基因總覽
FBXO22 是位於人類第 15 號染色體的蛋白質編碼基因,產物正式名稱為 F-box protein 22。此蛋白質屬於 F-box 蛋白,具有 F-box 結構域,並作為 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識成分。這類定位使 FBXO22 能參與辨識待調控的蛋白質;其已知功能涉及多種細胞過程,詳見功能段落。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000308275 ★ | 75,903,878–75,942,511 | 7 |
| ENST00000453211 | 75,903,853–75,930,655 | 6 |
| ENST00000929297 | 75,903,853–75,934,107 | 4 |
| ENST00000929298 | 75,903,853–75,933,130 | 5 |
| ENST00001066259 | 75,903,853–75,933,510 | 6 |
| ENST00001094586 | 75,903,853–75,934,596 | 6 |
| ENST00001119453 | 75,903,853–75,933,824 | 8 |
| ENST00001128751 | 75,903,853–75,934,936 | 7 |
| ENST00001136874 | 75,903,853–75,942,511 | 7 |
| ENST00000565036 | 75,903,982–75,932,798 | 6 |
| ENST00000569054 | 75,904,125–75,930,049 | 6 |
| ENST00000564220 | 75,932,800–75,933,826 | 2 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
FBXO22 是 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識成分,參與細胞週期控制、轉錄調節、DNA 損傷修復與細胞凋亡等過程。它可促進特定蛋白質的 ubiquitination,進而使其經由 proteasome 降解;已知底物包括肌節蛋白 alpha-actinin(ACTN2)與 filamin-C(FLNC),這些蛋白質的降解與維持正常收縮功能相關。
FBXO22 也透過調節 histone demethylase KDM4A 的蛋白質量,影響 H3K9 與 H3K36 的甲基化標記。在細胞衰老晚期,FBXO22 與 KDM4A 形成複合體,並藉由辨識甲基化的 TP53,促進其降解,調節 TP53 的含量。
氧化壓力下,活性氧(ROS)會共價修飾 BACH1 的 bZIP 結構域中 cysteine 殘基,使 BACH1 脫離 chromatin,因而可被 FBXO22 接觸;FBXO22 隨後促進 BACH1 的 ubiquitination 與降解。胺基酸耗竭時,FBXO22 則促進 MTOR 的 Lys-27 連結型 ubiquitination,抑制底物被招募至 mTORC1。
此外,FBXO22 可誘導 SARS-CoV-2 蛋白質 NSP5 降解,並抑制 SARS-CoV-2 複製。上述作用顯示 FBXO22 透過辨識不同蛋白質,參與蛋白質穩定性及多種細胞調控過程;其作用對象與條件依情境而異。
Promoter 與基因調控
>FBXO22 ENST00000308275 GRCh38 chr15:75902878-75903978 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGAATGGATGTTAGGTGGGGACAAACCTGTGTCTGCTGTGCTTCCATTTCTTGGTGGTTCTCAGTTTGAG CATGCATCAGAATCGTCATAAAGTGTGTTAAAACAGATTGCTGGGCCTCACCCCCAGTGTCTGATTCAGG AGGTCTGGGATAAGGACCGGGAATGTGCTAAAACTTAGTAGTTTCCAGGTGAATCTGATGTCCCTGGCGG GGAACTGGTGCACAGCTTGGGGCGTGCTTCACAGCAATCATCTCACTCAGCTACCTTAGAATGGCAGGTG CTATTTATGCCATTTTACTCATTCGAAACTTTAAACCTGAAGATTACAACGAGTTAACTAAGTTTACAAG GAATAAAGGCAGTGATTTTCACACACTAAGACAATTTTTTAAAAGCAAACGTCCGTTTATAAATCGAGCT TATGCTATTTAAACAGGCATTGGGACTACGAAGAGCAATAAGTACTACCTAGTCCCTGCAAGGAATTTGT GAATTAGAGAAAGATGTAAACTCAGAAATATGGCGGTGCCAGGGCAGTGAGAGGCACAGGCACAGAAGAA GAATTTATTTTCACTGCAGGAGGCCTCCTAGAAAGTTGCCAGGAGCGGTGGCTTATGTCTGTAATTCCAG CACCTTGGGAGGCCCAGGCGGGAGTATCGCTTGAGCCCTGGAGTTTCAGACCAGCCTGGAAACCCGTCTC TACAAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCGGGAGCTTGTAGTTAAAGCTACGAGGGAGGCTGAG GCGGGAGGATCGCTTGAGCCTGGGAGGTAGAAGCTGCAGTGAGCAGAGGCCGCGCCACTCCACTCCCGCC TGGCCACAGCATTAGACCCAATCTCAAAAATGAAGAAAACAGTTCCGAGCGTATTACGGAACGGAGTACA CCTCGGAGTACGGGCTCCAGACGAGGGAACGCACCGGCGTTGCCACGCCCACCTTCCCCGTCCAGCCGGA AGTGGCGCGGACGCCTGCTCAGTGCGCGCCGGCCGGGCAACCCTATGCTGGCGTAATCGGGTTCCTCCGA GCCGCCGTAGGACTGGTTCCGGCGGGCTGGTGAGGAATGGAGCCGGTAGGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FBXO22_1 ↗ | 15:75,903,936 | 正股 | 75,903,887–75,903,946 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR15_BK3P8 · enhancer · 75902029–75902559 · regulatory
