基因總覽
GPR137B(G protein-coupled receptor 137B)是蛋白質編碼基因,產物為 GPR137 family 的膜蛋白。其蛋白質長 399 個胺基酸,具有七段跨膜螺旋,並含有朝向膜腔與細胞質的區段;N 端部分區域被註記為無序。這些拓撲特徵符合其作為溶酶體整合膜蛋白的性質。現有資料指出,GPR137B 的主要角色與溶酶體中的訊號調控及細胞內膜系統功能相關;其具體分子作用方式與生物學過程另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000366592 ★ | 236,142,539–236,208,907 | 7 |
| ENST00000972103 | 236,142,148–236,213,525 | 8 |
| ENST00000889782 | 236,142,436–236,210,681 | 5 |
| ENST00000889783 | 236,142,436–236,210,277 | 8 |
| ENST00000889784 | 236,142,436–236,208,906 | 6 |
| ENST00000889785 | 236,142,436–236,208,907 | 6 |
| ENST00000889786 | 236,142,436–236,208,907 | 8 |
| ENST00000972104 | 236,142,436–236,210,331 | 7 |
| ENST00000972105 | 236,142,436–236,208,904 | 4 |
| ENST00001007807 | 236,142,436–236,210,276 | 7 |
| ENST00001108337 | 236,142,436–236,186,156 | 5 |
| ENST00001108338 | 236,142,436–236,180,243 | 4 |
顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
GPR137B 是溶酶體整合膜蛋白,參與調節 mTORC1 的定位與活性。mTORC1 是促進細胞生長的訊號複合體,其反應與生長因子、能量狀態及胺基酸有關。GPR137B 透過與 Rag GTPases 互作,提高 Rag GTPases 在溶酶體的定位與活性,進而調節 mTORC1 移至溶酶體及其在該處的活性。這些資料將 GPR137B 的作用連結到溶酶體上的訊號調控,但未進一步說明其如何感知或整合上述各類訊號。
GPR137B 也參與溶酶體形態與自噬的調控。現有資料未具體描述溶酶體形態改變的方向或自噬受調節的分子步驟,因此不宜據此推定其作用是促進或抑制自噬,也無法判定這些作用與 mTORC1 調節之間的先後或因果關係。
此外,依相似性推定,GPR137B 可能是破骨細胞活性的負向調節因子,並可能參與 interleukin-4 誘導的 M2 巨噬細胞極化。這兩項功能屬於相似性推論,證據性質不同於前述有 PubMed 文獻支持的溶酶體功能;可據此指出其可能涉及骨吸收相關細胞及巨噬細胞狀態,但不能視為已確立的作用機制。
Promoter 與基因調控
>GPR137B ENST00000366592 GRCh38 chr1:236141539-236142639 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTCGGGTGGCGGGGACAGACCCTCCTTCGGCATGGGTTGGATCGGACAAGGGGGGCCGTGTGCCGTCAGC TGCCCCACTTCTCTCTGAAGCCCAGTGGGCTCCATCCACTGACCCGCGGCCCGCGCGCCTCCCGGCACCG GCTACATCGCTGGGAGGTGAGGCGCTGGGAGCGCGTGAGGCTCTCCGGGAGAAAACAGCCCAGCTTGCAT CCCAGAGGAGGCAGCAGCCGCAGGCACCGTCTATTTCCTCACTCAGTATACAAATTTGACCTCAAAAATA CGAACCCTGTCTTTGGCATGTCTGCATTTAGAAATAAACATCATTCCAGACGCCGGCCAGTTCATAGCCA CAGAGTCGTAAAGTTTTATTTTTAAAGGGGGGGACGGAAAGGACTTGTAAAGTTTTTTTTTTAAATTTGT TTTTAAATAAAGGAATTAACTTCTGCAAAACAAGCAATCAGCAGCAGAATGCGCGAGGCCACGAGTGCGA TCCCCCGAGGCGCGGGGCGCGGCTGGGAAGTTTTGGGGGCGCGCGGCGCGGTGCCGGGACCGGGGAGGAG GCGCGCGGTTCTGGGGGCGCGCAGTGCGGGAGCGCGCGGCCCCGGGGATGGGGAAGGGGCCGGGGACGGG TAGCGCGCGGCCCCTGGGATGGGGAGGGGGCGGGAAGGGGGGAAGAGACGCGGGGCTCTGGGGGCCCGCA GTCTGGGAGCGCGCGGCCCCGGGGATGGGGAGGGGGCCGGGAGGAGGCGTGCGGCTCTGGGGGCGCGCAC TGCGGGAGCGCGCGGTGGCGAGGATAGGGCGGGCCGGGGTTCGCGGGGCGAAGGCGCGCGGTGCCCGGGG GAGGGCGGGCCGGGGCGCGCGGGCCGGGGCGGGGGCGCGCGGGCCGGGGCGGGGGCGCGCGGGGCCGGTC GGCGCGCGGGGGCGGCGGGCGCGGCGCTGCCAATCGCAGACAAAGGCCGTCCCAGTGAATCATGTGGTGC