演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ELAC2FLJ10530

elaC ribonuclease Z 2

ELAC2(elaC ribonuclease Z 2)是 RNase Z 家族的蛋白質,主要參與粒線體 tRNA 前體的成熟處理。

Homo sapiens17p12UniProt Q9BQ52
OFFICIAL SYMBOL
ELAC2
CHROMOSOME
17
UNIPROT
Q9BQ52
PDB / ALPHAFOLD
8CBL
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ELAC2(elaC ribonuclease Z 2)是蛋白質編碼基因,其產物屬於 RNase Z 家族,具有鋅磷酸二酯酶性質。來源將其描述為主要位於粒線體,並指出它與粒線體 tRNA 的 3′端處理有關。蛋白質序列含有粒線體轉運胜肽註解,另有數段被註記為無序區域。這些特徵提供了 ELAC2 的基本分子與家族背景;其 RNA 切割方式及與粒線體 RNA 處理、核糖體組裝的關係,則見功能說明。

Official symbol
ELAC2
Gene name
elaC ribonuclease Z 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:14198
UniProt
Q9BQ52
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
FLJ10530HPC2

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1717p12
chr17 · 83,257,441 bp · GRCh38chr17p13.3 · 1–3400000 · gnegchr17p13.2 · 3400001–6500000 · gpos50chr17p13.1 · 6500001–10800000 · gnegchr17p12 · 10800001–16100000 · gpos75chr17p11.2 · 16100001–22700000 · gnegchr17p11.1 · 22700001–25100000 · acenchr17q11.1 · 25100001–27400000 · acenchr17q11.2 · 27400001–33500000 · gnegchr17q12 · 33500001–39800000 · gpos50chr17q21.1 · 39800001–40200000 · gnegchr17q21.2 · 40200001–42800000 · gpos25chr17q21.31 · 42800001–46800000 · gnegchr17q21.32 · 46800001–49300000 · gpos25chr17q21.33 · 49300001–52100000 · gnegchr17q22 · 52100001–59500000 · gpos75chr17q23.1 · 59500001–60200000 · gnegchr17q23.2 · 60200001–63100000 · gpos75chr17q23.3 · 63100001–64600000 · gnegchr17q24.1 · 64600001–66200000 · gpos50chr17q24.2 · 66200001–69100000 · gnegchr17q24.3 · 69100001–72900000 · gpos75chr17q25.1 · 72900001–76800000 · gnegchr17q25.2 · 76800001–77200000 · gpos25chr17q25.3 · 77200001–83257441 · gnegELAC2pq1 bp83,257,441 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr17:12,991,268–13,018,065
Gene span
26,798 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000338034 ★12,991,612–13,018,02724
ENST0000039596212,991,268–13,018,02124
ENST0000042690512,991,268–13,018,04923
ENST0000086024612,991,268–13,018,04924
ENST0000086024712,991,268–13,018,04924
ENST0000086024812,991,268–13,018,04923
ENST0000086024912,991,268–13,018,04924
ENST0000086025012,991,268–13,018,04924
ENST0000086025112,991,268–13,018,04924
ENST0000086025212,991,268–13,018,04924
ENST0000086025312,991,268–13,018,04925
ENST0000086025412,991,268–13,018,04924

顯示 12/36 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

ELAC2 是一種鋅磷酸二酯酶,具有粒線體 tRNA 3′端加工所需的內切核酸酶活性。它參與 tRNA 成熟,作用對象是尚未完成加工的前體 tRNA;酵素會切除前體末端多出的 3′尾端,使 tRNA 形成成熟所需的 3′端。

此反應是對 RNA 的內切式切割。切除多餘核苷酸後,tRNA 末端留下 3′-羥基,而被移除的尾端分子則留下 5′-磷酸基。這些末端化學基團描述了切割產物的特徵;來源並未提供其他加工步驟或其先後關係,因此不應據此推定額外機制。

