基因總覽
ELOC 是人類的蛋白質編碼基因，其產物 elongin C 屬於 SKP1 family。它是 Elongin BC 的一個亞基；此複合體可與 elongin A 組成 Elongin 複合體，也可納入多種 cullin-RING E3 泛素連接酶複合體。這些不同組合使 elongin C 能參與轉錄延伸調控，並成為蛋白質泛素化系統的核心組成部分。來源所述的功能涵蓋一般轉錄調控及多種蛋白質處理途徑。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000520242 ★ | 73,945,119–73,972,191 | 4 |
| ENST00001130006 | 73,930,172–73,972,284 | 5 |
| ENST00000602840 | 73,939,169–73,972,234 | 4 |
| ENST00001130007 | 73,941,852–73,972,284 | 5 |
| ENST00001043237 | 73,944,327–73,972,311 | 6 |
| ENST00000906596 | 73,945,114–73,972,284 | 5 |
| ENST00000518127 | 73,945,119–73,972,311 | 4 |
| ENST00001139388 | 73,945,119–73,972,284 | 4 |
| ENST00000688584 | 73,945,166–73,964,598 | 3 |
| ENST00000622804 | 73,945,166–73,972,050 | 5 |
| ENST00000687224 | 73,945,166–73,972,311 | 5 |
| ENST00000685938 | 73,945,430–73,972,307 | 4 |
顯示 12/118 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
elongin C 參與 Elongin 複合體（亦稱 SIII），這是一種促進 RNA polymerase II 轉錄延伸的通用因子。複合體中的 elongin A 具有轉錄活性；當它與由 elongin B 和 elongin C 組成的 Elongin BC 二聚複合體結合時，轉錄活性會顯著增強。這項作用與 RNA polymerase II 越過模板上造成停滯的位點有關。
在胚胎幹細胞中，EPOP 可將 Elongin BC 招募至 Polycomb group（PcG）標的基因。這些基因區域因此呈現活化與抑制染色質特性並存的狀態；來源指出，這是多能性幹細胞的重要特徵。此描述依據相似性資料，並非在此來源中明確限定為所有細胞情境。
elongin C 也是多種以 cullin-RING 為基礎的 ECS E3 泛素蛋白連接酶複合體之核心成分。它與 BC-box motif 結合，似乎能把負責招募標的的次單元（例如 VHL 或 SOCS box family 成員）連接至 Cullin/RBX1 模組；後者可活化 E2 泛素化酵素。各複合體依其標的辨識組件而異，能促進不同蛋白質的泛素化，部分情況進一步導致標的降解。
其中一類 ECS 複合體參與 DesCEND 路徑，由 KLHDC 或 FEM1 family 等標的辨識組件辨識蛋白質 C 端末端的 C-degron，並促進泛素化與降解。其他來源所述例子包括：ECS(ASB9) 促進 CKB 泛素化及降解；ECS(LRR1) 泛素化 MCM7，並促進 S 期 CMG 複製體解體及染色質抽離；ECS(RAB40C) 促進 ANKRD28 降解，進而抑制 PP6 複合體活性與細胞移動時的 focal adhesion 組裝。ECS(ASB7) 與 ECS(LRRC58) 也分別透過降解 SUV39H1 和 CDO1，參與 H3K9me3 調控及 cysteine 分解代謝調節。
HIV-1 感染時，病毒 Vif 可劫持含 elongin C 的 cullin-5-RING ECS 複合體，使其促進 APOBEC3F 與 APOBEC3G 泛素化及降解；該複合體也能在一定程度上泛素化 APOBEC3H。
Promoter 與基因調控
>ELOC ENST00000520242 GRCh38 chr8:73972091-73973191 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCTGGCAAGTCCTCAGTTCAACAAACTCTAGATAGCCTGTTATCTATTTTTTGAGCACACAAAGTGCCTC GTTGAGCACCTTGTAATGTTGTCTTGGCCCTACATACATTCTCTTCATGCCACACTCCTGGAAAACAGTA GAAGGTGAACTTTATTTAGCTGTTTCAGCCTTCCTGGAAAGGTGCCTGTATATCTTACCATAGGAAACGC GGGGGGGTGGGAAGCGGGGCGTGGAATGAGAAAGAAGTTCCCAAAAACTGAGTAACGGTTTGGCAGGCGC CTGGATTTTCTGTGCGTGAGCTCCGGATCCAGGACAGCTGAGCTAACCCAGAGGCAAAGGCAGGACCCTC GCGGGTGGAGTGGGGGACGTGGTTAGTTTTCAGTTAACATTGAATTCTACCGGGAAGAGAGGAAATGAGG CCAGCCGATTGCGCTAGTCGTTGCTGTGCTGGCTCTTCAGCACGCACAGCAACTTTTCACCAGGGACAGA TGCTGCTTCATAAAGAGTACGATCTCGTTAGCAAAGAAACCGCCCTCCCACGTTTCAATCTTTCCTCAGC AGTCTCCCACCTCCAGGCGTAACCCTAAATGAGAGGTACGGACAGTCTCTGTAACCACCAAAATCTTAAC ACGCAGTGCGAGAAACTACAAGTCCCAGGATGCAGGGCTGCCTCGGTCCCAACGCCGACGGTATCCACCA GAGAAACTACAAATCCCAGAATGCAGTGCTCTCTCGGACTCCCGAGAGCCTCTCTAAGGATGCGTCTTTA