演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

FAM3BD21M16SJHU19e

FAM3 metabolism regulating signaling molecule B

FAM3B(FAM3 metabolism regulating signaling molecule B)是 FAM3 family 的蛋白質,其資料註明可依劑量與時間誘導 alpha 和 beta cells 凋亡。

Homo sapiens21q22.3UniProt P58499
OFFICIAL SYMBOL
FAM3B
CHROMOSOME
21
UNIPROT
P58499
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

FAM3B 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 FAM3 metabolism regulating signaling molecule B,所屬蛋白質家族為 FAM3 family。其蛋白質全長 235 個胺基酸,序列包含位於第 1 至 29 個胺基酸的訊號序列,以及第 72 至 233 個胺基酸的 GG-type lectin 結構域。現有資料將其與 alpha 和 beta cells 的凋亡誘導作用相連;具體作用條件與細胞反應見功能說明。

Official symbol
FAM3B
Gene name
FAM3 metabolism regulating signaling molecule B
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:1253
UniProt
P58499
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
D21M16SJHU19ePRED442-21ORF9C21orf76PANDERC21orf11

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2121q22.3
chr21 · 46,709,983 bp · GRCh38chr21p13 · 1–3100000 · gvarchr21p12 · 3100001–7000000 · stalkchr21p11.2 · 7000001–10900000 · gvarchr21p11.1 · 10900001–12000000 · acenchr21q11.1 · 12000001–13000000 · acenchr21q11.2 · 13000001–15000000 · gnegchr21q21.1 · 15000001–22600000 · gpos100chr21q21.2 · 22600001–25500000 · gnegchr21q21.3 · 25500001–30200000 · gpos75chr21q22.11 · 30200001–34400000 · gnegchr21q22.12 · 34400001–36400000 · gpos50chr21q22.13 · 36400001–38300000 · gnegchr21q22.2 · 38300001–41200000 · gpos50chr21q22.3 · 41200001–46709983 · gnegFAM3Bpq1 bp46,709,983 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr21:41,304,212–41,358,091
Gene span
53,880 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000357985 ★41,316,801–41,357,7278
ENST0000039864741,316,731–41,358,0917
ENST0000039865241,316,731–41,358,0919
ENST0000095395841,316,731–41,358,0918
ENST0000113166141,316,731–41,358,0918
ENST0000039864641,322,820–41,358,0917

顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

FAM3B 的功能資料指出,它可誘導 alpha 和 beta cells 發生凋亡。這項作用具有劑量與時間依賴性:凋亡誘導程度會隨作用劑量及時間而變化。來源未進一步提供劑量範圍、時間條件或兩類細胞之間反應差異,因此不宜據此推定其效應大小或細胞選擇性。

目前提供的功能資訊僅支持上述細胞凋亡作用,未說明其分子作用方式,也未交代該效應涉及的中間步驟或其他生物學過程。因而可確認的功能層次,是 FAM3B 與 alpha、beta cells 凋亡之間的關聯,以及此誘導效應受劑量和時間影響;更細緻的機制與生理意義無法由現有資料判定。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 41316801 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>FAM3B ENST00000357985 GRCh38 chr21:41315801-41316901 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TGGTGGAGGGAGACTCAGGGCCAAGCCCACCAGGGTGACCCACAGGGTGGATAATGTCCCTGGGAAGGCA
GGGCACCTTGGGCTTCTTGAGAGAGCAGAGGCCGGAGCAGAGTAGAACTACCAAGAACCAGCCGGACCCT
GGGGCGGGGACTGGGTCTTTCGCAGACCCTGCTTCCCTGGAGCTCTCTTCTGCAAAAGTGACCAACTGGG
CTCGGAGTTTTAACTTGCCCTTGTTACCTGAGGCCACTGTGACTATCATGGGTCAAAAGTGCTATAAAAA
CCTGATGTGTGTTTGGAATGAAGGTGTACCCGTGGATGGGGAGAGAGGAGCTATTCCTGTTTGGGGATCC
TGATGTCTTCACACATCTGCCTGACCCCCACTCCTGAAGCTCCTTGGTCATCATATCATATAAAGGAGGA
CCTGCAGACCCATGCCGTGGCCAGAGGGGCTGGGCATGGCCCTCGCTTCACTTTCCCAGAATGAATTCAT
CATCCTGGCAGTAAAAGAGAAAACAAGAGGTGGGGCGCCTGCTAGGCTGGGCTGGGCTGGCAACAGCGAG
CCTGTAGCGACTGTTCTGGAGGAAGCAAAGAAGACCGATGGCCTCAGACAGTGGACATGGACGGCGAACT
TGGACTGGGCTGGGCCTCTGCTTTGTCATTTGAAAGGCTTGGGTCATGCTTCCCTTTCCTCTTGGGAGAC
ATTAACTGGGAGCCTAGGGAGCCAAAGTATCAAGTGGCGTCGTTTCCTCCCTTCAGAGCCAACCTTGCTG
GGCTTCTCCGGTCAGATCAGCCCTGGCCCGGGGTCAGCCCGGCGGGGAACGGGTCCACCCTCCGCCAGCG
ACCTCAGAGCTCCCGGGCACAGCCCGGGGCACAGCCCCGCGCACCTGCCCCGCCCACGCCCGCCCCGCGC
ACCTGCCGGGTCCGCACCTGCCATTTGCCCGACTGGCCGCGCACCCAGCTGGCCCGCCCCTGCCCGACAC
GACCGCTGCCCGCCCCTTGCCTTCCTGACCCAGGGGCTCCGCTGGCTGCGGTCGCCTGGGAGCTGCCGCC
AGGGCCAGGAGGGGAGCGGCACCTGGAAGATGCGCCCATTGGCTGGTGGTG
FAM3B 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
FAM3B_1 ↗21:41,316,638正股41,316,589–41,316,648
FAM3B_2 ↗21:41,316,821正股41,316,772–41,316,831

