基因總覽
DMRTA1 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 DMRT like family A1。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 9p21.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000325870 ★ | 22,446,824–22,455,740 | 2 |
| ENST00001117634 | 22,446,777–22,468,199 | 3 |
| ENST00001137006 | 22,446,777–22,455,740 | 2 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>DMRTA1 ENST00000325870 GRCh38 chr9:22445824-22446924 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGGCCAGATAGATCAGCAATATCTGCTCTGAATGTGAACAGGTGGAATGGTAAAAATATCATTATTAATT GCTATCTTAGGGATGGAAAATGAATAACTTGTCCAAGGTAGTTGGATACCATCTTGAAGAGCTGGCAGAG TGCTGACGCTACCTTCCATTAAGAATAAACATTCATGAATTTTCTATCTCAGATGCTCTTTTGACTTAAA CGCCTTATGGTCTTTTCTTATAATTAAAGGCATTAAATTCATATGTGAAGAATGCATTCATGACAGCATA TTTAAATAATGATCTAAACGACTTTCCCCAATACTTTACAATAGACATAAGTATTTTTGAAACAGCTTTA ACACAATCGCTGCCTATAAATAGGCGCAGAGAAGAGTTTGATAACTTTTTTAAAGTAGCAGTATTTTAAA ATAGAGTACACACAACCCAAATTCGCATGTGTAAATAAATAGAATGCATGAAAAGAATCTGAATGTGAAT CACTTCCCTTAGTTATTTATCCATTGTTTTGATGCTGTCCTAAGACCCATTTAAAATAAGGCATCTTTCT GGTGGGTAACAAATTCGTAGTCTATCAAGCTGGGATCCCACTAACATTGGCCAAACTGCTGCAGACATGA AGACTTCATCTGGGAACCCGAAAGGAGAACTCAAAATCCAAATCTTCAGACTTTCTTAGGAGAAGCGTGG AAGTGGGAAAAGGAGAAATTCAAACTCTGCTTAATTTCAAAAGGGCAGTAAAAGGGGAGGCTGCAAAGGC TAGTTTACAAAAATAGACGTCGAGAACTCCTAGGGAAGCAAGTAGAAACGGGCTTTTTTTGGGGGAGGAG ACATTTGCAGCCCATTGGACGGATTCCCCGCCGCCCTCCTCCCAGAAGGTCCCCACTCCCCGCCCCGGGC CCTCCCCCGGCTTCCGCGCTGGGCCGGGAGCCTGGGTGGGCGGGGTAGCCTCTCTAGCCTTGCCTTCTTG GCTGGAGGCACAAAGGCATTAACTTAGCGCCCGGGGTCTCTGCCAGGCTCACGGGACAGCTGCACCTCTC AGCGTCTCCAGCTCCAGGACGCGGTCGTCCCAACTCCTTCCGAGTGGAAAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| DMRTA1_3 ↗ | 9:22,446,854 | 正股 | 22,446,805–22,446,864 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_9BWJZ · promoter · 22446396–22446834 · regulatory
· motif · 22446715–22446725 · motif
· motif · 22446731–22446741 · motif
· motif · 22446769–22446779 · motif
· motif · 22447022–22447037 · motif
· motif · 22448166–22448176 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:504 aa
DMRTA1 為 DMRT family 蛋白,長度為 504 個胺基酸。其 DM DNA 結合區位於第 97–144 個胺基酸,DMA 區域位於第 327–362 個胺基酸;另有三段被註記為無序區,分別位於第 1–27、170–192 與 266–307 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
DMRTA1 的定位註記為細胞核。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- KIF1BO60333-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNF11Q9Y3C5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WFS1O76024 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | DMRTA1 的細胞內定位註記為細胞核;此定位註記由 PROSITE-ProRule 支持,來源未提供實驗系統、處理條件或定位變化資訊。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AACTTAGCGCCCGGGGTCTCTGCCAGGCTCACGGGACAGC40TGCACCTCTCAGCGTCTCCAGCTCCAGGACGCGGTCGTCC80CAACTCCTTCCGAGTGGAAAGAGTGTAAAACTTTTGTCCG120TGCGCGGGTGGAGCTCAGTAGGACCACGGCGCGTCCTGCC160CCGGCTTCCCCAGCCTCCCAGCAGGGTTAGCTGCGGTCAG200CGCACTTTCCACTTGGGACTCCCGGCCAGAAATTTCTCGG240GAATGGAGCGGTCACAGTGTGGCAGCAGAGACCGAGGCGT280TAGCGGCCGACCTCACTTGGCCCCTGGGCTAGTGGTGGCT320GCCCCTCCGCCCCCGTCCCCGGCGTTGCCGGTACCATCGG360GGATGCAGGTTCCCCCAGCGTTCCTGCGGCCGCCCAGCCT400CTTTCTGCGAGCAGCGGCCGCGGCCGCCGCCGCCGCTGCC440GCCACCTCGGGAAGCGGAGGCTGCCCGCCGGCTCCCGGGC480TGGAGAGCGGGGTAGGCGCGGTGGGCTGCGGCTACCCGCG520GACGCCCAAGTGCGCCCGCTGTCGTAACCATGGTGTGGTG560TCAGCGCTCAAGGGCCACAAGCGCTTCTGCCGCTGGCGGG600ACTGCGCGTGTGCCAAGTGCACCCTGATCGCCGAGCGCCA640GCGCGTCATGGCCGCCCAGGTGGCGCTGCGCAGGCAGCAG680GCGCAGGAGGAGAGCGAAGCCCGGGGGCTACAGAGGCTCC720TGTGCTCGGGGCTCTCCTGGCCCCCCGGTGGTCGGGCATC760CGGGGGCGGCGGCAGAGCCGAGAATCCACAGTCCACGGGC800GGCCCTGCGGCGGGGGCTGCGCTGGGACTGGGTGCCTTGA840GACAGGCCAGTGGTTCCGCGACCCCCGCTTTCGAAGTTTT880CCAGCAAGATTATCCTGAGGAAAAACAAGAACAAAAAGAG920AGTAAATGTGAGTCATGCCAGAATGGACAAGAAGAACTGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。