CGGGGGAGGAAGTGCGGCTTGTTTTCTTTCCTCCAGTCTCGGGGCTGCAGGCTGAGCGCGATGCGCGGAG ACCCCCGCGGGGGCGGCGGCGGCCGTGAGCCCCGATGAGGCCCGAGCGTCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| GPR137B_1 ↗ | 1:236,142,553 | 正股 | 236,142,504–236,142,563 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_543JLZW · CTCF_binding_site · 236137650–236137671 · regulatory
ENSR1_95GPMR · enhancer · 236140758–236141048 · regulatory
ENSR1_95GPN7 · promoter · 236142049–236142549 · regulatory
ENSR1_B3PTCG · enhancer · 236144579–236145152 · regulatory
ENSR1_543JN8L · CTCF_binding_site · 236144930–236144951 · regulatory
ENSR1_543JN99 · CTCF_binding_site · 236145072–236145093 · regulatory
· motif · 236137652–236137668 · motif
· motif · 236141058–236141069 · motif
· motif · 236142404–236142417 · motif
· motif · 236142424–236142437 · motif
· motif · 236142434–236142447 · motif
· motif · 236142451–236142464 · motif
· motif · 236142592–236142605 · motif
· motif · 236142598–236142611 · motif
· motif · 236142709–236142722 · motif
· motif · 236142719–236142726 · motif
· motif · 236142860–236142873 · motif
· motif · 236143116–236143129 · motif
· motif · 236143190–236143205 · motif
· motif · 236143387–236143400 · motif
· motif · 236143387–236143400 · motif
· motif · 236143702–236143713 · motif
· motif · 236144597–236144608 · motif
· motif · 236144821–236144832 · motif
· motif · 236144932–236144948 · motif
· motif · 236144954–236144965 · motif
· motif · 236145074–236145090 · motif
· motif · 236145577–236145592 · motif
· motif · 236145582–236145594 · motif
· motif · 236145585–236145600 · motif
· motif · 236145754–236145769 · motif
· motif · 236145783–236145798 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:399 aa
GPR137B 蛋白長 399 個胺基酸,屬於 GPR137 family,具有七段跨膜螺旋。其膜拓撲包含交替朝向膜腔與細胞質的區段,C 端為細胞質側區域;N 端第 1 至 22 個胺基酸另註記為無序區。資料未提供其他功能區域或結構域註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
GPR137B 是多次穿膜蛋白,定位於溶酶體膜。 胺基酸刺激後,GPR137B 與 MTOR 在溶酶體中共定位;資料未提供不同異構型的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- TRIM32Q13049 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- USP20Q9Y2K6 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- USP33Q8TEY7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