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR21_BB7DH · promoter · 41316311–41316824 · regulatory

ENSR21_9LDR6 · enhancer · 41316825–41317224 · regulatory

ENSR21_9LDSG · enhancer · 41321282–41321775 · regulatory

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:235 aa

1 aa235 aa結構域訊號胜肽
依 P58499 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Protein FAM3B 全長 235 個胺基酸,N 端第 1 至 29 位為訊號序列;第 72 至 233 位註解為 GG-type lectin 結構域。此蛋白質屬於 FAM3 family。

訊號胜肽1–29 aa
結構域GG-type lectin72–233 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P58499…

AlphaFold · P58499

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted

FAM3B 為分泌型蛋白,並存在於 insulin secretory granules,可能與 insulin 一同分泌。 資料另記載其位於分散的囊泡結構及核周結構;未提供不同條件下定位改變或異構型差異的資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 3 個夥伴 · 最多顯示 50 個
D21M16SJHU19FAM3BFUT3GLE1LMNA
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能FAM3B 可誘導 alpha 和 beta cells 發生凋亡;此作用依劑量與時間而異。資料未提供具體劑量、作用時間或兩類細胞的反應差異。含實驗來源
證據與來源

Induces apoptosis of alpha and beta cells in a dose- and time-dependent manner

PMID 16114871 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位FAM3B 為分泌型蛋白,存在於 insulin secretory granules,且可能與 insulin 一同分泌;另定位於分散的囊泡結構及核周結構。資料庫紀錄
證據與來源

Secreted; Present in insulin secretory granules and likely cosecreted with insulin. Localized in discrete vesicular and perinuclear structure

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000357985 · 1,317 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1CTTCCTGACCCAGGGGCTCCGCTGGCTGCGGTCGCCTGGG40
41AGCTGCCGCCAGGGCCAGGAGGGGAGCGGCACCTGGAAGA80
81TGCGCCCATTGGCTGGTGGCCTGCTCAAGGTGGTGTTCGT120
121GGTCTTCGCCTCCTTGTGTGCCTGGTATTCGGGGTACCTG160
161CTCGCAGAGCTCATTCCAGATGCACCCCTGTCCAGTGCTG200
201CCTATAGCATCCGCAGCATCGGGGAGAGGCCTGTCCTCAA240
241AGCTCCAGTCCCCAAAAGGCAAAAATGTGACCACTGGACT280
281CCCTGCCCATCTGACACCTATGCCTACAGGTTACTCAGCG320
321GAGGTGGCAGAAGCAAGTACGCCAAAATCTGCTTTGAGGA360
361TAACCTACTTATGGGAGAACAGCTGGGAAATGTTGCCAGA400
401GGAATAAACATTGCCATTGTCAACTATGTAACTGGGAATG440
441TGACAGCAACACGATGTTTTGATATGTATGAAGGTGATAA480
481CTCTGGACCGATGACAAAGTTTATTCAGAGTGCTGCTCCA520
521AAATCCCTGCTCTTCATGGTGACCTATGACGACGGAAGCA560
561CAAGACTGAATAACGATGCCAAGAATGCCATAGAAGCACT600
601TGGAAGTAAAGAAATCAGGAACATGAAATTCAGGTCTAGC640
641TGGGTATTTATTGCAGCAAAAGGCTTGGAACTCCCTTCCG680
681AAATTCAGAGAGAAAAGATCAACCACTCTGATGCTAAGAA720
721CAACAGATATTCTGGCTGGCCTGCAGAGATCCAGATAGAA760
761GGCTGCATACCCAAAGAACGAAGCTGACACTGCAGGGTCC800
801TGAGTAAATGTGTTCTGTATAAACAAATGCAGCTGGAATC840
841GCTCAAGAATCTTATTTTTCTAAATCCAACAGCCCATATT880
881TGATGAGTATTTTGGGTTTGTTGTAAACCAATGAACATTT920
921GCTAGTTGTATCAAATCTTGGTACGCAGTATTTTTATACC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。