演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

FBXW10SM2SH2

F-box and WD repeat domain containing 10

FBXW10 編碼 F-box and WD repeat domain containing 10,可能作為 SCF 型 E3 ubiquitin ligase 的受質辨識成分;過度表現時會促使 CBX5 與 CBX1 降解。

Homo sapiens17p11.2UniProt Q5XX13
OFFICIAL SYMBOL
FBXW10
CHROMOSOME
17
UNIPROT
Q5XX13
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

FBXW10 是位於人類第 17 號染色體的蛋白質編碼基因,產物為 F-box and WD repeat domain containing 10。其蛋白質具有 F-box 與多個 WD 重複序列,屬於帶有這兩類結構特徵的蛋白質。來源將 FBXW10 描述為 SCF 型 E3 ubiquitin ligase 複合體可能的受質辨識成分;因此,其基本角色與複合體辨識目標蛋白質相關。現有資料提供了這項可能功能及過度表現的觀察,但未進一步說明其正常生理情境或其他作用。

Official symbol
FBXW10
Gene name
F-box and WD repeat domain containing 10
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:1211
UniProt
Q5XX13
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SM2SH2HREPFbw10C17orf1C17orf1A

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1717p11.2
chr17 · 83,257,441 bp · GRCh38chr17p13.3 · 1–3400000 · gnegchr17p13.2 · 3400001–6500000 · gpos50chr17p13.1 · 6500001–10800000 · gnegchr17p12 · 10800001–16100000 · gpos75chr17p11.2 · 16100001–22700000 · gnegchr17p11.1 · 22700001–25100000 · acenchr17q11.1 · 25100001–27400000 · acenchr17q11.2 · 27400001–33500000 · gnegchr17q12 · 33500001–39800000 · gpos50chr17q21.1 · 39800001–40200000 · gnegchr17q21.2 · 40200001–42800000 · gpos25chr17q21.31 · 42800001–46800000 · gnegchr17q21.32 · 46800001–49300000 · gpos25chr17q21.33 · 49300001–52100000 · gnegchr17q22 · 52100001–59500000 · gpos75chr17q23.1 · 59500001–60200000 · gnegchr17q23.2 · 60200001–63100000 · gpos75chr17q23.3 · 63100001–64600000 · gnegchr17q24.1 · 64600001–66200000 · gpos50chr17q24.2 · 66200001–69100000 · gnegchr17q24.3 · 69100001–72900000 · gpos75chr17q25.1 · 72900001–76800000 · gnegchr17q25.2 · 76800001–77200000 · gpos25chr17q25.3 · 77200001–83257441 · gnegFBXW10pq1 bp83,257,441 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr17:18,744,026–18,779,349
Gene span
35,324 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000395665 ★18,744,054–18,779,34914
ENST0000030879918,744,026–18,779,34912
ENST0000030193818,744,026–18,779,34913
ENST0000113472018,744,026–18,779,34914

顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

FBXW10 被描述為 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體中可能的受質辨識成分。此類複合體會促進目標蛋白質的 ubiquitination,並使其後續遭 proteasome 降解;來源因此將 FBXW10 的可能作用連結至目標蛋白質的辨識,以及其進入降解途徑的過程。不過,原始描述使用「可能」限定其複合體角色,並未提供 FBXW10 如何辨識特定受質的細節。

實驗敘述指出,FBXW10 過度表現會導致 CBX5 與 CBX1 降解。這項結果支持 FBXW10 增加時,這兩種蛋白質的降解與之相關;但資料沒有列出其他受質,也未說明此效應是否代表內源性 FBXW10 在正常條件下的作用。因此,CBX5 與 CBX1 應視為該過度表現觀察中被報告的目標,而不宜據此推廣至所有情境。

這些資訊將 FBXW10 的可能功能定位在 SCF 型 E3 ubiquitin ligase 相關的蛋白質周轉:受質辨識與 ubiquitination 相連,並可接續 proteasomal degradation。來源沒有提供對細胞或生理過程影響的進一步結果,也未說明複合體組成、辨識條件或其他調控機制;因此,相關生物學意義應限於其可能參與目標蛋白質降解,以及過度表現時 CBX5、CBX1 降解增加這兩項描述。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 18744054 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>FBXW10 ENST00000395665 GRCh38 chr17:18743054-18744154 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AAGAGTCTGCTTCGGGCCTCCCTTCTCTTTGCCACCCTCCTTTGTCTGGCCTTCCCGATTAATTAAATAT
TAATCTACTCATGCCTTTTCTCCAGATTCCTCTTCAGACAGAAGAGGTTGAGCTGTGAGAACTGATCTCA
TTCTTAACCTGATTCTTATTCCCCATTCTGACCCTAGTATGTGACTGCCATTGCCAACAAAACCCCAGCG
ATGGACTCCATTACCTTTCTCTGGTTGTGCCTGGTCTTTCAACATGGGCATTAGAAAGGCACACAATATT
GCAAACCTTTTGATTTTATCTAGGGTAATAATACTTAGTAACAGTAACAATAGCAGCAACAACTGATCTC
ATATATTTAATGCAATCCTAGAAGGTAGTTATCATTTTTATTACCCACCTTTATCTTCTCCATCCTCATA
ACTAGGATGGAGACACTGAGGCTCAGAGAGGACAGGTTGCCTGCTCGAGACCATATAGCTCCTAAGTACC
AGAGTCAATGTTTGAACCGAGTCTTACCTGCAGTAGGAGAATTATCTCAGCATGACTTTGAAACTCTTTC
TGTGAGCTGCCCAATATGTTTTGCCTGGGCCCTTTGACTACAGTGAGATTTCTGGTTAGTATTGTGAAGC
AGTTAAATAACTTAAATTTACATTAAACATTTCTGGTTTTACTTTGATGATGACTTAAGAAAATGAATAT
AAACATATTTAGCATCATTGGGATAGCCAGTTTGTAACTGAACAGATATAAACATAAGAAGTTTGCATCT
TATTTTATATTCATGAATATTCAGAAGCCATATATAACAACAATAATTAAAGTGCAATACCAGTAATAGT
CCACATATTACTTAAATTTGACTAACAGTATTCTTGTTGTTCTAGAAATGAGATGACCAGCTCTTTCAGA
ATATACAGCAACTGCCTCCACATAAAGCAGTGCCAGGTTTAGGAGATTTACGGTAAAGCCATGTTTCCAA
GGAGGTCTGTACAAAAAGCCAGACTTCTGCTGGCAGTTACTGAGAGAGATAGGCTTTCCATCCATGGCAG
CCATTTACTTTTGCTCTGGGAGACGTTTGTAATAGAAAAGGCACAACTGGG
FBXW10 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
FBXW10_1 ↗17:18,744,054正股18,744,005–18,744,064