除了直接處理前體 tRNA,ELAC2 也與粒線體 DNA 複合體在類核處相關聯,並被描述為參與啟動 RNA 處理與核糖體組裝。這將其核酸酶功能連結至粒線體 RNA 代謝及核糖體形成過程,但來源未進一步界定該關聯的分子步驟。整體而言,資料支持 ELAC2 兼具 tRNA 3′端加工角色,並與粒線體類核中的 RNA 處理和核糖體組裝相關。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 13018027 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ELAC2 ENST00000338034 GRCh38 chr17:13017927-13019027 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ACATAAGAGGGGACTGGGTGTTTTTTTCAAAAAGCTGGTATTGGGACATCTACCTCTGTGATGTCCCTGG
TCAGCTATATTGTCTAGGAGTTGAAACATTTTGTATTAATTTTCTATCATTTACTGGGTGCCTCTTCTGT
GACAGTGCCACTCAAAGGTCTATTGATATATTATCAGGTGACTGAATTCTATATTCTGAAGTAGGAGATA
CTGTTATTGCTGTTATTACATTTTACACATAAGAAAGCTGAGGCTCTGAGAGGTCAAGATCACGCAGCTA
ACAAATGAGCCAAGACTCTTGCTTTAGAGCTTGTCCTCTATTCTTGCTTTTCTTTCCAAAAAACACTACA
ATTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGAGACAGGGTCTCGAGGTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCG
CGATTTCGACTCACCGCAACCTCCGCCTCCGCGCTTAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCT
GGGACTACAAGCTCGGGACACCACGTAAAAATGATCAAGTTCTAACATGTATGCATACGAATTACAATGG
AAATAAAATTAGCAAAGCGCTTATGCTAATGCTCAATACAATTGATTTCCTCACATTTAATCCTCACAAC
CACTACAACCACCTCTAACTCAAGCTCTGAGGGACTGACGTGCCCGGAGGACACAGCTCTTATCTGGTGA
GAACAGGAGCGTTTTAGCGAAACTCCAAACTCCTAGGTCCCGCCTTCCCCAGGAAGGCTTTTCCTGGCAC
TGTGCTTCCGGAAGTCCCGCCCCAGGAGAAAAACAGCTTCCGGAAAAAATTGCGGCCGGCAAACCGGAAC
AGAACTAGGGGCGGGGCCGCTTGAGACGCTCTAGTATTCCTCTACTCTATGGCCACTGTCAATTGACAAG
TCCCGAGCGGTAAAGCTCCTTTCTATTGGATGAGCAGCCTCGCGTAGGCGGGAAGCTCGGTGCACGGCGC
GCTGATTGGCTGGATCCGCCATGCGGAGCGGCTAGGTGGTGCACGGGAAACGCGGGCGTAGGTGACCGGC
GGCTTTCTCAGTTTTGGTGGAGACGGGCGCATGTGGGCGCTTTGCTCGCTG
ELAC2 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
ELAC2_1 ↗17:13,018,027負股13,018,017–13,018,076

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR17_B4KQF · promoter · 13017956–13018517 · regulatory

· motif · 13017443–13017454 · motif

· motif · 13017518–13017535 · motif

· motif · 13017698–13017713 · motif

· motif · 13017760–13017769 · motif

· motif · 13017818–13017829 · motif

· motif · 13017824–13017835 · motif

· motif · 13017911–13017926 · motif

· motif · 13017988–13017999 · motif

· motif · 13018063–13018074 · motif

· motif · 13018066–13018079 · motif

· motif · 13018171–13018181 · motif

· motif · 13018189–13018204 · motif

· motif · 13018212–13018223 · motif

· motif · 13018242–13018251 · motif

· motif · 13018242–13018253 · motif

· motif · 13018242–13018253 · motif

· motif · 13018244–13018255 · motif

· motif · 13018246–13018255 · motif

· motif · 13018333–13018339 · motif

· motif · 13018384–13018401 · motif

· motif · 13018435–13018448 · motif

· motif · 13018589–13018597 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:826 aa

