基因總覽
FBXW10 是位於人類第 17 號染色體的蛋白質編碼基因,產物為 F-box and WD repeat domain containing 10。其蛋白質具有 F-box 與多個 WD 重複序列,屬於帶有這兩類結構特徵的蛋白質。來源將 FBXW10 描述為 SCF 型 E3 ubiquitin ligase 複合體可能的受質辨識成分;因此,其基本角色與複合體辨識目標蛋白質相關。現有資料提供了這項可能功能及過度表現的觀察,但未進一步說明其正常生理情境或其他作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000395665 ★ | 18,744,054–18,779,349 | 14 |
| ENST00000308799 | 18,744,026–18,779,349 | 12 |
| ENST00000301938 | 18,744,026–18,779,349 | 13 |
| ENST00001134720 | 18,744,026–18,779,349 | 14 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
FBXW10 被描述為 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體中可能的受質辨識成分。此類複合體會促進目標蛋白質的 ubiquitination,並使其後續遭 proteasome 降解;來源因此將 FBXW10 的可能作用連結至目標蛋白質的辨識,以及其進入降解途徑的過程。不過,原始描述使用「可能」限定其複合體角色,並未提供 FBXW10 如何辨識特定受質的細節。
實驗敘述指出,FBXW10 過度表現會導致 CBX5 與 CBX1 降解。這項結果支持 FBXW10 增加時,這兩種蛋白質的降解與之相關;但資料沒有列出其他受質,也未說明此效應是否代表內源性 FBXW10 在正常條件下的作用。因此,CBX5 與 CBX1 應視為該過度表現觀察中被報告的目標,而不宜據此推廣至所有情境。
這些資訊將 FBXW10 的可能功能定位在 SCF 型 E3 ubiquitin ligase 相關的蛋白質周轉:受質辨識與 ubiquitination 相連,並可接續 proteasomal degradation。來源沒有提供對細胞或生理過程影響的進一步結果,也未說明複合體組成、辨識條件或其他調控機制;因此,相關生物學意義應限於其可能參與目標蛋白質降解,以及過度表現時 CBX5、CBX1 降解增加這兩項描述。
Promoter 與基因調控
>FBXW10 ENST00000395665 GRCh38 chr17:18743054-18744154 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAGAGTCTGCTTCGGGCCTCCCTTCTCTTTGCCACCCTCCTTTGTCTGGCCTTCCCGATTAATTAAATAT TAATCTACTCATGCCTTTTCTCCAGATTCCTCTTCAGACAGAAGAGGTTGAGCTGTGAGAACTGATCTCA TTCTTAACCTGATTCTTATTCCCCATTCTGACCCTAGTATGTGACTGCCATTGCCAACAAAACCCCAGCG ATGGACTCCATTACCTTTCTCTGGTTGTGCCTGGTCTTTCAACATGGGCATTAGAAAGGCACACAATATT GCAAACCTTTTGATTTTATCTAGGGTAATAATACTTAGTAACAGTAACAATAGCAGCAACAACTGATCTC ATATATTTAATGCAATCCTAGAAGGTAGTTATCATTTTTATTACCCACCTTTATCTTCTCCATCCTCATA ACTAGGATGGAGACACTGAGGCTCAGAGAGGACAGGTTGCCTGCTCGAGACCATATAGCTCCTAAGTACC AGAGTCAATGTTTGAACCGAGTCTTACCTGCAGTAGGAGAATTATCTCAGCATGACTTTGAAACTCTTTC TGTGAGCTGCCCAATATGTTTTGCCTGGGCCCTTTGACTACAGTGAGATTTCTGGTTAGTATTGTGAAGC AGTTAAATAACTTAAATTTACATTAAACATTTCTGGTTTTACTTTGATGATGACTTAAGAAAATGAATAT AAACATATTTAGCATCATTGGGATAGCCAGTTTGTAACTGAACAGATATAAACATAAGAAGTTTGCATCT TATTTTATATTCATGAATATTCAGAAGCCATATATAACAACAATAATTAAAGTGCAATACCAGTAATAGT CCACATATTACTTAAATTTGACTAACAGTATTCTTGTTGTTCTAGAAATGAGATGACCAGCTCTTTCAGA ATATACAGCAACTGCCTCCACATAAAGCAGTGCCAGGTTTAGGAGATTTACGGTAAAGCCATGTTTCCAA GGAGGTCTGTACAAAAAGCCAGACTTCTGCTGGCAGTTACTGAGAGAGATAGGCTTTCCATCCATGGCAG CCATTTACTTTTGCTCTGGGAGACGTTTGTAATAGAAAAGGCACAACTGGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FBXW10_1 ↗ | 17:18,744,054 | 正股 | 18,744,005–18,744,064 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_8JTMS · enhancer · 18739747–18739940 · regulatory
