演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

DLEU1LEU1

deleted in lymphocytic leukemia 1

DLEU1 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens13q14.2-q14.3
OFFICIAL SYMBOL
DLEU1
CHROMOSOME
13
RNA TYPE
lncRNA
TRANSCRIPTS
57
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

DLEU1 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 deleted in lymphocytic leukemia 1。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 13q14.2-q14.3。

Official symbol
DLEU1
Gene name
deleted in lymphocytic leukemia 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:13747
RNA type
RNA, long non-coding
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
LEU1XTP6NCRNA00021LINC00021BCMS1DLB1BCMS

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1313q14.2-q14.3
chr13 · 114,364,328 bp · GRCh38chr13p13 · 1–4600000 · gvarchr13p12 · 4600001–10100000 · stalkchr13p11.2 · 10100001–16500000 · gvarchr13p11.1 · 16500001–17700000 · acenchr13q11 · 17700001–18900000 · acenchr13q12.11 · 18900001–22600000 · gnegchr13q12.12 · 22600001–24900000 · gpos25chr13q12.13 · 24900001–27200000 · gnegchr13q12.2 · 27200001–28300000 · gpos25chr13q12.3 · 28300001–31600000 · gnegchr13q13.1 · 31600001–33400000 · gpos50chr13q13.2 · 33400001–34900000 · gnegchr13q13.3 · 34900001–39500000 · gpos75chr13q14.11 · 39500001–44600000 · gnegchr13q14.12 · 44600001–45200000 · gpos25chr13q14.13 · 45200001–46700000 · gnegchr13q14.2 · 46700001–50300000 · gpos50chr13q14.3 · 50300001–54700000 · gnegchr13q21.1 · 54700001–59000000 · gpos100chr13q21.2 · 59000001–61800000 · gnegchr13q21.31 · 61800001–65200000 · gpos75chr13q21.32 · 65200001–68100000 · gnegchr13q21.33 · 68100001–72800000 · gpos100chr13q22.1 · 72800001–74900000 · gnegchr13q22.2 · 74900001–76700000 · gpos50chr13q22.3 · 76700001–78500000 · gnegchr13q31.1 · 78500001–87100000 · gpos100chr13q31.2 · 87100001–89400000 · gnegchr13q31.3 · 89400001–94400000 · gpos100chr13q32.1 · 94400001–97500000 · gnegchr13q32.2 · 97500001–98700000 · gpos25chr13q32.3 · 98700001–101100000 · gnegchr13q33.1 · 101100001–104200000 · gpos100chr13q33.2 · 104200001–106400000 · gnegchr13q33.3 · 106400001–109600000 · gpos100chr13q34 · 109600001–114364328 · gnegDLEU1pq1 bp114,364,328 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr13:50,081,725–50,906,856
Gene span
825,132 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000468168 ★50,082,171–50,529,9836
ENST0000046975450,081,725–50,107,2183
ENST0000065555050,082,155–50,107,2022
ENST0000047886050,082,171–50,083,9713
ENST0000048689550,082,171–50,390,2912
ENST0000046152750,082,171–50,492,7616
ENST0000046347450,082,171–50,528,0646
ENST0000047673850,082,171–50,528,0644
ENST0000046772150,082,171–50,528,5346
ENST0000046852250,082,171–50,528,5346
ENST0000049057750,082,171–50,528,5346
ENST0000049134150,082,171–50,528,5346

顯示 12/57 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 50082171 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>DLEU1 ENST00000468168 GRCh38 chr13:50081171-50082271 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CCTAGAGACCTCACCGGGACCCAGCGCGCCGGGGGAGGGCAGCCAGGGCTTGGGAAACTCTTTCCTGGGG
CACCTCACGCTTCAGCGTCAAAAGACAATATAGATAGATGGGTGCCGGGCGGTGGCGGGGGGGACTGTTG
CCACGACCCACCGGAGGGACCCATGACTCCGGGTCCTGAATTTTCTGTCGACCTTAAGTTTCTTGTCACG
AGATGACGGCCATCACCGGGTCGAGAAAACGGCGAGAAAAGGCGGCCCGGTTCGGAAATGGGGGAGGGGC
GCGCGTCCAGTCCTCCTGTCAAGGAGCGGCCGCCTGCAGAGACCCCGCAGTGCGCCGTCCCCGGCTCCGG
TCCCGGGCGGGGGGTCTTGCTGACAGATCCGCTGGGCGGCGGCTGCTCCGCCGCAGCCGGTCCGCGTCCC
GCTCAAACTGCAGCTCCCCTCCCCCCACAGCCCCGTCTCTCCGCGCTCCCGCCACATTCCGCCCGCCGCC
GCCCACTCGCAGACGCCCAAGTTGCCCCTAACCCTACTTCCTCGGATTTTTCGCGATTAAGTGAGAGTAG
ACCCCGCGCCCACTCCCTGCACCCACCACTGCCTGCGGGTCCCACCACTGCCACCTCCCGAGTCCCGCTC
TGCTACTTCTTCAGGCTCTTACCGACTGCGCCAGCCTTGGCGAAGCTCCGCCGACTGCCCTTTGCTCCAA
GTAATTTTTGGCGATTTTTAAAGTAATTTTTCCGGCGGAGTCATAGTGGCGCTATACTCTCGGACAGGTT
ATCCTGTCTCTCCCGCTAGATTGATGAGATCAGGCATCACTCGAAAATGGCGCCGAAAGCGCTGAGGCTC
CTCATTCAAATTCGTTAGAGCCAACCCCGCCGCCCCAGGGAATGCCGGGAACGCGGGCTGCCTCCACAGC
TGTCAATACCGCCTCTTAACCCCCCTTCTCTTGCTTTCCCGACATTTTTACGCATGCGCAAACTCCAACC
CTCCCCCCTCCTCCCGCCAGGCACATGCGCAGAATCATCGTGGTGCACGGCTCTCCCTTTGCTTCTTCGG
TTGCAGTCCTCTTGCTTCTTGCGCGTGCGTGTAGCGCTTTTGCAAAGCCGC
DLEU1 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR13_83GQC5 · enhancer · 50077555–50077781 · regulatory

