基因總覽
DHX36（DEAH-box helicase 36）是蛋白質編碼基因，產物屬於 DEAD box helicase 家族的 DEAH subfamily。這是一種多功能、ATP 依賴性的解旋酶，能辨識核酸中的 G-四股體結構；此類結構由鳥嘌呤四聯體形成，可出現在 DNA 或 RNA。蛋白質具有兩個解旋酶相關區域，並含有 DHX36 特有基序及其他核酸互作區段。除了解旋酶核心之外，N 端區域也與細胞內定位、壓力顆粒募集及特定 RNA 的運輸相關。DHX36 的作用涵蓋基因體維持、基因表現調控及抗病毒反應等多種生物過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000496811 ★ | 154,272,546–154,324,487 | 25 |
| ENST00000308361 | 154,271,823–154,324,991 | 24 |
| ENST00000932391 | 154,271,823–154,324,991 | 26 |
| ENST00000964933 | 154,271,823–154,324,991 | 9 |
| ENST00000964934 | 154,271,823–154,324,991 | 25 |
| ENST00001141284 | 154,271,823–154,324,991 | 25 |
| ENST00000329463 | 154,276,171–154,324,416 | 25 |
| ENST00000481941 | 154,277,635–154,319,284 | 23 |
| ENST00001111178 | 154,280,478–154,324,991 | 21 |
| ENST00000469977 | 154,284,653–154,295,327 | 6 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
DHX36 利用 ATP 水解所提供的能量解開 G-四股體（G4）結構，並能高親和力結合核酸中的 G4-DNA 與 G4-RNA。它因此參與基因體完整性維持，也能調節基因表現。於 YY1、KIT/c-kit 和 ALPL 等基因的啟動子，DHX36 解開 G4-DNA，並正向調節這些基因的表現。
在端粒酶 RNA template component（TERC）中，DHX36 可將 G4-RNA 轉換為雙股 RNA，促進 P1 helix 形成；該結構作為模板邊界，有助於確保反轉錄準確進行。轉錄後調控方面，紫外線誘發 DNA 損傷時，DHX36 解開 TP53 前驅 mRNA 3′-UTR 多腺苷酸化位點的 G4-RNA，並促進其 3′端加工。
DHX36 也影響細胞質 mRNA 的翻譯與穩定性。它結合 PITX1 mRNA 3′-UTR 中的 G4-RNA 與非四股體序列，負向調節 PITX1 蛋白表現；對 NKX2-5 mRNA，則可結合 5′-UTR 的 G4-RNA 或 3′-UTR 的 AU-rich elements（AREs），分別促進蛋白質翻譯，或以 ELAVL1 依賴方式引發 mRNA 降解。DHX36 結合多種 mRNA 的 ARE，也參與外泌體介導的 3′至5′ mRNA 降解及 uPA mRNA 衰減。
此外，DHX36 可結合前驅 microRNA-134（pre-miR-134）的末端環，調節其運送至突觸－樹突區室；並參與該 RNA 對標的基因表現的抑制，以及樹突棘大小控制。DHX36 亦是多解旋酶－TICAM1 複合體的組成部分，該複合體可在細胞質感測病毒雙股 RNA，並經由接合分子 TICAM1 參與抗病毒反應級聯，包括促發炎細胞激素的誘導。來源亦指出 DHX36 與早期胚胎發育、造血、心臟發育期間心肌母細胞分化與增殖，以及精原細胞分化相關；其是否參與骨化仍屬可能性。
Promoter 與基因調控
>DHX36 ENST00000496811 GRCh38 chr3:154324387-154325487 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGTGTTGCCAGCTTCTAACCTCCAGTGATAAGAGTCAGTCTTCCTGGGTTTCCCTCCCAGGGAGGAGCTT GATTTGAATTCCTCCGTGTGGTTCTGCATTTAGACAGGTAGATTTCAGAAACTCAAATGTCTTTGCTCAA AATAATTTTTAGGCCACAATGGTGTATTGTAGACCCCTTCCTGGCATACAGCATTTCCCTTTCTTAATTC ACTGCACAAAGATAGCCTTTGTCTTTCCCTTAAGACTGTAGGCAAATAAAAGCTCATGCCATACTTGCTT TGTTCAGTGAGTATTCCCAGCACCTTTACATCAGTTAACTGTAACATGAGCTGGATATCTCCTGGTGTAC ATCCAAGCCTGTGTGGCCCAATTACTTGATTATTCAAGAACAGCTTGTACAAAACACTCAGTGTGCTGGT TAATAAACAGTATGTGGCTTCATATGAACACATGAATCTTCAAAGTAGTTTATTTACATTGCCTAAGAGC TCTGCACCGAATTTGGGTAGACACGCTCATCTTAACACTATTGGATAAACGTACTAAATAGTGACAACAC TTTCAAGGAGGTAAGGGGATTTTAAATTACATATTTGAATAGTTGTCAGGCTGTTTTCAAGACTAGAAGA ACTCATTTTTTAGAGACTTTTCTTTAGAAGACGGCGAATTGATCCAAGGGTTCTTTTGTTTCAATCAACG TTTACTACCCTAGGACCTAAGTGCAAAAAAACTGCGGATTTACCAGGAATAAGAAAGTAAAAACCAAAAG CTATTGGCTCACTTGCTGGGCCTAGGGAAAGAAAATCTACGAGCCTTTGGCTGGCTGTTGCTCCAGAGGT ACAAAGATAAACAACTCGGGGGCTCAGACAGAACCTGATCCCTGCCACCCTCCAGACCACCGGGGTCGTC CTCCCGTGACGTCACCAGAAACCACTGCTTGTGACGCTAAATGGCCCGCCCTCTTGTGCGGTGCTACGGA AGCAAAACGGAAGTGGGCGCACAGTGGCTTCCGGGCCCGGACGCCATTTCCAGCGGTTGCTGGTTCTGAC GGGTTGTAGTCTGCCAGGACAATGAGTTATGACTACCATCAGAACTGGGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| DHX36_1 ↗ | 3:154,324,462 | 負股 | 154,324,452–154,324,511 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_B35LX3 · promoter · 154324406–154324977 · regulatory
