基因總覽
FBXO10 是一個蛋白質編碼基因,其產物正式名稱為 F-box protein 10。這種蛋白質屬於 F-box 蛋白家族,並作為 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體的受質辨識成分。它含有 F-box 結構域,另有多個 PbH1 重複序列;這些結構特徵構成辨識其蛋白質家族與分子角色的基礎。FBXO10 的主要角色是參與特定蛋白質的泛素化及後續降解;各受質及相關生物學作用見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000432825 ★ | 37,510,892–37,576,380 | 11 |
| ENST00000967085 | 37,510,892–37,576,392 | 11 |
| ENST00000967086 | 37,510,892–37,576,112 | 11 |
| ENST00001021249 | 37,510,892–37,576,392 | 9 |
| ENST00001086926 | 37,510,892–37,576,392 | 11 |
| ENST00001134195 | 37,510,892–37,576,392 | 11 |
| ENST00001021251 | 37,513,586–37,576,392 | 11 |
| ENST00001021252 | 37,515,143–37,576,392 | 11 |
| ENST00000978108 | 37,515,598–37,576,392 | 10 |
| ENST00001107806 | 37,535,346–37,576,392 | 3 |
| ENST00000541607 | 37,541,556–37,576,349 | 3 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
FBXO10 是 SCF 型 E3 ubiquitin ligase 複合體的受質辨識成分,參與將特定蛋白質標記為泛素化受質,並促進其後續降解。此作用可改變受質蛋白的穩定性,進而影響其參與的細胞過程;目前列出的受質涉及細胞凋亡、溶酶體降解與 B 細胞受體訊號。
其中,FBXO10 介導抗凋亡蛋白 BCL2 的泛素化與降解,因此可藉由控制 BCL2 的穩定性參與細胞凋亡調節。這項功能描述的是對 BCL2 蛋白量穩定性的調控,來源未進一步指定其在何種細胞或條件下發生。
FBXO10 也可使晚期糖化終產物受體 RAGE 泛素化,並促進其後續溶酶體降解。這與 BCL2 的描述不同,來源明確指出 RAGE 後續進入溶酶體降解途徑,但未提供其他定位或調控條件。
此外,FBXO10 直接控制 HGAL/GCSAM 的泛素化與降解,並因此降低 BCR 訊號。這顯示 FBXO10 介導的蛋白質降解可連結至訊號傳遞變化;來源所述的方向是 HGAL/GCSAM 降解增加與 BCR 訊號下降相關。上述作用共同指出,FBXO10 可藉由辨識不同受質並促進其泛素化及降解,參與調控蛋白質穩定性與相關細胞功能。
Promoter 與基因調控
>FBXO10 ENST00000432825 GRCh38 chr9:37576280-37577380 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAGCTTCAGACAAGCTAGACGTTTTCCATTTCCACAAAGAGCGATCTTTTCTCCTCCAACCCAACCCACC TGGTCCAAGAGTTTTCACAGGGCTTACCCTGCCCCTCTTCCATTTGGCTAACTCTTTATCTTACTCTGAG AGGTCTTCCTTGACTACCCTTCCTTGGTCCCTAATTTATTTAGTTTTATTTTTGAAACAAGAGTCTCGCC CTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCATGGCTCACTGTTAACCTCGAACTCCTGAGCTCAAGT GATCTTTCCTCCAGCCTCGGCCTGCAAAAGCGCTGGGATTACAGGCATGAACACCTGGCCCCTATTTTTA AATTACAGCTCCTTCCGTGCATTTTCTACAATTTTAAACACATATTGGTTTAAATGACACTTGATTACCG TCTACCTTCTCCACTACAGAATTAACTTCAGGAGAAGAGGAACCATATCTGCTTTGTTCACTTTTGTGCC CATAATAGTAACGGCACCAGCAGCAACAAACATACAGCATTTACTTTGTGGCAGGCATTATGCTAAGCGC CATACATACAACTAATTTAATATGTACTCCTAGTACATTGTCTGGCAGGTAGCCAATGGTCAGTTTGTTC AGTGAATGAACCCAGACCCTACATGCTCATCTACAGGGTGCCTAGCACCCCAGGAAACTGCTCCTTATAC TGTTAGATAACTGGTGCTCGCAGGAATCTTATTTACACTGTATTGGCCTTAGCATGCCTCCCTGCAGTTT CCACCCACTGGTTCTATTTCTGCCCCTTCTGGGGCCACGCAACACGAGCCTGAATCGTCCTTCCGCAAGC TCGCCTTTGCAGTACCCGAAGCCCCACGCGCCCCCTCCTCGTCTGCCTTCCTCCCGCCTCCCGGTGCCCC TCCTGCAGATACAGCTTTTATGCGCGGTGGTCGGGAAGCCCAGCCCCGGCCAGCCAGCTGCTCCCGGCAT CCTTCGCCGCCTTGCGCGTCACATGACGGCGGCGGCTCCGCACGATCCCCAGGCAGCTGTCCGCCCCCGG GCGGGGCTGGCCGCACGCCGCAATCCTACCGGCTGCTGCGGCTCCAGCGGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FBXO10_1 ↗ | 9:37,576,238 | 負股 | 37,576,228–37,576,287 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_D3TC3 · enhancer · 37574106–37576369 · regulatory
ENSR9_9JWNT · promoter · 37576370–37576870 · regulatory
· motif · 37575729–37575742 · motif
· motif · 37575771–37575784 · motif
· motif · 37575771–37575784 · motif
· motif · 37575779–37575792 · motif
· motif · 37576274–37576287 · motif
· motif · 37576278–37576295 · motif
· motif · 37576308–37576323 · motif
