基因總覽
DOP1B 是蛋白質編碼基因,其產物正式名稱為 DOP1 leucine zipper like protein B,屬於 DOP1 family。現有資料指出,這種蛋白可能參與貨物蛋白的膜運輸調控;其中一項具體作用是與 ATP9A、MON2 一同調節 WLS 的內體分選。來源未提供更詳細的家族特徵或蛋白質結構描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000691173 ★ | 36,156,824–36,294,274 | 37 |
| ENST00000903972 | 36,156,758–36,294,275 | 36 |
| ENST00000937467 | 36,156,758–36,294,275 | 36 |
| ENST00000943075 | 36,156,758–36,294,275 | 36 |
| ENST00000943076 | 36,156,758–36,294,275 | 36 |
| ENST00001107020 | 36,156,758–36,199,914 | 3 |
| ENST00001107021 | 36,156,758–36,165,061 | 2 |
| ENST00001131628 | 36,156,758–36,294,275 | 37 |
| ENST00000399151 | 36,164,535–36,294,275 | 37 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
DOP1B 產物可能參與調節貨物蛋白的膜運輸,來源以「可能」描述此角色,未進一步說明其對不同貨物的作用範圍或調控方式。
較具體而言,DOP1B 與 ATP9A、MON2 一同調節由 SNX3 retromer 介導的內體分選,使 WLS 避免被送往溶酶體降解。此敘述指出 DOP1B 與另外兩種蛋白共同參與這項分選過程,但未交代各成員的個別作用或 WLS 後續去向。
Promoter 與基因調控
>DOP1B ENST00000691173 GRCh38 chr21:36155824-36156924 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TAAGGTTGACGTCAAGGTCTCCTTCCTGAGCCACAGTCCACGTGATAAGCTCTGTCCAGGTAGAAATGAT CTCACCTCTCCTGTCGCCCAGGGTCGGAAACCTGAGGCCCGTGCGGGCTGGGGCAACTTAGCAGGGGTCC CAAGCCCGCCGCGCCCCCTGCGCCCCAAACGTGTGTGGAGGGCTTGGACGTGGTCCAGAGGGAAAAGATG GGGTGAACCAGGTGCCGCGCACCCTTCGAGGAGCCCCCGCTTCTCCGTTTCTGTGAGTGACTCCAAAGCA CCTCCGAGGGCCGACACACGCGCGGACGACCTTGGGCGGGCACTGACCAATGTCCCCTTCCACTCGGTTG TGTCGGGGGTCCCCAGGTGAGGCGCGAACGCCGCCCCGCTCACCTGTACGAGGCCTTTCCCGGAGCAGCC CGGCTACGAAGCGACACCCATGGCGGAGAAGCTAAGGAAGACTCCCGCTCCCTCACACCGCGGCTGAGGC GACTGAACCGCCCCAGTACGCCGGGGCCCTCCCCAAGCCCTGCTCCCAAGCCGAAGCCCCGCCCCCGCGT CTAAGGCCCACCTCCAGGCCCCGCCCCTGACCCCGACTCCGTGAGTCAAGCCTGGCCTTTCAGTCCAGCC CAGCCCGTCGAGGCCCCGCCCCTGTTGTTATGGCCCGCCTCCAGGCACCGCCCTTGATCCCACCTTCATG AGTCAGGCCCCGCCTTCCAGCCTAGCCCGGCCAGCCGAGGCCCCGCCCCTGTAGGGACAGCCCACTTCCA GGCCCCGCCCTTGATCCCGCCTCCTTCGGTCAGGCCCCGTCTTCTAGTTCCGCCCCGCCCGCGGAAACCC CGCCCCCGCGCGCCTATGGCCCACCTCCAGGTCCCGCCCCTGAGCCCGCCTCCAGGCGTCCAGCCCCGCC TTCCAGCCCCGCCCCAAGCGCCGAGGCCCGGCTTCCAGGCTCCGCCCCGACCCGCGCGGTGGGGAAGAGC CGCTGCCGCTGGTTCTCCGGCTCTTCCTCGGCGGTTCTGGCTCCCGGCCGCGCCGCAGCCCTGCCCAGTC TCTCTCCCCCAGCCCGGAGGGCTCCTCCGCGCCGCACGTGAGCGCGCCCGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| DOPEY2_1 ↗ | 21:36,156,826 | 正股 | 36,156,777–36,156,836 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:2298 aa
