基因總覽
FAM114A2 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 family with sequence similarity 114 member A2。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 5q33.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000351797 ★ | 153,990,148–154,038,910 | 14 |
| ENST00000522858 | 153,990,133–154,038,896 | 14 |
| ENST00000520667 | 153,990,133–154,038,921 | 15 |
| ENST00000520313 | 153,990,133–154,038,921 | 13 |
| ENST00000907992 | 153,990,133–154,038,921 | 15 |
| ENST00000907993 | 153,990,133–154,038,921 | 14 |
| ENST00000907994 | 153,990,133–154,038,893 | 14 |
| ENST00000907995 | 153,990,133–154,038,858 | 14 |
| ENST00000907996 | 153,990,133–154,038,893 | 14 |
| ENST00000907997 | 153,990,133–154,037,587 | 13 |
| ENST00000937548 | 153,990,133–154,038,896 | 15 |
| ENST00000937549 | 153,990,133–154,038,896 | 15 |
顯示 12/29 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>FAM114A2 ENST00000351797 GRCh38 chr5:154038810-154039910 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TATCTGAAGAGTTTTAGAAGTGACAATTACTCTTATCTGGGAATTAAGATGATAATTCCGAGGGCATTAA ATGGAGTTGGAAAACATGAGTTCTTAAAGGCTAAGTCCCTTCACCTCTCTGGGATTCAGTTTTTCTTATC TGTACAATAAGATTGATTTTAATATTTTACTAGCTCTGTCAGTCTGGATTTCATGCATTTTCACTGCTCG AGGGCAACAGAAGAGTTGCATCTTTCTGATGAGGTCCCAGGAGTAATCTTAGAGTCATAAATCAGATCAT GTCATTCATCTGCTTAGAAACCTTCAATGGTTTTCCACTGGATTCCAAACAAAAATCAAACTCTTTATCC TTGCTCATAAGCCTTACAAGATTTGGGCTCAAGTCCCTGGCCTCATCTCTCTCCATTCTCACCTTGCTCC TTTTGCTCTAGCCAGTGGCCTTTGTCTTTTCCTTGACTTTGCTAAGTTTGTTCCCACTATATGGCCTTTG CACGCGCTATTCTCTCTGCCTGGAATGCTCTATTCCAGATTTTCATACGGCTTATTACTCTCCCACTTCG TTCCATCACATTATCCAGTCTAAATTTCTTTACAGCACTTACTACCACCTTAGATAATCCCGTTTGTTGA CTTGTTTATAATCTGCTTTTCGCACTGCTTGAGAGCAGGGCCCTTCCGTTCGTTGACTGATGTGTCCCTG GAGCCCAGGGCAGTGCCTGGCAGGTATCTGGCTCTCAGTAAGTGTTCGATGACCGAACTCCCACACCCAG GCCAGACTTTCAAAAGAATGGCAAACATTTTCGCCTCCTGCACTCCCGACCCCAAGCCACAGGCTACGAC TCACGCCTCGGCGCTCCTAGTAGTCCCCTCGCAGCGACCCCAACCAAGCCGTCACCTACCCGACCGCCGT CTAGCTCCTTCCGGCCTCAGCGGCGGCTTAACTCGGAAGTTTTCTCGGACACACCGGCACGCCTCTGCGC TGAAGGAGCACTTCCGGGGCAGTAGGAACGCCGAGTCGGCTGCCGTGGCTGTGCTGAGGGTGGCGGCCGG ATAGGTGCGGAGCTTCCTGAACGAGGCAGGAGGGGTGCGAGGTTCAGGGGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FAM114A2_1 ↗ | 5:154,038,910 | 負股 | 154,038,900–154,038,959 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_B35KDM · enhancer · 154038062–154038855 · regulatory
ENSR5_53C88NF · CTCF_binding_site · 154038752–154038773 · regulatory
ENSR5_86J9KW · promoter · 154038856–154039003 · regulatory
ENSR5_B35KDR · enhancer · 154039004–154039602 · regulatory
· motif · 154038717–154038734 · motif
· motif · 154038754–154038770 · motif
· motif · 154038889–154038903 · motif
· motif · 154038911–154038922 · motif
· motif · 154038911–154038922 · motif
· motif · 154038913–154038922 · motif
· motif · 154038960–154038971 · motif
· motif · 154038986–154038995 · motif
· motif · 154039079–154039094 · motif
· motif · 154039088–154039103 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:505 aa
Protein FAM114A2 長 505 個胺基酸,屬於 FAM114 family。序列註解指出,其第 1–65 位及第 342–366 位胺基酸區段為無序區域。
蛋白質三維結構
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 11 個夥伴
- GAD2Q05329 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIR3DL1P43629 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MIEF2Q96C03-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDUFV2P19404 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PILRAC9JJ79 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PTPN9P43378 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAB2AP61019 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAB2BQ8WUD1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SH3GLB1Q9Y371 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TBRG4Q969Z0 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TTPAP49638 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGTAGGAACGCCGAGTCGGCTGCCGTGGCTGTGCTGAGGG40TGGCGGCCGGATAGCTGATGTTCTAATCATGTCAGATAAA80GATGATATTGAGACTCCACTGCTAACTGAAGCAGCCCCCA120TCCTTGAAGATGGAAACTGTGAGCCAGCCAAGAATTCTGA160GTCTGTTGACCAAGGTGCCAAACCAGAGAGTAAATCAGAA200CCTGTAGTTTCCACTCGGAAAAGACCAGAGACCAAACCTT240CCAGTGACCTTGAGACTTCAAAAGTTCTCCCTATTCAGGA280TAATGTTTCCAAAGATGTACCCCAGACCAGATGGGGTTAT320TGGGGGAGCTGGGGCAAGTCCATACTCTCCTCAGCCTCGG360CTACAGTAGCTACAGTAGGACAAGGCATTTCAAATGTCAT400CGAGAAGGCAGAGACTTCCCTTGGAATCCCTGGTCCCAGT440GAAATTTCAACTGAAGTCAAGTATGTAGCAGGAGAGACAA480ATGCCAAAGAGAATGAAAACTCCTCCCCAGTGGCTGGGGC520ATTTGGTGTATTCTCTACCATCTCTACTGCTGTTCAGAGC560ACAGGAAAGAGTGTTATAAGTGGGGGTTTGGATGCCTTAG600AATTCATTGGAAAAAAGACAATGGATGTGATAGCAGAAGG640GGATCCTGGATTTAAAAGAACCAAGGGTCTGATGAACCGA680AATGCTACACTATCTCAGGTTTTACGAGAGGCGAAGGAGA720AAGAAGAGATACGGACCTCCAATGAGGTTACCGTGGAAAC760AGACAAGAAAACTCATTATGGGCTACTCTTTGATGAATTT800CAAGGCCTTTCACATCTAGAAGCTCTGGAGATGCTTTCCC840AAGAAAGTGAAATAAAGGTGAAATCTATCCTTAATTCTCT880GAGTGGAGAAGAATTAGAGACTCTAAAAGTTGAATTAGAG920CAACTCAAAGAAACATTTTCTCTAGCAGAATTTTGTGAAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。