演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

FAHD1DKFZP566J2046

FAH domain containing oxaloacetate decarboxylase 1

FAHD1 是 FAH 家族的蛋白質,具有草醯乙酸互變異構酶活性,也能催化草醯乙酸脫羧;其定位包括粒線體與細胞質。

Homo sapiens16p13.3UniProt Q6P587
OFFICIAL SYMBOL
FAHD1
CHROMOSOME
16
UNIPROT
Q6P587
PDB / ALPHAFOLD
1SAW
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

FAHD1(FAH domain containing oxaloacetate decarboxylase 1)是蛋白質編碼基因,產物屬於 FAH 家族。FAHD1 蛋白質長 221 個胺基酸,序列 N 端帶有粒線體轉運胜肽註解;其名稱反映與草醯乙酸轉化相關的酵素角色。來源資料亦記載它具有多種酵素活性,包括草醯乙酸互變異構、脫羧,以及體外對特定醯基丙酮酸的水解活性。這些性質使 FAHD1 成為連結粒線體代謝與細胞內其他代謝反應的酵素。

Official symbol
FAHD1
Gene name
FAH domain containing oxaloacetate decarboxylase 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:14169
UniProt
Q6P587
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
DKFZP566J2046C16orf36

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1616p13.3
chr16 · 90,338,345 bp · GRCh38chr16p13.3 · 1–7800000 · gnegchr16p13.2 · 7800001–10400000 · gpos50chr16p13.13 · 10400001–12500000 · gnegchr16p13.12 · 12500001–14700000 · gpos50chr16p13.11 · 14700001–16700000 · gnegchr16p12.3 · 16700001–21200000 · gpos50chr16p12.2 · 21200001–24200000 · gnegchr16p12.1 · 24200001–28500000 · gpos50chr16p11.2 · 28500001–35300000 · gnegchr16p11.1 · 35300001–36800000 · acenchr16q11.1 · 36800001–38400000 · acenchr16q11.2 · 38400001–47000000 · gvarchr16q12.1 · 47000001–52600000 · gnegchr16q12.2 · 52600001–56000000 · gpos50chr16q13 · 56000001–57300000 · gnegchr16q21 · 57300001–66600000 · gpos100chr16q22.1 · 66600001–70800000 · gnegchr16q22.2 · 70800001–72800000 · gpos50chr16q22.3 · 72800001–74100000 · gnegchr16q23.1 · 74100001–79200000 · gpos75chr16q23.2 · 79200001–81600000 · gnegchr16q23.3 · 81600001–84100000 · gpos50chr16q24.1 · 84100001–87000000 · gnegchr16q24.2 · 87000001–88700000 · gpos25chr16q24.3 · 88700001–90338345 · gnegFAHD1pq1 bp90,338,345 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr16:1,826,967–1,842,053
Gene span
15,087 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000427358 ★1,827,206–1,828,9101
ENST000003826661,826,967–1,840,2073
ENST000003826681,826,967–1,842,0532
ENST000009862571,826,967–1,842,0533
ENST000009862581,826,967–1,839,6213
ENST000009862551,826,968–1,842,0533
ENST000009862561,826,968–1,842,0533
ENST000011183801,826,968–1,842,0532

顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

FAHD1 的一項主要作用是催化草醯乙酸的互變異構,將烯醇式草醯乙酸轉為生理性的酮式草醯乙酸。烯醇式草醯乙酸會強烈抑制 succinate dehydrogenase;因此,FAHD1 促成其轉為酮式,可避免這種抑制,並被描述為維持有氧呼吸效率所需的作用。

FAHD1 也具有較弱的草醯乙酸脫羧酶活性,可使草醯乙酸脫羧生成丙酮酸與二氧化碳。由於此反應涉及三羧酸循環中的代謝物,FAHD1 被認為可能是該循環的調節酵素;來源將此角色描述為可能性,而非確定的調控機制。

此外,FAHD1 在體外具有 acylpyruvase 活性,可水解 acetylpyruvate 與 fumarylpyruvate,產生相應羧酸鹽、丙酮酸及質子。對 methylacetopyruvate 與 acetylacetone,則僅觀察到較弱的水解活性;對 acetoacetyl-CoA 則沒有活性。這些底物反應顯示其活性具有選擇性,且部分結果明確限於體外觀察。

