基因總覽
FBXL3 是蛋白質編碼基因，產物為 F-box and leucine rich repeat protein 3。此蛋白屬於含 F-box 與 leucine-rich repeat（LRR）的蛋白質，並作為 SCF(FBXL3) E3 ubiquitin ligase complex 的底物辨識成分。其蛋白質序列具有 F-box 區域及多個 LRR 重複序列，提供辨識該蛋白質家族結構特徵的基礎。FBXL3 的主要生物學角色與晝夜節律功能相關；更具體的分子作用及其對時鐘振盪的影響，以下另行說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000355619 ★ | 77,005,260–77,027,159 | 5 |
| ENST00000976149 | 76,992,599–77,027,211 | 5 |
| ENST00001010338 | 76,992,599–77,027,211 | 5 |
| ENST00001111296 | 77,000,239–77,027,211 | 5 |
| ENST00000914959 | 77,004,246–77,027,186 | 5 |
| ENST00000885159 | 77,004,932–77,027,188 | 5 |
| ENST00000885163 | 77,005,256–77,026,345 | 5 |
| ENST00000885160 | 77,005,260–77,027,186 | 5 |
| ENST00000885164 | 77,005,260–77,023,964 | 4 |
| ENST00000976151 | 77,005,260–77,027,211 | 4 |
| ENST00001131584 | 77,005,260–77,027,211 | 5 |
| ENST00000885162 | 77,005,261–77,027,211 | 5 |
顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
FBXL3 是 SCF(FBXL3) E3 ubiquitin ligase complex 的底物辨識成分，參與晝夜節律功能。此複合體主要在細胞核內作用，促進 CRY1 與 CRY2 的 ubiquitination，並接續使兩者降解。藉由調節這兩種蛋白質的穩定性，FBXL3 參與維持晝夜節律時鐘振盪的速度與穩健性；來源指出，這兩方面都是其時鐘功能的重要部分。
這項作用屬於蛋白質修飾與 ubiquitination。SCF(FBXL3) complex 對 CRY1、CRY2 的調控，將底物辨識與後續降解連結起來，並與時鐘振盪特性的維持相關。現有資料未進一步說明這些步驟如何分別影響振盪速度或穩健性，因此不宜將兩者拆解為更具體的作用機制。
SCF(FBXL3) complex 的活性受到 SCF(FBXL21) complex 抵銷。這表示 FBXL3 介導的 CRY1、CRY2 調控並非唯一方向的複合體作用；來源支持兩個複合體之間具有相反調節關係，但未提供其細節或條件。整體而言，FBXL3 的功能重點是透過 SCF 複合體參與蛋白質 ubiquitination 與降解，並協助維持晝夜節律時鐘振盪的速度及穩健程度。
Promoter 與基因調控
>FBXL3 ENST00000355619 GRCh38 chr13:77027059-77028159 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGAACTTCGACGTAACTTTATACATGGCTTCCTAGCTCAATTTCTTGAGAAAACGGGAAGAACGGAGAG CTCCCTGGGCACCACTGCTTTTCAGTGTCTTATACATGGGTCTGAGTGTTCTAAGACATCTTTGAATGGA AAACTACTTTCTCTCTTTTTTTTTGGAGGTGTAGAGAGGAATGGCGCATGATTCAACTTAATGATATTGC ACCTAAGAATGTTTCTAACTGTAAGAAAACGCAGTATCAAAAAATCCAAACTTTAAAACAAGTCAACTAG GTAGCAGTTACAAAGATGCCTTGATTTACAAAAGGATTCACCAGAGGTTTTCTTTTCAGCAGCTTTGTAA TCCTTTACTTTCCCCATTGCGTTTCAAAAGCTATTTACAAATTTCAGGACTCTATTTCATAAAGCAAATG TCGTTTTTAAAATGTAATAACTCTAATGATAAAAGCCACTTTAGAAATATTGGGAAATACAAATATTTGA AAAACAAAAACCATGTGCAATCCCAGCGTTAATACTCTCACTATTCTGGTACATTTCCTTGGCATCTTTT AAGCACCACTTATGCACATCGATGCGCGGGTCTTCGGAGACTGTATTTAACTCCTCGGTTTCAGGCATCC GGGGCGGCCACCCGCGGGCCGCGGTCCCCAGCAGGCTCCGGCGAGACTCCTTCCTTTCTTTTTTCTGCTC CACCTCCCTAAACCTTCCAGTTTCAGCCACAGATAGTCTCTTCCACATATAGCTAGCTTCAGCCCTCCCA CATTCCATCTCAAAACAACAAAAAAAATCCCCTTCAAGCGGGAGTCACATCTCTGGCAGGAAGGCAGAGG CTCGTCCCACAGCAAGGAGACTGGGGCGGCCGCAGCGCGCGCTCCCGCTTGGGCGCGGCCCTACTCCCGC CGGGCTCCGCCCCCCCCCCGCCCCCTTCCCGCCCCCTTGGGCGGGGACGCGCCAGGGAAGCGCGCGGCCG CGAGCCCTGGGCGCCATTTTAGACTCGCTGTTTGTGGCCCAGGTGCAGGAAGCTTACGCGGTGGCAGCCG CTCGCTGAGGTAGTCTCTCGCGGCGCCGGGGATCCCTGAACACAGACAGCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FBXL3_1 ↗ | 13:77,027,159 | 負股 | 77,027,149–77,027,208 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR13_935KFL · enhancer · 77022380–77022716 · regulatory