ENSR17_8JTNQ · enhancer · 18741375–18741543 · regulatory
ENSR17_8JTQ7 · promoter · 18743889–18744085 · regulatory
ENSR17_56F334 · CTCF_binding_site · 18744270–18744291 · regulatory
· motif · 18744272–18744288 · motif
資料指出,致病性 laminin A 突變體也會誘導 CBX5 與 CBX1 的 proteasomal degradation。這描述的是突變體與兩種蛋白質降解之間的關聯,未說明 FBXW10 是否介入該誘導過程。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1052 aa
FBXW10 蛋白質長 1,052 個胺基酸,具有一個位於第 276–323 位的 F-box 結構域,以及七段 WD 重複序列,分布於第 169–206 位與第 409–652 位。另有一段由第 766–805 位標註為無序區域;該區域的註解來自序列預測資料。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | FBXW10 可能是 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體的受質辨識成分;此複合體促使目標蛋白質 ubiquitination,並進一步經 proteasome 降解。過度表現 FBXW10 會導致 CBX5 與 CBX1 降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Probable substrate-recognition component of a SCF (SKP1-CUL1-F-box protein)-type E3 ubiquitin ligase complex which mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins. Overexpression is leading to degradation of CBX5 and CBX1 PMID 20498703 ↗ |
| 調控 | 致病性 laminin A 突變體也會誘導 CBX5 與 CBX1 的 proteasomal degradation;此敘述未指出該誘導是否由 FBXW10 介導。 | 含實驗來源 | 證據與來源By disease-causing laminin A mutants also inducing CBX5 and CBX1 proteasomal degradation PMID 20498703 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGACTTCTGCTGGCAGTTACTGAGAGAGATAGGCTTTCCA40TCCATGGCAGCCATTTACTTTTGCTCTGGGAGACGTTTGT80AATAGAAAAGGCACAACTGGGGTATTTATTCATTCCCCCC120GTTCCTCTAGTGTTTGGTGGCGTTGCCGTTGCAAGTGCGC160AGGGCTAAAATGGACTGGTTATCTTAGGATCATGGAAAAC200CTGGAATCAAGGCTCAAGAATGCCCCCTATTTTCGTTGTG240AGAAGGGAACCGATTCCATCCCTCTATGCCGGAAGTGTGA280GACGTGTGTCTTAGCCTGGAAGATCTTCTCTACCAAAGAG320TGGTTCTGCAGGATCAATGACATATCACAGAGGAGGTTTC360TAGTTGGCATTCTGAAGCAGTTAAATAGCTTATATTTGTT400ACACTATTTCCAAAATATCCTTCAGACCACACAGGGAAAG440GATTTCATCTATAACAGGTCCCGGATCAACCTCAGCAAGA480AAGAGGGGAAAGTTGTGAAGTCCTCCTTGAACCAAATGTT520GGATAAAACAGTAGAACAGAAGATGAAAGAGATCTTGTAC560TGGTTTGCGAACAGCACCCAGTGGACCAAGGCGAATTATA600CTCTCTTACTGCTGCAGATGTGCAACCCCAAATTACTGCT640CACTGCTGCCAATGTGATCAGAGTCCTGTTTCTGAGAGAG680GAGAACAATATCTCAGGGCTCAATCAAGACATCACAGATG720TGTGTTTTTCCCCTGAGAAAGACCACAGCTCCAAGTCTGC760GACCTCACAAGTCTATTGGACAGCCAAAACTCAGCACACA800TCCCTTCCTTTGTCCAAAGCCCCAGAAAATGAACACTTGC840TTGGGGCAGCATCTAACCCTGAGGAACCATGGAGGAATTC880ACTCCGGTGTATATCCGAAATGAATAGGCTGTTTTCTGGA920AAAGGAGACATAACCAAGCCAGGGTACGATCCCTGCAATC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。