演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

FBXL21PFBL3B

F-box and leucine rich repeat protein 21, pseudogene

FBXL21P 是一個已轉錄的假基因,與編碼 F-box 家族蛋白質的基因相關。

Homo sapiens5q31.1
OFFICIAL SYMBOL
FBXL21P
CHROMOSOME
5
LOCUS TYPE
transcribed_unitary_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

FBXL21P 的正式名稱為 F-box and leucine rich repeat protein 21, pseudogene,屬於假基因。資料將此位點描述為已轉錄,並指出它與編碼 F-box 家族蛋白質的基因相關;但現有資訊未說明其轉錄產物的性質,也未提供足以描述蛋白質產物、結構或分子作用的資料,因此不應將其當作已確認會產生功能性蛋白質的基因來介紹。

Official symbol
FBXL21P
Gene name
F-box and leucine rich repeat protein 21, pseudogene
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:13600
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
FBL3BFbl21FBXL3BFBXL3PFBXL21

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 55q31.1
chr5 · 181,538,259 bp · GRCh38chr5p15.33 · 1–4400000 · gnegchr5p15.32 · 4400001–6300000 · gpos25chr5p15.31 · 6300001–9900000 · gnegchr5p15.2 · 9900001–15000000 · gpos50chr5p15.1 · 15000001–18400000 · gnegchr5p14.3 · 18400001–23300000 · gpos100chr5p14.2 · 23300001–24600000 · gnegchr5p14.1 · 24600001–28900000 · gpos100chr5p13.3 · 28900001–33800000 · gnegchr5p13.2 · 33800001–38400000 · gpos25chr5p13.1 · 38400001–42500000 · gnegchr5p12 · 42500001–46100000 · gpos50chr5p11 · 46100001–48800000 · acenchr5q11.1 · 48800001–51400000 · acenchr5q11.2 · 51400001–59600000 · gnegchr5q12.1 · 59600001–63600000 · gpos75chr5q12.2 · 63600001–63900000 · gnegchr5q12.3 · 63900001–67400000 · gpos75chr5q13.1 · 67400001–69100000 · gnegchr5q13.2 · 69100001–74000000 · gpos50chr5q13.3 · 74000001–77600000 · gnegchr5q14.1 · 77600001–82100000 · gpos50chr5q14.2 · 82100001–83500000 · gnegchr5q14.3 · 83500001–93000000 · gpos100chr5q15 · 93000001–98900000 · gnegchr5q21.1 · 98900001–103400000 · gpos100chr5q21.2 · 103400001–105100000 · gnegchr5q21.3 · 105100001–110200000 · gpos100chr5q22.1 · 110200001–112200000 · gnegchr5q22.2 · 112200001–113800000 · gpos50chr5q22.3 · 113800001–115900000 · gnegchr5q23.1 · 115900001–122100000 · gpos100chr5q23.2 · 122100001–127900000 · gnegchr5q23.3 · 127900001–131200000 · gpos100chr5q31.1 · 131200001–136900000 · gnegchr5q31.2 · 136900001–140100000 · gpos25chr5q31.3 · 140100001–145100000 · gnegchr5q32 · 145100001–150400000 · gpos75chr5q33.1 · 150400001–153300000 · gnegchr5q33.2 · 153300001–156300000 · gpos50chr5q33.3 · 156300001–160500000 · gnegchr5q34 · 160500001–169000000 · gpos100chr5q35.1 · 169000001–173300000 · gnegchr5q35.2 · 173300001–177100000 · gpos25chr5q35.3 · 177100001–181538259 · gnegFBXL21Ppq1 bp181,538,259 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr5:135,934,368–135,941,671
Gene span
7,304 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000297158 ★135,934,368–135,941,6715

