基因總覽
ELOB 是蛋白質編碼基因，其產物 elongin B 屬於 Elongin B family。這種蛋白是 Elongin BC 複合體的固定組成部分，也出現在多種以 cullin-2 或 cullin-5 為核心的 E3 泛素蛋白連接酶複合體中，因此可參與不同蛋白質複合體的組裝。其蛋白質含有 ubiquitin-like 結構域，並具有一段被註解為無序的區域。這些特徵構成 elongin B 的基本分子背景；其在轉錄延伸與泛素化複合體中的具體作用，則依所在複合體而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000409906 ★ | 2,771,414–2,777,280 | 4 |
| ENST00000262306 | 2,771,414–2,777,320 | 5 |
| ENST00001036842 | 2,771,414–2,777,320 | 5 |
| ENST00001068127 | 2,771,414–2,777,320 | 4 |
| ENST00001133855 | 2,771,414–2,777,320 | 4 |
| ENST00000409477 | 2,771,415–2,777,195 | 3 |
| ENST00000994562 | 2,771,415–2,777,320 | 4 |
| ENST00000688784 | 2,771,938–2,776,789 | 3 |
| ENST00000919674 | 2,771,939–2,777,320 | 5 |
| ENST00000494946 | 2,771,941–2,777,127 | 3 |
| ENST00000919675 | 2,771,941–2,777,320 | 4 |
| ENST00001036844 | 2,771,941–2,777,320 | 5 |
顯示 12/19 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
elongin B 參與兩類主要複合體：Elongin（亦稱 SIII）轉錄延伸因子，以及多種 cullin-RING E3 泛素蛋白連接酶複合體。在 Elongin 複合體中，轉錄活性由 A 次單元提供；Elongin B 與 elongin C 形成的二聚調節複合體會大幅增強其活性，使 RNA polymerase II 能延伸越過模板上造成停滯的位置。這項作用將 elongin B 連結至轉錄延伸調控，但來源並未指出它本身具有轉錄催化活性。
在泛素化系統中，elongin B 是多種 cullin-2 或 cullin-5-RING E3 複合體的核心成分。它可結合 BC-box motif，將負責辨識或招募目標蛋白的次單元（例如 VHL 或 SOCS box family 成員）連接至 Cullin/RBX1 模組；後者促進 E2 泛素化酵素作用。不同複合體因所含的辨識次單元而處理不同標的，因此 elongin B 所參與的泛素化可導向多種下游結果。
其中一部分複合體參與 DesCEND 路徑：辨識位於目標蛋白最末端 C 端的 C-degron，接著促使目標蛋白泛素化並降解。其他具體例子包括 ECS(ASB9) 促進 CKB 泛素化與降解；ECS(LRR1) 泛素化 MCM7，並促進 S 期 CMG 複製解旋體複合物拆解及其由 VCP 介導的染色質抽離。ECS(RAB40C) 促使 ANKRD28 泛素化與降解，進而抑制 PP6 複合體活性與細胞遷移時的 focal adhesion 組裝；ECS(ASB7) 則藉由促進 SUV39H1 降解，負向調節 H3K9me3。ECS(LRRC58) 促進 CDO1 泛素化與降解，並調節 cysteine catabolism。這些例子顯示，複合體的標的選擇會連結到不同的細胞過程。
此外，elongin BC 複合體在胚胎幹細胞中可由 EPOP 招募至 Polycomb group（PcG）目標基因，形成兼具活性與抑制性染色質特徵的基因組區域；此敘述為相似性推論。來源也指出， elongin BC 可參與 POLR2A 的多聚泛素化。感染 HIV-1 後，病毒 Vif 會挾持含 cullin-5 的 E3 複合體，使其促進 APOBEC3F 與 APOBEC3G 泛素化及降解；該複合體也能在一定程度上泛素化 APOBEC3H。
Promoter 與基因調控
>ELOB ENST00000409906 GRCh38 chr16:2777180-2778280 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCCCATCTACAACAGGAGGAAACTGGGCTTTGATGAGGTTAACGGCCCATGGCCACAGTCAGCAGCGGAG CCCAGGGCTGCTCCTTCGCCTCTCTAGATGCCGAGGCAAAAATCGCACCTCCACCTTCCACCCCTCTCTC AACAGCCCTCAAAGCGCAGCTCGGAGGACTGCAGGGCGGTTTGGCGTCCAGGGCCACCCTCTGGCTCATC TCTCCAACGCCGCCTCCGACACCCGCCCAGCACGACCCAGCCTGGGGTGTCTCTGCAAGGGAGAGGTCAA GTGGGGGGCCCTCACTCTCATGTAAATGTAACTTGGGGCGATGCAGGATAGTGTCCAGCATTCAGGAAAC AGGGCCTTGGTGGAAAGAGCGGCCAGCCAGGAGAATCAAGTCTCTAGGCCTTTTCAGAGCCGAAATGCAG CCAAGCAGGAAGGCGGACAGGCGCCCAGGGCTCCTGGGGCAAGGAGCTGCCCCTTCCCTCCTCCTGCGAA GAGCGGTCGCCAACCGCTCCCGTGCCTCCTCTTCTAGCCCAAGGAGTTCGCCCGGGCCATCCCTAAGCCC