ENSR15_9355FT · promoter · 75903388–75903888 · regulatory
ENSR15_9355G6 · promoter · 75904418–75904910 · regulatory
· motif · 75902139–75902149 · motif
· motif · 75902868–75902879 · motif
· motif · 75903242–75903254 · motif
· motif · 75903620–75903635 · motif
· motif · 75903620–75903635 · motif
· motif · 75903829–75903839 · motif
· motif · 75903850–75903861 · motif
· motif · 75903850–75903861 · motif
· motif · 75903852–75903861 · motif
· motif · 75903867–75903878 · motif
· motif · 75904072–75904083 · motif
· motif · 75904183–75904196 · motif
· motif · 75904183–75904196 · motif
· motif · 75904291–75904306 · motif
· motif · 75904365–75904378 · motif
· motif · 75904365–75904378 · motif
· motif · 75904535–75904551 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:403 aa
F-box protein 22 長 403 個胺基酸,已註記的結構特徵包括位於第 21 至 67 個胺基酸的 F-box 結構域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
FBXO22 被記錄位於細胞質、細胞核,以及肌原纖維肌節的 Z 線。 在胺基酸耗竭條件下,FBXO22 在細胞質中的量會隨時間增加。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- CUL1Q13616 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SKP1P63208 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
FBXO22 直接與 SKP1、CUL1 互作,並透過其 C 端與 KDM4A 互作;也與 TP53 及 MTOR 互作,其中 FBXO22 與 MTOR 的互作可促進 MTOR 的 Lys-27 連結型 ubiquitination。感染相關資料另指出,FBXO22 與 SARS-CoV-2 蛋白質 NSP5 互作;此互作會減弱 NSP5 對先天免疫的抑制。
疾病與遺傳關聯
FBXO22 的基因變異與 Tayoun-Maawali syndrome(TYMAS)相關。此症為常染色體隱性、多系統疾病,特徵包括早期生長受限、神經發育遲緩,以及顱顏、心血管、胃腸、泌尿與內分泌異常。來源指出,影響此基因的變異可導致該疾病。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | FBXO22 是 SCF 型 E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識成分,參與細胞週期、轉錄、DNA 損傷修復與細胞凋亡調控。它促進 ACTN2、FLNC 等肌節蛋白經 proteasome 降解,並調節 KDM4A、甲基化 TP53、氧化壓力下的 BACH1,以及胺基酸耗竭時 MTOR 的 ubiquitination;也可誘導 SARS-CoV-2 NSP5 降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Substrate-recognition component of the SCF (SKP1-CUL1-F-box protein)-type E3 ubiquitin ligase complex that is implicated in the control of various cellular processes such as cell cycle control, transcriptional regulation, DNA damage repair, and apoptosis. Promotes the proteasome-dependent degradation of key sarcomeric proteins, such as alpha-actinin (ACTN2) and filamin-C (FLNC), essential for maintenance of normal contractile function. Acts as a key regulator of histone methylation marks namely H3K9 and H3K36 methylation through the regulation of histone demethylase KDM4A protein levels. In complex with KDM4A, also regulates the abundance of TP53 by targeting methylated TP53 for degradation at the late senescent stage. Under oxidative stress, promotes the ubiquitination and degradation of BACH1. Mechanistically, reactive oxygen species (ROS) covalently modify cysteine residues on the bZIP domain of BACH1, leading to its release from chromatin and making it accessible to FBXO22. Upon amino acid depletion, mediates 'Lys-27'-linked ubiquitination of MTOR and thereby inhibits substrate recruitment to mTORC1. Also inhibits SARS-CoV-2 replication by inducing NSP5 degradation PMID 21768309 ↗ · PMID 22972877 ↗ · PMID 26868148 ↗ · PMID 37979583 ↗ · PMID 39223933 ↗ · PMID 39504958 ↗ |
