基因總覽
DYNLT3 是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因,產物名稱為 dynein light chain Tctex-type 3,屬於 dynein light chain Tctex-type 家族。此蛋白是細胞質 dynein 1 複合體的非催化性輔助成分之一;該複合體另含催化性重鏈,以及中間鏈、輕中間鏈和輕鏈等非催化性亞基。來源指出,複合體中部分亞基的組成可能有所差異。這些資訊將 DYNLT3 定位為分子馬達複合體中的輔助組成,而非催化性重鏈。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000378578 ★ | 37,838,836–37,847,571 | 5 |
| ENST00000378581 | 37,836,611–37,847,578 | 6 |
| ENST00001130658 | 37,836,611–37,847,578 | 3 |
| ENST00001132423 | 37,838,836–37,847,578 | 5 |
| ENST00000859528 | 37,838,837–37,847,578 | 5 |
| ENST00000859529 | 37,839,294–37,847,578 | 6 |
| ENST00001102164 | 37,840,536–37,847,544 | 5 |
| ENST00001102165 | 37,840,539–37,847,578 | 4 |
| ENST00001102166 | 37,840,539–37,847,578 | 4 |
| ENST00001102167 | 37,840,539–37,847,578 | 5 |
| ENST00000432389 | 37,840,543–37,847,408 | 5 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
DYNLT3 是細胞質 dynein 1 複合體的非催化性輔助成分之一。此類輔助成分被認為可能協助 dynein 連結運送貨物,並與調節 dynein 功能的 adapter proteins 相連;來源以推測語氣描述這些連結作用,並未將其表述為已完全確立的機制。
細胞質 dynein 1 是沿微管運送囊泡與胞器的分子馬達,運輸方向為細胞內逆向移動。DYNLT3 作為其複合體成分,與這項貨物運輸功能相關。來源另指出,DYNLT3 可能在運輸貨物的一部分中與 BUB3 結合;此項關係同樣保留「可能」的限定。
DYNLT3 也被記載為細胞有效進行有絲分裂所需的成分,但此功能註記標示為 By similarity,因此證據屬於相似性推定。現有資訊支持其與 dynein 貨物連結、細胞內運輸及有絲分裂進程相關,未提供更細節的作用機制或實驗條件。
Promoter 與基因調控
>DYNLT3 ENST00000378578 GRCh38 chrX:37847471-37848571 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATAAATCTCTGCTTTTGTTGCTTCATTCTTTCCTTGCTTTGTTTGTGCGTTTTGTCCAATTCTTTGTTCA AAGAGCCAAGAACCTGGACACCCTACACTGGTAACAGAACTGTAAGAGAACAGGACTGTGTTTCTTTAAG GCACTACATTTACGGTAATTTGTTACAGTAGCAATAGGAAAGTAATACAGTGGTTAAGAGCTTGGGCTCT GCTATCAGACTACTTGAGCTCAAGTCCCTTTTCTACACCCTACTGGCTGTATGACCTTGGGCAAATTAAA TTCTCTATACCTCAGTTTCATCTTGATAAAAGCAGTGATGGAAGAACTAACTCCTCTGACTTATTGTGAG GTTTTGAGGAAGTGTCTAGGATCATCTGGAAATTAGTAATTTATTTTAAAATTACTAATTTAAAATTACT ACATTTATTTTAAAATTACTAATTTAAAATTACTACATTTATTTTAAAATGTAGTCATTGTTCTCTTGTT GAGAAGCATCTACTTTAGGAGCCGTGTATACAGCTTCTCATCAGATCCTTACAACCAGTAGTGAAATAGG TATGATGGTAAGTTTCCATATGAGAAAACTGAAGCTGTGGGAGGTGAATTTTTCCAAGTAACATAGCTAG TAAGTGGACAAATCAAAGTGGCTGGTTTACCACGAAATTAACTACATTTATGTGCCACATGATGGTGAAT GAACAAATACGTGCAAGTAATCACAGCAGTGGGCACTCAACCACTAGTGCGGAGTCTAGACTAACTGCCA CTAGGTCACCCCATCTGATCCACACTGGCGCCATTCCCAGTTCTTTACATTCATCCCTTGTTTCCAGAAA GGGCAGAGGAAGCGAGGAAAAAGTGCGTGGCCTGAAGTGACGCCTGGCGTTGCCCGAAGCCCGCCCAGCG CTGCCAGGTGACGCCACTGCGACACAAAGGCGGGGATTGCGTAGGGAAAGGCCCTAGGCCATAAACGGGG GTGGGGCCTCCCCGGAGGCCAGTGCGCGGCCGCGGTGCTCTACCGGCGTGTCGCTCCGCCCCAGGGAGAG CCGGCGCTACCATGGAGGAGTACCATCGCCACTGCGACGAGGTACCGCCCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| DYNLT3_1 ↗ | X:37,847,571 | 負股 | 37,847,561–37,847,620 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_B9HRK · enhancer · 37846745–37847397 · regulatory
ENSRX_B9HRM · promoter · 37847398–37848061 · regulatory
ENSRX_5BWCMR · CTCF_binding_site · 37847678–37847699 · regulatory
ENSRX_5BWCNH · CTCF_binding_site · 37847833–37847854 · regulatory
· motif · 37847680–37847696 · motif
· motif · 37847688–37847703 · motif
· motif · 37847835–37847851 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:116 aa
DYNLT3 的產物屬於 dynein light chain Tctex-type 家族。來源未提供其胺基酸長度、具體結構域或序列功能區域的描述。
蛋白質三維結構
細胞內定位
DYNLT3 記錄於細胞核、細胞質細胞骨架,以及染色體的著絲點與動粒。 其與 BUB3 在動粒的共定位具有時期差異,特別出現在有絲分裂前期。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Chromosome, centromere, kinetochore。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- C2orf15Q8WU43 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCL28Q9NRJ3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DYNC1I2Q13409 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- DYNLT1P63172 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NIF3L1Q9GZT8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PMS1P54277-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZC3H14Q6PJT7-6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
