基因總覽
FBXL16(F-box and leucine rich repeat protein 16)是人類的蛋白質編碼基因,產物屬於含 F-box 與 leucine-rich repeat(LRR)的蛋白質。其蛋白質長 479 個胺基酸,序列中具有 F-box 結構域及多個 LRR 重複序列;這些特徵構成其家族辨識依據。來源將 FBXL16 描述為 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識組成成分,說明其主要角色與該複合體的底物辨識相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000397621 ★ | 692,500–705,801 | 6 |
| ENST00000562563 | 692,500–696,025 | 4 |
| ENST00000926353 | 692,500–705,860 | 6 |
| ENST00000926354 | 692,500–705,814 | 6 |
| ENST00001137950 | 692,500–705,860 | 6 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
FBXL16 是 SCF(SKP1-CUL1-F-box protein)型 E3 ubiquitin ligase 複合體的底物辨識組成成分。這項描述指出,FBXL16 的功能定位在複合體辨認底物的環節;來源未進一步提供其所辨識底物的身分、辨識條件或辨識後的具體結果,因此不能據此指定特定底物或下游效應。
SCF 型 E3 ubiquitin ligase 複合體由 SKP1、CUL1 與 F-box protein 等組成。FBXL16 被歸於其中的 F-box 蛋白成分,並被描述為參與底物辨識。此一角色將其與 E3 ubiquitin ligase 複合體的底物選擇功能相連,但現有資料沒有交代 FBXL16 對底物選擇的分子細節,也未說明其是否具有其他調控作用。
因此,依據目前來源可確認的功能範圍,是 FBXL16 作為 SCF 型 E3 ubiquitin ligase 複合體中的底物辨識成分。來源未提供具體生物過程、細胞情境或功能後果,無法進一步判定哪些底物或生理事件受其影響。
Promoter 與基因調控
>FBXL16 ENST00000397621 GRCh38 chr16:705701-706801 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCCCTCTGCTCTCCCCACACCTGCTCCCTCCCCCGGCCCTGCTCCCAGGAGACCCCAGGATAGGGCGCCA TTGGCCTCCATTCTCCTGCCCTGAGCCTGCTGGGGCGTCTGGGGTCTCCAGCGGTCCCCACCGAGTCCTC CACCTAACCTAGCACGCCCCACCCCTGCCCCGGGCTGCAGCAGCCGCCGCCGCCTCCAGCCTCCAGTTTA TTCCCGAGGGAACTTGCCAGGCTCCTCGGATCTTTGCACCCCCATTCCCGAGCCATCCCTCCCTCGCGCC GTGGGGGGGTCTCAGCTCCAGTGGGGCACCCTCAGGAAGCCCCCGCCAGAAGTCACCACCGCAAGCCCTC GGGTGCTTTCACTGTCACTGTCTGAACTGATCCGTGCAGTCACTTGTTTTCGCGCTCTGCGGGTGTGCCA GGGTCTCCAATGAGGGGCTTCCGGCCGGGCACGCAGCAGGTGCGCGGGGGGTGTGAGGGCTGTGAAGGGT CCTTGCCGTGGGCTGGGCGGGAGGGTCCAGAGACGGGGGTCTGACCACCCTGTCTCCTCTGGGCCGGGTC TCGCCTTCCTCGCCTCCCCAAGTGGTGGCCAAGGGCCGGGACGCGCGGTGCCGCCCCGGTCCCCATAGGA CCCCGGACCCCTGGGCCACCCGCCGGCGCCTGCTCTCCCGCCTCCCCTCGCCCTCCCTTCTGCCTCCCGC GCCCTCCCCGCCCGCCGCGCGCCGGGGTTTGTTATTGTGCGGGTGCCCGCGGCGAGCGGGGCGGGGGCGC GTGCCGGGCCTGGCGCGTGCTCGTGGACGCCGTGCCGGGAGCGCGCCGCGCGCGGGGGCCGGGGCGGGGC GGGGGCGGGGCTCGGCATTCTCGGCGCCCCCGCCCGGGCTCGCGAACCCGGATTGGCTCGCCACGCCGGG AGCGCGCGAGGGCGCGGCGTTTGGTGCCGGGCGGGGGGCGCGCGCGGCGCCGGCGGCGGCCACGGAGGAG CGCGGGGAGGGCGAGGGGAGGAGGAGGCGCCCGCCTGGTTCCCTGCAAAGCGGCCTTATTTATCTGGGCA CAGCCTCAGCCTCCCCGGTGGGAGGCTTGGGGCGGCCGATCCTCTCCCACC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FBXL16_1 ↗ | 16:705,752 | 負股 | 705,742–705,801 |
