基因總覽
EPB41L4A 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 erythrocyte membrane protein band 4.1 like 4A。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 5q22.1-q22.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000261486 ★ | 112,162,619–112,419,277 | 23 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>EPB41L4A ENST00000261486 GRCh38 chr5:112419177-112420277 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CGCGGCTTGGGCGCAGTGTGCGGCTTGGCAGCGTGGACTCGCCGGCACCTCGCCGCTGGGACCACGGTCT CTGCCCCGCCCTCCGCCCCCAGCTGATACCCCGCCCAGAAGGGGCTCCCCTGCCGCGGCCAGCGCTGGAC TGGGGGGTCCGCTTCGTTCCAGGGCTTTTTGCAGACGCCTGGACCGGGCCCACATGCACCTGGGCTGCTC CCGCCCGGGGCGCCACCACTCGCGCGGCCAAGAGAACTTTCCCCGGAGCCTCTGCGGCCTGGCGCGCCCA GGGCGCACCCCCCGCTCGCCCGTCCGCCGCGTTCCCAGCTGGGGCGTCGCTCCTCCGCCCGCAGGTCCCC GCCTCCCCGCTTTGCTGAATGTCCTGAAGAAGCCGTATTCCGCCGCCGCGGCAGGCATTCCCGGAGGGAG AGCTTGAACTTGGCTACACACGGCCACCCGTAATGAGCTCGGGAGTCCCCGGACGGGAGCCACACCCCGC GACGAGCTGACCTCCCCTCGCTGGTCTGGGTAAGGAGCCTGCTGCCCTTTCCGCCTCTCTTCCGGCTCCT CGGCGCTTGCGGCTGGGGGACGGGGTAGCGGACGGAGCGACGACCTTCGCCTCTGCCCCTGCGCCCATGG TCGGGGCGTCGTGGGTGCTCCTCACACAAAAGAAAAGCCGAGCGCTTCATACTCGGCGGATCTGACCCGG GGCTGCGGGGCGGGGTCGCGGCTGGAAGTGCGCGCCCGCGGGGGACTCCGCAGGCCGATCGGACGCCAGG ACGTCGGGGCCGCGCTCAAATCCGTGCGGCAGGAGGGAGGTGCAGCGCTTCCAGGGTTTTCCAAGGCCGG GGAGAGCCTCGAATTCCCATCACTCCTTTTTCTGGTCTCTTGCCCCCAGTGCCAGGAGACTTTTGTCGTC CCCAGGACTGCGGGAGGGGCCCCGCGCCCCCGCCTTCGGAGGAGCTCGAGCCGCAGGATGCGCGGGGACG CGCCACCGCCCTCCGCGCCCAGTTCCGCCGGCGCTTCCCCGGCGGCTCCCGGGCGCTGACTCTCCCGGGC TTTTCCGCCTTTCTCGCTCCCGCCCCGCCGGGCGGTTCGGCGGCCGGTCCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| EPB41L4A_1 ↗ | 5:112,419,277 | 負股 | 112,419,267–112,419,326 |
| EPB41L4A_3 ↗ | 5:112,419,464 | 負股 | 112,419,454–112,419,513 |
| EPB41L4A_2 ↗ | 5:112,419,735 | 負股 | 112,419,725–112,419,784 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_CF675 · enhancer · 112417838–112419266 · regulatory
ENSR5_93MLQQ · promoter · 112419267–112419593 · regulatory
ENSR5_93MLQT · enhancer · 112419594–112419916 · regulatory
ENSR5_93MLQZ · promoter · 112419917–112420417 · regulatory
ENSR5_5ZFXFS · CTCF_binding_site · 112420178–112420199 · regulatory
ENSR5_5ZFXH3 · CTCF_binding_site · 112420442–112420463 · regulatory
· motif · 112418087–112418093 · motif
· motif · 112420180–112420196 · motif
· motif · 112420442–112420454 · motif
· motif · 112420444–112420460 · motif
· motif · 112420445–112420452 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:686 aa
EPB41L4A 的蛋白質長 686 個胺基酸。其 N 端第 11–299 位胺基酸區段註解為 FERM 結構域;第 331–686 位胺基酸區段則註解為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
EPB41L4A 註解定位於細胞質與細胞骨架。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | EPB41L4A 的定位註解包括細胞質與細胞骨架;此紀錄未提供更細部的定位條件或實驗情境。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGTTCCGCCGGCGCTTCCCCGGCGGCTCCCGGGCGCTGAC40TCTCCCGGGCTTTTCCGCCTTTCTCGCTCCCGCCCCGCCG80GGCGGTTCGGCGGCCGGTCCCCGGACCCCGCCGGGAGCTG120CTCGTCTCACCCTCGCCACGGCGCGGACAATAAATTAATG160CATCGCGCTTGAGTGGAGGGGGCGGCTGGGCGCCTCGGTG200GTAGCTTTCTCTCCTGGCTGGAGACGACCACAACCGACAT240GGGCTGTTTCTGCGCTGTTCCGGAAGAATTTTACTGCGAA280GTTTTGCTCCTGGATGAATCCAAGTTAACCCTTACCACCC320AGCAGCAGGGCATCAAGAAGTCAACGAAAGGTTCCGTTGT360CCTTGACCACGTATTCCATCACGTAAACCTTGTGGAGATA400GATTATTTTGGGCTACGTTACTGTGACAGAAGCCATCAGA440CGTATTGGCTGGATCCTGCAAAAACCCTTGCTGAACACAA480AGAACTGATCAACACTGGACCTCCATATACTTTGTATTTT520GGTATTAAATTCTATGCTGAAGATCCATGTAAACTTAAAG560AAGAAATAACCAGATATCAGTTTTTCTTGCAGGTGAAGCA600AGATGTCCTTCAGGGCCGTCTGCCCTGTCCCGTCAACACT640GCTGCTCAGCTGGGAGCGTATGCCATCCAGTCGGAGCTTG680GAGATTATGACCCATATAAACATACTGCAGGATATGTATC720TGAGTACCGGTTTGTTCCTGATCAGAAGGAAGAACTTGAA760GAAGCCATAGAAAGGATTCATAAAACTCTAATGGGTCAGA800TTCCTTCTGAGGCTGAGCTGAATTACTTGAGGACTGCCAA840ATCCCTGGAGATGTATGGCGTTGACCTCCATCCCGTCTAT880GGAGAAAACAAGTCTGAGTATTTCTTAGGATTAACTCCGG920TTGGTGTTGTTGTGTACAAGAATAAAAAGCAAGTGGGGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。