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR17_8JTMS · enhancer · 18739747–18739940 · regulatory

ENSR17_8JTNQ · enhancer · 18741375–18741543 · regulatory

ENSR17_8JTQ7 · promoter · 18743889–18744085 · regulatory

ENSR17_56F334 · CTCF_binding_site · 18744270–18744291 · regulatory

· motif · 18744272–18744288 · motif

資料指出,致病性 laminin A 突變體也會誘導 CBX5 與 CBX1 的 proteasomal degradation。這描述的是突變體與兩種蛋白質降解之間的關聯,未說明 FBXW10 是否介入該誘導過程。

序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:1052 aa

1 aa1052 aa結構域功能區域重複區
依 Q5XX13 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

FBXW10 蛋白質長 1,052 個胺基酸,具有一個位於第 276–323 位的 F-box 結構域,以及七段 WD 重複序列,分布於第 169–206 位與第 409–652 位。另有一段由第 766–805 位標註為無序區域;該區域的註解來自序列預測資料。

重複區WD 1169–206 aa
結構域F-box276–323 aa
重複區WD 2409–447 aa
重複區WD 3451–490 aa
重複區WD 4493–532 aa
重複區WD 5534–569 aa
重複區WD 6572–609 aa
重複區WD 7611–652 aa
功能區域Disordered766–805 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q5XX13…

AlphaFold · Q5XX13

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SM2SH2FBXW10
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能FBXW10 可能是 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體的受質辨識成分;此複合體促使目標蛋白質 ubiquitination,並進一步經 proteasome 降解。過度表現 FBXW10 會導致 CBX5 與 CBX1 降解。含實驗來源
證據與來源

Probable substrate-recognition component of a SCF (SKP1-CUL1-F-box protein)-type E3 ubiquitin ligase complex which mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins. Overexpression is leading to degradation of CBX5 and CBX1

PMID 20498703 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

調控致病性 laminin A 突變體也會誘導 CBX5 與 CBX1 的 proteasomal degradation;此敘述未指出該誘導是否由 FBXW10 介導。含實驗來源
證據與來源

By disease-causing laminin A mutants also inducing CBX5 and CBX1 proteasomal degradation

PMID 20498703 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000395665 · 3,401 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGACTTCTGCTGGCAGTTACTGAGAGAGATAGGCTTTCCA40
41TCCATGGCAGCCATTTACTTTTGCTCTGGGAGACGTTTGT80
81AATAGAAAAGGCACAACTGGGGTATTTATTCATTCCCCCC120
121GTTCCTCTAGTGTTTGGTGGCGTTGCCGTTGCAAGTGCGC160
161AGGGCTAAAATGGACTGGTTATCTTAGGATCATGGAAAAC200
201CTGGAATCAAGGCTCAAGAATGCCCCCTATTTTCGTTGTG240
241AGAAGGGAACCGATTCCATCCCTCTATGCCGGAAGTGTGA280
281GACGTGTGTCTTAGCCTGGAAGATCTTCTCTACCAAAGAG320
321TGGTTCTGCAGGATCAATGACATATCACAGAGGAGGTTTC360
361TAGTTGGCATTCTGAAGCAGTTAAATAGCTTATATTTGTT400
401ACACTATTTCCAAAATATCCTTCAGACCACACAGGGAAAG440
441GATTTCATCTATAACAGGTCCCGGATCAACCTCAGCAAGA480
481AAGAGGGGAAAGTTGTGAAGTCCTCCTTGAACCAAATGTT520
521GGATAAAACAGTAGAACAGAAGATGAAAGAGATCTTGTAC560
561TGGTTTGCGAACAGCACCCAGTGGACCAAGGCGAATTATA600
601CTCTCTTACTGCTGCAGATGTGCAACCCCAAATTACTGCT640
641CACTGCTGCCAATGTGATCAGAGTCCTGTTTCTGAGAGAG680
681GAGAACAATATCTCAGGGCTCAATCAAGACATCACAGATG720
721TGTGTTTTTCCCCTGAGAAAGACCACAGCTCCAAGTCTGC760
761GACCTCACAAGTCTATTGGACAGCCAAAACTCAGCACACA800
801TCCCTTCCTTTGTCCAAAGCCCCAGAAAATGAACACTTGC840
841TTGGGGCAGCATCTAACCCTGAGGAACCATGGAGGAATTC880
881ACTCCGGTGTATATCCGAAATGAATAGGCTGTTTTCTGGA920
921AAAGGAGACATAACCAAGCCAGGGTACGATCCCTGCAATC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。