| FBXL16_2 ↗ | 16:707,188 | 負股 | 707,178–707,237 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_B5QD · enhancer · 700506–701331 · regulatory
ENSR16_B5QZ · enhancer · 704482–705097 · regulatory
ENSR16_8K5D · enhancer · 705562–705790 · regulatory
ENSR16_99K9 · promoter · 705791–706291 · regulatory
ENSR16_99KN · enhancer · 707292–707569 · regulatory
ENSR16_99LC · promoter · 709459–709822 · regulatory
ENSR16_B5RQ · enhancer · 709823–710601 · regulatory
ENSR16_735GQ · enhancer · 710797–710902 · regulatory
· motif · 709695–709703 · motif
· motif · 709712–709727 · motif
· motif · 709712–709727 · motif
· motif · 709813–709824 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:479 aa
FBXL16 蛋白長 479 個胺基酸。其 F-box 結構域位於第 94 至 139 位;另有 7 個標註的 LRR 重複序列,分布於第 244 至 470 位,其中各重複區間長度與位置並不完全相同。序列第 1 至 62 位另註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- HIF1AQ16665 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
FBXL16 與 SKP1 及 CUL1 有相互作用。資料未進一步說明這些相互作用的實驗條件,也未提供其他直接結合對象或複合體細節。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
核酸與蛋白質序列
GAGGAGGCGCCCGCCTGGTTCCCTGCAAAGCGGCCTTATT40TATCTGGGCACAGCCTCAGCCTCCCCGGTGGGAGGCTTGG80GGCGGCCGATCCTCTCCCACCGGGGAGCTCCTTTCCGTGC120GCTGCCGAGGGGGCCCGGCCAGGACGGGACGCGGGGCGCA160GGGCGCGGCCGGGCCCTGCCGGCCAGTCCAGCACCCCGGC200GGCCCCCGCGCGCCGACGCCCATGCCGGGCTCCCCATGAC240GGGAGGTCGCCCGGCGGACAGCGTGGCATGAGCCAGGAGC280CCGGGCCGAGAGCGTGCCAGGAAGATGTCGAGCCCGGGCA320TCGACGGCGACCCCAAGCCTCCATGCTTGCCTCGAAACGG360TCTGGTGAAGCTGCCGGGCCAGCCCAACGGCCTGGGTGCG400GCCAGCATCACCAAGGGCACGCCAGCCACCAAGAACCGCC440CCTGCCAGCCACCACCCCCACCCACCCTCCCACCACCCAG480CCTGGCTGCTCCACTGTCCCGGGCTGCCCTGGCTGGGGGC520CCGTGCACCCCGGCAGGTGGACCAGCCTCAGCCTTGGCAC560CTGGGCACCCAGCGGAGCGGCCGCCGCTGGCCACGGACGA600GAAGATCCTCAATGGGCTCTTCTGGTATTTCTCGGCCTGC640GAGAAGTGTGTGCTGGCCCAGGTGTGCAAGGCCTGGCGGC680GCGTGCTGTACCAGCCCAAGTTCTGGGCAGGCCTCACGCC720GGTGCTGCATGCCAAGGAGCTCTACAACGTGCTGCCTGGT760GGCGAGAAGGAGTTCGTGAACCTGCAGGGTTTTGCCGCCA800GAGGCTTCGAGGGCTTCTGCCTGGTTGGCGTCTCCGACCT840GGACATCTGTGAGTTCATTGACAACTATGCGCTCTCCAAG880AAGGGTGTCAAAGCCATGAGCCTCAAGCGCTCCACCATCA920CGGACGCAGGCCTCGAGGTTATGCTTGAACAGATGCAGGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。