基因總覽
EP400 是蛋白質編碼基因，其產物 E1A binding protein p400 為 SNF2/RAD54 helicase family 的 SWR1 subfamily 成員。它是 NuA4 histone acetyltransferase complex 的組成部分，也屬於 SWR1-like complex。這些複合體參與染色質相關活動；EP400 的蛋白質序列包含 helicase 相關區域及 Myb-like domain，並具有多段預測為無序的區域。這些家族與結構特徵構成認識此蛋白質的基本背景。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000389561 ★ | 131,949,942–132,080,460 | 53 |
| ENST00000333577 | 131,949,798–131,995,012 | 13 |
| ENST00000935960 | 131,949,798–132,080,460 | 52 |
| ENST00001129402 | 131,949,798–131,977,541 | 3 |
| ENST00000332482 | 131,949,963–131,990,675 | 8 |
| ENST00000703283 | 131,960,620–131,994,956 | 11 |
| ENST00000330386 | 132,062,595–132,080,457 | 7 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
EP400 是 NuA4 histone acetyltransferase complex 的組成部分，參與特定基因的轉錄活化。NuA4 主要透過乙醯化核小體中的 histone H4 與 H2A 發揮作用。這類修飾可能改變核小體與 DNA 的交互作用，也可能促進經修飾組蛋白與其他正向調控轉錄的蛋白質結合，因而有助於基因轉錄調節。
在細胞增殖期間，EP400 可能是 E2F1 與 MYC 標的基因轉錄活化所需的成分；來源將此描述為可能的需求，而非無條件成立的作用。EP400 亦可能調節 ZNF42 的轉錄活性，呈現其參與轉錄調控的另一面向。
NuA4 的 ATPase 與 helicase 活性似乎至少部分來自 RUVBL1、RUVBL2 與 EP400 的結合。這表示複合體的相關酵素活性至少部分由這些亞基的共同參與所貢獻；來源未將全部活性歸因於 EP400 單獨作用。
此外，EP400 也是 SWR1-like complex 的組成部分。該複合體特異性介導核小體中 histone H2A.Z/H2AZ1 的移除，為 EP400 參與核小體組成調節的另一項功能。來源支持的是此複合體與移除作用的關聯，並未進一步說明其在特定細胞情境中的後續效應。
Promoter 與基因調控
>EP400 ENST00000389561 GRCh38 chr12:131948942-131950042 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCTAACCCACAACCCCGAAGATTTATGCCTATGTCTTTATCTGGAGACAGAATCTCATTCTGTTGCCCAG GCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTTACTGCAACCTCTGCCTCCCGTGTTCAAGCGATTCTCCTGCC TCAGCCTCCGGAGTAACTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAATA GAGACAGGGTTTCACTATGTTGGCCCGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTTAAATGATCTTCCCGCCTCGG CCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGACGTGAGCTACGTCTGTGTCTTTTAATAGAGTTTTGTCGTTTTTGG CCGGGCGTGGTGGCTCACACATGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACTTGAGGTC CGGCGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACTTGGTGAACCAACCCCCCTACTAAAAATACAAAAAATTAACCAG GGGTGGTGGCGCGAGTCTGTGGTCCCACCCACTCGGGAGACTGAGGCAGGAGGATCACTGGAGTCCAGGA GTTCGAGGCCAGCCTGGGCCACACAGGGTTTGGGTCTTGCATGTGAGCCTGGTCTGTTTGGTGAATCTGC AGAGTGTGAGAGCTGGCGGCCCACTTCTGTTCCACGTGGGCGCATTTCCCGAACTGCGCGTGGAAAAGCC GGGCTGCCGCGACTCCGTCAGTCTCGGCCCCGCCCCCGCCTTCCTCAGTCTCGGCCCCGCCCCGCCTCCG TCTGTCTCGGACCGGCCCCGCCTCCGTCTGTCTGGGACCGGCCCCCCTCCGTCCCTCTCGGCCTTGGGTT CGGCCCCCGCCCACCCCGCAGAGTCTCGCGGCGCCCTAGTCCTCCGGCGCCCTCGACCTCCGGCGCCCTC GCGCGGTCAGAGCGGCGCCGCGGAAGCGCAGCTACGGGCGCGCGGACGCGCGTCCCTTCCGGCTCGCCGT AGCAGCCGCGCCGCCGCTTCCTCCCGCCGGGGCCCCGGATGCACTGAGCGGCTGCGGCGCGGCTTCCATC CTCCCGCCCTCCTGACGCGGCCGGAGCGCAGCCCTGAGGCCCAGGGTAAGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| EP400_1 ↗ | 12:131,949,964 | 正股 | 131,949,915–131,949,974 |
| EP400_2 ↗ | 12:132,064,888 | 正股 | 132,064,839–132,064,898 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_93XD39 · enhancer · 131947417–131947835 · regulatory