ENSR13_76J9SK · enhancer · 77025163–77025276 · regulatory
ENSR13_935KGQ · promoter · 77026277–77026777 · regulatory
ENSR13_935KGW · enhancer · 77026778–77027148 · regulatory
ENSR13_BK9Q2 · promoter · 77027149–77027954 · regulatory
ENSR13_BK9Q5 · enhancer · 77027955–77028605 · regulatory
ENSR13_84962C · enhancer · 77029581–77029720 · regulatory
· motif · 77025741–77025752 · motif
· motif · 77025741–77025752 · motif
· motif · 77025743–77025752 · motif
· motif · 77026163–77026185 · motif
· motif · 77026163–77026185 · motif
· motif · 77026208–77026220 · motif
· motif · 77026211–77026218 · motif
· motif · 77026503–77026515 · motif
· motif · 77027039–77027059 · motif
· motif · 77027133–77027142 · motif
· motif · 77027140–77027155 · motif
· motif · 77027161–77027171 · motif
· motif · 77027214–77027224 · motif
· motif · 77027225–77027235 · motif
· motif · 77027231–77027241 · motif
· motif · 77027232–77027242 · motif
· motif · 77027236–77027246 · motif
· motif · 77027503–77027518 · motif
· motif · 77028407–77028420 · motif
· motif · 77028407–77028420 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：428 aa
F-box and leucine rich repeat protein 3 長 428 個胺基酸。其 F-box 位於第 34–81 位；另註記有 7 個 LRR 重複區，分布於第 119–146、181–207、208–233、234–259、316–341、343–368 與 369–394 位。第 1–27 位則標註為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
FBXL3 位於細胞核與細胞質，整體以細胞核為主。 來源未提供其在不同條件下的定位變化或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- CEP57Q86XR8-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MSRAQ9UJ68 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PICK1Q9NRD5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Cry2Q9R194 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
- Skp1Q9WTX5 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
依相似性資料，FBXL3 與 CUL1、SKP1、RBX1 組成 SCF(FBXL3) E3 ubiquitin-protein ligase complex。FBXL3 亦與磷酸化的 CRY1、CRY2 有互作；對 HDAC3 與 KDM8 的互作則同樣標示為依相似性推定，未提供更具體的互作條件。
疾病與遺傳關聯
FBXL3 相關變異被報告與常染色體隱性智力發展障礙伴短身材、臉部異常及語言缺陷（IDDSFAS）有關。此疾病可見整體發展遲緩、程度不一的智力發展受損、語言延遲或含糊及身材矮小；部分患者有大而圓的鼻子、程度不一的小下顎後縮、關節過度鬆弛或脫位。此資料描述的是基因變異與疾病的關聯，未提供特定變異細節。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | FBXL3 是 SCF(FBXL3) E3 ubiquitin ligase complex 的底物辨識成分，參與晝夜節律功能，並有助維持時鐘振盪的速度與穩健性。此複合體主要在細胞核內促使 CRY1、CRY2 ubiquitination，並使其後續降解；其活性受到 SCF(FBXL21) complex 抵銷。 | 含實驗來源 | 證據與來源Substrate-recognition component of the SCF(FBXL3) E3 ubiquitin ligase complex involved in circadian rhythm function. Plays a key role in the maintenance of both the speed and the robustness of the circadian clock oscillation. The SCF(FBXL3) complex mainly acts in the nucleus and mediates ubiquitination and subsequent degradation of CRY1 and CRY2. Activity of the SCF(FBXL3) complex is counteracted by the SCF(FBXL21) complex PMID 17463251 ↗ · PMID 23452855 ↗ · PMID 27565346 ↗ |
