演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

FSD1MGC3213

fibronectin type III and SPRY domain containing 1

FSD1 編碼 fibronectin type III and SPRY domain containing 1,可能參與微管的組織與穩定;其與微管結合需要先形成寡聚體。

Homo sapiens19p13.3UniProt Q9BTV5
OFFICIAL SYMBOL
FSD1
CHROMOSOME
19
UNIPROT
Q9BTV5
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

FSD1(fibronectin type III and SPRY domain containing 1)是人類的蛋白質編碼基因,其產物為 Fibronectin type III and SPRY domain-containing protein 1。蛋白質全長 496 個胺基酸,含有 COS、Fibronectin type-III 與 B30.2/SPRY 結構域,並有一段被註記為無序區域的序列。這些結構特徵構成其分子架構;來源將其可能的生物學角色與微管相關過程連結,但未提供更廣泛的功能或表現資訊。

Official symbol
FSD1
Gene name
fibronectin type III and SPRY domain containing 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13745
UniProt
Q9BTV5
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
MGC3213MIR1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919p13.3
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25FSD1pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr19:4,304,587–4,323,844
Gene span
19,258 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000221856 ★4,304,598–4,323,83613
ENST000005975904,304,595–4,323,84413
ENST000008599344,304,595–4,323,84412
ENST000009115814,304,595–4,323,84412
ENST000009115824,304,595–4,323,84413
ENST000009115834,304,595–4,323,84412
ENST000009115844,304,595–4,323,84413
ENST000009115854,304,595–4,323,84412
ENST000009115864,304,595–4,323,84413
ENST000009115874,304,595–4,323,84413
ENST000009657574,304,595–4,323,84413
ENST000009657584,304,595–4,323,84411

顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

FSD1 可能參與微管的組織與穩定。此功能描述帶有不確定性,來源未進一步說明其作用於微管的哪個組裝步驟,也未提供足以界定其影響方向或幅度的細節。因此,現有資訊支持將 FSD1 視為可能與微管結構維持相關的蛋白質,但不宜將此關係擴大解讀為已確立的調控機制。

FSD1 與微管的結合依賴寡聚化:蛋白質形成寡聚體是其結合微管所需的條件。這指出分子組裝狀態與微管結合能力相關,但來源沒有說明寡聚體的組成、形成方式,或此結合如何具體影響微管的組織與穩定。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 4304598 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>FSD1 ENST00000221856 GRCh38 chr19:4303598-4304698 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CAGGAGAACCGCTTGAGCCCAGGAGTTGGAGGCTGCAGTAAGCCATGATTGCGCCCCGTTACTCCAGCCT
GGGCAACAGAGTGAGTCCGTCTCTAAAAAAAAATAATAATAATAATTTAAAAAATCTTCCTTTGAGGTTC
AGAGAAATAGATTTCTGTTGATAACTTTGGGTCCTATTACATGACCTGCTTGGGGGTCCCGTGGAGGAGG
TTCATGGGCTCTCGAGTTCCTCCCAGCCCTGCATCCCTCACCCCTGATTCTGTAGTGCATTCTGGGAGGA
GGTGGCGAACCCACAGACCTCAATGTCTCAGACCCAACTGCAGAGTGACCTCCTTTCTCACTCGGACCTA
GAAGGCCTGCATCGTACACAGCGTTCCCCTCCACCACAGGGAGGTTCTGCGGTGGCTATGCCTGCACCTC
CCCTGCAGACACGTACACCCGCCCAGCCTCCCCTACCCACTCCTTCCCCTCCCCAGAACATTCTGAAGCT
CCACCCTTCCCCCCACCGTCTGCTGAGGGACCCTGGATAGATTAGCCCCCAGGTCCTTCCAAAGCTGGAC
CCAGACATTCTTAGCTTCCGCACCTGGGCTGGCACGGAGACTTCTGGAGGAGCTGTTGGAGCCTGGGGCT
TTGTGGGGTGTATAGGAGTTCAGTTGTGACATAGGGACAAATGGAAAGAAGGCACTGGAGGCTAAACACC
CTCTTGGGCAAAAGCCTTAGATTTTCAGTAAATGCCAGGCGGGCTAGACAATTTGAGTAGCAACGGATAA
CCTGTGTGAGTGAACAAGTGGGGAAACTGAGGCACGGGAGCATTAGAGATGATTCTGAGGTCCCACGGCA
GGGCCAGGGGTCGAGCCCCTTGTCTTCTCATCCAAGGCTCTCTCCAGCTCACATATCACCACCAACACCG
CCCAGTGAGCCCCAGGCGCTGGATGTGAGGGCTCTGGGCGAGGCCAGCGCGGAACTACATTTCCCAGGCG
GCCGCGGCGGGTGCGCCTGCGCAATGCGCGCGGTGATGGAGCGCTAACCGGGGGCGCGGCGGCGGCGAGG
GCTCGGCGGGCCATTGGCTACCGGCCGCGGCAAAGGCAGCTTGGGGACCCA
FSD1 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
FSD1_1 ↗19:4,304,660正股4,304,611–4,304,670

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR19_BT3D · enhancer · 4301786–4302374 · regulatory

