基因總覽
FBXO4（F-box protein 4）是由蛋白質編碼基因 FBXO4 產生的蛋白質，屬於 F-box 蛋白。它是 SCF（SKP1-CUL1-F-box protein）E3 泛素蛋白連接酶複合體的底物辨識成分，參與該複合體對目標蛋白質的辨識與處理。FBXO4 也可形成同源二聚體；其 F-box 結構域位於蛋白質序列第 56 至 102 個胺基酸。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000281623 ★ | 41,925,281–41,941,743 | 7 |
| ENST00000296812 | 41,925,210–41,935,085 | 5 |
| ENST00000509134 | 41,925,210–41,945,464 | 6 |
| ENST00000897874 | 41,925,210–41,941,743 | 7 |
| ENST00000897875 | 41,925,210–41,945,464 | 7 |
| ENST00000897876 | 41,925,210–41,945,464 | 7 |
| ENST00000970666 | 41,925,210–41,945,464 | 7 |
| ENST00001012733 | 41,925,210–41,930,172 | 3 |
| ENST00001106281 | 41,925,210–41,939,785 | 6 |
| ENST00001120245 | 41,925,210–41,936,000 | 6 |
| ENST00001124829 | 41,925,210–41,941,561 | 7 |
| ENST00001134702 | 41,925,210–41,945,464 | 7 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
FBXO4 是 SCF（SKP1-CUL1-F-box protein）E3 泛素蛋白連接酶複合體的底物辨識成分。透過促進目標蛋白質泛素化，FBXO4 參與將目標送往蛋白酶體降解的過程；其功能註解亦涵蓋蛋白質修飾與泛素化。
已知的目標包括 cyclin-D1（CCND1）、TERF1 與 FXR1。FBXO4 促進 CCND1 泛素化及後續蛋白酶體降解，但依相似性資料，它並非 G1/S 轉換期間調節 CCND1 穩定性的主要因子。這項限制表示，雖然 FBXO4 能促進 CCND1 降解，仍不能據此將它描述為該細胞週期轉換階段的主要穩定性調控者。
對 TERF1，FBXO4 可辨識該蛋白並與 UBE2D1 一同促進其泛素化。對 FXR1，泛素化作用發生於 GSK3B 使 FXR1 磷酸化之後，並導向 FXR1 的蛋白酶體降解。這些例子顯示，FBXO4 參與多種目標蛋白的泛素化處理；FXR1 的描述則明確指出，該作用與先行的磷酸化有關。
Promoter 與基因調控
>FBXO4 ENST00000281623 GRCh38 chr5:41924281-41925381 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAGTAAATCGTGTCCTAGAAAGTGATGAGAAATGCCATATGGTTAATCCGTGGTCCTTGTCCAGATTGCC TCCCAAAAACGAGGCTGCAATTTTATTGGTTATTGGCCCCTACCAACAACATGCAAATAATAAAATGTAA TGAAACTTAAACTTGTATGTTACAGAGCCTTGCAGAACCTTAGTTATCAGGCTTTCTTGGATTCTGTTGA CATTTAGATCCTCAGAGATTTACTTTTTGAATGTATACATACCCAGTTCTATGTAACAGATTAACTTGTA ATACGTTCTCTTAAAGCACTTTTAAAGTAAGCCCAAAGTAAGTAGAATGGGCATCTGGTTTGAGAATTAA AAAACTCACTAGTGGGATTTCAACACCACCACATCTGGGTTCTTCTAGCCGTTTTTTGCCGCCCTTGCAA ATTTTAAATGTGCTTATATTTTTGCATAGTGGGTCCAGACTTCTCATTTTGGCAAAAGGTTCTTTGTAAT TGGCCCGCTGACTGCCTCTCTAGTCTGTTTTTGCTGATACTCAAGAAAATAAATGGTAACTTGGTGATTG AGGAAATAACACACACAAAAAACACCCCATACGTAGTATGGTAGTGCTGAAAAGGAAGCAAGTGGTTATT AAGCCCAAGACAGTGGCAGAGGTCTATCGAACAAGCGGAGTCGCCTAGGACCAGGCATAGTGGAAATGAT CCCGGAGAGAACATCTTGAATGAAGCCAGGAAGTCAGCGGGCCAGAGGTTGTACAGGGGCTCTGCGGTTG GCGTGGCTGAGGTTGAGGCCACAAGTTACTGGGGAAGTTAATTGTTGACAGGAGCTTCGTACTCGGCTCA CAGCCACGCACAGTGGGCTTCCTCCCAGTACCCGCCCTTGCCCCTGGGCCTAACCCTGCCCTGGAGGCGG ACTCGCGGGAGAAGCGGGAGGCGGAACGCCCGAGGGCGCCCTCGGCTGGCGCGGAGCTGCGCAGGAGGCT GACGCGCTAGCGTGGCTCTAAGACGCGTCACCCACGCTGCGGGCAAGCCATGGCGGGAAGCGAGCCGCGC AGCGGAACAAACTCGCCGCCGCCGCCCTTCAGCGACTGGGGCCGCCTGGAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FBXO4_1 ↗ | 5:41,925,281 | 正股 | 41,925,232–41,925,291 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR5_8389JG · enhancer · 41921957–41922189 · regulatory
