基因總覽
FBXO21 是人類的蛋白質編碼基因,其產物為 F-box protein 21。這個蛋白屬於 F-box 蛋白家族,主要角色是作為 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase complex 的底物辨識成分。其蛋白質序列長 628 個胺基酸,並含有位於第 28 至 84 位胺基酸的 F-box 結構域。這些資料勾勒出 FBXO21 的基本特性:它是具有 F-box 結構域的蛋白質,並參與 SCF 型複合體的底物辨識。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000622495 ★ | 117,141,991–117,190,470 | 12 |
| ENST00001001477 | 117,141,975–117,190,508 | 12 |
| ENST00001139525 | 117,141,991–117,190,508 | 12 |
| ENST00001001479 | 117,141,999–117,190,508 | 12 |
| ENST00001001478 | 117,142,000–117,190,508 | 12 |
| ENST00000923450 | 117,143,781–117,190,508 | 13 |
| ENST00000923449 | 117,143,783–117,190,508 | 11 |
| ENST00000880236 | 117,143,944–117,190,508 | 11 |
| ENST00000550180 | 117,145,049–117,190,286 | 11 |
| ENST00000330622 | 117,145,068–117,190,456 | 12 |
| ENST00000948437 | 117,145,068–117,190,508 | 12 |
| ENST00001058322 | 117,145,068–117,190,508 | 13 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
FBXO21 的來源註解將其描述為 SCF 型 E3 ubiquitin ligase complex 的底物辨識成分。SCF 是由 SKP1、CUL1 與 F-box protein 組成的複合體;就此複合體而言,FBXO21 所承擔的功能角色,是參與辨認底物。這項資訊指出它在複合體中的分工,但未進一步說明它辨認哪些特定底物,或辨認過程所需的序列、修飾與細胞條件。
E3 ubiquitin ligase complex 的名稱表明該複合體屬於 E3 ubiquitin ligase 類型,而 FBXO21 被註記為其中的底物辨識成分。來源支持的功能重點因此是底物辨識角色,並未提供 FBXO21 對特定底物進行泛素化的實驗描述,也未指出底物後續命運或由此引發的細胞反應。依據現有資訊,不能將這項註解延伸為特定蛋白質降解、訊號路徑或生理效應的主張。
此功能註解提供了 FBXO21 在 SCF 型複合體中的定位方式:它與底物辨識相關,而非僅以一般的 E3 ligase 成分加以描述。至於其辨識選擇性、參與的生物過程,以及底物辨識如何影響細胞功能,現有來源均未交代;因此這些面向仍無法由此資料判定。
Promoter 與基因調控
>FBXO21 ENST00000622495 GRCh38 chr12:117190370-117191470 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TATTAGCCTAAAATCAGGGCACACATTTGAGGATTATTATTACTCCCCTACACCATCATAGAGGGCTTCC CATAGCACCCACTCAAGAATATTGTTATTATTACATCATATGGTTAAGATTACTGACAAGCAAAAGTCAA GTGGATCTGAAATAGAATCCAAGACAAGGGGCTGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTG GGAGGCCGAGGTGGGTGGATCATTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCT GTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGCTGTGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGG CTGACGCAGGATAATTGCTTGAACCAGGGAGGTGGAAGTTGCAGTGAGCCGAGATCACGGCCACTGCACT CCAACCTGGGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCATCCGCACGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAA CCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATAGCGCCACTGCCCTCCAGCCTGGGTGAGAGCAAGACTC CTTCCCAAAGGGGGAAAAAAAATCCAAGACAAGGGATCCTGAGCAAGCCCTCTCACTCTCCGAACCTGTT TCCCCATCTGTAATATGGGGAGAAAGTTCGCAGGGTAATTCGGAAAGGTCCAATGCGCACAGAAAGCGCT CAGCACGCGTGAGAATAGATACCATTTTTATTTGTTAATTTTAAACATTAATTACGTTTAAAAGAATCAG TGCTACTATTGTTGTCCCGGACTAGAGGCGGCTTGCGCTGCCGGCTCCAAGCACAGAGCCCAATTATGTC CTCCCTTTTGCGGCGCTGCCACCCGCGCAGCCCCCAGCCGATGCAGGGGAGGTGTGGCCCGCGGATGGGC GGAGCGATCTCAGGACTCGCCCCCAAGACCAGTAGGCGGGGCCAGGCGGGGCGCCCGGGCACTCTCGCAC GCGCGCGCGCGGCGGCCCCAGGTACGCGGACAAGATGGCGGCGGCAGCAGTCGACAGCGCGATGGAGGTG GTGCCGGCGCTGGCGGAGGAGGCCGCGCCGGAGGTAGCGGGCCTCAGCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FBXO21_1 ↗ | 12:117,190,470 | 負股 | 117,190,460–117,190,519 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR12_BT8XN · promoter · 117190446–117190960 · regulatory
