基因總覽
DMRTB1 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 DMRT like family B with proline rich C-terminal 1。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 1p32.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000371445 ★ | 53,459,399–53,467,488 | 4 |
| ENST00001145846 | 53,459,391–53,467,488 | 4 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>DMRTB1 ENST00000371445 GRCh38 chr1:53458399-53459499 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGCACTACAGCCTGGGTGACAAAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAACAATT AATGCCCTCGGGTAAACTATGACGTTTGTGCTAACTTTTCAGATGTCCCAAGATTTGGGTTGTTTTACAA GGATAACGAAGTTCATGATGAGGTTAAGCAATCACTGAAGCTAGTGCTAGAAATTTTTTTTAATTTAATT TTTTAGAAAGAGGGGTCTTGCAGAATTTTTTATTTAATTTTTTAGAAAGAGGAGTCTCGCTATGTTGCTC AGGTTGGTCTCCAACTACTGGGCTCAAGTGATCCTCACGAGTAGCTAGGGCTACAGGCACAGGACACTAT GCCAGGCTTAGTGCTACAATATTCTGTCTATTTTACTTTAAAATATTCTAAGTATGCTCACTTTGGAAGG CATCAACATCCAGAAATGCATTCCTACATCAAGACTCTCAAGAAACGGGAATTACTGTAAGGGCATACCC TTGAGCAACCATCACACTGCACTGAACTCTTGAGAATATTCTGGAATATCCTGGAAGCATCTCTGCAGGG CAGAGAAGTGAACTGCCACAGAAGGAGCAGCTTTGGGGAGAAGAAATACAGTTTGCCTCTTACAGTATTT TTCTACACCGAGAGCTACATTCCTCCCGAGTTTTAAATTTGTGGACCGTTGAATATCACTCCGCCTTTCA TAAAGTTACAAATACCTTCCGTCGGTGGCGGGAACAGAGTTTGGAAAATTACATGCCTAAGACTTCAGAT AAGCTAAATGACATACATGCAATAGCATCCCATGAAGAATTTATTCAACCCAATCCATTGCATCTAATTA CCCAAAGCACAGAAACTCTCCAAACTGTGCACCCCCCAAAAGGAGGGAAAATGCAAGGTTCCTGCTGCAG TTCCCGGGACACACTGCGAGCCGCTTTGTTACAAGTGTATCCAATGTCCCCAGAACGAGGGACTTGTGGG GCGCGGCTCATCCCAGCGCCACTTGCTCTGCAGCTCCCAGAGGTGGTGGTTGTGTTACGAAGGCTGACCC TGCCAATGGCCGACAAAATGGTGCGCACCCCCAAGTGCTCGAGATGCAGGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| DMRTB1_2 ↗ | 1:53,459,399 | 正股 | 53,459,350–53,459,409 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 53460294–53460304 · motif
· motif · 53460378–53460388 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:342 aa
DMRTB1 蛋白質長 342 個胺基酸,屬於 DMRT family。其第 11–58 位胺基酸區段具有 DNA 結合註解,標記為 DM;第 91–131 位及第 245–342 位則註解為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
DMRTB1 的定位註解為細胞核。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- INCA1Q0VD86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP19-5Q3LI72 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP19-6Q3LI70 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP21-2Q3LI59 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP8-1Q8IUC2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAMACQ9BTL3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TLE5Q08117-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TOXO94900 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | DMRTB1 的定位註解為細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ACTTGCTCTGCAGCTCCCAGAGGTGGTGGTTGTGTTACGA40AGGCTGACCCTGCCAATGGCCGACAAAATGGTGCGCACCC80CCAAGTGCTCGAGATGCAGGAACCATGGCTTCCTGGTGCC120CGTCAAGGGACACGCGGGCAAATGCCGCTGGAAGCAGTGC160CTCTGCGAGAAGTGCTACCTGATCTCCGAGCGCCAGAAGA200TCATGGCCGCGCAGAAGGTGCTCAAGACGCAGGCCGCCGA240GGAGGAGCAGGAGGCGGCCCTGTGTGCGCAGGGGCCCAAG280CAGGCCTCCGGGGCTGCGGCCGCCGCCCCCGCCCCCGTCC320CCGTCCCGGCCGCGAGCCTCCGCCCGCTGTCCCCGGGGAC360TCCCTCCGGAGACGCCGACCCGGGACCCGAGGGCCGCGCG400GCCGCTTGCTTCTTCGAGCAGCCCCCGCGGGGCCGGAACC440CCGGCCCGAGAGCCCTCCAGCCGGTTCTGGGCGGCCGCAG480CCACGTGGAGCCGAGCGAGCGAGCCGCCGTGGCGATGCCC520AGCCTTGCGGGACCCCCTTTTGGGGCGGAGGCCGCAGGCA560GTGGCTACCCTGGCCCCCTAGACCTGCGCAGGCCGATGCG600GACCGTGCCCGGCCCACTGTTCACCGACTTTGTGCGCCCT640CTGAACATCAACCCGGACCGTGCACTGGGCCCTGAGTACC680CTGGTGGCTCCAGCATGCACCCCTACTGCCCGTTCCCGCT720GGGCTACCTGGACGCCCCTCCTGGCGTCCCCCTGCAGCAG760GGCTTCCGGCATGTGTCCCGCAGCCAGTACCAAGGCGGAG800GCTTGGTGTCAGAACCAGGAGGAGACTTCCAGCCAAGCTA840CTACCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCACTGCCGCCCCTTCCA880CCGCTTCCACCGCAGCCCCAGTTCCTCCCGCCAGGCTACC920TCTCTGCGCTCCACTTCCTCCCCCCGCCACCGCCACCACC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。