DYNLT3 可自我結合並形成同源二聚體,也與 DYNC1I1、DYNC1I2 及 BUB3 有互作記錄。DYNLT1 與 DYNLT3 競爭和 dynein 中間鏈 DYNC1I1 或 DYNC1I2 的結合。另有核內與 SATB1 形成複合體、並涉及 DNA 基質附著區(MARs)的記載。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | DYNLT3 是細胞質 dynein 1 複合體的非催化性輔助成分,推測參與 dynein 與運輸貨物及調節其功能的 adapter proteins 之間的連結。細胞質 dynein 1 沿微管運送囊泡與胞器,方向為細胞內逆向移動;DYNLT3 可能在運輸貨物中結合 BUB3,並依相似性推定為有效進行有絲分裂所需。 | 推論支持 | 證據與來源Acts as one of several non-catalytic accessory components of the cytoplasmic dynein 1 complex that are thought to be involved in linking dynein to cargos and to adapter proteins that regulate dynein function. Cytoplasmic dynein 1 acts as a motor for the intracellular retrograde motility of vesicles and organelles along microtubules. Probably binds BUB3 as part of transport cargo. Required for the efficient progression through mitosis (By similarity) |
| 交互作用 | DYNLT3 可自我結合形成同源二聚體,並與 DYNC1I1、DYNC1I2、BUB3 及 SATB1 有互作記錄;DYNLT1 與 DYNLT3 競爭結合 dynein 中間鏈。dynein 1 複合體含重鏈及中間鏈、輕中間鏈和輕鏈,部分亞基組成可變;SATB1 在細胞核中與 DYNLT3 形成涉及 DNA 基質附著區的複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. The cytoplasmic dynein 1 complex consists of two catalytic heavy chains (HCs) and a number of non-catalytic subunits presented by intermediate chains (ICs), light intermediate chains (LICs) and light chains (LCs); the composition seems to vary in respect to the IC, LIC and LC composition. The heavy chain homodimer serves as a scaffold for the probable homodimeric assembly of the respective non-catalytic subunits. The ICs and LICs bind directly to the HC dimer and the LCs assemble on the IC dimer. DYNLT1 and DYNLT3 compete for association with dynein IC (DYNC1I1 or DYNC1I2). Self-associates. Interacts with DYNC1I1 and DYNC1I2 (By similarity). Interacts with BUB3. Interacts with SATB1 in nucleus to form complex with matrix attachment regions (MARs) of DNA PMID 16079286 ↗ · PMID 17289665 ↗ |
| 細胞定位 | DYNLT3 記錄於細胞核、細胞質細胞骨架,以及染色體的著絲點與動粒;它與 BUB3 在動粒共定位的情形具有時期特異性,來源特別指出此共定位發生於有絲分裂前期。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm, cytoskeleton; Chromosome, centromere, kinetochore; Colocalizes with BUB3 at kinetochores specifically during prometaphase |
核酸與蛋白質序列
AGTGCGCGGCCGCGGTGCTCTACCGGCGTGTCGCTCCGCC40CCAGGGAGAGCCGGCGCTACCATGGAGGAGTACCATCGCC80ACTGCGACGAGGTTGGCTTCAATGCTGAGGAAGCCCACAA120TATTGTCAAAGAGTGTGTAGATGGGGTTTTAGGTGGTGAA160GATTATAATCACAACAACATCAACCAGTGGACTGCAAGCA200TAGTGGAACAATCCTTAACACACCTGGTTAAGTTGGGAAA240AGCCTATAAATATATTGTGACCTGTGCAGTGGTCCAGAAG280AGCGCATATGGCTTTCACACAGCCAGCTCCTGTTTTTGGG320ATACCACATCTGATGGAACCTGTACCGTAAGATGGGAGAA360CCGGACCATGAACTGTATTGTCAACGTTTTTGCCATTGCT400ATTGTTCTTTAACTGACTAAAAATGTTGGGCTAAAGCCAT440TAACTTAAGAATTTGTCAGTGTATCCTTTCCAAAAAGAGT480AATAGTTGTTTACTAGTGTGCTAGATGAAAAGCGTGCAAT520ATGCTTTAAAGCTATCAACAAAAACTGAATATTATAAGCA560AGCAATATCATAGTAATTGGCAGATTAGCTCATATTCTAT600ACAGCATCGTTTAAATAGGAAAAATTTAATGCTAGCAAAA640AATAAATTTAGAAATATGGCATGACATGAAAATACAATCT680TATATTTACACCAGCTTTTCACTAATATTTTGTACCTAAG720GTGATGGGGAACTCCATTCAGATAATAAAATTCTCTTTCA760GCTAGAGAAGTTAACAGGAATAAATATATGAACAAAAAAG800CTGCAAGGATAAATGTGGAGAAAATGATGAGAATTAGCTA840ACATTTTTAAGTTTTTTTAAACTTTCTTCCCCTCAGTTGT880ACTTAATATTTAGTGGAAAGTAATAATTTTTTTAATTTTC920TATCAACTAATAGTATAGTAACAACTATGATTAACTTGTT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。