演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

FBXW4P1FBW3

F-box and WD repeat domain containing 4 pseudogene 1

FBXW4P1 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens22q11.23
OFFICIAL SYMBOL
FBXW4P1
CHROMOSOME
22
LOCUS TYPE
processed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

FBXW4P1 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 F-box and WD repeat domain containing 4 pseudogene 1。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 22q11.23。

Official symbol
FBXW4P1
Gene name
F-box and WD repeat domain containing 4 pseudogene 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:13609
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
FBW3FBXW3SHFM3P1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2222q11.23
chr22 · 50,818,468 bp · GRCh38chr22p13 · 1–4300000 · gvarchr22p12 · 4300001–9400000 · stalkchr22p11.2 · 9400001–13700000 · gvarchr22p11.1 · 13700001–15000000 · acenchr22q11.1 · 15000001–17400000 · acenchr22q11.21 · 17400001–21700000 · gnegchr22q11.22 · 21700001–23100000 · gpos25chr22q11.23 · 23100001–25500000 · gnegchr22q12.1 · 25500001–29200000 · gpos50chr22q12.2 · 29200001–31800000 · gnegchr22q12.3 · 31800001–37200000 · gpos50chr22q13.1 · 37200001–40600000 · gnegchr22q13.2 · 40600001–43800000 · gpos50chr22q13.31 · 43800001–48100000 · gnegchr22q13.32 · 48100001–49100000 · gpos50chr22q13.33 · 49100001–50818468 · gnegFBXW4P1pq1 bp50,818,468 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr22:23,262,767–23,265,005
Gene span
2,239 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000426721 ★23,262,767–23,265,0051

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 23262767 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>FBXW4P1 ENST00000426721 GRCh38 chr22:23261767-23262867 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TAGTTATTTTTAAAAAGAGATGGGGACTTACTACGTTGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCTATTCACAGGC
GCAATTCCACTGCTCATCAGCACGGGAGTTTTGACCTCCTTCCTTTCCAACCTTGGCTGTTTCACTCCTT
CTTAGGCAAACTGATGGTTCCCGACTCCTGGGAGGTCACCATATTGATGCCAAACTTAGTGTGTAGTGCA
CTACAGCCCAGAACTCCTGACTGAAGCCATCCTCCGGCCTCAGCCTTCCGCGTAGCTGGGGCTATAGGTG
CACGCCACCACACCCTGTGTGTGGCTGGGACTACAGGTGCACGCCATCACACCCTGTGTGCGCCATCACA
CCCTGTGTGCACCATCACACCCTGTGTGCACACACTTTCCCTAAAGCAGGCTTCCTCCGCTGGGAAACAA
GTCCTCTAGGGGCAGGTGTGGCCAGAGGCCAGGCCCCCCTCTAAGTGTGAAGAGCATGTGATTCCTTAAA
AGCCCTTCCCCCAGCACTTCTGGACTACCGAGACACACAGCTCTGGCCTCGGGCCTCCCCTTGGCTGGTG
CTGGGGGCTGAGTTTTCTGCTCTGAGGTGTGGCTTTCCTGTAGGGGGACCCCTCCCTCTGCCACCCTGTG
CTGCAGACCCCCAGACTCCAGGCCAGAGCTAAGGCTTGAGGAACACAGAAGGCACTTAATTTGTTCCAGT
TCTTGCTCCCTGGGGCTCTTTCCCCCATGGCCAGAGAGCAGGAGGCTGTATTTTGATACATGCTGCCCCC
TCCATCTTTGAAGCCCCCCCACCCCCGTTTCTCCGTGTGTGTGTCAGCAGTTTTAAACCTAGTGGAGGGT
GGTGGCTCGGGCTGGGCTCCGCGTCGGGCTGCCCCGCAGCTGCTCTTGGGCAGCCAGGGCCGCTGGGTGT
GGGGCCGCCGGGAATGGCGGGCCCGGGTGAGGGCGGGCCCGGGTGAGGGCGGGGGCGGAGAGGCGAAGAA
GCTGCAGGAAGGGAGGGTGACGAGGGGGAAGCGAAGGAAGGGGAAGAGGAAGGGAAAAGCGAGCGAGAGG
GGCAAGGCGGAAGAGGAAGCAGGGCGGAAGGGAAGCCCGGGCCGCAGACGG
FBXW4P1 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR22_9C89H · enhancer · 23260405–23260717 · regulatory

ENSR22_B6LML · enhancer · 23262592–23263431 · regulatory

ENSR22_C4BBW · enhancer · 23263849–23264874 · regulatory

ENSR22_73CXB7 · enhancer · 23265051–23265169 · regulatory

· motif · 23261400–23261414 · motif

· motif · 23261400–23261414 · motif

· motif · 23261407–23261418 · motif

· motif · 23262820–23262831 · motif

· motif · 23262933–23262944 · motif

· motif · 23264872–23264885 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

FBXW4P1 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000426721 ★processed_pseudogene2,239 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000426721 · 2,239 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1CGAGGGGGAAGCGAAGGAAGGGGAAGAGGAAGGGAAAAGC40
41GAGCGAGAGGGGCAAGGCGGAAGAGGAAGCAGGGCGGAAG80
81GGAAGCCCGGGCCGCAGACGGCGAAGGAGGCAGCGGGCCG120
121GGGGCTGAGGCGGGAGCGAGGACACGCCCAAGAGAGGAAG160
161CAGAGGGAGGCGGAAGCGTGGAGGAAGGGGCGAGAGGCAT200
201CATCAAAGGAGATGAGGGGAGCGTAGGGGCCGGGAAAGAG240
241GCACAAGGAAGAAAGTATGGGAAGGAGGAATGGAGGGTCA280
281GGGCTAGGCGGCGGGAGGGCGCCAGGCCGGGAAGAGTACA320
321AGGACAAGGAGGTCAGGTTTGGGCCTACATCCCGGGGACA360
361GGGGCGGCCATGGCGGCGGCAGCCAGGGAGGAGGAGGAGG400
401AGGCGGCTCGGGAGTCAGCCGCCTGCCCGGCTGCGGGGCC440
441AGCGCTCTGGCGCCTGCCGGAAGTGCTGCTGCTGCACATG480
481TGCTCCTACCTCGACATGCGGGCCCTCGGCCGCCTGGCCC520
521AGGTGTACCGCTGGCTGTGGCACTTCACCAACTGCGACCT560
561GCTCCGGCGCCAGATAGCCTGGGCCTCGCTCAACTCCGGC600
601TTCACGCGGCTCGGCACCAACCTGATGACCAGTGTCCCAG640
641TGAAGGTGTCTCAGAACTGGATAGTGGGGTGCTGCCGAGA680
681GGGGATTCTGCTGAAGTGGAGATGCAGTCAGATGCCCTGG720
721ATGCAGCTAGAGGATGATGCTTTGTACATATCCCAGGCTA760
761ATTTCATCCTGGCCTACCAGTTCCGTCCAGATGGTGCCAG800
801CTTGAACCGTCAGCCTCTGGGAGTCTGCTGGGCATGATGA840
841GGACGTTTGCCACTTTGTGCTGGCCACCTCGCATATTGTC880
881AGTGCAGGAGGAGATGGGAAGATTGGCCTTGGTAAGATTC920
921ACAGCACCTTCGCTGCCAAGTACTGGGCTCATGAACAGGA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。