基因總覽
ENTREP3 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 endosomal transmembrane epsin interactor 3。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 1q22。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000361361 ★ | 155,247,205–155,255,483 | 12 |
| ENST00000350210 | 155,247,205–155,255,795 | 9 |
| ENST00000368368 | 155,247,205–155,255,795 | 11 |
| ENST00000491082 | 155,247,205–155,255,795 | 8 |
| ENST00000851432 | 155,247,205–155,255,795 | 12 |
| ENST00000851433 | 155,247,205–155,255,795 | 12 |
| ENST00000851434 | 155,247,205–155,255,795 | 9 |
| ENST00000851435 | 155,247,205–155,255,795 | 7 |
| ENST00000851436 | 155,247,205–155,255,795 | 10 |
| ENST00000851437 | 155,247,205–155,255,795 | 11 |
| ENST00000851438 | 155,247,205–155,255,795 | 11 |
| ENST00000851439 | 155,247,205–155,255,795 | 10 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>ENTREP3 ENST00000361361 GRCh38 chr1:155255383-155256483 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GTTAGGCTGGGGTGGGGAACCAGTGGCTGGAATGGGCGGTAATGTCTTTGTCCTCTACTTGCAGATCCAC TCCTTATACCGCCGCACAGGTGCCAGCTTTCAGAAGGCCCAGCAAGAATTTGCTGCTGGTGTCTTCTCCA ACCCTGCGGTGCGAACCGCAGCTGCCAATGCAGCCGCTGGGGCTGCTGAAAATGCCTTCCGGGCCCCGTG ACCCCTGACTGGGATGCCCTGGCCCTGCTACTTGAGGGAGCTGACTTAGCTCCCGTCCCTAAGGTCTCTG GGACTTGGAGAGACATCACTAACTGATGGCTCCTCCGTAGTGCTCCCAATCCTATGGCCATGACTGCTGA ACCTGACAGGCGTGTGGGGAGTTCACTGTGACCTAGTCCCCCCATCAGGCCACACTGCTGCCACCTCTCA CACGCCCCAACCCAGCTTCCCTCTGCTGTGCCACGGCTGTTGCTTCGGTTATTTAAATAAAAAGAAAGTG GAACTGGAACTGACATCCCCGTTTCCTGAATCTTCATTGGGAATTAGGCCTTATGAAAGAGAAAGGAGAG TGTGGAGTGAGGTGGGAAGGTCGGACCCGGCTTTAGTGTAAACTGGGAGATATGAGGGGCGGGGCGGTGG AGCCCGAGTGGCTGGCGCAGGAAGGAGGTGGGAAGTCCACGGAAACGCGAAACCCGGAGACGCCAGGGAG CCCTGCTCCCCACCCCTCTCCATTAATGACGGGGAAGAGCCACCGCCTCTGCCGGGAACGCCAAGGAATA CGCGGGCCTGGAGCCTGAAAAGCTGGATGGGGCTCAAGTGGAGGCCCAAAGGATCACTAGCAGCCTAGCC AGGGTCCAGAGCGAGGCAGGGACTGGAGGAGCGCTTATCCGACTGCCTCGCCCTGCCGCGGGATCCCCCA ACCCCGACAGGGTCTCAGTCCCGAACTACAACTCCCGGGGTGCACCGCGCCGGCCCTCGCCGCCATGCCC CTCCTTCCCGCACCATCCCCATTCCCATCCCCCTTCTCTAGTCCCCGACCTGCGGCAGCCGGAGCTCGGG GAGCGGAGCGTGGTGGGGAGGGGAGCGGGACAGGCGACACAGGAGACAGCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| FAM189B_2 ↗ | 1:155,254,983 | 負股 | 155,254,973–155,255,032 |
| FAM189B_3 ↗ | 1:155,255,202 | 負股 | 155,255,192–155,255,251 |
| FAM189B_1 ↗ | 1:155,255,483 | 負股 | 155,255,473–155,255,532 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:668 aa
Protein ENTREP3 長 668 個胺基酸,屬於 ENTREP family。其 N 端具有四段螺旋型跨膜區;C 端另有多段預測為無序的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ENTREP3 被註記為多次穿膜蛋白,定位類別為膜;來源未提供更細的膜區室資訊。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- WWOXQ9NZC7 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
ENTREP3 可能與 WWOX 互作;資料未進一步說明此關係是否為直接結合,亦未提供複合體或功能性互作的證據。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
ATTCCCATCCCCCTTCTCTAGTCCCCGACCTGCGGCAGCC40GGAGCTCGGGGAGCGGAGCGTGGTGGGGAGGGGAGCGGGA80CAGGCGACACAGGAGACAGCGGCGCCGCGGCCTCTCCCCA120CCAGGCGGCCCCGGATCCTACTGGACGCCCTGAGGGCACA160CCGACCGCGCCTCTAGAGTCACCCCACGCCGACCCCTCCC200CTCTTCTCTAGACTTATTTCCATCCTTCCCGCTTTTACCC240TCCCCACCCCTCCCTGGGCTCCAGGCCGCCGCCCCCTCCT280CACTCCTGGACCGGCCCTTCTCGGTGCCCCTCTTCCCTAG320GGAGATGCGATGAGCCGGTGCCCCCGCGTCCTCATCGTCG360CCCCGGGCACGGTGCCCGTCCAGTGCCCGTGGTGGGGAGG400GAGCACTCCGCGGTCCCTCCGTGACGCCCCTCGCTTGGCC440CCCCCCACAGCTGGCGTCCCTCGGCCATGCCCCAGGGGAC480CCAGCCAGGGGGTGGGCTCTAGAGCGAGTGGGGTGGAGAG520GAGAAAGGACGGGGCCTTGGGCGCCTCTGAGATGCTCCCA560AGTGCCAGGGAGGGCCGAGCGAGGCGCAGGCAACCGGGCA600GCAGGCATGATGCCCTCGCCTAGTGACTCCAGCCGCTCGC640TGACCAGCCGGCCCAGCACCAGGGGCCTTACCCACCTCCG680CCTCCACCGACCCTGGCTGCAGGCCCTGCTTACGCTGGGG720CTGGTCCAAGTGCTCCTGGGCATCCTGGTGGTCACCTTCA760GCATGGTGGCCTCTTCCGTCACCACCACCGAGAGCATCAA800GAGGTCCTGCCCGTCTTGGGCTGGGTTCTCGCTGGCGTTC840TCCGGGGTGGTTGGCATTGTGTCCTGGAAGCGGCCATTCA880CTCTAGTGATCTCCTTCTTCTCCTTGCTTTCGGTGCTCTG920TGTCATGCTTAGCATGGCTGGCTCTGTTCTCTCCTGTAAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。