基因總覽
DLEU1 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 deleted in lymphocytic leukemia 1。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 13q14.2-q14.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000468168 ★ | 50,082,171–50,529,983 | 6 |
| ENST00000469754 | 50,081,725–50,107,218 | 3 |
| ENST00000655550 | 50,082,155–50,107,202 | 2 |
| ENST00000478860 | 50,082,171–50,083,971 | 3 |
| ENST00000486895 | 50,082,171–50,390,291 | 2 |
| ENST00000461527 | 50,082,171–50,492,761 | 6 |
| ENST00000463474 | 50,082,171–50,528,064 | 6 |
| ENST00000476738 | 50,082,171–50,528,064 | 4 |
| ENST00000467721 | 50,082,171–50,528,534 | 6 |
| ENST00000468522 | 50,082,171–50,528,534 | 6 |
| ENST00000490577 | 50,082,171–50,528,534 | 6 |
| ENST00000491341 | 50,082,171–50,528,534 | 6 |
顯示 12/57 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>DLEU1 ENST00000468168 GRCh38 chr13:50081171-50082271 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCTAGAGACCTCACCGGGACCCAGCGCGCCGGGGGAGGGCAGCCAGGGCTTGGGAAACTCTTTCCTGGGG CACCTCACGCTTCAGCGTCAAAAGACAATATAGATAGATGGGTGCCGGGCGGTGGCGGGGGGGACTGTTG CCACGACCCACCGGAGGGACCCATGACTCCGGGTCCTGAATTTTCTGTCGACCTTAAGTTTCTTGTCACG AGATGACGGCCATCACCGGGTCGAGAAAACGGCGAGAAAAGGCGGCCCGGTTCGGAAATGGGGGAGGGGC GCGCGTCCAGTCCTCCTGTCAAGGAGCGGCCGCCTGCAGAGACCCCGCAGTGCGCCGTCCCCGGCTCCGG TCCCGGGCGGGGGGTCTTGCTGACAGATCCGCTGGGCGGCGGCTGCTCCGCCGCAGCCGGTCCGCGTCCC GCTCAAACTGCAGCTCCCCTCCCCCCACAGCCCCGTCTCTCCGCGCTCCCGCCACATTCCGCCCGCCGCC GCCCACTCGCAGACGCCCAAGTTGCCCCTAACCCTACTTCCTCGGATTTTTCGCGATTAAGTGAGAGTAG ACCCCGCGCCCACTCCCTGCACCCACCACTGCCTGCGGGTCCCACCACTGCCACCTCCCGAGTCCCGCTC TGCTACTTCTTCAGGCTCTTACCGACTGCGCCAGCCTTGGCGAAGCTCCGCCGACTGCCCTTTGCTCCAA GTAATTTTTGGCGATTTTTAAAGTAATTTTTCCGGCGGAGTCATAGTGGCGCTATACTCTCGGACAGGTT ATCCTGTCTCTCCCGCTAGATTGATGAGATCAGGCATCACTCGAAAATGGCGCCGAAAGCGCTGAGGCTC CTCATTCAAATTCGTTAGAGCCAACCCCGCCGCCCCAGGGAATGCCGGGAACGCGGGCTGCCTCCACAGC TGTCAATACCGCCTCTTAACCCCCCTTCTCTTGCTTTCCCGACATTTTTACGCATGCGCAAACTCCAACC CTCCCCCCTCCTCCCGCCAGGCACATGCGCAGAATCATCGTGGTGCACGGCTCTCCCTTTGCTTCTTCGG TTGCAGTCCTCTTGCTTCTTGCGCGTGCGTGTAGCGCTTTTGCAAAGCCGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR13_83GQC5 · enhancer · 50077555–50077781 · regulatory
ENSR13_C6Z6L · enhancer · 50077945–50079681 · regulatory
ENSR13_C6Z6P · enhancer · 50079802–50081158 · regulatory
ENSR13_BCXCK · promoter · 50081159–50081735 · regulatory
ENSR13_5FR3C8 · CTCF_binding_site · 50081372–50081393 · regulatory
ENSR13_5FR3D3 · CTCF_binding_site · 50081545–50081566 · regulatory
ENSR13_83GQFJ · enhancer · 50081736–50081960 · regulatory
ENSR13_9PTPC · promoter · 50081961–50082312 · regulatory
ENSR13_C6Z6W · enhancer · 50082313–50084084 · regulatory
ENSR13_BCXD5 · enhancer · 50084862–50085700 · regulatory
ENSR13_5FR3ZS · CTCF_binding_site · 50085168–50085189 · regulatory
· motif · 50078534–50078547 · motif
· motif · 50078534–50078547 · motif
· motif · 50080665–50080678 · motif