CAGCAATTGGATCAGGGTCTGCGCTGCATGCTGGGAATCCAGAAGAGCTAGACTCGGATTGGTCGAAATT TGCCGGTTGCGTTCATAGGCTGGCCTACTATAGGGGAAAAGAGTAGGGCGCTACGCCCTACCTCCAGACG GAAGTGAGCGACACACTCTGCGTCCTCGCCTCACCAGGTACGGATCTCCCGCGCGTCGCCGAAAGCGGCT CTGACCCAGCGGAAGTAATTCTTTCGACTGCCCCGGAACCCACCGGAGCAGGCAGCTGGGGGTGGGGGGG CGGCCCTGGGATAGGGGCTGTGGCAGTACGCGGGGACCCGGCTGCGGTGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ELOC_1 ↗ | 8:73,972,186 | 負股 | 73,972,176–73,972,235 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR8_BJNCT · enhancer · 73970960–73971897 · regulatory
ENSR8_BJND2 · promoter · 73971898–73972797 · regulatory
ENSR8_5MDQXH · CTCF_binding_site · 73972755–73972776 · regulatory
ENSR8_5MDQZS · CTCF_binding_site · 73973041–73973062 · regulatory
ENSR8_BJNDJ · promoter · 73975705–73976217 · regulatory
· motif · 73971071–73971093 · motif
· motif · 73971071–73971093 · motif
· motif · 73971241–73971252 · motif
· motif · 73971905–73971915 · motif
· motif · 73971921–73971931 · motif
· motif · 73972083–73972100 · motif
· motif · 73972138–73972148 · motif
· motif · 73972144–73972154 · motif
· motif · 73972195–73972204 · motif
· motif · 73972276–73972285 · motif
· motif · 73972276–73972287 · motif
· motif · 73972276–73972287 · motif
· motif · 73972337–73972352 · motif
· motif · 73972563–73972580 · motif
· motif · 73972757–73972773 · motif
· motif · 73973043–73973059 · motif
· motif · 73975840–73975851 · motif
· motif · 73976139–73976150 · motif
· motif · 73976139–73976150 · motif
· motif · 73976183–73976194 · motif
· motif · 73976183–73976194 · motif
· motif · 73976728–73976743 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：112 aa
elongin C 被歸類於 SKP1 family。來源未提供更具體的結構域、功能區域或序列註解，因此不進一步描述其蛋白質結構。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源記載 elongin C 位於細胞核；未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 15 個夥伴
- ASB9Q96DX5 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- COMMD1Q8N668 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CUL2Q13617 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- CUL3Q13618 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ELOBQ15370 · UniProt INTERACTION · 20 experiments
- MED8Q96G25 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- METTL21CQ5VZV1 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- PRAMEP78395 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- SOCS1O15524 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SOCS2O14508 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SPSB2Q99619 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SPSB4Q96A44 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GAMMAHV.ORF73O41974 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ORF10A0A663DJA2 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- vifP12504 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