1 aa826 aa功能區域轉運胜肽
依 Q9BQ52 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

ELAC2 蛋白質全長 826 個胺基酸,屬於 RNase Z 家族。序列第 1 至 16 位註解為粒線體轉運胜肽;第 16 至 51 位、第 188 至 231 位及第 798 至 826 位則被預測為無序區域。

轉運胜肽Mitochondrion1–16 aa
功能區域Disordered16–51 aa
功能區域Disordered188–231 aa
功能區域Disordered798–826 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 8CBL…

PDB · 8CBL

EM · 2.79 A · E=1-826

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Mitochondrion;Mitochondrion matrix, mitochondrion nucleoid;Nucleus

ELAC2 主要位於粒線體,資料亦列出粒線體基質、粒線體類核與細胞核。 來源未說明細胞核定位的條件或不同定位之間的動態變化。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
FLJ10530ELAC2
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

ELAC2 被註記為同源二聚體,但此項資訊標示為依相似性推定。另有資料指出 ELAC2 與 PTCD1 互作;來源未進一步說明該互作是否形成特定複合體或其功能後果。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

ELAC2 的變異被列為與遺傳性前列腺癌 2(HPC2)及複合氧化磷酸化缺陷 17(COXPD17)相關。後者為常染色體隱性粒線體功能障礙疾病,特徵包括出生後第一年出現嚴重肥厚型心肌病,也可能伴隨肌張力低下、生長不良、乳酸性酸中毒及生長遲滯,且可能在幼年早期致命。這些疾病註記描述變異與疾病的關聯,不代表所有 ELAC2 變異均會造成相同表現。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

6 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 6 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能ELAC2 是鋅磷酸二酯酶,具有粒線體 tRNA 3′端加工所需的內切核酸酶活性,會移除前體 tRNA 的 3′尾端以促進 tRNA 成熟。它也與粒線體 DNA 類核複合體相關,參與啟動 RNA 處理及核糖體組裝。含實驗來源
證據與來源

Zinc phosphodiesterase, which displays mitochondrial tRNA 3'-processing endonuclease activity. Involved in tRNA maturation, by removing a 3'-trailer from precursor tRNA. Associates with mitochondrial DNA complexes at the nucleoids to initiate RNA processing and ribosome assembly

PMID 21593607 ↗ · PMID 24703694 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性ELAC2 對 RNA 進行內切切割,移除 tRNA 前體多出的 3′核苷酸,形成 tRNA 的 3′端。反應後,tRNA 末端保留 3′-羥基,而被切除的尾端分子保留 5′-磷酸基。含實驗來源
證據與來源

Endonucleolytic cleavage of RNA, removing extra 3' nucleotides from tRNA precursor, generating 3' termini of tRNAs. A 3'-hydroxy group is left at the tRNA terminus and a 5'-phosphoryl group is left at the trailer molecule.

PMID 12711671 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用ELAC2 被描述為同源二聚體,此項資訊是依相似性推定;另有資料記載 ELAC2 與 PTCD1 互作,但未提供互作形式或其功能後果。含實驗來源
證據與來源

Homodimer (By similarity). Interacts with PTCD1

PMID 21857155 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位ELAC2 的定位資料包括粒線體、粒線體基質、粒線體類核及細胞核,並註明其主要位於粒線體。來源未說明細胞核定位的條件或不同位置間的動態變化。含實驗來源
證據與來源

Mitochondrion; Mitochondrion matrix, mitochondrion nucleoid; Nucleus; Mainly mitochondrial

PMID 21593607 ↗ · PMID 24703694 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯ELAC2 變異與遺傳性前列腺癌 2(HPC2)相關,該疾病描述為具有前列腺癌家族性易感性的狀況。多數前列腺癌為腺癌,另有約 5% 病例屬於所列的其他少見組織病理類型;此註記不表示所有變異均有相同影響。含實驗來源
證據與來源

