演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

DLEU2LEU2

deleted in lymphocytic leukemia 2

DLEU2(deleted in lymphocytic leukemia 2)是非編碼 RNA 基因座,可作為 microRNA 的宿主基因,並產生經可變剪接形成的長鏈非編碼 RNA。

Homo sapiens13q14.2
OFFICIAL SYMBOL
DLEU2
CHROMOSOME
13
RNA TYPE
lncRNA
TRANSCRIPTS
128
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

DLEU2(deleted in lymphocytic leukemia 2)屬於非編碼 RNA 基因座,而非蛋白質編碼基因。此基因座具有兩類相關產物:它是 microRNA 的宿主基因,也會產生經可變剪接形成的長鏈非編碼 RNA。來源未提供這些 RNA 的長度、序列或各異構型的完整資訊,因此無法進一步描述其結構差異。

Official symbol
DLEU2
Gene name
deleted in lymphocytic leukemia 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:13748
RNA type
RNA, long non-coding
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
LEU2TRIM13OSNCRNA00022LINC00022MIR15AHGDLB2BCMSUNRFP2OS

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1313q14.2
chr13 · 114,364,328 bp · GRCh38chr13p13 · 1–4600000 · gvarchr13p12 · 4600001–10100000 · stalkchr13p11.2 · 10100001–16500000 · gvarchr13p11.1 · 16500001–17700000 · acenchr13q11 · 17700001–18900000 · acenchr13q12.11 · 18900001–22600000 · gnegchr13q12.12 · 22600001–24900000 · gpos25chr13q12.13 · 24900001–27200000 · gnegchr13q12.2 · 27200001–28300000 · gpos25chr13q12.3 · 28300001–31600000 · gnegchr13q13.1 · 31600001–33400000 · gpos50chr13q13.2 · 33400001–34900000 · gnegchr13q13.3 · 34900001–39500000 · gpos75chr13q14.11 · 39500001–44600000 · gnegchr13q14.12 · 44600001–45200000 · gpos25chr13q14.13 · 45200001–46700000 · gnegchr13q14.2 · 46700001–50300000 · gpos50chr13q14.3 · 50300001–54700000 · gnegchr13q21.1 · 54700001–59000000 · gpos100chr13q21.2 · 59000001–61800000 · gnegchr13q21.31 · 61800001–65200000 · gpos75chr13q21.32 · 65200001–68100000 · gnegchr13q21.33 · 68100001–72800000 · gpos100chr13q22.1 · 72800001–74900000 · gnegchr13q22.2 · 74900001–76700000 · gpos50chr13q22.3 · 76700001–78500000 · gnegchr13q31.1 · 78500001–87100000 · gpos100chr13q31.2 · 87100001–89400000 · gnegchr13q31.3 · 89400001–94400000 · gpos100chr13q32.1 · 94400001–97500000 · gnegchr13q32.2 · 97500001–98700000 · gpos25chr13q32.3 · 98700001–101100000 · gnegchr13q33.1 · 101100001–104200000 · gpos100chr13q33.2 · 104200001–106400000 · gnegchr13q33.3 · 106400001–109600000 · gpos100chr13q34 · 109600001–114364328 · gnegDLEU2pq1 bp114,364,328 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr13:49,956,669–50,126,118
Gene span
169,450 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000621282 ★49,982,552–50,125,54114
ENST0000066522049,956,669–49,979,1832
ENST0000065171349,956,733–50,044,7687
ENST0000066179949,956,825–49,979,4483
ENST0000066813349,974,773–49,979,5462
ENST0000065834349,975,947–49,997,1363
ENST0000073255049,976,082–49,997,4143
ENST0000073255149,976,098–49,996,7173
ENST0000073255949,990,500–49,997,4914
ENST0000073246149,991,274–50,125,4168
ENST0000073247149,991,274–50,081,9918
ENST0000073247249,991,274–50,081,5888

顯示 12/128 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

DLEU2 基因座與細胞增殖及細胞週期進程有關,但不同轉錄產物呈現的作用方向並不一致。研究觀察到,該基因組區域在白血病中可能發生缺失或表觀遺傳抑制,並據此將其與細胞增殖的負向調節關聯起來;這些描述指出的是相關性與調節作用,並未在來源中限定其適用的白血病類型或提供更完整的實驗條件。

另一方面,DLEU2 基因座產生的一種替代轉錄本則被發現可促進細胞週期進展。來源指出,此作用涉及 angiotensin I converting enzyme 2 與 cyclin D1,但沒有進一步說明該轉錄本如何作用於這兩者,也未提供其分子步驟或作用條件。因此,不宜將此替代轉錄本的結果概括為所有 DLEU2 轉錄產物的共同功能。