ENSR12_79QH8P · enhancer · 131948928–131949054 · regulatory
ENSR12_BZ72X · promoter · 131949452–131949981 · regulatory
ENSR12_5362Z5X · CTCF_binding_site · 131949841–131949862 · regulatory
ENSR12_CH4J3 · enhancer · 131949982–131951305 · regulatory
ENSR12_5362Z7K · CTCF_binding_site · 131950191–131950212 · regulatory
ENSR12_5362Z8F · CTCF_binding_site · 131950375–131950396 · regulatory
· motif · 131945117–131945125 · motif
· motif · 131949593–131949609 · motif
· motif · 131949602–131949615 · motif
· motif · 131949670–131949683 · motif
· motif · 131949722–131949735 · motif
· motif · 131949781–131949794 · motif
· motif · 131949787–131949800 · motif
· motif · 131949843–131949859 · motif
· motif · 131949905–131949914 · motif
· motif · 131949905–131949916 · motif
· motif · 131949955–131949964 · motif
· motif · 131950044–131950057 · motif
· motif · 131950057–131950070 · motif
· motif · 131950193–131950209 · motif
· motif · 131950377–131950393 · motif
· motif · 131950443–131950450 · motif
· motif · 131950680–131950689 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：3159 aa
E1A binding protein p400 長 3159 個胺基酸，含 HSA、Helicase ATP-binding、Helicase C-terminal 與 Myb-like domain；序列另標註 DEAH box-like motif。多段區域被註解為無序區，並標示與 RUVBL1、RUVBL2 及 ZNF42 互作的區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
E1A binding protein p400 定位於細胞核。 此定位資料未提供條件、動態變化或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- ALAS1P13196 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- MYCP01106 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 2 筆來源紀錄
- PARP1P09874 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RUVBL2Q9Y230 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
EP400 是含 KAT5/TIP60 催化亞基的 NuA4 complex 成員，也屬於 SWR1-like complex；資料亦指出它可能參與缺少 KAT5/TIP60、但包含 SRCAP 的 NuA4-related complexes。EP400 與 TRRAP、RUVBL1、RUVBL2 有互作，並與 ZNF42、PHF5A 及病毒蛋白 human cytomegalovirus UL27、human adenovirus 5 E1A protein 互作。NuA4 complex 則與 MYC 及 adenovirus E1A protein 互作；human adenovirus 5 E1A protein 與 EP400 的互作會穩定 MYC。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | EP400 是 NuA4 histone acetyltransferase complex 的組成部分，該複合體主要藉由乙醯化核小體中的 histone H4 與 H2A 活化特定基因；此修飾可能改變核小體與 DNA 的交互作用，並促進修飾後組蛋白與正向調控轉錄的其他蛋白質互作。細胞增殖期間，EP400 可能是 E2F1 與 MYC 標的基因轉錄活化所需；RUVBL1、RUVBL2 與 EP400 的結合似乎至少部分貢獻 NuA4 的 ATPase 與 helicase 活性。EP400 也可能調節 ZNF42 轉錄活性，並參與特異性介導核小體移除 histone H2A.Z/H2AZ1 的 SWR1-like complex。