基因總覽
FBXL6 是一種由蛋白質編碼基因產生的蛋白質,名稱為 F-box and leucine rich repeat protein 6。其序列包含 F-box 與多個 leucine-rich repeat(LRR)重複區,符合名稱所示的結構特徵。已知它是 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識成分;現有資料未提供更詳細的底物或生物學過程資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000331890 ★ | 144,355,431–144,358,472 | 9 |
| ENST00000455319 | 144,355,427–144,358,541 | 9 |
| ENST00000876696 | 144,355,427–144,358,541 | 9 |
| ENST00000876697 | 144,355,427–144,358,541 | 8 |
| ENST00000876698 | 144,355,427–144,358,541 | 9 |
| ENST00000876699 | 144,355,427–144,358,541 | 9 |
| ENST00000876700 | 144,355,427–144,358,541 | 7 |
| ENST00000876701 | 144,355,427–144,358,541 | 8 |
| ENST00000876702 | 144,355,427–144,358,475 | 8 |
| ENST00000913928 | 144,355,427–144,358,541 | 9 |
| ENST00000913929 | 144,355,427–144,358,541 | 8 |
| ENST00000913930 | 144,355,427–144,358,541 | 8 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
FBXL6 是 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識成分。這項描述指出它在該複合體中參與底物辨識,但現有資料未說明具體辨識哪些底物,也未提供其辨識條件或下游作用的細節。
Promoter 與基因調控
>FBXL6 ENST00000331890 GRCh38 chr8:144358372-144359472 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GACCGCAGCCCAGGAGTCTTGGGCACACCTGCACCTCCCTCCCACTCACCCTCTGGAAGCTCTTTGACCA CCACAGGTAGCTCCACCCAGATCCCATTGACCGCAGCCCAGGAGCCCATGCCGAAGAGAGCCACCAGCAG GTGGGTCAGCACCGGACGGGCGGGCGTGGGTGCTGCCATTCAGCCCAAGGCTGGGCCCTTCCAGGTCAGG GCAAAGGTCACAGCCAGTTCTTTTCCCACCTAGGGCCAGACACGCTTTGGCTCTCCTGGGAAGTGAAGAC TTCTTCTAGCTTGAAAGAAACAGAGAAACAGATAGGATGCAGAGCCGGAGTCAGAACAGGGTGAGACCAG GGGAACTGGGGGAGCCCCGGGCAGGAGCGCAGATGGGGAGGATTGGCTAAAACGTACCCAGCGGGACCGC CGGCAGGCAGGGAAGCAGGAAGCCGGCCCGAGTCGCTGCGGCCCCAGGGGAGGAGGCCGAAGGAGCGAGT GGAGCCCTCCTCTCCAGGGAGAGGCGGGGCTGGAGTCAACGCCACCACCACCCCAAGCCGGACGCCGGGA AAGGGCGCCTACCAGGAGGAGCCACGCACACCCCAGGGCTTCACGGTGCCCGCGACCGCAAGAGCCAAGT CAGATCCCAGGGGAGTGGCCGGGACGGCTCTGCTCGGAGGGGCGCCGCCCTCTCGGTACCGTCAGGTGGG CGACTCGGGAGCCGTCCGGTCCCTGCGCCTCCCGGTCCCGCGCCCAGTGCGCTCCCGCTCCAGTGCCGGC TTCCCGCCACGCCGGGACACCGCCGTCCGGCCCAGGGACGCCACCTCAGTCCGGAGCGCGCAGGACCCGG CAGCAGCCACGACCCGACTCACCCGTGGCGGTTCCGGGCCCGCCCCCGGCATGGCCCACGACCGGAAGTC CCGCCCCGGAAGCTGGTCGGCGGGCGGGCGGGCGTTGAGAGGAACCGGGGGGTTGTCGGTCTATAAGCCT CGCCCGTTCCGCTCCCTGGGGCTTCCCCGAGCGCCGTCGGTGGTCATGGCTGCCCCAGCCTCCCGGCAGG TCCGACGCAGAGCCCGGGCAGCGCCGCGGCCCCGCTCGGCCGAGGACTGGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FBXL6_1 ↗ | 8:144,358,472 | 負股 | 144,358,462–144,358,521 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR8_945B27 · promoter · 144354154–144354654 · regulatory
ENSR8_7BH73H · promoter · 144354904–144355000 · regulatory
ENSR8_945B2G · enhancer · 144355001–144355454 · regulatory
ENSR8_538XQCQ · CTCF_binding_site · 144355758–144355779 · regulatory
ENSR8_538XQD7 · CTCF_binding_site · 144355861–144355882 · regulatory
ENSR8_B33MJ8 · promoter · 144358462–144359198 · regulatory
· motif · 144355760–144355776 · motif
· motif · 144355856–144355871 · motif
· motif · 144355861–144355873 · motif
· motif · 144355863–144355879 · motif
· motif · 144355864–144355871 · motif
· motif · 144356000–144356015 · motif