| 交互作用 | FBXO22 直接與 SKP1、CUL1 互作,並透過 C 端與 KDM4A 互作;它也與 TP53 和 MTOR 互作。FBXO22 與 MTOR 的互作會促進 MTOR 的 Lys-27 連結型 ubiquitination。 | 含實驗來源 | 證據與來源Directly interacts with SKP1 and CUL1. Interacts (via C-terminal) with KDM4A. Interacts with TP53. Interacts with MTOR; this interaction promotes 'lys-27'-linked ubiquitination of MTOR PMID 21768309 ↗ · PMID 22972877 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中,FBXO22 與 SARS-CoV-2 蛋白質 NSP5 互作;此互作會減弱 NSP5 對先天免疫的抑制作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with SARS_COV-2 protein NSP5; this interaction attenuates NSP5-mediated inhibition of innate immunity PMID 39223933 ↗ |
| 細胞定位 | FBXO22 位於細胞質、細胞核,以及肌原纖維肌節的 Z 線。胺基酸耗竭會使 FBXO22 在細胞質中的量隨時間增加。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Cytoplasm, myofibril, sarcomere, Z line; Amino acid depletion lead to a time-dependent increase of FBXO22 in the cytoplasm PMID 37979583 ↗ · PMID 39223933 ↗ |
| 疾病關聯 | Tayoun-Maawali syndrome(TYMAS)是常染色體隱性、多系統疾病,表現包括早期生長受限、神經發育遲緩,以及顱顏、心血管、胃腸、泌尿與內分泌異常。來源指出,影響 FBXO22 的基因變異會造成此症。 | 含實驗來源 | 證據與來源Tayoun-Maawali syndrome TYMAS An autosomal recessive pleiotropic syndrome characterized by multiple abnormalities encompassing early growth restriction, neurodevelopmental delay, and craniofacial, cardiovascular, gastrointestinal, urinary and endocrine anomalies. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 621184 PMID 40215970 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTGCGCGCCGGCCGGGCAACCCTATGCTGGCGTAATCGG40GTTCCTCCGAGCCGCCGTAGGACTGGTTCCGGCGGGCTGG80TGAGGAATGGAGCCGGTAGGCTGCTGCGGCGAGTGCCGCG120GCTCCTCCGTAGACCCGCGGAGCACCTTCGTGTTGAGTAA160CCTGGCGGAGGTGGTGGAGCGTGTGCTCACCTTCCTGCCC200GCCAAGGCGTTGCTGCGGGTGGCCTGCGTGTGCCGCTTAT240GGAGGGAGTGTGTGCGCAGAGTATTGCGGACCCATCGGAG280CGTAACCTGGATCTCCGCAGGCCTGGCGGAGGCCGGCCAC320CTGGAGGGGCATTGCTTGGTTCGCGTGGTAGCAGAGGAGC360TTGAGAATGTTCGCATCTTACCACATACAGTTCTTTACAT400GGCTGATTCAGAAACTTTCATTAGTCTGGAAGAGTGTCGT440GGCCATAAGAGAGCAAGGAAAAGAACTAGTATGGAAACAG480CACTTGCCCTTGAGAAGCTATTCCCCAAACAATGCCAAGT520CCTTGGGATTGTGACCCCAGGAATTGTAGTGACTCCAATG560GGATCAGGTAGCAATCGACCTCAGGAAATAGAAATTGGAG600AATCTGGTTTTGCTTTATTATTCCCTCAAATTGAAGGAAT640AAAAATACAACCCTTTCATTTTATTAAGGATCCAAAGAAT680TTAACATTAGAAAGACATCAACTCACTGAAGTAGGTCTTT720TAGATAACCCTGAACTTCGTGTGGTCCTTGTCTTTGGTTA760TAATTGCTGTAAGGTGGGAGCCAGTAATTATCTGCAGCAA800GTAGTCAGCACTTTCAGTGATATGAATATCATCTTGGCTG840GAGGCCAGGTGGACAACCTGTCATCACTGACTTCTGAAAA880GAACCCTCTGGATATTGATGCCTCGGGTGTGGTTGGACTG920TCATTTAGTGGACACCGAATCCAGAGTGCCACTGTGCTCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。