基因總覽
EGFL8 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 EGF like domain multiple 8。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 6p21.32。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000333845 ★ | 32,164,595–32,168,281 | 9 |
| ENST00000942822 | 32,163,918–32,171,980 | 10 |
| ENST00000910328 | 32,164,589–32,171,980 | 9 |
| ENST00000942823 | 32,164,589–32,171,980 | 9 |
| ENST00000942824 | 32,164,589–32,171,980 | 8 |
| ENST00000942825 | 32,164,589–32,171,980 | 9 |
| ENST00000942826 | 32,164,589–32,171,980 | 9 |
| ENST00001141117 | 32,164,589–32,171,980 | 9 |
| ENST00000395512 | 32,164,598–32,171,980 | 9 |
| ENST00000910329 | 32,164,598–32,171,980 | 9 |
| ENST00000432129 | 32,164,660–32,167,656 | 8 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>EGFL8 ENST00000333845 GRCh38 chr6:32163595-32164695 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTGAGGCCCCAGGCCCTCTTTTAACTACCTTTGAATAGGTGTTATCCCTGTATTTATGGAAATAAAGTT CCATTTCCTCAGTGTGACTTGGCTCATTTCCAGGTGGAGGGGACCTGGCTCCCCAAGGAGGGTGGGGGTG GAGCCTGAGGCCTGGGTGCCCAGATGCCTGGTCTAGGGTGGGGACCCCCTTGGTGTTTCCGCTCTCTCTC AATGCCCATTCTTTGTGGGTTCCTGGTTCTCTGCGGGTTCTTTCCTGCTGAAGACAATTCTCTTCCTCTC CCAGTCCCCAAGACTGGGGGGTTAAGCTCAGGGCTCCAGTGGTTTGGGCCTCAGCCTCATGGGTGGAATG CGCCTGCCACCCCCAGGCTAGACGAGGGGGCAGAGGGTCAGGGTGGGCATTCGTTGTGCCGCTTTTGAGC TTTGTGGGCCAGAGCTGGGTGTAGGGCTGGACAATGAGCCTCCTCTTCCTTGAAAGAAGGAATTTTGGCT GAGACAATAGGGCCCTGTCTGTTCTGGCATGGGGGGTGGTGGCTGACTCAATTCTGTTCCCCCTAAGCCC TAACAAATGTCATGAAGAGAGGGGGGCAGTTTTCCCCTTGGTGCCCTGGGCTGCCCCCCTGCCCCTTTGT GACGACTTGCCCTTCTAGCTTTCCTCAGCTGATCTTGCTTTTTCTCCCATAACCTGAACTGCTTTGTTCC CTGCAGCTGGTTCTCTCCCTGCCCCCTAACTCTCCCCTAGTCTGTTTTGGGTTCAAGGGGGTACTGGTGG TGTTACAGAGCTCATAGCTTCTGATCTGGGGAGTCCAGAAATAGGGGCCTCAGAGGGTTGGAAAGATACT TCTAGGGAGCCCTTTGCTGGGGTGGGGATGAGGGTAGTGGGACTTGACCCTACTGAGCTGACCCTGCTGG AGCTAAGGAGGAGGCTTGTGGGAGGGGGCAGGAATGGGAGGACTCTCTGGCCCAGCCCCTCCTCTCCTTC TTAGCCTGCCAGGCCCACCCACCAGTCTGAGCTGCTTCTGCTGAGGCTGGTCTGCTTGAAGCCTCCCAGG AGAAAGAAGCCAGGTGGGAATGGAGAGAGAGAGGAAGGCAAGTGGGGAGAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 5 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| EGFL8_2 ↗ | 6:32,164,598 | 正股 | 32,164,549–32,164,608 |
| EGFL8_3 ↗ | 6:32,165,923 | 正股 | 32,165,874–32,165,933 |
| EGFL8_5 ↗ | 6:32,166,325 | 正股 | 32,166,276–32,166,335 |
| EGFL8_6 ↗ | 6:32,167,458 | 正股 | 32,167,409–32,167,468 |
| EGFL8_4 ↗ | 6:32,167,959 | 正股 | 32,167,910–32,167,969 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_59K9L7 · CTCF_binding_site · 32166967–32166988 · regulatory
ENSR6_8XJH9 · enhancer · 32168836–32169084 · regulatory
ENSR6_59K9Z2 · CTCF_binding_site · 32169089–32169110 · regulatory
ENSR6_59KB2D · CTCF_binding_site · 32169385–32169406 · regulatory
· motif · 32166969–32166985 · motif
· motif · 32168040–32168046 · motif
· motif · 32168988–32168996 · motif
· motif · 32169091–32169107 · motif
· motif · 32169387–32169403 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:293 aa
EGFL8(EGF like domain multiple 8)是長293個胺基酸的蛋白質。其序列包含位於第1至25位的訊號肽、約第34至112位的EMI domain,以及兩個EGF-like domain;第二個EGF-like domain(第144至184位)具有鈣結合註記。
蛋白質三維結構
細胞內定位
EGFL8 註記為分泌蛋白。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 10 個夥伴
- ATN1Q86V38 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CALRP27797 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRYAAP02489 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- DLSTP36957 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- F13A1P00488 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSPD1P10809 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JPH3Q8WXH2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NEK7Q8TDX7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PECAM1P16284 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VWFP04275-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | Secreted | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ACCAGTCTGAGCTGCTTCTGCTGAGGCTGGTCTGCTTGAA40GCCTCCCAGGAGAAAGAAGCCAGCCTGTAGGGTCCAGCGT80CAAAGCGAATCATGGGGTCCAGGGCTGAGCTGTGCACTCT120CTTAGGCGGATTCTCCTTCCTCCTGCTACTGATACCAGGC160GAGGGGGCCAAGGGTGGATCCCTCAGAGAGAGTCAGGGAG200TCTGCTCCAAGCAGACACTGGTGGTCCCGCTCCACTACAA240CGAGTCCTACAGCCAACCAGTGTACAAGCCCTACCTGACC280TTGTGCGCTGGGAGGCGCATCTGCAGCACTTACAGGACCA320TGTACCGCGTTATGTGGCGGGAGGTGAGGCGGGAGGTTCA360GCAGACCCATGCAGTGTGCTGCCAGGGCTGGAAGAAGCGG400CACCCGGGGGCGCTCACCTGTGAAGCCATCTGCGCCAAGC440CTTGCCTGAACGGAGGCGTCTGCGTTAGGCCTGACCAGTG480CGAGTGCGCCCCCGGCTGGGGAGGGAAGCACTGTCATGTG520GACGTGGATGAATGTAGGACCAGCATCACCCTCTGCTCGC560ACCATTGTTTTAATACGGCAGGCAGCTTCACCTGCGGCTG600CCCCCATGACCTAGTGCTAGGCGTGGACGGGCGCACCTGC640ATGGAGGGGTCCCCAGAGCCCCCAACCAGTGCCAGCATAC680TCAGCGTGGCCGTTCGGGAGGCGGAAAAAGATGAGCGCGC720TCTGAAGCAGGAGATTCACGAGCTGCGAGGGCGCCTGGAG760CGGCTGGAGCAGTGGGCCGGTCAGGCTGGGGCCTGGGTCA800GAGCGGTGCTGCCCGTGCCGCCTGAAGAGCTGCAGCCAGA840ACAGGTGGCTGAGCTGTGGGGCCGGGGTGACCGGATCGAA880TCTCTCAGCGACCAGGTGCTGCTGCTGGAGGAGAGGCTAG920GTGCCTGCTCCTGTGAGGACAACAGCCTGGGCCTCGGCGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。