elongin C 與 elongin B 及 elongin A（ELOA、ELOA2 或 ELOA3P）形成異源三聚體，也與 elongin B 組成 Elongin BC。此複合體可納入由 CUL2 或 CUL5、RBX1 或 RNF7/RBX2，以及不同標的辨識蛋白組成的 E3 泛素連接酶複合體。另有資料記載 elongin C 與 EPOP、TMF1、NRBP1 及多種病毒蛋白互作；其中 HIV-1 Vif 可參與形成活性的 cullin-5-RING 複合體。KLHDC2/KLHDC3-ELOB-ELOC 可能形成寡聚體，並因遮蔽標的結合位點而自我抑制 E3 連接酶活性。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 11 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | elongin C 是 Elongin 複合體（SIII）的組成部分；此通用轉錄延伸因子可促進 RNA polymerase II 越過模板上造成停滯的位點。Elongin A 具有轉錄活性，與 elongin B、elongin C 組成的 Elongin BC 結合後，活性會顯著提升。在胚胎幹細胞中，EPOP 可招募 Elongin BC 至 PcG 標的基因，形成兼具活化與抑制染色質特性的基因區域；此項描述依據相似性資料。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the Elongin complex, also known as SIII, a general transcription elongation factor that increases the RNA polymerase II transcription elongation past template-encoded arresting sites; subunit A is transcriptionally active and its transcription activity is strongly enhanced by binding to the dimeric complex of the SIII regulatory subunits B and C (Elongin BC complex). In embryonic stem cells, the elongin BC complex is recruited by EPOP to Polycomb group (PcG) target genes in order generate genomic region that display both active and repressive chromatin properties, an important feature of pluripotent stem cells (By similarity) PMID 7821821 ↗ |
| 功能 | elongin C 是多種 cullin-RING 型 ECS E3 泛素連接酶複合體的核心成分，這些複合體可泛素化標的蛋白。elongin C 結合 BC-box motif，似乎將 VHL 或 SOCS box family 等標的招募次單元連接到 Cullin/RBX1 模組，後者可活化 E2 泛素化酵素。不同 ECS 複合體可辨識不同標的；例如部分複合體辨識蛋白質 C 端 C-degron，促進泛素化與降解，其他例子涉及 CKB、POLR2A、MCM7、ANKRD28、SUV39H1 與 CDO1 的泛素化或降解，並影響相關細胞過程。 | 含實驗來源 | 證據與來源Core component of multiple cullin-RING-based ECS (ElonginB/C-CUL2/5-SOCS-box protein) E3 ubiquitin-protein ligase complexes, which mediate the ubiquitination of target proteins. By binding to BC-box motifs it seems to link target recruitment subunits, like VHL and members of the SOCS box family, to Cullin/RBX1 modules that activate E2 ubiquitination enzymes. Component the von Hippel-Lindau ubiquitination complex CBC(VHL). A number of ECS complexes (containing either KLHDC2, KLHDC3, KLHDC10, APPBP2, FEM1A, FEM1B or FEM1C as substrate-recognition component) are part of the DesCEND (destruction via C-end degrons) pathway, which recognizes a C-degron located at the extreme C terminus of target proteins, leading to their ubiquitination and degradation. The ECS(ASB9) complex mediates ubiquitination and degradation of CKB. As part of a multisubunit ubiquitin ligase complex, polyubiquitinates monoubiquitinated POLR2A. ECS(LRR1) ubiquitinates MCM7 and promotes CMG replisome disassembly by VCP and