· motif · 74430931–74430941 · motif
· motif · 74431151–74431161 · motif
· motif · 74431174–74431187 · motif
· motif · 74431174–74431187 · motif
· motif · 74431233–74431253 · motif
· motif · 74431332–74431342 · motif
· motif · 74432043–74432053 · motif
· motif · 74433240–74433250 · motif
· motif · 74433268–74433278 · motif
· motif · 74433286–74433296 · motif
· motif · 74433296–74433305 · motif
· motif · 74434014–74434030 · motif
· motif · 74435960–74435974 · motif
· motif · 74435961–74435974 · motif
· motif · 74435972–74435987 · motif
· motif · 74435973–74435987 · motif
· motif · 74435974–74435987 · motif
· motif · 74436661–74436672 · motif
GPRC5C 的表現調控註記指出,all-trans retinoic acid(ATRA)與其誘導相關。資料未進一步說明誘導發生的細胞或實驗條件,也未提供調控幅度或時間等資訊。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:441 aa
GPRC5C 蛋白質長 441 個胺基酸,具有 7 段跨膜螺旋,符合多次穿膜膜蛋白的結構特徵。序列註解標示 N 端訊號區,以及位於細胞外與細胞質側的區段;C 端末段另被註記為無序區。其家族分類為 G protein-coupled receptor 3 family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
GPRC5C 被註記位於細胞膜,並可見於質膜及核周囊泡;資料亦列出胞質囊泡膜定位。 現有描述未指出不同定位之間的轉換條件或動態。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- RAMP1O60894 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RAMP2O60895 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAMP3O60896 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | GPRC5C 是可由 retinoic acid 誘導的 G protein-coupled receptor;現有資料支持 retinoid 訊號與 G-protein 訊號路徑之間可能存在交互作用,但未確定其具體機制或因果關係。 | 推論支持 | 證據與來源This retinoic acid-inducible G protein-coupled receptor provide evidence for a possible interaction between retinoid and G-protein signaling pathways |
| 細胞定位 | GPRC5C 被註記為多次穿膜膜蛋白,定位包括細胞膜、質膜、胞質囊泡膜及核周囊泡;資料未提供定位改變的條件或動態。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Cell membrane / Multi-pass membrane protein; Cytoplasmic vesicle membrane / Multi-pass membrane protein; Localized in the plasma membrane and perinuclear vesicles |
| 調控 | GPRC5C 的表現調控註記與 all-trans retinoic acid(ATRA)相關,指出 ATRA 可誘導該基因;來源未提供誘導條件、幅度或時間等細節。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGAAACTCCCATCTCCCTCACCAGCCGGAAAGTACGAGTC40GGCTCAGCCTGGAGGGACCCAACCAGAGCCTGGCCTGGGA80GCCAGGATGGCCATCCACAAAGCCTTGGTGATGTGCCTGG120GACTGCCTCTCTTCCTGTTCCCAGGGGCCTGGGCCCAGGG160CCATGTCCCACCCGGCTGCAGCCAAGGCCTCAACCCCCTG200TACTACAACCTGTGTGACCGCTCTGGGGCGTGGGGCATCG240TCCTGGAGGCCGTGGCTGGGGCGGGCATTGTCACCACGTT280TGTGCTCACCATCATCCTGGTGGCCAGCCTCCCCTTTGTG320CAGGACACCAAGAAACGGAGCCTGCTGGGGACCCAGGTAT360TCTTCCTTCTGGGGACCCTGGGCCTCTTCTGCCTCGTGTT400TGCCTGTGTGGTGAAGCCCGACTTCTCCACCTGTGCCTCT440CGGCGCTTCCTCTTTGGGGTTCTGTTCGCCATCTGCTTCT480CTTGTCTGGCGGCTCACGTCTTTGCCCTCAACTTCCTGGC520CCGGAAGAACCACGGGCCCCGGGGCTGGGTGATCTTCACT560GTGGCTCTGCTGCTGACCCTGGTAGAGGTCATCATCAATA600CAGAGTGGCTGATCATCACCCTGGTTCGGGGCAGTGGCGA640GGGCGGCCCTCAGGGCAACAGCAGCGCAGGCTGGGCCGTG680GCCTCCCCCTGTGCCATCGCCAACATGGACTTTGTCATGG720CACTCATCTACGTCATGCTGCTGCTGCTGGGTGCCTTCCT760GGGGGCCTGGCCCGCCCTGTGTGGCCGCTACAAGCGCTGG800CGTAAGCATGGGGTCTTTGTGCTCCTCACCACAGCCACCT840CCGTTGCCATATGGGTGGTGTGGATCGTCATGTATACTTA880CGGCAACAAGCAGCACAACAGTCCCACCTGGGATGACCCC920ACGCTGGCCATCGCCCTCGCCGCCAATGCCTGGGCCTTCG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。