基因總覽
FBXW11（F-box and WD repeat domain containing 11）是蛋白質編碼基因，其產物為 F-box and WD repeat domain containing 11。此蛋白是 F-box 蛋白家族成員，也是 SCF（SKP1-CUL1-F-box protein）E3 ubiquitin-protein ligase complex 的底物辨識成分。蛋白質具有 F-box 區域與多個 WD repeat，另含有同源二聚化區域；這些結構特徵構成其參與 SCF 複合體及辨識底物的基礎。來源所述的主要角色，是協助複合體選取目標蛋白，將其導向 ubiquitination 和後續降解。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000517395 ★ | 171,861,549–172,006,638 | 14 |
| ENST00000296933 | 171,861,461–172,006,907 | 13 |
| ENST00000265094 | 171,861,461–172,006,907 | 13 |
| ENST00000393802 | 171,861,461–172,006,907 | 12 |
| ENST00000873745 | 171,861,461–172,006,907 | 11 |
| ENST00000940681 | 171,861,461–172,006,907 | 12 |
| ENST00000940682 | 171,861,461–172,006,907 | 13 |
| ENST00000940683 | 171,861,461–172,006,907 | 12 |
| ENST00000962350 | 171,861,461–172,006,907 | 13 |
| ENST00000962351 | 171,861,461–172,006,907 | 13 |
| ENST00001138893 | 171,861,461–172,006,638 | 14 |
| ENST00000873746 | 171,861,712–172,006,907 | 13 |
顯示 12/22 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
FBXW11 是 SCF E3 ubiquitin-protein ligase complex 的底物辨識成分。它可能辨識並結合已磷酸化的目標蛋白；底物結合需要其 destruction motif D-S-G-X(2,3,4)-S 中兩個 serine 殘基發生磷酸化。SCF(FBXW11) 接著促進目標蛋白的 ubiquitination，並可使其經 proteasome 降解。此作用方式將特定底物的磷酸化狀態連結至蛋白質穩定性調控。
在 Wnt 訊息調控中，SCF(FBXW11) 促進已磷酸化 CTNNB1 的 ubiquitination。它也參與 NF-kappa-B 活化：複合體使已磷酸化的 NFKBIA ubiquitination，促使其經 proteasome 降解，讓與其相關的 NF-kappa-B 複合體得以移入細胞核並活化轉錄。此外，SCF(FBXW11) 會使 NFKB1 的 p105 形式 ubiquitination 並降解，藉此調節 NF-kappa-B。
其底物與作用情境還包括 IFNAR1、CEP68、RCAN1、CDC25A、PER1、PER2、CYTH1，以及可能的 CYTH2。CEP68 的 ubiquitination 是有絲分裂期間中心粒分離所必需；在氧化壓力下，FBXW11 參與 RCAN1 的 ubiquitin-mediated 減少。電離輻射可誘導 S 期細胞中的 CDC25A 降解，因此 FBXW11 可能參與 S 期內檢查點。對已磷酸化 PER1 和 PER2 的降解，則使其參與時鐘依賴性轉錄控制。
SCF(FBXW11) 亦透過促進已磷酸化 DEPTOR、TFE3 與 MITF 的 ubiquitination 及 proteasomal degradation，調節 mTORC1 訊息傳遞。感染情境下，HIV-1 的 VPU 可利用 FBXW11 使 BST2 多聚泛素化並降低細胞中的 BST2，從而拮抗 BST2 的抗病毒作用。
Promoter 與基因調控
>FBXW11 ENST00000517395 GRCh38 chr5:172006538-172007638 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTTGTTCAACGATCCGTGTCTTCCTGGTGGGATTTGGTTAGAGGGCACGGACAGACCTAAGTTACACAGA GTTGGAGGCTGAGTTCACTAGAAGGAGTCTCCGCTTGTGTGTTCCTTCTTAGCCACTCTTTTGGTTAGTG TCTGTCGTCCCTCCACCAGAATTAAGCTCCATGAGAACAGGAGCCTTGTCTGTCATGTTCAGAGCTGATT CTCAGCGCCTAGAACGGTACGCAGCGGAAGCTGGATGCTTAAAAAATAACCATTTTCTGAACGAATGAAT GAGGGGCTCGATATACGCACGTCCCCTTTAATCTCGCAGCTCCTCGCAGATCGTGTGACATACAGACAGC ACCACAGCACATTTCCCAAAACCCCGTCTTTCCCGAAGAAATCTCGAAACTCTCACTCCTGGGATGCCCA TCCTCTCAGAGCCTCTTCCCCAGGCCGAGCTTCTCTCACTCGCTGGCCCCTTCCCACACCTGAGCCCCAG GTCTATACACCTTCCTAACGCACCTAGAACCCACCTGTCTCCACCATCTGCCCCTACCATCAGACACTGC CGGACGGGCCGCGCAGCTACCTAGGCGTCTAGGGAGCACTGCGGCATGGACCGCGCATGTGCGGAAATGG GTCGCATACGCAGGACCTCCGACAAGTGAGGAGTTGCCTCGGAGTTTCCGTCCCGGTCTGGGCAGCCTTG GGCTGCCAGGAAGTCAAGAGAAGCTAGCCGGAAGGACAACCCGGGCGCACGGCTTTCTGGGACACGTAGT CGTGGCGCTCTCGAGGCCCTGCCATGAGCAAGCTCTTAACTCTTCAGGTCTGCACGTCCTACGCCCACCG TCCAGTGCTACTCTCAGCTCGGAGTTCAGCTTCGGGCTGCCAAGAGCCAGCAACCTGGTGTCAGAGGCTC GGTCCCACAACGCTCTGCGGGCCGCGGCGCCTGCTGGGAGGTGTAGTCCCCGATCTGCGTACTGCGTTCG CCGAGGGGGAGGGCGGAGCTGCCGGCGGCCCGGGCGGGCTGGCAGCTAGAGTGGGTGCGATAGCCGCCTC CGCCTCTGCCGCCTCCGCCGTCGCCTCCTCCGCCCGGGCCGTTCGCTGCTG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FBXW11_1 ↗ | 5:172,006,638 | 負股 | 172,006,628–172,006,687 |
