基因總覽
FBXO6 是蛋白質編碼基因，產物為 F-box protein 6。此蛋白質屬於 F-box 蛋白家族，作為 SCF(FBXO6) E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識成分，與其他複合體成員共同參與蛋白質的 ubiquitination。其序列包含 F-box 與 FBA 結構域，並具有一段預測為無序的區域；這些結構特色構成其蛋白質架構。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000376753 ★ | 11,664,200–11,674,354 | 6 |
| ENST00000907480 | 11,664,189–11,674,353 | 7 |
| ENST00000938498 | 11,664,189–11,674,354 | 6 |
| ENST00001092323 | 11,664,189–11,674,354 | 6 |
| ENST00001145659 | 11,664,189–11,674,354 | 6 |
| ENST00000907481 | 11,664,245–11,674,354 | 6 |
| ENST00000907482 | 11,664,245–11,674,329 | 7 |
| ENST00000961666 | 11,664,245–11,674,349 | 6 |
| ENST00000907483 | 11,664,328–11,674,030 | 6 |
| ENST00000961667 | 11,664,349–11,674,354 | 7 |
| ENST00000907484 | 11,664,351–11,674,030 | 6 |
| ENST00000449067 | 11,668,696–11,674,030 | 4 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
F-box protein 6 是 SCF(FBXO6) E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識成分，主要辨識帶有糖鏈的蛋白質。複合體從 E2 ubiquitin-conjugating enzymes 接受 ubiquitin，再將 ubiquitin 轉移至底物的 lysine 殘基，形成 isopeptide bond，促進底物後續處理。
在內質網相關降解路徑（ERAD）中，FBXO6 可辨識並結合已逆向轉位至細胞質的未摺疊醣蛋白上的糖鏈，促進其 ubiquitination 與降解。相關資料指出，它能辨識變性醣蛋白所帶有的高甘露糖型與複合型寡糖，也能辨識硫酸化聚糖。此路徑對錯誤摺疊的內質網腔內蛋白質的處理具有作用；其中對逆向轉位底物的辨識描述為相似性推論。
FBXO6 也參與 DNA 損傷反應：它辨識在 Ser-345 位點磷酸化而活化的 CHEK1，並促進 CHEK1 ubiquitination 與降解。CHEK1 的此種 ubiquitination 有助於避免活化的 CHEK1 在細胞進入 S 期時累積，也適用於 DNA 複製期間複製叉遇到短暫阻礙的情況。
此外，FBXO6 透過促進 ERO1A 的 ubiquitination 與降解，負向調節內質網壓力誘發的細胞凋亡。與 ARIH1 協同時，SCF(FBXO6) 複合體還可促進標的蛋白質 serine、threonine 殘基，以及醣類 N-acetylglucosamine（GlcNAc）殘基的 ubiquitination；前者可形成 oxyester linkage。
在缺少 NGLY1 時，SCF(FBXO6) 可辨識並結合 NFE2L1/NRF1 醣蛋白上的 N-linked glycans，並招募 ARIH1。接著 ARIH1 與 UBE2L3 會 ubiquitinate ENGASE 從 N-glycans 產生的 GlcNAc 殘基，以及 NFE2L1/NRF1 的 serine 和 threonine 殘基，從而阻止 NFE2L1/NRF1 活化。
Promoter 與基因調控
>FBXO6 ENST00000376753 GRCh38 chr1:11663200-11664300 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CACCCACCTCGACCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCGATTGTTTCTTGA GGCTTCCCCAGCCATATGGAACTATAAGTCAATTAAACCTCTTTCCTTTTATAAATCACCCAGTCTCGGG TATTTCTTTATAGCAGTGTGAACATGGACTATAATCCAGTGCTCAATAAGTACTCCTCACATTTAGCTAT CTCAGTCAAGGGTGAGCTAGATAAGGGCTTTGGCCAGGGCAGGATCACCACCCACCAGCCCATGGCAAAC TGCAAAAGGACGGCCTTCCACGGAGAACATGTAGCCCTGACTGCAATTAATGTGTCCTGGGCCAGTCCCC TTGTGCAGTACACAGCCTGCACAACCCTTGGTGGTTGCCTGAACAAGGTGCTTGCTAAATATTTGTTGAC TGATGGAAGAAATTCATGAACTTAATCCTGATAAAAAACCTCAGAGGTTTTTTATTTTTTGAGACAAGGT CTGGCTCTGTCGCCCAGGCTGCAGTGCAGTGGTACAGTCTCCACTCACTGCAGCCTCCCAGGTTCAAGCG ATTCTCCCACCTCAGCCTCCGGAGGAGCTGGGATTATAGACCTGTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGT ATATTTAGTAGAGACAGGGTTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAGCGATCC TCCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATCACAGGCGTTAGCCACCTCCTAGCACCTCAGGTTTTTTA CCTTTGAGTCTATGAAGCCTGCGGAGGTCACGCCCTAGGGAAAGAAGGAGCCCACTGGGTGTCAGGTCCT GCCTCTAGGGAGGGGACCGCGGGTCAAGGGTGGAGCCCTGGGCCGCATAAGGAAGGAACTAGTGCGGAGG TCCGGGGAGCGGCCGCGCGTTCGGGAGCTTCGGCCCTGCGTAGGAGGCGGGTGCAGGTGTGGGTGCTGAG CCGCCCGCCGCCTGGAGGGGGAGACAGCTTCAGGACACGCAGGCCGCAGCGAGGGCCCGGGCCCTGGGGA TCCCAGGTTCGTCTTCCCGCGGCGAGGGTTAGGGGCCGGGCCGAGAGGGAC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FBXO6_3 ↗ | 1:11,654,525 | 正股 | 11,654,476–11,654,535 |
| FBXO6_2 ↗ | 1:11,654,888 | 正股 | 11,654,839–11,654,898 |
| FBXO6_4 ↗ | 1:11,664,093 | 正股 | 11,664,044–11,664,103 |
| FBXO6_1 ↗ | 1:11,664,201 | 正股 | 11,664,152–11,664,211 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：293 aa
F-box protein 6 長 293 個胺基酸，含有位於第 10–57 位的 F-box 結構域，以及第 78–259 位的 FBA 結構域。第 261–285 位則註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
FBXO6 的細胞內定位註記為細胞質。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- CUL1Q13616 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- LGALS3BPQ08380 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SKP1P63208 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
FBXO6 是 SCF(FBXO6) E3 ubiquitin ligase 複合體的組成部分；該複合體由 CUL1、SKP1、RBX1 與 FBXO6 組成。另有相似性推論指出 FBXO6 與 VCP 互作；此項資料未進一步界定互作形式。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | FBXO6 是 SCF(FBXO6) E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識成分，主要促進醣基化蛋白質的 ubiquitination。複合體由 E2 ubiquitin-conjugating enzymes 接受 ubiquitin，並轉移至底物 lysine 殘基。FBXO6 可辨識多種糖鏈，參與 ERAD、活化 CHEK1 的降解及 ERO1A 介導的內質網壓力反應；與 ARIH1 協同時，也可促進蛋白質 serine、threonine 及 GlcNAc 殘基的 ubiquitination。在缺少 NGLY1 時，該複合體藉由 ARIH1 與 UBE2L3 修飾 NFE2L1/NRF1，阻止其活化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Substrate-recognition component of the SCF(FBXO6) E3 ubiquitin ligase complex, which specifically mediates the ubiquitination of glycosylated proteins. The SCF(FBXO6) complex accepts ubiquitin from E2 ubiquitin-conjugating enzymes and then transfers it to lysine residues of protein substrates via isopeptide bonds. Involved in endoplasmic reticulum-associated degradation pathway (ERAD) for misfolded lumenal proteins by recognizing and binding sugar chains on unfolded glycoproteins that are retrotranslocated into the cytosol and promoting their ubiquitination and subsequent degradation (By similarity). Able to recognize and bind denatured glycoproteins, which are modified with not only high-mannose but also complex-type oligosaccharides. Also recognizes sulfated glycans. Involved in DNA damage response by specifically recognizing activated CHEK1 (phosphorylated on 'Ser-345'), promoting its ubiquitination and