· motif · 37576328–37576341 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:956 aa
F-box protein 10 長 956 個胺基酸。其 N 端第 1–48 位為 F-box 結構域;蛋白質另含多個 PbH1 重複序列,分布於第 198–854 位的若干區段。第 314–367 位被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
FBXO10 的細胞定位記錄為細胞質;來源未提供定位變化條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
FBXO10 與 CUL1、SKP1 組成 SCF(FBXO10) 複合體。另有與 BCL2 及 PRDM1 互作的記錄;來源未進一步說明這些互作的具體條件或功能後果。
疾病與遺傳關聯
FBXO10 缺陷可能是瀰漫性大型 B 細胞淋巴瘤的成因之一;提出的關聯途徑是缺陷可能使具有淋巴瘤關鍵作用的癌蛋白 BCL2 累積。此描述屬可能的疾病關聯,並非確定的因果結論。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | FBXO10 是 SCF 型 E3 ubiquitin ligase 複合體的受質辨識成分,可介導抗凋亡蛋白 BCL2 泛素化與降解,藉由控制其穩定性參與細胞凋亡;也使 RAGE 泛素化並進入後續溶酶體降解,且直接控制 HGAL/GCSAM 的泛素化與降解,因而降低 BCR 訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Substrate-recognition component of the SCF (SKP1-CUL1-F-box protein)-type E3 ubiquitin ligase complex. Mediates the ubiquitination and degradation of BCL2, an antiapoptotic protein, thereby playing a role in apoptosis by controlling the stability of BCL2. Targets also the receptor for advanced glycation end products RAGE for ubiquitination and subsequent lysosomal degradation. Directly controls HGAL/GCSAM ubiquitination and degradation and thereby decreases BCR signaling PMID 23431138 ↗ · PMID 28515150 ↗ · PMID 31570756 ↗ |
| 分子活性 | FBXO10 的分子活性包括蛋白質修飾,具體涉及蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | FBXO10 與 CUL1、SKP1 構成 SCF(FBXO10) 複合體;另有與 BCL2 及 PRDM1 互作的記錄。來源未在此項資料中說明互作條件或其功能後果。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the SCF(FBXO10) complex consisting of CUL1, SKP1 and FBXO10. Interacts with BCL2. Interacts with PRDM1 PMID 23431138 ↗ · PMID 24613396 ↗ |
| 細胞定位 | FBXO10 的細胞定位記錄為細胞質。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | FBXO10 缺陷可能是瀰漫性大型 B 細胞淋巴瘤的成因之一;可能的關聯途徑是缺陷使癌蛋白 BCL2 累積,而 BCL2 在淋巴瘤中具有關鍵作用。此主張保留「可能」的不確定性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Defects in FBXO10 may be a cause of diffuse large B-cell lymphoma by allowing the accumulation of BCL2, an oncoprotein that has a critical role in lymphomas PMID 23431138 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACATGACGGCGGCGGCTCCGCACGATCCCCAGGCAGCTGT40CCGCCCCCGGGCGGGGCTGGCCGCACGCCGCAATCCTACC80GGCTGCTGCGGCTCCAGCGGGGGCGGCGGGTGGCTTCCAG120GGCACCGGCGGCCGCGGCCCGGACTCCGCGGTGGGCGAGC160GCCCTGTGAGGTGACCATGGAGGCTGGTGGCCTCCCCTTG200GAGCTGTGGCGCATGATCTTAGCCTACTTGCACCTTCCCG240ACCTGGGCCGCTGCAGCCTGGTATGCAGGGCCTGGTATGA280ACTGATCCTCAGTCTCGACAGCACCCGCTGGCGGCAGCTG320TGTCTGGGTTGCACCGAGTGCCGCCATCCCAATTGGCCCA360ACCAGCCAGATGTGGAGCCTGAGTCTTGGAGAGAAGCCTT400CAAGCAGCATTACCTTGCATCCAAGACATGGACCAAGAAT440GCCTTGGACTTGGAGTCTTCCATCTGCTTTTCTCTATTCC480GCCGGAGGAGGGAACGACGTACCCTGAGTGTTGGGCCAGG520CCGTGAGTTTGACAGCCTGGGCAGTGCCTTGGCCATGGCC560AGCCTGTATGACCGAATTGTGCTCTTCCCAGGTGTGTACG600AAGAGCAAGGTGAAATCATCTTGAAGGTGCCTGTGGAGAT640TGTAGGGCAGGGGAAGTTGGGTGAAGTGGCCCTGCTGGCC680AGCATTGATCAGCACTGCTCAACCACACGCCTGTGCAACC720TCGTCTTCACGCCAGCCTGGTTCTCACCCATCATGTATAA760GACAACATCAGGTCACGTCCAGTTTGACAACTGCAACTTT800GAGAACGGGCACATCCAGGTCCATGGCCCGGGTACTTGCC840AAGTGAAGTTCTGTACCTTCAAAAACACCCATATCTTCCT880GCACAACGTGCCCCTGTGTGTCCTGGAAAACTGTGAATTT920GTGGGCAGTGAAAACAACTCTGTGACTGTTGAGGGTCACC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。