| FBXW11_2 ↗ | 5:172,006,856 | 負股 | 172,006,846–172,006,905 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR5_94J9B8 · enhancer · 172002225–172002649 · regulatory
ENSR5_873JMB · enhancer · 172003832–172004062 · regulatory
ENSR5_CM3SJ · enhancer · 172004649–172006627 · regulatory
ENSR5_7D54DR · promoter · 172006628–172006714 · regulatory
ENSR5_873JNZ · enhancer · 172006715–172006862 · regulatory
ENSR5_94J9CK · promoter · 172006863–172007363 · regulatory
ENSR5_53HGCQ8 · CTCF_binding_site · 172007538–172007559 · regulatory
ENSR5_CM3SQ · enhancer · 172008094–172009212 · regulatory
ENSR5_94J9DJ · enhancer · 172010337–172010639 · regulatory
· motif · 172002566–172002579 · motif
· motif · 172002566–172002579 · motif
· motif · 172003106–172003119 · motif
· motif · 172004972–172004985 · motif
· motif · 172005022–172005035 · motif
· motif · 172005131–172005144 · motif
· motif · 172005365–172005378 · motif
· motif · 172005850–172005865 · motif
· motif · 172005888–172005905 · motif
· motif · 172006445–172006462 · motif
· motif · 172006499–172006509 · motif
· motif · 172006568–172006581 · motif
· motif · 172006583–172006596 · motif
· motif · 172006903–172006912 · motif
· motif · 172006903–172006914 · motif
· motif · 172006903–172006914 · motif
· motif · 172006924–172006935 · motif
· motif · 172007010–172007021 · motif
· motif · 172007016–172007027 · motif
· motif · 172007016–172007027 · motif
· motif · 172007540–172007556 · motif
· motif · 172007618–172007634 · motif
· motif · 172009102–172009112 · motif
FBXW11 的表現受 Wnt/beta-catenin pathway 負向調控；來源未提供此調控的具體條件或分子機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：542 aa
FBXW11 蛋白長 542 個胺基酸，含有位於第 129–167 個胺基酸的 F-box，以及第 238–527 個胺基酸範圍內的七個 WD repeats。其第 67–116 個胺基酸區域被註記為同源二聚化區域 D；該區域註解為相似性推定。
蛋白質三維結構
細胞內定位
FBXW11 的定位資料列出細胞質與細胞核；來源未提供其定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 15 個夥伴
- AMER1Q5JTC6 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- AXIN1O15169 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CTNNB1P35222 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CUL1Q13616 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- FOXN2P32314 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- IFNAR1P17181 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- INAVAQ3KP66 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MDM2Q00987 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NFE2L2Q16236 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- NFKBIAP25963 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NFKBIBQ15653 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RESTQ13127 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SKP1P63208 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- WEE1P30291 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Klf4Q60793 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