· motif · 144356534–144356547 · motif
· motif · 144356534–144356549 · motif
· motif · 144356729–144356742 · motif
· motif · 144356736–144356751 · motif
· motif · 144356742–144356754 · motif
· motif · 144357402–144357415 · motif
· motif · 144357676–144357683 · motif
· motif · 144357951–144357964 · motif
· motif · 144357967–144357984 · motif
· motif · 144358138–144358151 · motif
· motif · 144358144–144358157 · motif
· motif · 144358158–144358171 · motif
· motif · 144358271–144358284 · motif
· motif · 144358281–144358294 · motif
· motif · 144358329–144358338 · motif
· motif · 144358379–144358395 · motif
· motif · 144358475–144358489 · motif
· motif · 144358549–144358558 · motif
· motif · 144358563–144358572 · motif
· motif · 144358563–144358577 · motif
· motif · 144358581–144358594 · motif
· motif · 144358590–144358604 · motif
· motif · 144358628–144358642 · motif
· motif · 144358827–144358840 · motif
· motif · 144358827–144358840 · motif
· motif · 144358843–144358860 · motif
· motif · 144358852–144358860 · motif
· motif · 144359000–144359013 · motif
· motif · 144359000–144359013 · motif
· motif · 144359360–144359375 · motif
· motif · 144359458–144359473 · motif
· motif · 144359465–144359480 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:539 aa
FBXL6 蛋白質長 539 個胺基酸。其 F-box 區域位於第 10–162 位;另有 11 個標註的 LRR 重複區,分布於第 177–507 位,其中各重複區的起訖位置不完全連續。序列註解也標示第 1–27 位及第 49–111 位為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- SKP1P63208 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
FBXL6 被記錄為可直接與 SKP1 和 CUL1 互作。這是直接互作的描述;資料未進一步說明互作的實驗情境或其他互作分子。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | FBXL6 是 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體中的底物辨識成分。此描述指出它在複合體中的辨識角色,但未提供具體底物或辨識條件。 | 推論支持 | 證據與來源Substrate-recognition component of the SCF (SKP1-CUL1-F-box protein)-type E3 ubiquitin ligase complex |
| 交互作用 | FBXL6 被描述為可直接與 SKP1 及 CUL1 互作;此項資料僅指出直接互作,未說明互作的實驗條件或其功能後果。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCTTCCCCGAGCGCCGTCGGTGGTCATGGCTGCCCCAGCC40TCCCGGCAGGTCCGACGCAGAGCCCGGGCAGCGCCGCGGC80CCCGCTCGGCCGAGGACTGGTGGTGGGACCGGCTGGCGCC120GAGGGGCTCGGGGTACCACCTGCTGCAGTCCGACAGCATG160CTGCTGGTGCTGTCCGAACCCGGCCCCGCCCGGCCCCGCG200CACAGCGGCGCGCTTCCCGCCGCACTCCCCGGCAGCCGCC240CCGGGGCCCCAGCGCCGCGGCCAAGCCCAAGGCCGGGCTC280AGGTCCGAGGCGGCGGCCGCGCCCGCACCCGCACCGGCAC320CCACGCCCACGCCCGAGGAAGGGCCCGACGCGGGCTGGGG360AGACCGCATTCCCTTGGAAATCCTGGTGCAGATTTTCGGG400TTGTTGGTGGCGGCGGACGGCCCCATGCCCTTCCTGGGCA440GGGCTGCGCGCGTGTGCCGCCGCTGGCAGGAGGCCGCTTC480CCAACCCGCGCTCTGGCACACCGTGACCCTGTCGTCCCCG520CTGGTCGGCCGGCCTGCCAAGGGCGGGGTCAAGGCGGAGA560AGAAGCTCCTTGCTTCCCTGGAGTGGCTTATGCCCAATCG600GTTTTCACAGCTCCAGAGGCTGACCCTCATCCACTGGAAG640TCTCAGGTACACCCCGTGTTGAAGCTGGTAGGTGAGTGCT680GTCCTCGGCTCACTTTCCTCAAGCTCTCCGGCTGCCACGG720TGTGACTGCTGACGCTCTGGTCATGCTAGCCAAAGCCTGC760TGCCAGCTCCATAGCCTGGACCTACAGCACTCCATGGTGG800AGTCCACAGCTGTGGTGAGCTTCTTGGAGGAGGCAGGGTC840CCGAATGCGCAAGTTGTGGCTGACCTACAGCTCCCAGACG880ACAGCCATCCTGGGCGCACTGCTGGGCAGCTGCTGCCCCC920AGCTCCAGGTCCTGGAGGTGAGCACCGGCATCAACCGTAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。