FAHD1 的酵素活性需要二價金屬陽離子。在所列金屬中,Mg(2+) 存在時活性最高,其次為 Mn(2+);Ca(2+) 與 Zn(2+) 條件下則僅有較弱活性。這些差異指出金屬離子種類會影響其活性程度。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 1827206 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>FAHD1 ENST00000427358 GRCh38 chr16:1826206-1827306 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GGCCCGGCCGCGCGACCACCTCGGGCGAATGACACGCCGGGTCCCCAGACGGGGGCTCCGGCGCCGGGCG
GGCAGCTCCACCACCGCAGGCGGCGCCGCGAGACCGCGGTCCTTGCAGCGGGGCAGCAGGTGCGGGGTGG
GCCAGGCGTCCCGGGGCCCTGCCCGCTGCGCCTCAGAGCCGCGCCCCAGGCTCTCCTCGGCGCCGGCCCG
GGCAGGACGCGATGCCCTGGAGGCGTCAGGGGCGCGGCCGGCCCAGCCCGAGCGTGGAGGCCGCGGCGGA
CGCAGGCCTGGCCCTGCTTACCTAGCGCTTTCCGCACCCGCGGCCCCGCGCCCGCTCCGCGCCAGCCTCA
GCGCCTGCGCCGCCTCCGCTCGAGCCCGGCAGCGCGGCCTTAGGCACCTGCGCAACAGACACCGCGTCAG
CGGTCGCCAAACGACGGCCCGGCGCCGCCCGCTGCCCGCCCCGCCAGGCCCGCGTCCCCCGGCCCGCACC
GCCCCGCCGCACCCACCGAGGCCTCGGCGGGCGCAGGCGGCTCCCAGCGCGGCGAGGCTGCGGCGGCCGA
GCAGCCCTCGGCCCACCACCATGACCCGGGCCGGGCTGGACTGCCGAGCTGCCCAGGACTGCAAAACACC
GGCGTCGGCGCGTCGCAGCCAATCAGCGCCCGCCTCGCGCTGCCCTCAGCCAATCAGCGTCCACCTCGCA
CCGTCCGCCAACCAATCAACGCGCTCGCGCTCAACTTGTTTTGTCCGCGAGCCCCGACTGCCACGGGCCG
GGAGACGGGCCTGGGAGCGGCGGCGGCGGCCCGAGAGCTGCGCCGGGAGAGCTGTGCCGCGAGCCTCCGC
CTCTTTTTTGGCACCGCACAGTGGATCCCTGGAGGCCGAGCGCCACGCCGCCCGGGTACCCGGCAGATCG
CGAGGTGGAACGGGCCGTCGCTGCGGGGGACAGCGTTCCGAGGCAGTTGGTCCTCTCCGGGATGCCGTAG
GCATCAGCTGACCGGCCCAGCCCACGTGACTACAGGGGCACTTGATGGGAATCATGGCAGCATCCAGGCC
ATTGTCCCGCTTCTGGGAGTGGGGAAAGAACATCGTCTGCGTGGGGAGGAA
FAHD1 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
FAHD1_2 ↗16:1,826,938正股1,826,889–1,826,948
FAHD1_1 ↗16:1,827,225正股1,827,176–1,827,235

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR16_9PJQ · enhancer · 1823856–1824144 · regulatory

ENSR16_BCR8 · enhancer · 1825833–1826814 · regulatory

ENSR16_83G68 · promoter · 1826815–1826977 · regulatory

ENSR16_83G6B · enhancer · 1826978–1827146 · regulatory

ENSR16_74WBR · promoter · 1827147–1827216 · regulatory

ENSR16_83G6Z · enhancer · 1828109–1828294 · regulatory

· motif · 1825635–1825648 · motif

· motif · 1826072–1826082 · motif

· motif · 1826330–1826339 · motif

· motif · 1826555–1826566 · motif

· motif · 1826555–1826566 · motif

· motif · 1826598–1826609 · motif

· motif · 1828233–1828242 · motif

· motif · 1828985–1829000 · motif

· motif · 1828992–1829007 · motif

· motif · 1828993–1829007 · motif

· motif · 1828994–1829007 · motif

· motif · 1830379–1830392 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:221 aa

1 aa221 aa轉運胜肽
依 Q6P587 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

FAHD1 蛋白質全長為 221 個胺基酸,屬於 FAH 家族。其第 1 至 24 位胺基酸註解為粒線體轉運胜肽,與蛋白質進入粒線體的轉運特徵相符。

轉運胜肽Mitochondrion1–24 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1SAW…

PDB · 1SAW

X-ray · 2.20 A · A/B=1-221

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Mitochondrion;Cytoplasm, cytosol

FAHD1 的定位記錄包括粒線體與細胞質(胞質溶膠)。 來源未提供兩處定位的條件、比例或動態差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 6 個夥伴 · 最多顯示 50 個
DKFZP566J204FAHD1BNIP2HSPB1NEFLPRPS1RNF11WFS1
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

FAHD1 以同源二聚體形式存在。來源未提供其他實體結合夥伴或複合體資訊。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

9 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 9 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能FAHD1 可將會強烈抑制 succinate dehydrogenase 的烯醇式草醯乙酸轉為生理性的酮式草醯乙酸,藉此避免該酵素受抑制,並有助於維持有氧呼吸效率。它也具有較弱的草醯乙酸脫羧酶活性,可生成丙酮酸與二氧化碳,因此可能參與三羧酸循環調節。此外,FAHD1 在體外可水解 acetylpyruvate 與 fumarylpyruvate;對 methylacetopyruvate 和 acetylacetone 僅有弱水解活性,對 acetoacetyl-CoA 則無活性。含實驗來源
證據與來源