FBXW11 可自我結合，並以二聚體形式與 CUL1、SKP1、RBX1 組成 SCF(FBXW11) 複合體。另有互作紀錄指出它與 BST2、USP47、TRIM21、PER3、INAVA 及 REST 互作；這些紀錄本身不代表皆屬於同一複合體。感染相關資料另指出，FBXW11 透過 omegaXaV motif 與 Rift valley fever virus NSs 互作，且此互作與 EIF2AK2/PKR 降解有關。
疾病與遺傳關聯
FBXW11 變異與神經發育、下顎、眼部及手指或腳趾異常症候群（NEDJED）相關。此自體顯性症候群表現不一，可包括輕至重度發展遲緩、語言遲緩、自閉或刻板行為、眼部異常、下顎發育不足或過度，以及短指、彎指、並指或關節攣縮等數位異常。來源將此疾病歸因於影響 FBXW11 的變異，但未提供特定變異或各表現的發生比例。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 8 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | FBXW11 是 SCF E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識成分，可能辨識需在 D-S-G-X(2,3,4)-S motif 的兩個 serine 上磷酸化的底物，並促進其 ubiquitination 與降解。其底物涵蓋 CTNNB1、NFKBIA、NFKB1、IFNAR1、CEP68、RCAN1、CDC25A、PER1、PER2、CYTH1（可能也包括 CYTH2）、DEPTOR、TFE3 與 MITF，涉及多種訊息及細胞過程。 | 含實驗來源 | 證據與來源Substrate recognition component of a SCF (SKP1-CUL1-F-box protein) E3 ubiquitin-protein ligase complex which mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins. Probably recognizes and binds to phosphorylated target proteins: the interaction with substrates requires the phosphorylation of the two serine residues in the substrates' destruction motif D-S-G-X(2,3,4)-S. SCF(FBXW11) mediates the ubiquitination of phosphorylated CTNNB1 and participates in Wnt signaling regulation. SCF(FBXW11) plays a key role in NF-kappa-B activation by mediating ubiquitination of phosphorylated NFKBIA, leading to its degradation by the proteasome, thereby allowing the associated NF-kappa-B complex to translocate into the nucleus and to activate transcription. The SCF(FBXW11) complex also regulates NF-kappa-B by mediating ubiquitination of phosphorylated NFKB1: specifically ubiquitinates the p105 form of NFKB1, leading to its degradation. SCF(FBXW11) mediates the ubiquitination of IFNAR1. SCF(FBXW11) mediates the ubiquitination of CEP68; this is required for centriole separation during mitosis. Involved in the oxidative stress-induced a ubiquitin-mediated decrease in RCAN1. Mediates the degradation of CDC25A induced by ionizing radiation in cells progressing through S phase and thus may function in the intra-S-phase checkpoint. Has an essential role in the control of the clock-dependent transcription via degradation of phosphorylated PER1 and phosphorylated PER2. SCF(FBXW11) mediates the ubiquitination of CYTH1, and probably CYTH2. SCF(FBXW11) acts as a regulator of mTORC1 signaling pathway by catalyzing ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of phosphorylated DEPTOR, TFE3 and MITF PMID 10321728 ↗ · PMID 10437795 ↗ · PMID 10644755 ↗ · PMID 10648623 ↗ · PMID 11158290 ↗ · PMID 14532120 ↗ · PMID 14603323 ↗ · PMID 15337770 ↗ · PMID 15917222 ↗ · PMID 18575781 ↗ · PMID 19966869 ↗ · PMID 20347421 ↗ · PMID 22017875 ↗ · PMID 22017876 ↗ · PMID 25503564 ↗ · PMID 29420262 ↗ · PMID 36608670 ↗ |