AACAGCAGCCCCCAGGGCTCTTCACAGGTCATAAGCCCCTCTGAGCGGCGACAGTCCTCGCATCCAGCCC GGGTCAGGGAGCGGGGGTGACTGTCCCCAGCACGGCGGCCAGAAGACCCCAAATGCGGAGCCTGCCCAAG ATGGCGGCCACGACTACGCCGCGACAAGACGGCCCCGAGCTCGGTGTGCCCGAGCTTGGAGCCCGCCGGA CCGCACCAACACGGGGACCTCCCCTCTGCCAGTCCCAAGACGGCGCCACCGCCTCCAAAGGCCATGCCCG CCGTCGGGATGGCGGCCGCACGCCCCTCGATACCGCCCGCTTCCAGATCACTTAAAATGGCGGCGGCTGC GGGGCGGCACGGGGCGGGGCTGCGCCGGGGGAAGGGACGCGGCGCGGGGCATGCTGGGCCACGCGCGGGC TGCCGGGAACGGGGCGGAGCGCGGCTGCGCCGGCGCGTCGAGGGGAGAGGCAGCAGCCGCGATGGTGAGC GGGCGTGGGGGAGGGGCGGCCGGGCCGGGCCGGGGGCGGCGGGGGGCGGCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| ELOB_1 ↗ | 16:2,777,274 | 負股 | 2,777,264–2,777,323 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_847GJ · enhancer · 2774273–2774456 · regulatory
ENSR16_BJTN · enhancer · 2776044–2776778 · regulatory
ENSR16_BJTQ · promoter · 2776779–2777329 · regulatory
ENSR16_C9FX · enhancer · 2777330–2778669 · regulatory
· motif · 2772407–2772420 · motif
· motif · 2772469–2772484 · motif
· motif · 2772475–2772487 · motif
· motif · 2772477–2772484 · motif
· motif · 2772477–2772492 · motif
· motif · 2772485–2772492 · motif
· motif · 2776490–2776505 · motif
· motif · 2776634–2776649 · motif
· motif · 2776642–2776655 · motif
· motif · 2776669–2776681 · motif
· motif · 2777191–2777204 · motif
· motif · 2777264–2777275 · motif
· motif · 2777264–2777275 · motif
· motif · 2777376–2777386 · motif
· motif · 2777572–2777582 · motif
· motif · 2777630–2777643 · motif
· motif · 2777686–2777698 · motif
· motif · 2777849–2777865 · motif
· motif · 2777998–2778010 · motif
· motif · 2778001–2778008 · motif
· motif · 2778122–2778137 · motif
· motif · 2778147–2778160 · motif
· motif · 2778390–2778403 · motif
· motif · 2778390–2778403 · motif
· motif · 2778837–2778848 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：118 aa
elongin B 屬於 Elongin B family，蛋白質長 118 個胺基酸。其第 1–66 位為 ubiquitin-like 結構域；第 92–118 位則註解為無序區域。來源未提供其他明確的功能區域註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
elongin B 的細胞內定位註解為細胞核。 來源未提供定位隨條件變化或異構型差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- ELOCQ15369 · UniProt INTERACTION · 20 experiments
- MED8Q96G25 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- MRPL53Q96EL3 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- VHLP40337 · UniProt INTERACTION · 18 experiments
- vifP12504 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