| 分子活性 | FBXL3 相關的活動包括蛋白質修飾，特別是蛋白質 ubiquitination。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | 依相似性資料，FBXL3 是 SCF(FBXL3) E3 ubiquitin-protein ligase complex 的一員，該複合體由 CUL1、SKP1、RBX1 與 FBXL3 組成。FBXL3 與磷酸化的 CRY1、CRY2 有互作；與 HDAC3、KDM8 的互作則依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of the SCF (SKP1-CUL1-F-box) E3 ubiquitin-protein ligase complex SCF(FBXL3) composed of CUL1, SKP1, RBX1 and FBXL3 (By similarity). Interacts with CRY1 and CRY2 (phosphorylated). Interacts with HDAC3 (By similarity). Interacts with KDM8 (By similarity) PMID 17463251 ↗ |
| 細胞定位 | FBXL3 位於細胞核與細胞質，且主要定位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | FBXL3 所代表基因的變異與常染色體隱性智力發展障礙伴短身材、臉部異常及語言缺陷有關。疾病表現包括整體發展遲緩、輕至重度智力發展受損、語言延遲或含糊、身材矮小；部分患者有大而圓的鼻子、程度不一的小下顎後縮、關節過度鬆弛或脫位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Intellectual developmental disorder with short stature, facial anomalies, and speech defects IDDSFAS An autosomal recessive disorder characterized by global developmental delay, mildly to severely impaired intellectual development, delayed or slurred speech, and short stature. Dysmorphic features included a large bulbous nose and variable microretrognathia. Some patients show joint hyperlaxity and dislocations. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 606220 PMID 30481285 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGACTCGCTGTTTGTGGCCCAGGTGCAGGAAGCTTACGCG40GTGGCAGCCGCTCGCTGAGGTAGTCTCTCGCGGCGCCGGG80GATCCCTGAACACAGACAGCGCGGGACTGAGAAGGAAAGC120TTCTTTCTGGGCAGCCAGAGCCGCAAAGGTGGAGCCGCGT160TGGCGCCCTCCGCGGGACCAGCGCCTCGGATGCGGGCGGA200GCGCGGGGGGCCGCGGCTGCGGGAGCGCGAAGCGGGGGGC240CAGGGGCGCCTCATGTGAGAGCCGCGGGACCTGCAGCCGC280CGCCGTCCCCGGAGCACGGGGTGGTGTGTGGGGGAAGCCG320CCCCCGGCAGCAGGATGAAACGAGGAGGAAGAGATAGTGA360CCGTAATTCATCAGAAGAAGGAACTGCAGAGAAATCCAAG400AAACTGAGGACTACAAATGAGCATTCTCAGACTTGTGATT440GGGGTAATCTCCTTCAGGACATTATTCTCCAAGTATTTAA480ATATTTGCCTCTTCTTGACCGGGCTCATGCTTCACAAGTT520TGCCGCAACTGGAACCAGGTATTTCACATGCCTGACTTGT560GGAGATGTTTTGAATTTGAACTGAATCAGCCAGCTACATC600TTATTTGAAAGCTACCCATCCAGAGCTGATCAAACAGATT640ATTAAAAGACATTCAAACCATCTACAATATGTCAGCTTCA680AGGTGGACAGCAGCAAGGAATCAGCTGAAGCAGCTTGTGA720TATACTATCGCAACTTGTGAATTGCTCTTTAAAAACACTT760GGACTTATTTCAACTGCTCGACCAAGCTTTATGGATTTAC800CAAAGTCTCACTTTATCTCTGCACTGACAGTTGTGTTCGT840AAACTCCAAATCCCTGTCTTCGCTTAAGATAGATGATACT880CCAGTAGATGATCCATCTCTCAAAGTACTAGTGGCCAACA920ATAGTGATACACTCAAGCTGTTGAAAATGAGCAGCTGTCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。