Tautomerase that converts enol-oxaloacetate, a strong inhibitor of succinate dehydrogenase, to the physiological keto form of oxaloacetate. It is thereby required to maximize aerobic respiration efficiency by preventing succinate dehydrogenase inhibition. Also acts as a weak oxaloacetate decarboxylase (ODx), catalyzing the decarboxylation of oxaloacetate (OAA) to pyruvate and CO(2), and as such is likely a regulatory enzyme in the TCA cycle. Also displays acylpyruvase activity, being able to hydrolyze acetylpyruvate and fumarylpyruvate in vitro. Exhibits only a weak hydrolase activity on methylacetopyruvate and acetylacetone, and no activity toward acetoacetyl-CoA

PMID 21878618 ↗ · PMID 25575590 ↗ · PMID 30348641 ↗ · PMID 38287013 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性oxaloacetate = enol-oxaloacetate含實驗來源
證據與來源

oxaloacetate = enol-oxaloacetate

PMID 38287013 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性oxaloacetate + H(+) = pyruvate + CO2含實驗來源
證據與來源

oxaloacetate + H(+) = pyruvate + CO2

PMID 25575590 ↗ · PMID 30348641 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性a 3-acylpyruvate + H2O = a carboxylate + pyruvate + H(+)含實驗來源
證據與來源

a 3-acylpyruvate + H2O = a carboxylate + pyruvate + H(+)

PMID 21878618 ↗ · PMID 30348641 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性acetylpyruvate + H2O = acetate + pyruvate + H(+)含實驗來源
證據與來源

acetylpyruvate + H2O = acetate + pyruvate + H(+)

PMID 21878618 ↗ · PMID 30348641 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性3-fumarylpyruvate + H2O = fumarate + pyruvate + H(+)含實驗來源
證據與來源

3-fumarylpyruvate + H2O = fumarate + pyruvate + H(+)

PMID 21878618 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性FAHD1 的酵素活性需要二價金屬陽離子。Mg(2+) 存在時活性最高,Mn(2+) 次之;在 Ca(2+) 或 Zn(2+) 存在時則只有較弱活性。資料庫紀錄
證據與來源

Requires a divalent metal cation for activity. Shows the highest activity in the presence of Mg(2+), followed by Mn(2+), whereas only weak activity is observed in the presence of Ca(2+) and Zn(2+).

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用Homodimer含實驗來源
證據與來源

Homodimer

PMID 15551868 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位FAHD1 的定位記錄為粒線體及細胞質中的胞質溶膠。含實驗來源
證據與來源

Mitochondrion; Cytoplasm, cytosol

PMID 21878618 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 9 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000427358 · 1,705 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1CCCACGTGACTACAGGGGCACTTGATGGGAATCATGGCAG40
41CATCCAGGCCATTGTCCCGCTTCTGGGAGTGGGGAAAGAA80
81CATCGTCTGCGTGGGGAGGAACTACGCGGACCACGTCAGG120
121GAGATGCGCAGCGCGGTGTTGAGCGAGCCCGTGCTGTTCC160
161TGAAGCCGTCCACGGCCTACGCGCCCGAGGGCTCGCCCAT200
201CCTCATGCCCGCGTACACTCGCAACCTGCACCACGAGCTG240
241GAGCTGGGCGTGGTGATGGGCAAGCGCTGCCGCGCAGTCC280
281CCGAGGCTGCGGCCATGGACTACGTGGGCGGCTATGCCCT320
321GTGCCTGGATATGACCGCCCGGGACGTGCAGGACGAGTGC360
361AAGAAGAAGGGGCTGCCCTGGACTCTGGCGAAGAGCTTCA400
401CGGCGTCCTGCCCGGTCAGCGCGTTCGTGCCCAAGGAGAA440
441GATCCCTGACCCTCACAAGCTGAAGCTCTGGCTCAAGGTC480
481AACGGCGAACTCAGACAGGAGGGTGAGACATCCTCCATGA520
521TTTTTTCCATCCCCTACATCATCAGCTATGTTTCTAAGAT560
561CATAACCTTGGAAGAAGGAGATATTATCTTGACTGGGACG600
601CCAAAGGGAGTTGGACCGGTTAAAGAAAACGATGAGATCG640
641AGGCTGGCATACACGGGCTGGTCAGTATGACATTTAAAGT680
681GGAAAAGCCAGAATATTGAGTTATTTCTTAACAAGTTTCG720
721AGAGAGAAGGGAGCAAGACAAGAGCAAGCAACGGCTATTA760
761AATGTCACAATCCTTTAATTAGAAACCATTTATTGGCCGG800
801ACGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCGCAGCACTTTGGGAGG840
841CCGAGGCGGGCGGCTCACGACGTCAGGAGATCCAGACCAT880
881CTTGGCTAACAGGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC920
921AAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。