ENSR13_C6Z6L · enhancer · 50077945–50079681 · regulatory

ENSR13_C6Z6P · enhancer · 50079802–50081158 · regulatory

ENSR13_BCXCK · promoter · 50081159–50081735 · regulatory

ENSR13_5FR3C8 · CTCF_binding_site · 50081372–50081393 · regulatory

ENSR13_5FR3D3 · CTCF_binding_site · 50081545–50081566 · regulatory

ENSR13_83GQFJ · enhancer · 50081736–50081960 · regulatory

ENSR13_9PTPC · promoter · 50081961–50082312 · regulatory

ENSR13_C6Z6W · enhancer · 50082313–50084084 · regulatory

ENSR13_BCXD5 · enhancer · 50084862–50085700 · regulatory

ENSR13_5FR3ZS · CTCF_binding_site · 50085168–50085189 · regulatory

· motif · 50078534–50078547 · motif

· motif · 50078534–50078547 · motif

· motif · 50080665–50080678 · motif

· motif · 50080665–50080678 · motif

· motif · 50080690–50080703 · motif

· motif · 50080766–50080779 · motif

· motif · 50080847–50080858 · motif

· motif · 50081073–50081088 · motif

· motif · 50081101–50081118 · motif

· motif · 50081142–50081157 · motif

· motif · 50081374–50081390 · motif

· motif · 50081417–50081427 · motif

· motif · 50081436–50081446 · motif

· motif · 50081547–50081563 · motif

· motif · 50081791–50081807 · motif

· motif · 50081995–50082006 · motif

· motif · 50082073–50082086 · motif

· motif · 50082073–50082086 · motif

· motif · 50082129–50082140 · motif

· motif · 50082129–50082140 · motif

· motif · 50082161–50082177 · motif

· motif · 50082170–50082181 · motif

· motif · 50082170–50082181 · motif

· motif · 50082240–50082251 · motif

· motif · 50082240–50082251 · motif

· motif · 50082456–50082465 · motif

· motif · 50082456–50082465 · motif

· motif · 50082768–50082779 · motif

· motif · 50082768–50082779 · motif

· motif · 50082774–50082785 · motif

· motif · 50082774–50082785 · motif

· motif · 50082995–50083004 · motif

· motif · 50082995–50083004 · motif

· motif · 50083655–50083668 · motif

· motif · 50085170–50085186 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

DLEU1 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000468168 ★lncRNA2,901 nt6
ENST00000469754lncRNA3,401 nt3
ENST00000655550lncRNA2,902 nt2
ENST00000478860lncRNA602 nt3
ENST00000486895lncRNA481 nt2
ENST00000461527lncRNA918 nt6
ENST00000463474lncRNA1,047 nt6
ENST00000476738lncRNA838 nt4
ENST00000467721lncRNA1,455 nt6
ENST00000468522lncRNA1,158 nt6
ENST00000490577lncRNA2,440 nt6
ENST00000491341lncRNA1,141 nt6

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000468168 · 2,901 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GCACATGCGCAGAATCATCGTGGTGCACGGCTCTCCCTTT40
41GCTTCTTCGGTTGCAGTCCTCTTGCTTCTTGCGCGTGCGT80
81GTAGCGCTTTTGCAAAGCCGCGGAGGTGAAGTGAACTTAG120
121AGGTTGTGGGGCCGAGGGGTCGTCTTATAGCTACCAGCCC160
161ACAGGCATTTAGTCTACGTTGGAGGTAAACAAATACGGGT200
201CCTGCTTAGGAGAAAAGAAAAACGTCTTACAGCCAGTGTC240
241TAAACTCCAAACAACGGAATGTATCAATGAGACCTTGTAT280
281ATGGATACACGTGCATTTAAAACCGCCCTGCCGGCTTGTA320
321GAGCTTTTGCCGTTCTCCAGCGCTTTACAGGGGTTATCGC360
361ACTTAAGCCTCGGAACAACTTTACCAGATGAGGACACCTG400
401AGGTTCAGATTAAGAAATCTGCCCCAAAGTCTTAGAACTG440
441GTATTCTCCACTGGTTGAATGCAAATGGAAGCCAGAGGAA480
481AAGGGAACCCTTGACACAGTTTTCATATAGATTGGCCTCC520
521AGGGCAGACAGCAGTTGCTCTGGCTATATCAAATAAAAGT560
561GTCAAGAGTGAGCATCCTTGCCTTGTGCTGAATCACAAAG600
601GAATACCTTTCAGTTTTTCTCCATTGATTATGATAGCAGT640
641GGGCTTTTCACAGTGGGCTTTACTGTGTTGAGGTACCCTA680
681ATGACAAGTTCACCCCAGTGTTTTCTGAGGAGTCTACCTG720
721GAAATGAGAACCATCTGTCCTTCCTATAGTAGTTCTTCTC760
761AGAATGCCGACTCTATGCTAATGGAGGAGGTCTGATGGCC800
801GGGAGGACAGGAAGAAGGAACCCACAATGAAGCAAAAGTT840
841GCGTTTAACTCTGTCCTCACCATTCCTCTCCTGGACCTGT880
881CCTAAACTGGAAGCTGGGGGAGGATGGAGTGCTGGAATGC920
921TGCAGAAGTCTCATGGGAGGGCGCCTGGTGTTCACCACAT960

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。