基因總覽
FBXL21P 的正式名稱為 F-box and leucine rich repeat protein 21, pseudogene,屬於假基因。資料將此位點描述為已轉錄,並指出它與編碼 F-box 家族蛋白質的基因相關;但現有資訊未說明其轉錄產物的性質,也未提供足以描述蛋白質產物、結構或分子作用的資料,因此不應將其當作已確認會產生功能性蛋白質的基因來介紹。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000297158 ★ | 135,934,368–135,941,671 | 5 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
目前資料僅指出 FBXL21P 是已轉錄的假基因,且與編碼 F-box 家族蛋白質的基因相關。這項描述提供的是位點分類與家族關聯,並未說明其轉錄產物是否具有特定功能,也未交代它是否參與任何生物過程。由於 FBXL21P 被分類為假基因,不能據此推定它會產生功能性蛋白質;現有來源亦未提供可進一步描述其分子作用方式或生物學意義的證據。
Promoter 與基因調控
>FBXL21P ENST00000297158 GRCh38 chr5:135933368-135934468 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAATCACTCATGTCTGCCTCTTTACTATAACTGTGGTGGTATTATGTGCTACTAAAATCTGGAACTGGAA GATTTACACAGCCTGTAAACAGATAATTGTAGTCATGAATTCCCTCACATTTTTTGTAGTATCTCTCTAT AGACATTAATTAAAATACAGATTCTCAGAGTCCATTCACTCTTTGATCCATAGCCTTGGTAAAGCCTCAA GAATAATTCCTGGGAATCATAACAAGATTTCCACTAACCATGCTAATTTTTTGGAATTTGTTTTGTTTTT GTTTTGTTTTACTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTAAGACAGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGACTGGAGTGCA GTGGTGTGATCTCAGCTCACCGCAACCGCTGCCTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGG CATGCGCCACTAACACTCAGCTAATTTTTGTATTTTTGTATTTTAAAAAATTTTAAAAAGTTTTTTTAAT TTTAGAAATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAATGGTGCACCTGCC TCGGCCTCGCAAAGTGTTGGGATTACAGATGTGAGCCACCACGCCCGGCAGGGCTAGGTTTTTTTGCGTG GTTTTTTTTTTTTTTTCTTTGATACGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGCGTGCAGTGGTGCAATCT CTGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACTCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGAC TACAGGCACCCGCCGCTATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAAGGTTTCATCAATGAACA ACAACAAAAAATAGTTTCAGAATCAATAATTTCTAACAAAATCCTTCAATATATAGAGTGATATATAAAG AGCCTAAGCATAGAAATTATTGAATGTTTATTTATGTATTCTGATGAATGTGTTTTTGTGGTATTTCACC AAGATAGGAAGTGAAATCAAATGGAGGTTGGTGAGTACCCCACGGCAACCATTGCTTCGTTTCATGGTTC AGAGTGAACTCTAATCTGGAAGCCTTCCTTAGGTAAGAAAAGCTTGAAAAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_93ZXPM · promoter · 135929996–135930413 · regulatory
ENSR5_93ZXPR · enhancer · 135930414–135930881 · regulatory
ENSR5_536Z8PF · CTCF_binding_site · 135930609–135930630 · regulatory
ENSR5_85ZWK6 · enhancer · 135935006–135935246 · regulatory
· motif · 135929958–135929967 · motif
· motif · 135930611–135930627 · motif
· motif · 135935122–135935133 · motif
· motif · 135937435–135937449 · motif
· motif · 135937435–135937449 · motif
基因座與轉錄註解
FBXL21P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000297158 ★ | transcribed_unitary_pseudogene | 1,387 nt | 5 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | FBXL21P 所在位點是一個已轉錄的假基因,與編碼 F-box 家族蛋白質的基因相關。這項描述沒有進一步指出其轉錄產物的功能,也未證明該位點會產生功能性蛋白質。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源This locus represents a transcribed pseudogene that is related to genes encoding members of the F-box family of proteins. |
DNA 與 RNA 序列
ATGGAGGTTGGTGAGTACCCCACGGCAACCATTGCTTCGT40TTCATGGTTCAGAGTGAACTCTAATCTGGAAGCCTTCCTT80AGATGAAGAGGAACAGTTTATCTGTTGAGAATAAAATTGT120CCAGTTGTCAGGAGCAGCGAAACAGCCAAAAGTTGGGTTC160TACTCTTCTCTCAACCAGACTCATACACACACGGTTCTTC200TAGACTGGGGGAGTTTGCCTCACCATGTAGTATTACAAAT240TTTTCAGTAACTTCCTTTACTAGATCGGGCCTGTGCATCT280TCTGTATGTAGGAGGTGGAATGAAGTTTTTCATATTTCTG320ACCTTTGGAGAAAGTTTGAATTTGAACTGAACCAGTCAGC360TACTTCATCTTTTAAGTCCACTCATCCTGATCTCATTCAG400CAGATCATTAAAAAGCATTTTGCTCATCTTCAGTATGTCA440GCTTTAAGGTTGACAGTAGCGCTGAGTCAGCAGAAGCTGC480CTGTGATATACTCTCTCAGCTGGTAAATTGTTCCATCCAG520ACCTTGGGCTTGATTTCAACAGCCAAGCCAAGTTTCATGA560ATGTGTCGGAGTCTCATTTTGTGTCAGCACTTACAGTTGT600TTTTATCAACTCAAAATCATTATCATCAATCAAAATTGAA640GATACACCAGTGGATGATCCTTCATTGAAGATTCTTGTGG680CCAATAATAGTGACACTCTAAGACTCCCAAAGATGAGTAG720CTGTCCTCATGTTTCATCTGATGGAATTCTTTGTGTAGCT760GACCGTTGTCAAGGCCTTAGAGAACTGGCGTTGAATTATT800ACATCCTAACTGATGAACTTTTCCTTGCACTCTCAAGCGA840GACTCATGTTAACCTTGAACATCTTCGAATTGATGTTGTG880AGTGAAAATCCTGGACAGATTAAATTTCATGCTGTTAAAA920AACACAGTTGGGATGCACTTATTAAACATTCCCCTAGAGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。