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前資料僅指出 FBXL21P 是已轉錄的假基因,且與編碼 F-box 家族蛋白質的基因相關。這項描述提供的是位點分類與家族關聯,並未說明其轉錄產物是否具有特定功能,也未交代它是否參與任何生物過程。由於 FBXL21P 被分類為假基因,不能據此推定它會產生功能性蛋白質;現有來源亦未提供可進一步描述其分子作用方式或生物學意義的證據。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 135934368 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>FBXL21P ENST00000297158 GRCh38 chr5:135933368-135934468 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AAATCACTCATGTCTGCCTCTTTACTATAACTGTGGTGGTATTATGTGCTACTAAAATCTGGAACTGGAA
GATTTACACAGCCTGTAAACAGATAATTGTAGTCATGAATTCCCTCACATTTTTTGTAGTATCTCTCTAT
AGACATTAATTAAAATACAGATTCTCAGAGTCCATTCACTCTTTGATCCATAGCCTTGGTAAAGCCTCAA
GAATAATTCCTGGGAATCATAACAAGATTTCCACTAACCATGCTAATTTTTTGGAATTTGTTTTGTTTTT
GTTTTGTTTTACTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTAAGACAGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGACTGGAGTGCA
GTGGTGTGATCTCAGCTCACCGCAACCGCTGCCTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGG
CATGCGCCACTAACACTCAGCTAATTTTTGTATTTTTGTATTTTAAAAAATTTTAAAAAGTTTTTTTAAT
TTTAGAAATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAATGGTGCACCTGCC
TCGGCCTCGCAAAGTGTTGGGATTACAGATGTGAGCCACCACGCCCGGCAGGGCTAGGTTTTTTTGCGTG
GTTTTTTTTTTTTTTTCTTTGATACGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGCGTGCAGTGGTGCAATCT
CTGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACTCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGAC
TACAGGCACCCGCCGCTATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAAGGTTTCATCAATGAACA
ACAACAAAAAATAGTTTCAGAATCAATAATTTCTAACAAAATCCTTCAATATATAGAGTGATATATAAAG
AGCCTAAGCATAGAAATTATTGAATGTTTATTTATGTATTCTGATGAATGTGTTTTTGTGGTATTTCACC
AAGATAGGAAGTGAAATCAAATGGAGGTTGGTGAGTACCCCACGGCAACCATTGCTTCGTTTCATGGTTC
AGAGTGAACTCTAATCTGGAAGCCTTCCTTAGGTAAGAAAAGCTTGAAAAA
FBXL21P 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR5_93ZXPM · promoter · 135929996–135930413 · regulatory

ENSR5_93ZXPR · enhancer · 135930414–135930881 · regulatory

ENSR5_536Z8PF · CTCF_binding_site · 135930609–135930630 · regulatory

ENSR5_85ZWK6 · enhancer · 135935006–135935246 · regulatory

· motif · 135929958–135929967 · motif

· motif · 135930611–135930627 · motif

· motif · 135935122–135935133 · motif

· motif · 135937435–135937449 · motif

· motif · 135937435–135937449 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

FBXL21P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000297158 ★transcribed_unitary_pseudogene1,387 nt5

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與基因產物定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能FBXL21P 所在位點是一個已轉錄的假基因,與編碼 F-box 家族蛋白質的基因相關。這項描述沒有進一步指出其轉錄產物的功能,也未證明該位點會產生功能性蛋白質。資料庫紀錄
證據與來源

This locus represents a transcribed pseudogene that is related to genes encoding members of the F-box family of proteins.

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000297158 · 1,387 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATGGAGGTTGGTGAGTACCCCACGGCAACCATTGCTTCGT40
41TTCATGGTTCAGAGTGAACTCTAATCTGGAAGCCTTCCTT80
81AGATGAAGAGGAACAGTTTATCTGTTGAGAATAAAATTGT120
121CCAGTTGTCAGGAGCAGCGAAACAGCCAAAAGTTGGGTTC160
161TACTCTTCTCTCAACCAGACTCATACACACACGGTTCTTC200
201TAGACTGGGGGAGTTTGCCTCACCATGTAGTATTACAAAT240
241TTTTCAGTAACTTCCTTTACTAGATCGGGCCTGTGCATCT280
281TCTGTATGTAGGAGGTGGAATGAAGTTTTTCATATTTCTG320
321ACCTTTGGAGAAAGTTTGAATTTGAACTGAACCAGTCAGC360
361TACTTCATCTTTTAAGTCCACTCATCCTGATCTCATTCAG400
401CAGATCATTAAAAAGCATTTTGCTCATCTTCAGTATGTCA440
441GCTTTAAGGTTGACAGTAGCGCTGAGTCAGCAGAAGCTGC480
481CTGTGATATACTCTCTCAGCTGGTAAATTGTTCCATCCAG520
521ACCTTGGGCTTGATTTCAACAGCCAAGCCAAGTTTCATGA560
561ATGTGTCGGAGTCTCATTTTGTGTCAGCACTTACAGTTGT600
601TTTTATCAACTCAAAATCATTATCATCAATCAAAATTGAA640
641GATACACCAGTGGATGATCCTTCATTGAAGATTCTTGTGG680
681CCAATAATAGTGACACTCTAAGACTCCCAAAGATGAGTAG720
721CTGTCCTCATGTTTCATCTGATGGAATTCTTTGTGTAGCT760
761GACCGTTGTCAAGGCCTTAGAGAACTGGCGTTGAATTATT800
801ACATCCTAACTGATGAACTTTTCCTTGCACTCTCAAGCGA840
841GACTCATGTTAACCTTGAACATCTTCGAATTGATGTTGTG880
881AGTGAAAATCCTGGACAGATTAAATTTCATGCTGTTAAAA920
921AACACAGTTGGGATGCACTTATTAAACATTCCCCTAGAGT960

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。