· motif · 50080665–50080678 · motif
· motif · 50080690–50080703 · motif
· motif · 50080766–50080779 · motif
· motif · 50080847–50080858 · motif
· motif · 50081073–50081088 · motif
· motif · 50081101–50081118 · motif
· motif · 50081142–50081157 · motif
· motif · 50081374–50081390 · motif
· motif · 50081417–50081427 · motif
· motif · 50081436–50081446 · motif
· motif · 50081547–50081563 · motif
· motif · 50081791–50081807 · motif
· motif · 50081995–50082006 · motif
· motif · 50082073–50082086 · motif
· motif · 50082073–50082086 · motif
· motif · 50082129–50082140 · motif
· motif · 50082129–50082140 · motif
· motif · 50082161–50082177 · motif
· motif · 50082170–50082181 · motif
· motif · 50082170–50082181 · motif
· motif · 50082240–50082251 · motif
· motif · 50082240–50082251 · motif
· motif · 50082456–50082465 · motif
· motif · 50082456–50082465 · motif
· motif · 50082768–50082779 · motif
· motif · 50082768–50082779 · motif
· motif · 50082774–50082785 · motif
· motif · 50082774–50082785 · motif
· motif · 50082995–50083004 · motif
· motif · 50082995–50083004 · motif
· motif · 50083655–50083668 · motif
· motif · 50085170–50085186 · motif
RNA 轉錄本與序列
DLEU1 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000468168 ★ | lncRNA | 2,901 nt | 6 |
| ENST00000469754 | lncRNA | 3,401 nt | 3 |
| ENST00000655550 | lncRNA | 2,902 nt | 2 |
| ENST00000478860 | lncRNA | 602 nt | 3 |
| ENST00000486895 | lncRNA | 481 nt | 2 |
| ENST00000461527 | lncRNA | 918 nt | 6 |
| ENST00000463474 | lncRNA | 1,047 nt | 6 |
| ENST00000476738 | lncRNA | 838 nt | 4 |
| ENST00000467721 | lncRNA | 1,455 nt | 6 |
| ENST00000468522 | lncRNA | 1,158 nt | 6 |
| ENST00000490577 | lncRNA | 2,440 nt | 6 |
| ENST00000491341 | lncRNA | 1,141 nt | 6 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
GCACATGCGCAGAATCATCGTGGTGCACGGCTCTCCCTTT40GCTTCTTCGGTTGCAGTCCTCTTGCTTCTTGCGCGTGCGT80GTAGCGCTTTTGCAAAGCCGCGGAGGTGAAGTGAACTTAG120AGGTTGTGGGGCCGAGGGGTCGTCTTATAGCTACCAGCCC160ACAGGCATTTAGTCTACGTTGGAGGTAAACAAATACGGGT200CCTGCTTAGGAGAAAAGAAAAACGTCTTACAGCCAGTGTC240TAAACTCCAAACAACGGAATGTATCAATGAGACCTTGTAT280ATGGATACACGTGCATTTAAAACCGCCCTGCCGGCTTGTA320GAGCTTTTGCCGTTCTCCAGCGCTTTACAGGGGTTATCGC360ACTTAAGCCTCGGAACAACTTTACCAGATGAGGACACCTG400AGGTTCAGATTAAGAAATCTGCCCCAAAGTCTTAGAACTG440GTATTCTCCACTGGTTGAATGCAAATGGAAGCCAGAGGAA480AAGGGAACCCTTGACACAGTTTTCATATAGATTGGCCTCC520AGGGCAGACAGCAGTTGCTCTGGCTATATCAAATAAAAGT560GTCAAGAGTGAGCATCCTTGCCTTGTGCTGAATCACAAAG600GAATACCTTTCAGTTTTTCTCCATTGATTATGATAGCAGT640GGGCTTTTCACAGTGGGCTTTACTGTGTTGAGGTACCCTA680ATGACAAGTTCACCCCAGTGTTTTCTGAGGAGTCTACCTG720GAAATGAGAACCATCTGTCCTTCCTATAGTAGTTCTTCTC760AGAATGCCGACTCTATGCTAATGGAGGAGGTCTGATGGCC800GGGAGGACAGGAAGAAGGAACCCACAATGAAGCAAAAGTT840GCGTTTAACTCTGTCCTCACCATTCCTCTCCTGGACCTGT880CCTAAACTGGAAGCTGGGGGAGGATGGAGTGCTGGAATGC920TGCAGAAGTCTCATGGGAGGGCGCCTGGTGTTCACCACAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。