chromatin extraction during S-phase (By similarity). As part of the ECS(RAB40C) complex, mediates ANKRD28 ubiquitination and degradation, thereby inhibiting protein phosphatase 6 (PP6) complex activity and focal adhesion assembly during cell migration. The ECS(ASB7) complex acts a negative regulator of H3K9me3 histone mark by mediating ubiquitination and degradation of SUV39H1. As part of the ECS(LRRC58) complex, mediates CDO1 ubiquitination and degradation, regulating cysteine catabolism PMID 10205047 ↗ · PMID 12004076 ↗ · PMID 12050673 ↗ · PMID 15590694 ↗ · PMID 19920177 ↗ · PMID 21199876 ↗ · PMID 26138980 ↗ · PMID 29775578 ↗ · PMID 29779948 ↗ · PMID 30166453 ↗ · PMID 33268465 ↗ · PMID 35512830 ↗ · PMID 36805027 ↗ · PMID 37844242 ↗ · PMID 38177675 ↗ · PMID 38326650 ↗ · PMID 39039081 ↗ · PMID 40440427 ↗ · PMID 40963025 ↗ |
| 功能 | HIV-1 感染後，病毒 Vif 可劫持含 elongin C 的 cullin-5-RING ECS E3 泛素連接酶複合體，促進 APOBEC3F 與 APOBEC3G 泛素化及降解。該複合體也能在一定程度上泛素化 APOBEC3H。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Following infection by HIV-1 virus, component of a cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase complex (ECS complex) hijacked by the HIV-1 Vif protein, which catalyzes ubiquitination and degradation of APOBEC3F and APOBEC3G. The complex can also ubiquitinate APOBEC3H to some extent PMID 18562529 ↗ · PMID 20532212 ↗ · PMID 22190037 ↗ · PMID 24225024 ↗ · PMID 24402281 ↗ · PMID 36754086 ↗ · PMID 37640699 ↗ |
| 分子活性 | 此蛋白質的相關活性註記為蛋白質修飾與蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | elongin C 與 elongin B 及 elongin A（ELOA、ELOA2 或 ELOA3P）形成異源三聚體。Elongin BC 可與 EPOP 互作並被招募至 PcG 標的基因；其功能關係包括限制 PRC2/EED-EZH2 過度活性。elongin C 也是多種 cullin-RING E3 複合體的組成部分，複合體包含 Elongin BC、CUL2 或 CUL5、RBX1 或 RNF7/RBX2，以及不同的標的接頭蛋白。另記載其與 TMF1、NRBP1 互作；KLHDC2/KLHDC3-ELOB-ELOC 可能形成寡聚體，遮蔽底物結合位點並自我抑制 E3 連接酶複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Heterotrimer of an A (ELOA, ELOA2 or ELOA3P), ELOB and ELOC subunit. The elongin BC complex interacts with EPOP; leading to recruit the elongin BC complex to Polycomb group (PcG) target genes, thereby restricting excessive activity of the PRC2/EED-EZH2 complex (By similarity). Component of multiple cullin-RING E3 ubiquitin-protein ligase complexes composed of Elongin BC (ELOB and ELOC), a cullin (CUL2 or CUL5), a catalytic subunit (RBX1 or RNF7/RBX2), as well as a substrate adapter protein that can be either ASB2, ASB7, ASB9, ASB11, KLHDC2, KLHDC3, KLHDC10, APPBP2, FEM1A, FEM1B, FEM1C, LRR1, LRRC58, PCMTD1, SOCS1, SOCS2, SOCS5, SPSB1, SPSB3, ELOA, VHL, WSB1, ZYG11B or RAB40C. Interacts with TMF1. As part of the Elongin BC E3 ubiquitin ligase complex; interacts with NRBP1. May form oligomers as a KLHDC2/KLHDC3-ELOB-ELOC complex; this interaction is