ENSR5_BBBMJ · promoter · 41924764–41925311 · regulatory
ENSR5_66X5F5 · CTCF_binding_site · 41925212–41925244 · regulatory
ENSR5_5CT8SZ · CTCF_binding_site · 41925368–41925389 · regulatory
ENSR5_5CT8WQ · CTCF_binding_site · 41925752–41925773 · regulatory
· motif · 41924797–41924808 · motif
· motif · 41925004–41925015 · motif
· motif · 41925018–41925031 · motif
· motif · 41925035–41925050 · motif
· motif · 41925042–41925050 · motif
· motif · 41925042–41925059 · motif
· motif · 41925214–41925230 · motif
· motif · 41925225–41925241 · motif
· motif · 41925370–41925386 · motif
· motif · 41925507–41925522 · motif
· motif · 41925564–41925577 · motif
· motif · 41925564–41925577 · motif
· motif · 41925734–41925747 · motif
· motif · 41925734–41925747 · motif
· motif · 41925754–41925770 · motif
· motif · 41925817–41925828 · motif
· motif · 41926159–41926171 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：387 aa
FBXO4 蛋白長 387 個胺基酸，具有 F-box 結構域，位於第 56 至 102 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
FBXO4 的定位註記為細胞質；來源未提供定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- CUL1Q13616 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SKP1P63208 · UniProt INTERACTION · 20 experiments
- TARDBPQ13148 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNNI3KQ59H18 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WFS1O76024 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- YWHAEP62258 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- YwhaeP62260 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TERF1P54274 · UniProt INTERACTION · 2 experiments · 2 筆來源紀錄
FBXO4 可形成同源二聚體，並與 CUL1、SKP1、RBX1 組成 SCF(FBXO4) E3 泛素蛋白連接酶複合體。FBXO4 與 TERF1 有互作，但 GNL3L 存在時此互作會受到阻止。依相似性資料，FBXO4 也曾被鑑定於含 CRYAB 與 CCND1 的複合體中。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | FBXO4 是 SCF E3 泛素蛋白連接酶複合體的底物辨識成分，可促進目標蛋白質泛素化及蛋白酶體降解。