ENSR3_53CB3N8 · CTCF_binding_site · 154324485–154324506 · regulatory
ENSR3_53CB3ND · CTCF_binding_site · 154324515–154324536 · regulatory
· motif · 154320799–154320814 · motif
· motif · 154320799–154320814 · motif
· motif · 154320804–154320816 · motif
· motif · 154324052–154324065 · motif
· motif · 154324070–154324079 · motif
· motif · 154324070–154324079 · motif
· motif · 154324072–154324088 · motif
· motif · 154324072–154324088 · motif
· motif · 154324226–154324243 · motif
· motif · 154324374–154324384 · motif
· motif · 154324459–154324469 · motif
· motif · 154324473–154324482 · motif
· motif · 154324487–154324503 · motif
· motif · 154324493–154324502 · motif
· motif · 154324493–154324504 · motif
· motif · 154324493–154324504 · motif
· motif · 154324493–154324506 · motif
· motif · 154324517–154324533 · motif
· motif · 154324551–154324566 · motif
· motif · 154324561–154324574 · motif
· motif · 154324561–154324574 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1008 aa
DHX36 長 1008 個胺基酸，含 Helicase ATP-binding 與 Helicase C-terminal 結構域，並具有 RecA-like domain 1、RecA-like domain 2、WH domain 及 OB-fold-like subdomains。其 DEAH box 位於解旋酶區域，另有 DHX36-specific motif（DSM）。N 端多個區段與核定位、核仁帽定位、pre-miR-134 運輸及壓力顆粒募集有關；其中部分區域亦參與 G4-DNA 與 G4-RNA 結合。
蛋白質三維結構
細胞內定位
DHX36 主要位於細胞核，也可見於細胞質及壓力顆粒；在核斑點與特定核仁帽的共定位，會隨轉錄抑制狀態而異。 砷酸鹽處理或熱休克時，DHX36 以依賴 RNA 結合的方式累積於壓力顆粒，並依賴 ATPase 活性進出顆粒。 異構型 1 偏向細胞核，異構型 2 偏向細胞質，兩者均不進入核仁。 多解旋酶－TICAM1 複合體受 poly(I:C) 刺激後會移向粒線體；此為複合體的定位變化。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome, telomere；Perikaryon；Cell projection, dendrite；Cell projection, axon。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- HMOX2P30519 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RANP62826 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
DHX36 與 DDX1、DDX21、TICAM1 同屬多解旋酶－TICAM1 複合體；DHX36 以 C 端與 TICAM1 的 TIR domain 互作，並以 C 端結合 DDX21，後者可作為連接 TICAM1 的橋梁。DHX36 也與 TERT、DKC1 互作，這些互作依賴其結合 TERC 中 G4-RNA 的能力。另有報告指出它與 PARN、EXOSC3、EXOSC10、ILF3、ELAVL1、DDX5、DDX17、HDAC1、HDAC3、HDAC4、AGO1、AGO2 及 ERCC6 互作；部分互作依賴 RNA，另一些則不受 RNase 影響。PARN 互作可刺激 PARN 並增強 uPA mRNA 降解。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | DHX36 是 ATP 依賴性解旋酶，可高親和力結合並解開 DNA 或 RNA 中的 G-四股體，參與基因體完整性與基因表現調控。它影響 TERC、TP53、PITX1、NKX2-5 及多種 mRNA 的加工、翻譯或穩定性，也參與 pre-miR-134 運輸與抗病毒反應；另與發育及造血等過程相關，部分發育作用屬相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Multifunctional ATP-dependent helicase that unwinds G-quadruplex (G4) structures. Plays a role in many biological processes such as genomic integrity, gene expression regulations and as a sensor to initiate antiviral responses. G4 structures correspond to helical structures containing guanine tetrads (By similarity). Binds with high affinity to and unwinds G4 structures that are