elongin B 與 elongin C 及 A 次單元（ELOA、ELOA2 或 ELOA3P）形成異源三聚體。它也和 elongin C 一同組成多種 cullin-RING E3 複合體，與 EPOP 的互作則有助於將 elongin BC 招募至 PcG 目標基因。另有資料記載其與 NRBP1 互作；與 DCUN1D1、DCUN1D2、DCUN1D3、DCUN1D5 的互作則屬可能性。KLHDC2 或 KLHDC3 可與 ELOB、ELOC 形成寡聚體，並可能因遮蔽底物結合位點而自我抑制 E3 複合體。HIV-1 感染時，病毒蛋白 Vif 可作為底物接頭並挾持相關複合體；另記載 elongin B 與 molluscum contagiosum virus MC132 及 herpes virus 8 蛋白 LANA1 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 10 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | elongin B 是 Elongin（又稱 SIII）轉錄延伸因子複合體的成分。該複合體可提高 RNA polymerase II 越過模板編碼停滯位點的延伸能力；其中 A 次單元具有轉錄活性，而 B、C 次單元形成的二聚調節複合體能大幅增強此活性。胚胎幹細胞中，EPOP 可將 elongin BC 招募至 PcG 目標基因，以形成兼具活性與抑制性染色質特徵的基因組區域；此為相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the Elongin complex, also known as SIII, a general transcription elongation factor that increases the RNA polymerase II transcription elongation past template-encoded arresting sites; subunit A is transcriptionally active and its transcription activity is strongly enhanced by binding to the dimeric complex of the SIII regulatory subunits B and C (Elongin BC complex). In embryonic stem cells, the elongin BC complex is recruited by EPOP to Polycomb group (PcG) target genes in order to generate genomic regions that display both active and repressive chromatin properties, an important feature of pluripotent stem cells (By similarity) PMID 7638163 ↗ |
| 功能 | elongin B 是多種 cullin-2 與 cullin-5-RING E3 泛素蛋白連接酶複合體的核心成分，可透過 BC-box motif 將 VHL、SOCS box family 成員等目標招募次單元連至 Cullin/RBX1 模組，促進 E2 泛素化酵素作用。多種複合體辨識不同底物並促進其泛素化或降解，包括 C 端 degron 路徑，以及 CKB、POLR2A、MCM7、ANKRD28、SUV39H1 與 CDO1 等標的；部分下游過程包括複製體拆解、細胞遷移相關黏著斑組裝調控、H3K9me3 調節及 cysteine catabolism。 | 含實驗來源 | 證據與來源Core component of multiple cullin-2 and cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase complexes (ECS complexes), which mediate the ubiquitination of target proteins. By binding to BC-box motifs it seems to link target recruitment subunits, like VHL and members of the SOCS box family, to Cullin/RBX1 modules that activate E2 ubiquitination enzymes. Component the von Hippel-Lindau ubiquitination complex CBC(VHL). A number of ECS complexes (containing either KLHDC2, KLHDC3, KLHDC10, APPBP2, FEM1A, FEM1B or FEM1C as substrate-recognition component) are part of the DesCEND (destruction via C-end degrons) pathway, which recognizes a C-degron located at the extreme C terminus of target proteins, leading to their ubiquitination and degradation. The ECS(ASB9) complex mediates ubiquitination and degradation of CKB. As part of a multisubunit ubiquitin ligase complex, polyubiquitinates monoubiquitinated POLR2A. ECS(LRR1) ubiquitinates MCM7 and promotes CMG replisome disassembly by VCP and chromatin extraction during S-phase (By similarity). As part of the ECS(RAB40C) complex, mediates