Prostate cancer, hereditary, 2 HPC2 A condition associated with familial predisposition to cancer of the prostate. Most prostate cancers are adenocarcinomas that develop in the acini of the prostatic ducts. Other rare histopathologic types of prostate cancer that occur in approximately 5% of patients include small cell carcinoma, mucinous carcinoma, prostatic ductal carcinoma, transitional cell carcinoma, squamous cell carcinoma, basal cell carcinoma, adenoid cystic carcinoma (basaloid), signet-ring cell carcinoma and neuroendocrine carcinoma. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 614731

PMID 10986046 ↗ · PMID 11175785 ↗ · PMID 11507049 ↗ · PMID 11522646 ↗ · PMID 12515253 ↗ · PMID 12522685 ↗ · PMID 12711671 ↗ · PMID 12783937 ↗ · PMID 15489334 ↗ · PMID 18987736 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯ELAC2 變異與複合氧化磷酸化缺陷 17(COXPD17)相關。此常染色體隱性粒線體功能障礙通常在出生後第一年出現嚴重肥厚型心肌病,亦可伴有肌張力低下、生長不良、乳酸性酸中毒及生長遲滯,並可能在幼年早期致命。含實驗來源
證據與來源

Combined oxidative phosphorylation deficiency 17 COXPD17 An autosomal recessive disorder of mitochondrial dysfunction characterized by onset of severe hypertrophic cardiomyopathy in the first year of life. Other features include hypotonia, poor growth, lactic acidosis, and failure to thrive. The disorder may be fatal in early childhood. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 615440

PMID 23849775 ↗

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情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 6 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000338034 · 3,767 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1ATGCGGAGCGGCTAGGTGGTGCACGGGAAACGCGGGCGTA40
41GGTGACCGGCGGCTTTCTCAGTTTTGGTGGAGACGGGCGC80
81ATGTGGGCGCTTTGCTCGCTGCTGCGGTCCGCGGCCGGAC120
121GCACCATGTCGCAGGGACGCACCATATCGCAGGCACCCGC160
161CCGCCGCGAGCGGCCGCGCAAGGACCCGCTGCGGCACCTG200
201CGCACGCGAGAGAAGCGCGGACCGTCGGGGTGCTCCGGCG240
241GCCCAAACACCGTGTACCTGCAGGTGGTGGCAGCGGGTAG280
281CCGGGACTCGGGCGCCGCGCTCTACGTCTTCTCCGAGTTC320
321AACCGGTATCTCTTCAACTGTGGAGAAGGCGTTCAGAGAC360
361TCATGCAGGAGCACAAGTTAAAGGTTGCTCGCCTGGACAA400
401CATATTCCTGACACGAATGCACTGGTCTAATGTTGGGGGC440
441TTAAGTGGAATGATTCTTACTTTAAAGGAAACCGGGCTTC480
481CAAAGTGTGTACTTTCTGGACCTCCACAACTGGAAAAATA520
521CCTCGAAGCAATCAAAATATTTTCTGGTCCATTGAAAGGA560
561ATAGAACTGGCTGTGCGGCCCCACTCTGCCCCAGAATACG600
601AGGATGAAACCATGACAGTTTACCAGATCCCCATACACAG640
641TGAACAGAGGAGGGGAAAGCACCAACCATGGCAGAGTCCA680
681GAAAGGCCTCTCAGCAGGCTCAGTCCAGAGCGATCTTCAG720
721ACTCCGAGTCGAATGAAAATGAGCCACACCTTCCACATGG760
761TGTTAGCCAGAGAAGAGGGGTCAGGGACTCTTCCCTGGTC800
801GTAGCTTTCATCTGTAAGCTTCACTTAAAGAGAGGAAACT840
841TCTTGGTGCTCAAAGCAAAGGAGATGGGCCTCCCAGTTGG880
881GACAGCTGCCATCGCTCCCATCATTGCTGCTGTCAAGGAC920
921GGGAAAAGCATCACTCATGAAGGAAGAGAGATTTTGGCTG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。