基因總覽
FAM234A 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 family with sequence similarity 234 member A。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 16p13.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000399932 ★ | 234,821–266,096 | 13 |
| ENST00000301679 | 234,521–270,080 | 14 |
| ENST00000301678 | 234,521–266,120 | 13 |
| ENST00000872365 | 234,521–266,121 | 13 |
| ENST00000872366 | 234,521–266,096 | 13 |
| ENST00000872367 | 234,521–266,121 | 13 |
| ENST00000872368 | 234,521–266,120 | 13 |
| ENST00000872369 | 234,521–266,118 | 11 |
| ENST00000872370 | 234,521–266,120 | 14 |
| ENST00000872371 | 234,521–266,116 | 12 |
| ENST00000872372 | 234,521–266,120 | 14 |
| ENST00000872373 | 234,521–266,121 | 13 |
顯示 12/104 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>FAM234A ENST00000399932 GRCh38 chr16:233821-234921 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCAAGATCTCAGTTCACCGCAAACTCTTGCCTCCCAGGTTGAAGCAA CTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTATGATTACAAGCACGCGCCACCAAGTCCAGCTAATTTTGGAT TTTTAGTAGAGACTGGGTTTATACATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCGACCTCAGGTGATCCACC TGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCCCTAGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT TTTTTTTTGAGACACGGTCTGGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAGTCTAAGCTCACTGCA ACCTCCGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCG CCACCACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACAGTGTTAGCCAGGATGGTCT CGATCTCCTGACCTTGTAATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCGTGAGCCACCG CCCCCGGCCCTGGCACCGTATTTCAAGGCCGAAAATTCGCATCCTCAGTGCCAGCAATTCTCCTCGTGGT CAAAGAGGAGAAACACTGGGGAGAGCACCCGGAAGCGGGGGCGAGGACGCAGATCGGGGGTCGACGTCAA GAAAGAAGGCGGGAAGAGGACAAGGTCGGGAGAGGAGGAGGAGGGGAGCGAGGACGCAGAGAAGGAGGGG AAAGAGGACGGAGAGGAGCGAGGACGGAGGGGGGACGGGAACGAAGAGGGGCGAGGACGTTCAGCATCCA TTGCGACAGCGACAAACAGGACACCGCCAGGTTCCCGGCGGAGGCAGCGCCCAAGATCCCCGTTGCCGAG CAACCGAAGCATGGCGGTGGGGCGGGGTCGGAGCCTGCGCATTTCCGCCCCCGCCCGCCCGGCTGGTCGG AAGTGACGCCAGGGGGCGGGGCCAGCGGCGCGGTCGGGTGAGAGGCCGCGGCGGCAGGTGAGTGAGCGCG GCCTCGTACTCGCGCGTGCACGCCGCAGGGGCGCCGCAGGCCGCCCCTTCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 7 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FAM234A_3 ↗ | 16:234,501 | 正股 | 234,452–234,511 |
| FAM234A_1 ↗ | 16:234,830 | 正股 | 234,781–234,840 |
| FAM234A_7 ↗ | 16:240,210 | 正股 | 240,161–240,220 |
| FAM234A_4 ↗ | 16:249,538 | 正股 | 249,489–249,548 |
| FAM234A_2 ↗ | 16:254,375 | 正股 | 254,326–254,385 |
| FAM234A_5 ↗ | 16:259,521 | 正股 | 259,472–259,531 |
| FAM234A_6 ↗ | 16:264,847 | 正股 | 264,798–264,857 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_86XR · enhancer · 231098–231296 · regulatory
ENSR16_94HR · enhancer · 234121–234446 · regulatory
ENSR16_94HW · promoter · 234447–234856 · regulatory
ENSR16_53H94 · CTCF_binding_site · 234802–234823 · regulatory
ENSR16_CM2 · enhancer · 234857–235887 · regulatory
ENSR16_94KG · enhancer · 239791–240268 · regulatory
· motif · 234310–234325 · motif
· motif · 234315–234327 · motif
· motif · 234318–234333 · motif
· motif · 234377–234390 · motif
· motif · 234476–234487 · motif
· motif · 234476–234487 · motif
· motif · 234478–234487 · motif
· motif · 234482–234495 · motif
· motif · 234730–234746 · motif
· motif · 234760–234771 · motif
· motif · 234770–234781 · motif
· motif · 234770–234784 · motif
· motif · 234774–234787 · motif
· motif · 234804–234820 · motif
· motif · 237766–237779 · motif
· motif · 237766–237779 · motif
· motif · 239447–239458 · motif
· motif · 239767–239778 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:552 aa
Protein FAM234A 長 552 個胺基酸,屬於 FAM234 family。其 N 端第 1–49 個胺基酸位於細胞質,第 50–70 位形成螺旋跨膜區,並作為 type II 膜蛋白的訊號錨定序列;第 71–552 位於細胞外。第 1–40 位另註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
FAM234A 被註記為膜蛋白,屬單次跨膜的 type II 膜蛋白。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- SLC16A2P36021 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | FAM234A 被註記為膜蛋白,並具有單次跨膜的 type II 膜蛋白分類。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCCAGCGGCGCGGTCGGGTGAGAGGCCGCGGCGGCAGGTC40CACCTGGGCTTGCGAAGGCACAGATTCCCCGTCCACAGCT80CACGACCAGATGCACCAGCAGGAGTCCACATCGAGGACGT120CCTCCGGGCACTCCCACGACCAGTGACCAGGAGTTAAACT160TTGGGATGTGCCCGTGATGTTGGACCACAAGGACTTAGAG200GCCGAAATCCACCCCTTGAAAAATGAAGAAAGAAAATCGC240AGGAAAATCTGGGAAATCCATCAAAAAATGAGGATAACGT280GAAAAGCGCGCCTCCACAGTCCCGGCTCTCCCGGTGCCGA320GCGGCGGCGTTTTTTCTTTCATTGTTTCTCTGCCTTTTTG360TGGTGTTCGTCGTCTCATTCGTCATCCCGTGTCCAGACCG400GCCGGCGTCACAGCGAATGTGGAGGATAGACTACAGTGCC440GCTGTTATCTATGACTTTCTGGCTGTGGATGATATAAACG480GGGACAGGATCCAAGATGTTCTTTTTCTTTATAAAAACAC520CAACAGCAGCAACAATTTCAGCCGATCCTGTGTGGACGAA560GGCTTTTCCTCTCCCTGCACCTTTGCAGCTGCTGTGTCGG600GGGCCAACGGCAGCACGCTCTGGGAGAGACCTGTGGCCCA640AGACGTGGCCCTCGTGGAGTGTGCTGTGCCCCAGCCAAGA680GGCAGTGAGGCACCTTCTGCCTGCATCCTGGTGGGCAGAC720CCAGTTCTTTCATTGCAGTCAACTTGTTCACAGGGGAAAC760CCTGTGGAACCACAGCAGCAGCTTCAGCGGGAATGCGTCC800ATCCTGAGCCCTCTGCTGCAGGTGCCTGATGTGGACGGCG840ATGGGGCCCCAGACCTGCTGGTTCTCACCCAGGAGCGGGA880GGAGGTTAGTGGCCACCTCTACTCCGGCAGCACCGGGCAC920CAGATTGGCCTCAGAGGCAGCCTTGGTGTGGACGGGGAAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。