ANKRD28 ubiquitination and degradation, thereby inhibiting protein phosphatase 6 (PP6) complex activity and focal adhesion assembly during cell migration. The ECS(ASB7) complex acts a negative regulator of H3K9me3 histone mark by mediating ubiquitination and degradation of SUV39H1. As part of the ECS(LRRC58) complex, mediates CDO1 ubiquitination and degradation, regulating cysteine catabolism PMID 10205047 ↗ · PMID 12004076 ↗ · PMID 12050673 ↗ · PMID 15590694 ↗ · PMID 26138980 ↗ · PMID 29775578 ↗ · PMID 29779948 ↗ · PMID 33268465 ↗ · PMID 35512830 ↗ · PMID 36805027 ↗ · PMID 37844242 ↗ · PMID 38177675 ↗ · PMID 39039081 ↗ · PMID 40440427 ↗ · PMID 40963025 ↗ |
| 功能 | HIV-1 感染後，病毒 Vif 會挾持含 cullin-5-RING 的 E3 泛素蛋白連接酶複合體，促使 APOBEC3F 與 APOBEC3G 泛素化並降解。該複合體也能在一定程度上泛素化 APOBEC3H。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Following infection by HIV-1 virus, component of a cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase complex (ECS complex) hijacked by the HIV-1 Vif protein, which catalyzes ubiquitination and degradation of APOBEC3F and APOBEC3G. The complex can also ubiquitinate APOBEC3H to some extent PMID 18562529 ↗ · PMID 20532212 ↗ · PMID 22190037 ↗ · PMID 24225024 ↗ · PMID 24402281 ↗ · PMID 36754086 ↗ · PMID 37640699 ↗ |
| 分子活性 | elongin B 相關註解包括蛋白質修飾，具體涉及蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | elongin B 與 elongin C 及 ELOA、ELOA2 或 ELOA3P 之一形成異源三聚體。elongin BC 可與 EPOP 互作並被招募至 PcG 目標基因，相關作用被描述為限制 PRC2/EED-EZH2 複合體過度活性。它也是多種 E3 複合體的成分；複合體可含 CUL2 或 CUL5、RBX1 或 RNF7/RBX2，以及不同底物接頭。elongin B 亦與 NRBP1 互作，可能與 DCUN1D1、DCUN1D2、DCUN1D3、DCUN1D5 互作；KLHDC2/KLHDC3-ELOB-ELOC 寡聚體可能因遮蔽底物結合位點而抑制 E3 活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Heterotrimer of an A (ELOA, ELOA2 or ELOA3P), ELOB and ELOC subunit. The elongin BC complex interacts with EPOP; leading to recruit the elongin BC complex to Polycomb group (PcG) target genes, thereby restricting excessive activity of the PRC2/EED-EZH2 complex (By similarity). Component of multiple cullin-RING E3 ubiquitin-protein ligase complexes composed of Elongin BC (ELOB and ELOC), a cullin (either CUL2 or CUL5), a catalytic subunit (either RBX1 or RNF7/RBX2), as well as a substrate adapter protein that can be either ASB2, ASB7, ASB9, ASB11, KLHDC2, KLHDC3, KLHDC10, APPBP2, FEM1A, FEM1B, FEM1C, LRR1, LRRC58, PCMTD1, SOCS1, SOCS2, SOCS5, SPSB1, SPSB3, ELOA, VHL, WSB1 or RAB40C. As part of the Elongin BC E3 ubiquitin ligase complex; interacts with NRBP1. May also interact with DCUN1D1, DCUN1D2, DCUN1D3 and DCUN1D5. May form oligomers as a KLHDC2/KLHDC3-ELOB-ELOC