它促進 CCND1 降解，但依相似性資料並非 G1/S 轉換時調節 CCND1 穩定性的主要因子；也與 UBE2D1 一同促進 TERF1 泛素化，並在 GSK3B 磷酸化 FXR1 後促進其泛素化與降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Substrate recognition component of a SCF (SKP1-CUL1-F-box protein) E3 ubiquitin-protein ligase complex that mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins. Promotes ubiquitination of cyclin-D1 (CCND1) and its subsequent proteasomal degradation. However, it does not act as a major regulator of CCND1 stability during the G1/S transition (By similarity). Recognizes TERF1 and promotes its ubiquitination together with UBE2D1. Promotes ubiquitination of FXR1 following phosphorylation of FXR1 by GSK3B, leading to FXR1 degradation by the proteasome PMID 10531035 ↗ · PMID 16275645 ↗ · PMID 18598945 ↗ · PMID 20159592 ↗ · PMID 20181953 ↗ · PMID 29142209 ↗ |
| 分子活性 | FBXO4 的功能註記包括蛋白質修飾與蛋白質泛素化，描述其涉及的分子活動類別。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | FBXO4 可形成同源二聚體，並與 CUL1、SKP1、RBX1 組成 SCF(FBXO4) 複合體。它與 TERF1 互作，但 GNL3L 存在時該互作受到阻止；依相似性資料，FBXO4 也被鑑定於含 CRYAB 和 CCND1 的複合體中。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Part of the SCF (SKP1-CUL1-F-box) E3 ubiquitin-protein ligase complex SCF(FBXO4) formed of CUL1, SKP1, RBX1 and FBXO4. Interacts with TERF1; this interaction is prevented in the presence of GNL3L. Identified in a complex with CRYAB and CCND1 (By similarity) PMID 10531035 ↗ · PMID 16275645 ↗ · PMID 18598945 ↗ · PMID 20159592 ↗ · PMID 20181953 ↗ |
| 細胞定位 | FBXO4 的定位註記為細胞質；此項資料僅描述其細胞內位置，未提供其他條件、異構型差異或定位變化的說明。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGACGCGTCACCCACGCTGCGGGCAAGCCATGGCGGGAAG40CGAGCCGCGCAGCGGAACAAACTCGCCGCCGCCGCCCTTC80AGCGACTGGGGCCGCCTGGAGGCGGCCATCCTCAGCGGCT120GGAAGACCTTCTGGCAGTCAGTGAGCAAGGAGAGGGTGGC160GCGTACGACCTCACGGGAGGAGGTGGATGAGGCGGCCAGC200ACCCTGACGCGGCTGCCGATTGATGTACAGCTATATATTT240TGTCCTTTCTTTCACCTCATGATCTGTGTCAGTTGGGAAG280TACAAATCATTATTGGAATGAAACTGTAAGAGATCCAATT320CTGTGGAGATACTTTTTGTTGAGGGATCTTCCTTCTTGGT360CTTCTGTTGACTGGAAGTCTCTTCCAGATCTAGAAATCTT400AAAAAAGCCTATATCTGAGGTCACTGATGGTGCATTTTTT440GACTACATGGCAGTCTATAGAATGTGCTGTCCATACACAA480GAAGAGCTTCAAAATCCAGCCGTCCTATGTATGGAGCTGT520CACTTCTTTTTTACACTCCCTGATCATTCAGAATGAACCA560CGATTTGCTATGTTTGGACCAGGTTTGGAAGAATTGAATA600CCTCTTTGGTGTTGAGCTTGATGTCTTCAGAGGAACTTTG640CCCAACAGCTGGTTTGCCTCAGAGGCAGATTGATGGTATT680GGATCAGGAGTCAATTTTCAGTTGAACAACCAACATAAAT720TCAACATTCTAATCTTATATTCAACTACCAGAAAGGAAAG760AGATAGAGCAAGGGAAGAGCATACAAGTGCAGTTAACAAG800ATGTTCAGTCGACACAATGAAGGTGATGATCAACAAGGAA840GCCGGTACAGTGTGATTCCACAGATTCAAAAAGTGTGTGA880AGTTGTAGATGGGTTCATCTATGTTGCAAATGCTGAAGCT920CATAAAAGACATGAATGGCAAGATGAATTTTCTCATATTA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。