degradation. Ubiquitination of CHEK1 is required to ensure that activated CHEK1 does not accumulate as cells progress through S phase, or when replication forks encounter transient impediments during normal DNA replication. Acts as a negative regulator of endoplasmic reticulum stress-induced apoptosis by mediating ubiquitination and degradation of ERO1A. Together with ARIH1, the SCF(FBXO6) complex is also able to catalyze ubiquitination of serine and threonine residues on target proteins via oxyester linkages, as well as ubiquitination of the 6-hydroxy group N-acetylglucosamine (GlcNAc) residue carbohydrates. In the absence of NGLY1, the SCF(FBXO6) complex recognizes and binds N-linked glycans associated with NFE2L1/NRF1 glycoprotein and recruits ARHI1: ARHI1 and UBE2L3 then ubiquitinate (1) GlcNAc residues generated by ENGASE from the N-glycans on NFE2L1/NRF1 and (2) serine and threonine residues of NFE2L1/NRF1, preventing NFE2L1/NRF1 activation PMID 18203720 ↗ · PMID 19716789 ↗ · PMID 22268729 ↗ · PMID 27855403 ↗ · PMID 34215698 ↗ · PMID 39116872 ↗ |
| 分子活性 | FBXO6 相關的活動包括蛋白質修飾與蛋白質 ubiquitination。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | FBXO6 是 SCF(FBXO6) 複合體的成員；該 SCF（SKP1-CUL1-F-box）E3 ubiquitin-protein ligase 複合體由 CUL1、SKP1、RBX1 與 FBXO6 組成。另有相似性推論指出 FBXO6 與 VCP 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the SCF (SKP1-CUL1-F-box) E3 ubiquitin-protein ligase complex SCF(FBXO6) formed of CUL1, SKP1, RBX1 and FBXO6. Interacts with VCP (By similarity) PMID 18203720 ↗ · PMID 19716789 ↗ |
| 細胞定位 | FBXO6 的細胞定位為細胞質。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GAGACAGCTTCAGGACACGCAGGCCGCAGCGAGGGCCCGG40GCCCTGGGGATCCCAGGCCATGGATGCTCCCCACTCCAAA80GCAGCCCTGGACAGCATTAACGAGCTGCCCGAGAACATCC120TGCTGGAGCTGTTCACGCACGTGCCCGCCCGCCAGCTGCT160GCTGAACTGCCGCCTGGTCTGCAGCCTCTGGCGGGACCTC200ATCGACCTCATGACCCTCTGGAAACGCAAGTGCCTGCGAG240AGGGCTTCATCACCAAGGACTGGGACCAGCCCGTGGCCGA280CTGGAAAATCTTCTACTTCCTACGGAGCCTGCATAGGAAC320CTCCTGCGCAACCCGTGTGCTGAAGAGGATATGTTTGCAT360GGCAAATTGATTTCAATGGTGGGGACCGCTGGAAGGTGGA400GAGCCTCCCTGGAGCCCACGGGACAGATTTTCCTGACCCC440AAAGTCAAGAAGTATTTTGTCACATCCTACGAAATGTGCC480TCAAGTCCCAGCTGGTGGACCTTGTAGCCGAGGGCTACTG520GGAGGAGCTACTAGACACATTCCGGCCGGACATCGTGGTT560AAGGACTGGTTTGCTGCCAGAGCCGACTGTGGCTGCACCT600ACCAACTCAAAGTGCAGCTGGCCTCGGCTGACTACTTCGT640GTTGGCCTCCTTCGAGCCCCCACCTGTGACCATCCAACAG680TGGAACAATGCCACATGGACAGAGGTCTCCTACACCTTCT720CAGACTACCCCCGGGGTGTCCGCTACATCCTCTTCCAGCA760TGGGGGCAGGGACACCCAGTACTGGGCAGGCTGGTATGGG800CCCCGAGTCACCAACAGCAGCATTGTCGTCAGCCCCAAGA840TGACCAGGAACCAGGCCTCCTCCGAGGCTCAGCCTGGGCA880GAAGCATGGACAGGAGGAGGCTGCCCAATCGCCCTACCGA920GCTGTTGTCCAGATTTTCTGACAGCTGTCCATCCTGTGTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。