ENSR19_85F7S · promoter · 4302375–4302521 · regulatory

ENSR19_93P5H · promoter · 4304252–4304686 · regulatory

ENSR19_93P5L · enhancer · 4304687–4304965 · regulatory

· motif · 4304589–4304600 · motif

· motif · 4304589–4304600 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:496 aa

1 aa496 aa結構域功能區域
依 Q9BTV5 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

FSD1 蛋白質全長為 496 個胺基酸。序列註解包含第 105–162 位的 COS 結構域、第 164–268 位的 Fibronectin type-III 結構域,以及第 268–477 位的 B30.2/SPRY 結構域;第 301–336 位另被預測為無序區域。

結構域COS105–162 aa
結構域Fibronectin type-III164–268 aa
結構域B30.2/SPRY268–477 aa
功能區域Disordered301–336 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9BTV5…

AlphaFold · Q9BTV5

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm, cytoskeleton, microtubule organizing center, centrosome;Nucleus;Cytoplasm;Cleavage furrow

FSD1 的中心體關聯具有細胞週期依賴性:有絲分裂期間不與微管結合,細胞質分裂時則重新與微管相關。 間期時,它位於少數微管亞群的中央區段;細胞質分裂時可見於分裂溝中的部分微管,但不在有絲分裂紡錘體上。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

未繪示構造:Cleavage furrow。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
MGC3213FSD1
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

FSD1 的寡聚化是其結合微管所必需的條件,顯示蛋白質組裝狀態與微管結合相關;來源未提供特定結合夥伴或寡聚體組成的資訊。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能FSD1 可能參與微管的組織與穩定;此描述表示其功能仍具不確定性,來源未進一步界定作用機制或具體影響。含實驗來源
證據與來源

May be involved in microtubule organization and stabilization

PMID 12154070 ↗ · PMID 12445389 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用FSD1 需要先形成寡聚體,才能與微管結合;來源未說明寡聚體的組成或形成方式。資料庫紀錄
證據與來源

Oligomerization is required for binding to microtubules

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位FSD1 在不同細胞週期階段呈現不同的微管關聯:有絲分裂時不與微管結合,細胞質分裂時重新結合。間期時位於少數微管亞群的中央區段,細胞質分裂時則位於分裂溝中的部分微管,且不在有絲分裂紡錘體上;其與中心體的關聯也隨細胞週期改變。資料庫紀錄
證據與來源

Cytoplasm, cytoskeleton, microtubule organizing center, centrosome; Nucleus; Cytoplasm; Cleavage furrow; Cell-cycle-dependent association with the centrosome. Colocalizes with a subpopulation of microtubules. Does not associate with microtubules during mitosis but reassociates with microtubules during cytokinesis. Localizes to the central portions of a small subset of microtubules in interphase cells and a subpopulation of microtubules in the cleavage furrow, not present in the mitotic spindle

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000221856 · 1,833 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1GCAATGCGCGCGGTGATGGAGCGCTAACCGGGGGCGCGGC40
41GGCGGCGAGGGCTCGGCGGGCCATTGGCTACCGGCCGCGG80
81CAAAGGCAGCTTGGGGACCCAGCGTGCGCGGGGCCCGCGG120
121GCCGGGCCGGGGTGACCTGGGCTGCAGCCATGGAAGAACA160
161GAGGGAGGCCCTGAGGAAGATCATCAAAACACTGGCTGTG200
201AAGAATGAAGAAATTCAGAGCTTTATCTACTCCCTGAAAC240
241AGATGCTGCTGAACGTGGAGGCGAACTCGGCGAAGGTGCA280
281GGAGGACCTCGAAGCAGAGTTCCAGTCCCTCTTCTCCCTC320
321CTGGAGGAGCTGAAAGAAGGCATGCTTATGAAGATAAAAC360
361AGGACCGTGCCAGCCGTACCTACGAGCTGCAGAACCAGCT400
401GGCTGCCTGCACGCGGGCCCTGGAGAGCTCCGAGGAGCTT440
441CTGGAGACAGCCAACCAGACTCTGCAGGCCATGGACAGCG480
481AGGACTTTCCTCAGGCTGCCAAGCAAATCAAAGATGGAGT520
521GACCATGGCCCCTGCCTTCCGGCTATCATTGAAAGCGAAG560
561GTCAGTGACAACATGAGTCACCTCATGGTGGACTTCGCGC600
601AAGAGCGGCAGATGCTACAGGCACTCAAGTTCCTGCCTGT640
641GCCCAGCGCACCCGTGATCGACCTGGCTGAGTCCCTGGTG680
681GCAGATAACTGTGTGACCCTGGTGTGGCGCATGCCGGATG720
721AGGACAGCAAGATTGACCACTACGTGCTGGAGTACCGGCG760
761GACCAACTTCGAGGGCCCGCCCCGCCTCAAGGAGGACCAG800
801CCCTGGATGGTCATCGAGGGCATCCGGCAGACAGAGTACA840
841CCCTGACAGGTCTCAAGTTTGACATGAAATACATGAACTT880
881CCGTGTGAAGGCCTGTAACAAGGCAGTTGCAGGAGAGTTC920
921TCTGAGCCGGTGACTCTGGAGACACCAGCGTTCATGTTCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。