這些結果顯示,理解 DLEU2 的功能需要區分基因座層級的缺失或表觀遺傳抑制,以及特定替代轉錄本的作用。前者與較低的細胞增殖相關,後者則與細胞週期進展增加相關;來源未提供足夠資訊來判定兩者之間的關係,也未說明 microRNA 宿主功能是否參與上述效應。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 50125541 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>DLEU2 ENST00000621282 GRCh38 chr13:50125441-50126541 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TTGTAAGGCCTTCCTCTGGTGTTTACCGCCCTCCTTGTTTACATGAAGCTCAGGAACAGCGGCTTTAGGC
CGGTAGGGAGCTCAGTTTCATTTCAAGGGTATGGCAAGGCCTATCATTTCGTCATAAGGCTTTGAAGGAA
AGTTCGTCTGTTTTTGTCTCACATCTAACTTCCAGTAACTTCTCAAAAACTATATTCTTCCAACTGTAGC
TCCGGTCTGCAAACTCCCTTCTCCCTAGCTGTCCGGGAAGGGGGACTCGAGCTCGCGCAACGCCCCGCTG
CACCTGCGGAGGAGGGAGAGCGTCTGGGTGCGCCATGGAACGCCCGCACCGCGCTTCCCGCGCTCCGCCC
GCCTGCCCGCGAACGGCTGCGAGCCACCCCCGCATCCCTCACACCTCTGCCCTCCCCAGTCGTGCGCGGG
AGAGGGGGCTAGCACCGCAATGCCTGGAAGAGCGGCCGCGCGAGGGGCCTGGGGACAGGACAGCCTCCCG
GCTCCGAGGCGAGGCCCGAATGCGCGCACACTCGGCGAGCGGGGCGGCGACTGGGGAGCCGGAGACGAGA
GAGGGCGGAAGTGCGGGACGCCCCGCAGCACTCCCACAGGTCGCGGAGCCCGAGATCCTCGTCGGGTGGC
GAGGGCGTGGGTGCCCACGCTATGCGTGACGCCTGAGCCGCGGCCCGAGCCCACGAGCTGGGTGAGGCCG
CTGCCGCCGCCGCCGCCACGAAGCCTGGCGGGCGGCGCGGAGCCCCGGGGAGCTGGTTTTCCCGGGCGGG
CACGTGACGGGGTTGGCAGCGTTCGGGCCCCGGCTGGGAGGGGGAAGAAGCGGGGAGCAGAAGGCCGCGG
GCGGGCGGCTGGCGCGCTGTGTACTTAGGTCGTGTGCTGGGGCTTTTCTCTCCCAGGAGCCGGCGGGGGG
AGGGGAGGGGGAGGGGCCACCGCTCCGCCTTCTCCTTTTCGCAATGTTGACGCAATCTATAAATAGTGGA
ACAAAAGGACCAACTTCCTCGGAGCTTTGCTGAAACTGCACAAAAAATCGAGCCGGGGGGTTCCCTGGTC
CCCGGCGATGGGGCGGGGAGCGCTGCGCCGGGGGAGGGGGCGGGCGCGGCG
DLEU2 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
DLEU2_2 ↗13:50,081,994負股50,081,984–50,082,043
DLEU2_1 ↗13:50,125,541負股50,125,531–50,125,590

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR13_BCXKJ · enhancer · 50122388–50122951 · regulatory