autoinhibitory for the E3 ligase complex as the substrate-binding site of KLHDC2/KLHDC3 is blocked in the oligomer (By similarity) PMID 10205047 ↗ · PMID 11006129 ↗ · PMID 12004076 ↗ · PMID 12050673 ↗ · PMID 15467733 ↗ · PMID 15590694 ↗ · PMID 17189197 ↗ · PMID 17304241 ↗ · PMID 17997974 ↗ · PMID 19920177 ↗ · PMID 21980433 ↗ · PMID 22510880 ↗ · PMID 23102700 ↗ · PMID 23837592 ↗ · PMID 24337577 ↗ · PMID 25505247 ↗ · PMID 26138980 ↗ · PMID 29775578 ↗ · PMID 29779948 ↗ · PMID 31182716 ↗ · PMID 31387940 ↗ · PMID 32513959 ↗ · PMID 33268465 ↗ · PMID 34700328 ↗ · PMID 34857742 ↗ · PMID 35486881 ↗ · PMID 35512830 ↗ · PMID 37816714 ↗ · PMID 37844242 ↗ |
| 交互作用 | 在 HIV-1 感染情境中，elongin C 與 HIV-1 Vif 互作，並參與形成具活性的 cullin-5-RING E3 泛素連接酶複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with HIV-1 Vif; forming an active cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase complex (ECS complex) PMID 18562529 ↗ · PMID 20532212 ↗ · PMID 22190037 ↗ · PMID 24225024 ↗ · PMID 24402281 ↗ · PMID 37640699 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，標的接頭蛋白可以是病毒蛋白，例如 HIV Vif。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Substrate adapter protein can be a viral protein such as HIV Vif PMID 15574592 ↗ |
| 交互作用 | elongin C 與人類呼吸道融合病毒（HRSV）蛋白 NS1 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with human respiratory syncytial virus (HRSV) protein NS1 PMID 17251292 ↗ |
| 交互作用 | elongin C 與傳染性軟疣病毒蛋白 MC132 互作。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | elongin C 與 herpes virus 8 蛋白 LANA1 互作。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | elongin C 的定位記載為細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
CTTTCGACTGCCCCGGAACCCACCGGAGCAGGCAGCTGGG40GGTGGGGGGGCGGCCCTGGGATAGGGGCTGTGGCAGTACG80CGGGGACCCGGCTGCGGTGGCTGCGGGACTGACGAGAAAC120TACTAAAGTTCCTGGGGAAGCAAAGTAGAATTTCATAAGA160ACAAAATGGATGGAGAGGAGAAAACCTATGGTGGCTGTGA200AGGACCTGATGCCATGTATGTCAAATTGATATCATCTGAT240GGCCATGAATTTATTGTAAAAAGAGAACATGCATTAACAT280CAGGCACGATAAAAGCCATGTTGAGTGGCCCAGGTCAGTT320TGCTGAGAACGAAACCAATGAGGTCAATTTTAGAGAGATA360CCTTCACATGTGCTATCGAAAGTATGCATGTATTTTACGT400ACAAGGTTCGCTACACTAACAGCTCCACCGAGATTCCTGA440ATTCCCAATTGCACCTGAAATTGCACTGGAACTGCTGATG480GCTGCGAACTTCTTAGATTGTTAAATAAAATAAATTATAA520TAAACTGTTAACTCTTTTCAGTATTTAATACCTGTAGTTC560AGTTAGTAACTTTTTCATATATAGCATGTTGCCTGTATGC600AGTTGAACTATATAAAGTTCATTGCAAAGCAGATTATCTT640GTTTTTTTGCATAGCAATCAAAGTTGAAATTTGTTTGCTA680CATCAACAAATTAAGGACATTTTCACAAACTGAGAAATAA720ACAAATATGCCAATTCGTAGGTGGTTTTGCCTTATCCTTT760GAATGTGACTTAAAATCAGCAATGATGATATAGTAAATAC800TGAAATTTAGGTGTAAATCAATACGTTCTACAGGGAAATA840ATGAGGCTAAGTATTTTTATGTTTTTAGTGGTTTTTTAGA880AACCTAATCTTATAGCCGCCATTAGCATTACTAGAGTTAT920GCAAATAATTGCATTATAAACATGTTTATAACTTAGCCAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。