GPR137B 與 RRAGA 互作,並提高 RRAGA 被募集至溶酶體的程度。GPR137B 也與 MTOR 互作,而此互作對胺基酸具有敏感性。資料支持這些分子互作及 RRAGA 募集關係,未指出 GPR137B 與上述分子構成特定複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | GPR137B 是溶酶體整合膜蛋白,可調節 mTORC1 的定位與活性;mTORC1 會依生長因子、能量狀態及胺基酸促進細胞生長。GPR137B 與 Rag GTPases 互作,增加其在溶酶體的定位與活性,並藉此調節 mTORC1 移至溶酶體及其活性;也參與溶酶體形態與自噬的調控。 | 含實驗來源 | 證據與來源Lysosomal integral membrane protein that regulates the localization and activity of mTORC1, a signaling complex promoting cell growth in response to growth factors, energy levels, and amino acids. Interacts with Rag GTPases and increases the lysosomal localization and activity of Rag GTPases and thereby regulates mTORC1 translocation and activity in lysosome. Involved in the regulation of lysosomal morphology and autophagy PMID 31036939 ↗ |
| 功能 | 依相似性推定,GPR137B 可能負向調節破骨細胞活性,也可能參與 interleukin-4 誘導的 M2 巨噬細胞極化;這些功能屬於推論,並非已確立的直接證據。 | 推論支持 | 證據與來源Also acts as a negative regulator of osteoclast activity (By similarity). Involved in interleukin-4-induced M2 macrophage polarization (By similarity) |
| 交互作用 | GPR137B 與 RRAGA 互作,並增加 RRAGA 被募集至溶酶體的程度;它也與 MTOR 互作,且此互作會受到胺基酸影響。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interaction with RRAGA; increases RRAGA recruitment to lysosomes. Interacts with MTOR; this interaction is amino acid sensitive PMID 31036939 ↗ |
| 細胞定位 | GPR137B 是多次穿膜蛋白,定位於溶酶體膜;胺基酸刺激後,GPR137B 與 MTOR 在溶酶體中共定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Lysosome membrane / Multi-pass membrane protein; Colocalized with MTOR in lysosome after amino acid stimulation PMID 22729905 ↗ · PMID 31036939 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTTTTCTTTCCTCCAGTCTCGGGGCTGCAGGCTGAGCGCG40ATGCGCGGAGACCCCCGCGGGGGCGGCGGCGGCCGTGAGC80CCCGATGAGGCCCGAGCGTCCCCGGCCGCGCGGCAGCGCC120CCCGGCCCGATGGAGACCCCGCCGTGGGACCCAGCCCGCA160ACGACTCGCTGCCGCCCACGCTGACCCCGGCCGTGCCCCC200CTACGTGAAGCTTGGCCTCACCGTCGTCTACACCGTGTTC240TACGCGCTGCTCTTCGTGTTCATCTACGTGCAGCTCTGGC280TGGTGCTGCGTTACCGCCACAAGCGGCTCAGCTACCAGAG320CGTCTTCCTCTTTCTCTGCCTCTTCTGGGCCTCCCTGCGG360ACCGTCCTCTTCTCCTTCTACTTCAAAGACTTCGTGGCGG400CCAATTCGCTCAGCCCCTTCGTCTTCTGGCTGCTCTACTG440CTTCCCTGTGTGCCTGCAGTTTTTCACCCTCACGCTGATG480AACTTGTACTTCACGCAGGTGATTTTCAAAGCCAAGTCAA520AATATTCTCCAGAATTACTCAAATACCGGTTGCCCCTCTA560CCTGGCCTCCCTCTTCATCAGCCTTGTTTTCCTGTTGGTG600AATTTAACCTGTGCTGTGCTGGTAAAGACGGGAAATTGGG640AGAGGAAGGTTATCGTCTCTGTGCGAGTGGCCATTAATGA680CACGCTCTTCGTGCTGTGTGCCGTCTCTCTCTCCATCTGT720CTCTACAAAATCTCTAAGATGTCCTTAGCCAACATTTACT760TGGAGTCCAAGGGCTCCTCCGTGTGTCAAGTGACTGCCAT800CGGTGTCACCGTGATACTGCTTTACACCTCTCGGGCCTGC840TACAACCTGTTCATCCTGTCATTTTCTCAGAACAAGAGCG880TCCATTCCTTTGATTATGACTGGTACAATGTATCAGACCA920GGCAGATTTGAAGAATCAGCTGGGAGATGCTGGATACGTA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。