formed in nucleic acids (G4-DNA and G4-RNA). Plays a role in genomic integrity. Converts the G4-RNA structure present in telomerase RNA template component (TREC) into a double-stranded RNA to promote P1 helix formation that acts as a template boundary ensuring accurate reverse transcription. Plays a role in transcriptional regulation. Resolves G4-DNA structures in promoters of genes, such as YY1, KIT/c-kit and ALPL and positively regulates their expression. Plays a role in post-transcriptional regulation. Unwinds a G4-RNA structure located in the 3'-UTR polyadenylation site of the pre-mRNA TP53 and stimulates TP53 pre-mRNA 3'-end processing in response to ultraviolet (UV)-induced DNA damage. Binds to the precursor-microRNA-134 (pre-miR-134) terminal loop and regulates its transport into the synapto-dendritic compartment (By similarity). Involved in the pre-miR-134-dependent inhibition of target gene expression and the control of dendritic spine size (By similarity). Plays a role in the regulation of cytoplasmic mRNA translation and mRNA stability. Binds to both G4-RNA structures and alternative non-quadruplex-forming sequence within the 3'-UTR of the PITX1 mRNA regulating negatively PITX1 protein expression. Binds to both G4-RNA structure in the 5'-UTR and AU-rich elements (AREs) localized in the 3'-UTR of NKX2-5 mRNA to either stimulate protein translation or induce mRNA decay in an ELAVL1-dependent manner, respectively. Also binds to ARE sequences present in several mRNAs mediating exosome-mediated 3'-5' mRNA degradation. Involved in cytoplasmic urokinase-type plasminogen activator (uPA) mRNA decay. Component of a multi-helicase-TICAM1 complex that acts as a cytoplasmic sensor of viral double-stranded RNA (dsRNA) and plays a role in the activation of a cascade of antiviral responses including the induction of pro-inflammatory cytokines via the adapter molecule TICAM1 (By similarity). Required for early embryonic development and hematopoiesis. Involved in the regulation of cardioblast differentiation and proliferation during heart development. Involved in spermatogonia differentiation. May play a role in ossification (By similarity) PMID 14731398 ↗ · PMID 16150737 ↗ · PMID 18279852 ↗ · PMID 18842585 ↗ · PMID 18854321 ↗ · PMID 20472641 ↗ · PMID 21149580 ↗ · PMID 21586581 ↗ · PMID 21846770 ↗ · PMID 21993297 ↗ · PMID 22238380 ↗ · PMID 24151078 ↗ · PMID 24369427 ↗ · PMID 25579584 ↗ · PMID 26195789 ↗ · PMID 26489465 ↗ · PMID 27940037 ↗ |
| 分子活性 | ATP + H2O = ADP + phosphate + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源ATP + H2O = ADP + phosphate + H(+) PMID 16150737 ↗ · PMID 18842585 ↗ · PMID 21586581 ↗ · PMID 21846770 ↗ · PMID 25579584 ↗ |