DOP1B 蛋白長 2,298 個胺基酸,屬於 DOP1 family。序列註解標示四段無序區,分別位於第 577–598、650–686、706–727 及 1,097–1,139 個胺基酸位置;來源未提供其他結構域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
DOP1B 被標註為周邊膜蛋白,定位於早期內體膜與高基氏體膜。 資料未說明其在不同條件下是否會於這些位置間轉移,也未提供異構型定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
DOP1B 可形成同源寡聚體,並與 ATP9A、MON2 組成異源三聚體;此三聚體交互作用被描述為不依賴 retromer。DOP1B 也與 SNX3 互作。來源未進一步說明這些互作是否代表直接結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | DOP1B 可能參與貨物蛋白膜運輸的調節。它與 ATP9A、MON2 一同調節由 SNX3 retromer 介導的內體分選,使 WLS 避免遭溶酶體降解;來源未詳述各蛋白在此過程中的個別作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源May play a role in regulating membrane trafficking of cargo proteins. Together with ATP9A and MON2, regulates SNX3 retromer-mediated endosomal sorting of WLS away from lysosomal degradation PMID 30213940 ↗ |
| 交互作用 | DOP1B 可形成同源寡聚體,也可與 ATP9A、MON2 組成異源三聚體;此交互作用不依賴 retromer。此外,DOP1B 與 SNX3 互作。來源未說明互作是否為直接結合。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homooligomer. Heterotrimer with ATP9A and MON2; this interaction is retromer-independent. Interacts with SNX3 PMID 30213940 ↗ |
| 細胞定位 | DOP1B 被標註為周邊膜蛋白,定位於早期內體膜及高基氏體膜。此定位資料未指出不同條件下的變化,也未提供異構型之間的定位差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CTCTTCCTCGGCGGTTCTGGCTCCCGGCCGCGCCGCAGCC40CTGCCCAGTCTCTCTCCCCCAGCCCGGAGGGCTCCTCCGC80GCCGCACGTGAGCGCGCCCGCCAACAGGGCCACTGCCGCG120ATACTTTTCTGCTGTGAGAATGTAAGATGGATCCAGAAGA160GCAGGAGCTCTTAAATGATTACAGATACAGAAGCTACTCT200TCAGTGATTGAAAAGGCTTTGAGAAATTTTGAGTCCTCGA240GTGAATGGGCGGATCTCATATCTTCACTTGGCAAACTCAA280CAAGGCTCTTCAGAGTAACCTGAGGTACTCCTTGTTGCCA320AGACGGCTCCTCATCAGCAAAAGATTAGCTCAGTGTTTGC360ACCCTGCCCTGCCCAGTGGTGTCCACTTAAAAGCTCTGGA400AACCTACGAGATTATCTTTAAAATCGTGGGGACCAAATGG440CTGGCCAAGGACTTGTTTCTGTACAGCTGCGGGTTATTTC480CTCTCCTGGCACACGCGGCGGTGTCGGTGAGGCCGGTGCT520GCTCACCCTGTACGAGAAGTACTTCCTCCCACTGCAGAAG560CTGCTCCTGCCCAGTCTGCAGGCCTTCATCGTGGGCCTGC600TGCCCGGCCTTGAAGAGGGCTCCGAGATCTCCGACAGAAC640GGATGCTCTGCTCCTGAGACTGTCGCTGGTGGTTGGCAAA680GAGGTGTTTTACACCGCCCTCTGGGGGAGCGTCCTGGCCA720GCCCGTCCATCCGCCTCCCTGCCTCAGTCTTCGTGGTGGG760CCACATCAACAGGGATGCCCCCGGCCGGGAGCAGAAGTAC800ATGCTGGGGACCAATCACCAACTCACGGTGAAGTCTTTGC840GTGCCTCCCTGTTGGACTCAAATGTTCTTGTGCAAAGAAA880TAATCTGGAAATCGTTCTGTTTTTCTTCCCATTTTATACC920TGTCTGGATTCCAATGAGAGAGCCATCCCCCTCCTCAGAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。