| 功能 | 在 HIV-1 感染相關情境中，病毒蛋白 VPU 可利用 FBXW11 促使 BST2 發生多聚泛素化，並降低細胞中的 BST2；此作用有助於 HIV-1 抵消 BST2 的抗病毒效應。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Target of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) protein VPU to polyubiquitinate and deplete BST2 from cells and antagonize its antiviral action PMID 19730691 ↗ |
| 分子活性 | FBXW11 的分子活性註記包括蛋白質修飾，具體涵蓋蛋白質 ubiquitination。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | FBXW11 可自我結合，並與 CUL1、SKP1、RBX1 及 FBXW11 二聚體共同構成 SCF(FBXW11) 複合體。另有互作紀錄列出 BST2、USP47、TRIM21、PER3、INAVA 與 REST；來源未將這些互作一概描述為該複合體的組成成分。 | 含實驗來源 | 證據與來源Self-associates. Component of the SCF(FBXW11) complex formed of CUL1, SKP1, RBX1 and a FBXW11 dimer. Interacts with BST2 and USP47. Interacts with TRIM21. Interacts with PER3. Interacts with INAVA. Interacts with REST PMID 10066435 ↗ · PMID 10437795 ↗ · PMID 10644755 ↗ · PMID 15917222 ↗ · PMID 16880511 ↗ · PMID 18354482 ↗ · PMID 19730691 ↗ · PMID 19966869 ↗ · PMID 22017875 ↗ · PMID 22017876 ↗ · PMID 29420262 ↗ · PMID 36608670 ↗ |
| 交互作用 | 在感染相關情境中，FBXW11 透過 omegaXaV motif 與 Rift valley fever virus NSs 互作；來源指出此互作對 EIF2AK2/PKR 降解具有重要性。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interact with Rift valley fever virus NSs (via omegaXaV motif); this interaction is important for EIF2AK2/PKR degradation PMID 26837067 ↗ |
| 細胞定位 | FBXW11 的細胞內定位資料列為細胞質與細胞核；該資料未描述定位改變的條件或不同異構型之間的差異。 | 推論支持 | |
| 調控 | FBXW11 的表現受到 Wnt/beta-catenin pathway 負向調控；來源沒有進一步說明其調控機制或發生條件。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 影響 FBXW11 的變異與自體顯性 NEDJED 相關，臨床表現可變，包括不同程度的發展及語言遲緩、自閉或刻板行為、眼部異常、下顎發育不足或過度，以及短指、彎指、並指和關節攣縮等數位異常。 | 含實驗來源 | 證據與來源Neurodevelopmental, jaw, eye, and digital syndrome NEDJED An autosomal dominant syndrome characterized by variable features including mild-to-severe developmental delay, speech delay, autistic and/or stereotypical behaviors, ocular anomalies, under- or overdeveloped jaw, and digital anomalies such as brachydactyly, clinodactyly, syndactyly, and contractures. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618914 PMID 31402090 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCTGGCAGCTAGAGTGGGTGCGA40TAGCCGCCTCCGCCTCTGCCGCCTCCGCCGTCGCCTCCTC80CGCCCGGGCCGTTCGCTGCTGCGCGGGGAGAGCGAGGCGG120GGCCGCCGGGGCCGCCATGGAGCCCGACTCGGTGATTGAG160GACAAGACCATCGAGCTCATGTGTTCTGTGCCAAGGTCTT200TGTGGCTAGGCTGCGCCAACCTGGTAGAGAGCATGTGCGC240ACTGAGTTGCCTGCAGAGCATGCCCAGTGTCAGATGTCTC280CAGAACACTTCAGTTATGGAAGATCAAAATGAAGATGAGT320CCCCAAAGAAAAATACTCTTTGGCAGATAAGTAATGGAAC360ATCATCTGTGATCGTCTCCAGAAAGAGGCCATCAGAAGGA400AACTATCAAAAAGAAAAAGACTTGTGTATTAAATATTTTG440ACCAGTGGTCTGAATCAGATCAAGTGGAATTTGTGGAACA480TCTTATTTCACGAATGTGTCATTATCAGCATGGACATATT520AACTCTTACCTGAAGCCCATGTTGCAGCGGGACTTTATTA560CCGCTTTACCAGAGCAAGGCTTAGATCACATAGCAGAAAA600CATTCTTTCGTACCTGGATGCCAGGTCTCTGTGTGCAGCA640GAGCTGGTATGTAAAGAATGGCAGCGAGTGATCTCAGAAG680GAATGCTTTGGAAGAAGCTGATTGAACGAATGGTACGCAC720TGATCCCCTATGGAAAGGACTTTCAGAAAGAAGAGGGTGG760GATCAGTACCTGTTTAAAAACAGACCCACAGATGGCCCTC800CAAATTCATTTTATAGGTCATTATACCCAAAGATTATCCA840GGATATAGAGACTATAGAATCTAACTGGCGGTGTGGACGA880CACAACTTGCAGAGGATTCAGTGCCGCTCTGAAAATAGTA920AAGGTGTCTACTGTTTACAGTACGATGATGAAAAAATTAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。