ENSR13_C6Z9S · enhancer · 50123134–50124185 · regulatory

ENSR13_9PW6L · promoter · 50124186–50124686 · regulatory

ENSR13_5FRBNX · CTCF_binding_site · 50124288–50124309 · regulatory

ENSR13_5FRBRD · CTCF_binding_site · 50124814–50124835 · regulatory

ENSR13_5FRBSR · CTCF_binding_site · 50125124–50125145 · regulatory

ENSR13_9PW6Z · promoter · 50125531–50125865 · regulatory

ENSR13_5FRBZP · CTCF_binding_site · 50125971–50125992 · regulatory

· motif · 50123150–50123164 · motif

· motif · 50123150–50123165 · motif

· motif · 50123150–50123165 · motif

· motif · 50123907–50123918 · motif

· motif · 50123929–50123937 · motif

· motif · 50123985–50123998 · motif

· motif · 50123985–50123998 · motif

· motif · 50124205–50124218 · motif

· motif · 50124211–50124224 · motif

· motif · 50124214–50124227 · motif

· motif · 50124214–50124227 · motif

· motif · 50124270–50124283 · motif

· motif · 50124290–50124306 · motif

· motif · 50124293–50124306 · motif

· motif · 50124395–50124408 · motif

· motif · 50124461–50124472 · motif

· motif · 50124463–50124472 · motif

· motif · 50124493–50124506 · motif

· motif · 50124493–50124506 · motif

· motif · 50124520–50124533 · motif

· motif · 50124611–50124624 · motif

· motif · 50124617–50124630 · motif

· motif · 50124678–50124691 · motif

· motif · 50124803–50124816 · motif

· motif · 50124816–50124832 · motif

· motif · 50125126–50125142 · motif

· motif · 50125521–50125535 · motif

· motif · 50125521–50125535 · motif

· motif · 50125764–50125773 · motif

· motif · 50125764–50125773 · motif

· motif · 50125823–50125836 · motif

· motif · 50125826–50125839 · motif

· motif · 50125889–50125902 · motif

· motif · 50125897–50125910 · motif

· motif · 50125903–50125916 · motif

· motif · 50125969–50125978 · motif

· motif · 50125969–50125980 · motif

· motif · 50125969–50125980 · motif

· motif · 50125973–50125989 · motif

· motif · 50126156–50126169 · motif

· motif · 50126199–50126216 · motif

· motif · 50128842–50128859 · motif

· motif · 50129074–50129086 · motif

· motif · 50129561–50129574 · motif

· motif · 50129561–50129574 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

DLEU2 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000621282 ★lncRNA3,068 nt14
ENST00000665220lncRNA3,078 nt2
ENST00000651713lncRNA1,333 nt7
ENST00000661799lncRNA1,579 nt3
ENST00000668133lncRNA3,166 nt2
ENST00000658343lncRNA740 nt3
ENST00000732550lncRNA807 nt3
ENST00000732551lncRNA719 nt3
ENST00000732559lncRNA1,155 nt4
ENST00000732461lncRNA1,187 nt8
ENST00000732471lncRNA993 nt8
ENST00000732472lncRNA1,447 nt8

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能DLEU2 基因座可作為 microRNA 宿主基因,也會產生長鏈可變剪接非編碼 RNA。該基因組區域在白血病中曾被觀察到缺失或受到表觀遺傳抑制,並被認為與細胞增殖的負向調節有關;但此基因座的另一種替代轉錄本則被發現可透過 angiotensin I converting enzyme 2 與 cyclin D1 促進細胞週期進展。資料庫紀錄
證據與來源

This locus represents a microRNA host gene and also produces long alternatively spliced non-coding RNAs. This genome region was observed to be deleted or epigenetically suppressed in leukemia, and was implicated as a negative regulator of cell proliferation. However, an alternative transcript produced at this locus was also found to promote progression through the cell cycle via angiotensin I converting enzyme 2 and cyclin D1.

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000621282 · 3,068 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGAGCTTTGCTGAAACTGCACAAAAAATCGAGCCGGGGGG40
41TTCCCTGGTCCCCGGCGATGGGGCGGGGAGCGCTGCGCCG80
81GGGGAGGGGGCGGGCGCGGCGGCGCGGGCCCCGCCGAGGG120
121GGGACACCTGGCTGAGGCACAGCTGCCGCCGTGCCTTTCC160
161GCGCGAGCCCAGAGCTCCGATCCCTGCGCGGGCTCGAGAG200
201CTCGCCCCGAACGGGGGTCTTCCTCCTCCGCCGTTGACAG240
241GTTTTGACCTGTAGCAGAGAACCAATTCTGGAGAACAGCC280
281TCACTTCTTTGATTGAATACTTACATAATGCATTGGAACA320
321TGACATGAGATTAAGCTGGGAGCAGAGGCTGGGAGATCGA360
361TGCTGCTTGTCAGCTGTTGTGCAGAATAACATCAATATGC400
401AATAATGGTGGCCAAAGGAGCCTGCACCCATCCGTTTTTA440
441CAAACCCAGTGTATAAAGCCAAATGTCCCATTTAAAGTTT480
481GACATTTGCAATAGCATTCTATTTAAAAGGTTTAATAATG520
521ATAGAATGAAGACCACAATAAAAGAGACCTCTACTTAGCT560
561CAGCAATTCTTACCTTTCTTACCTATTTGATGAAGATGTC600
601TTTTGAAAGGTGTACTGCAAGGAACAAAATGTTTGTAAAT640
641TCTCCTTTTACCAAGGTTTCTTTTTTAATTGATGCCAAAG680
681AGTTCCAATATTGAACATCTTAAGTCTGTTACTTGGATTA720
721CGGATTGAGTTTGGAGCTTACTCAGAGGACTACAGGAGAG760
761TATCCAGGAAGTGGATAATTACTGTACCTTCCTCATGGAA800
801AAAGTTTTATTTAAAGTGTTATTTCTCATTGAATACTATC840
841AAAAAGGAAAAAAAAATGACCTAAACTTTTGAGATAGATT880
881TGGCTCTAGTAAGTATTTAGGCCTACTCTAGGTGCGGTAC920
921TTCACTATAGTTTATAAAAGATGGTCCCTGTCAGCAAAGA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。