ENSR12_93PHWR · enhancer · 117192026–117192401 · regulatory
· motif · 117189528–117189540 · motif
· motif · 117189762–117189775 · motif
· motif · 117189783–117189795 · motif
· motif · 117190013–117190023 · motif
· motif · 117190220–117190231 · motif
· motif · 117190222–117190231 · motif
· motif · 117190279–117190288 · motif
· motif · 117190330–117190339 · motif
· motif · 117190385–117190394 · motif
· motif · 117190448–117190458 · motif
· motif · 117190480–117190491 · motif
· motif · 117190480–117190491 · motif
· motif · 117190482–117190493 · motif
· motif · 117190482–117190493 · motif
· motif · 117190486–117190497 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:628 aa
F-box protein 21 長 628 個胺基酸,含有 F-box 結構域,位於第 28 至 84 位胺基酸。來源未提供其他結構域或功能區域註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- EID1Q9Y6B2 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- SKP1P63208 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
FBXO21 與 SKP1 和 CUL1 直接互作。此資訊指出的是直接分子互作;來源未提供更詳細的結合條件或其他互作對象。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | FBXO21 是 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase complex 的底物辨識成分;這項註解指出其在複合體中的角色,但未說明特定辨識底物或相關條件。 | 推論支持 | 證據與來源Substrate-recognition component of the SCF (SKP1-CUL1-F-box protein)-type E3 ubiquitin ligase complex |
| 交互作用 | FBXO21 與 SKP1 及 CUL1 有直接互作;此敘述指出兩個直接互作對象,但未提供其他互作條件或功能結果。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GGTACGCGGACAAGATGGCGGCGGCAGCAGTCGACAGCGC40GATGGAGGTGGTGCCGGCGCTGGCGGAGGAGGCCGCGCCG80GAGGTAGCGGGCCTCAGCTGCCTCGTCAACCTGCCGGGTG120AGGTGCTGGAGTACATCCTGTGCTGCGGCTCGCTGACGGC160CGCCGACATCGGCCGTGTCTCCAGCACCTGCCGGCGGCTG200CGCGAGCTGTGCCAGAGCAGCGGGAAGGTGTGGAAGGAGC240AGTTCCGGGTGAGGTGGCCTTCCCTTATGAAACACTACAG280CCCCACCGACTACGTCAATTGGTTGGAAGAGTATAAAGTT320CGGCAAAAAGCTGGGTTAGAAGCGCGGAAGATTGTAGCCT360CGTTCTCAAAGAGGTTCTTTTCAGAGCACGTTCCTTGTAA400TGGCTTCAGTGACATTGAGAACCTTGAAGGACCAGAGATT440TTTTTTGAGGATGAACTGGTGTGTATCCTAAATATGGAAG480GAAGAAAAGCTTTGACCTGGAAATACTACGCAAAAAAAAT520TCTTTACTACCTGCGGCAACAGAAGATCTTAAATAATCTT560AAGGCCTTTCTTCAGCAGCCAGATGACTATGAGTCGTATC600TTGAAGGTGCTGTATATATTGACCAGTACTGCAATCCTCT640CTCCGACATCAGCCTCAAAGACATCCAGGCCCAAATTGAC680AGCATCGTGGAGCTTGTTTGCAAAACCCTTCGGGGCATAA720ACAGTCGCCACCCCAGCTTGGCCTTCAAGGCAGGTGAATC760ATCCATGATAATGGAAATAGAACTCCAGAGCCAGGTGCTG800GATGCCATGAACTATGTCCTTTACGACCAACTGAAGTTCA840AGGGGAATCGAATGGATTACTATAATGCCCTCAACTTATA880TATGCATCAGGTTTTGATTCGCAGAACAGGAATCCCAATC920AGCATGTCTCTGCTCTATTTGACAATTGCTCGGCAGTTGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。