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the NuA4 histone acetyltransferase complex which is involved in transcriptional activation of select genes principally by acetylation of nucleosomal histones H4 and H2A. This modification may both alter nucleosome - DNA interactions and promote interaction of the modified histones with other proteins which positively regulate transcription. May be required for transcriptional activation of E2F1 and MYC target genes during cellular proliferation. The NuA4 complex ATPase and helicase activities seem to be, at least in part, contributed by the association of RUVBL1 and RUVBL2 with EP400. May regulate ZNF42 transcription activity. Component of a SWR1-like complex that specifically mediates the removal of histone H2A.Z/H2AZ1 from the nucleosome PMID 14966270 ↗ · PMID 24463511 ↗ |
| 交互作用 | EP400 是含有催化亞基 KAT5/TIP60 等多個亞基的 NuA4 histone acetyltransferase complex 成員，也屬於 SWR1-like complex；它可能參與缺少 KAT5/TIP60、但包含 SRCAP 的 NuA4-related complexes。NuA4 與 MYC 及 adenovirus E1A protein 互作，而 EP400 與 TRRAP、RUVBL1、RUVBL2、ZNF42、PHF5A、human cytomegalovirus UL27 及 human adenovirus 5 E1A protein 互作。human adenovirus 5 E1A protein 與 EP400 的互作會穩定 MYC。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the NuA4 histone acetyltransferase complex which contains the catalytic subunit KAT5/TIP60 and the subunits EP400, TRRAP/PAF400, BRD8/SMAP, EPC1, DMAP1/DNMAP1, RUVBL1/TIP49, RUVBL2, ING3, actin, ACTL6A/BAF53A, MORF4L1/MRG15, MORF4L2/MRGX, MRGBP, YEATS4/GAS41, VPS72/YL1 and MEAF6. May also participate in the formation of NuA4 related complexes which lack the KAT5/TIP60 catalytic subunit, but which include the SWI/SNF related protein SRCAP. The NuA4 complex interacts with MYC and the adenovirus E1A protein. EP400 interacts with TRRAP, RUVBL1 and RUVBL2. Component of a SWR1-like complex. Interacts with ZNF42. Interacts with PHF5A. Interacts with human cytomegalovirus UL27. Interacts with human adenovirus 5 E1A protein; this interaction stabilizes MYC PMID 18413597 ↗ · PMID 21320693 ↗ |
| 細胞定位 | EP400 定位於細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
CTCCCGCCGGGGCCCCGGATGCACTGAGCGGCTGCGGCGC40GGCTTCCATCCTCCCGCCCTCCTGACGCGGCCGGAGCGCA80GCCCTGAGGCCCAGGGAGAACGACACATTGGATACAGAAG120GGAGGTGATCATGCACCATGGCACTGGCCCCCAGAACGTC160CAGCATCAGCTGCAGAGGTCCAGGGCCTGCCCTGGCAGCG200AGGGTGAGGAGCAGCCGGCCCACCCCAACCCACCCCCGTC240CCCCGCAGCTCCCTTCGCTCCCTCAGCAAGCCCGTCGGCA280CCCCAGTCTCCCAGTTATCAAATACAGCAGCTGATGAATA320GGAGCCCTGCAACCGGGCAGAACGTGAACATCACCCTGCA360GAGCGTGGGCCCTGTCGTCGGGGGAAACCAGCAGATCACA400CTGGCCCCACTGCCGCTCCCCAGCCCCACCTCTCCAGGCT440TCCAGTTCAGCGCTCAGCCTCGGCGGTTTGAGCATGGGTC480TCCATCATACATTCAGGTCACGTCCCCCTTGTCCCAGCAG520GTCCAGACCCAGAGTCCCACGCAGCCCAGTCCGGGGCCGG560GGCAGGCCTTGCAGAATGTGCGTGCAGGTGCCCCTGGCCC600TGGGCTGGGCCTCTGCAGCAGCAGCCCTACAGGGGGCTTC640GTGGATGCCAGCGTGCTGGTGAGGCAGATCAGCTTGAGCC680CCTCCAGTGGTGGACACTTTGTGTTTCAGGATGGGTCAGG720GCTCACCCAGATCGCCCAGGGAGCCCAGGTTCAGCTCCAG760CACCCGGGTACGCCCATCACAGTCCGAGAGCGGAGACCCT800CCCAGCCCCACACACAGTCAGGGGGCACCATCCACCACCT840GGGACCCCAGAGCCCTGCAGCCGCGGGTGGGGCCGGCCTG880CAGCCCCTGGCCAGCCCAAGCCACATCACCACGGCTAACT920TGCCACCGCAGATCAGCAGCATCATCCAGGGCCAGCTGGT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。