complex; this interaction is autoinhibitory for the E3 ligase complex as the substrate-binding site of KLHDC2/KLHDC3 is blocked in the oligomer PMID 10205047 ↗ · PMID 11006129 ↗ · PMID 15590694 ↗ · PMID 17189197 ↗ · PMID 17997974 ↗ · PMID 19920177 ↗ · PMID 21980433 ↗ · PMID 22286099 ↗ · PMID 22510880 ↗ · PMID 23102700 ↗ · PMID 23837592 ↗ · PMID 24337577 ↗ · PMID 25505247 ↗ · PMID 26138980 ↗ · PMID 26906416 ↗ · PMID 29775578 ↗ · PMID 29779948 ↗ · PMID 31182716 ↗ · PMID 31387940 ↗ · PMID 32513959 ↗ · PMID 33268465 ↗ · PMID 34700328 ↗ · PMID 34857742 ↗ · PMID 35486881 ↗ · PMID 35512830 ↗ · PMID 36805027 ↗ · PMID 37816714 ↗ · PMID 37844242 ↗ · PMID 38177675 ↗ |
| 交互作用 | HIV-1 感染後，elongin B 是遭 HIV-1 Vif 挾持的 cullin-5-RING E3 泛素蛋白連接酶複合體成分。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Following infection by HIV-1 virus, component of a cullin-5-RING E3 ubiquitin-protein ligase complex (ECS complex) hijacked by the HIV-1 Vif protein PMID 18562529 ↗ · PMID 20532212 ↗ · PMID 22190037 ↗ · PMID 24225024 ↗ · PMID 24402281 ↗ · PMID 37640699 ↗ |
| 交互作用 | E3 複合體的底物接頭可能是病毒蛋白，例如 HIV Vif。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Substrate adapter protein can be a viral protein such as HIV Vif PMID 15574592 ↗ |
| 交互作用 | elongin B 與 molluscum contagiosum virus 蛋白 MC132 互作。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | elongin B 與 herpes virus 8 病毒蛋白 LANA1 互作。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | elongin B 的定位註解為細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCGGCTGCGCCGGCGCGTCGAGGGGAGAGGCAGCAGCCGC40GATGGACGTGTTCCTCATGATCCGGCGCCACAAGACCACC80ATCTTCACGGACGCCAAGGAGTCCAGCACGGTGTTCGAAC120TGAAGCGCATCGTCGAGGGCATCCTCAAGCGGCCTCCTGA160CGAGCAGCGGCTGTACAAGGATGACCAACTCTTGGATGAT200GGCAAGACACTGGGCGAGTGTGGCTTCACCAGTCAAACAG240CACGGCCACAGGCCCCAGCCACAGTGGGGCTGGCCTTCCG280GGCAGATGACACCTTTGAGGCCCTGTGCATCGAGCCGTTT320TCCAGCCCGCCAGAGCTGCCCGATGTGATGAAGCCCCAGG360ACTCGGGAAGCAGTGCCAATGAACAAGCCGTGCAGTGAGG400ACCCCCAAGAGGCCCATTTCCCCCAATAAAAGAGATTTGG440GAGTCTGCCTGGTTGCTGCCTCTTTTTCCCGCCCCTCCCT480GGGATGGGTCCCACTCCCTGTGGGCTCCTTTTGGGGCTTG520TGCTTGGCAGTTCCTGTGCTGTCCTGTCTCCCAGATCCTG560AGACCCTGGCTGAGAACTTGGCCCAGCCTGCTGCTTAAAG600GCACCATGGGGACCTGGGTTGCCCTGAGACCCAAGCCATT640GTTAGCAGCTAGCCAGCCACACCAACCACGCCAGGGGGAG680GAAAGGGAAGGACTGGGAGAGACACAAAGACCAGAGCCAG720CCTCAGGGACAAGAGATTCCAGTTTTAGGCCTTTCTCCTT760CTAAGTGCCCCCCACCCCCATAGCCTGCATGTCCACTCCC800AGACGATGGCCAAGAGCAGAAACACAAGCTGGAGCCAGTG840TCCTGGTTTGACAGCATGTTCAACGAGGGAACCCCAAGAC880GGACCCACACAGGTCCACCCACGCTGGGGGCTGTAATCAC920GGAGGGAAGTGGCTGCCCCCTTAACACACCTTTAATAAAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。