| 交互作用 | DHX36 與 DDX1、DDX21、TICAM1 組成多解旋酶複合體，並與多種蛋白質互作。與 TERT、DKC1 的互作依賴 DHX36 結合 TERC 的 G4-RNA；它也與 PARN、外泌體相關蛋白及多種 RNA 結合蛋白互作，其中部分互作具有 RNA 依賴性或 RNase 不敏感性。PARN 互作可增強 uPA mRNA 降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Found in a multi-helicase-TICAM1 complex at least composed of DHX36, DDX1, DDX21 and TICAM1; this complex exists in resting cells with or without dsRNA poly(I:C) ligand stimulation (By similarity). Interacts (via C-terminus) with TICAM1 (via TIR domain) (By similarity). Interacts (via C-terminus) with DDX21; this interaction serves as bridges to TICAM1 (By similarity). Interacts with TERT; this interaction is dependent on the ability of DHX36 to bind to the G-quadruplex RNA (G4-RNA) structure present in the telomerase RNA template component (TERC). Interacts with DKC1; this interaction is dependent on the ability of DHX36 to bind to the G4-RNA structure present in TERC. Interacts with PARN; this interaction stimulates PARN to enhance uPA mRNA decay. Interacts with EXOSC3; this interaction occurs in a RNase-insensitive manner. Interacts with EXOSC10; this interaction occurs in a RNase-insensitive manner. Interacts with ILF3; this interaction occurs in a RNA-dependent manner. Interacts with ELAVL1; this interaction occurs in an RNA-dependent manner. Interacts with DDX5; this interaction occurs in a RNA-dependent manner. Interacts with DDX17; this interaction occurs in a RNA-dependent manner. Interacts with HDAC1; this interaction occurs in a RNA-dependent manner. Interacts with HDAC3; this interaction occurs in a RNA-dependent manner. Interacts with HDAC4 (By similarity). Interacts with AGO1. Interacts with AGO2. Interacts with ERCC6 PMID 14731398 ↗ · PMID 17932509 ↗ · PMID 18279852 ↗ · PMID 21846770 ↗ · PMID 26030138 ↗ · PMID 26489465 ↗ |
| 細胞定位 | DHX36 主要位於細胞核，並可出現在細胞質、核斑點、壓力顆粒等位置。砷酸鹽或熱休克時，它以依賴 RNA 結合的方式累積於壓力顆粒，並依 ATPase 活性進出；受 poly(I:C) 刺激後，與其共定位的多解旋酶－TICAM1 複合體會移向粒線體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Cytoplasm, cytosol; Cytoplasm, Stress granule; Nucleus speckle; Chromosome, telomere; Mitochondrion; Perikaryon; Cell projection, dendrite; Cell projection, axon; Predominantly localized in the nucleus. Colocalizes with SRSF2 in nuclear speckles. Colocalizes with DDX5 in nucleolar caps upon transcription inhibition. Accumulates and colocalized with TIA1 in cytoplasmic stress granules (SGs) in an arsenite-, heat shock- and RNA-binding-dependent manner. Shuttles into and out of SGs in an ATPase-dependent manner. Colocalizes in the cytosol with the multi-helicase-TICAM1 complex that translocates to the mitochondria upon poly(I:C) RNA ligand stimulation (By similarity) PMID 18279852 ↗ · PMID 18854321 ↗ · PMID 20472641 ↗ |
| 細胞定位 | 異構型 1 可位於細胞核及細胞質，但偏好定位於細胞核，且不進入核仁。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 1; Nucleus; Cytoplasm; Preferentially localized in the nucleus. Excluded from nucleoli PMID 14731398 ↗ |
| 細胞定位 | 異構型 2 可位於細胞核及細胞質，但偏好定位於細胞質，且不進入核仁。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 2; Nucleus; Cytoplasm; Preferentially localized in the cytoplasm. Excluded from nucleoli PMID 14731398 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACAGTGGCTTCCGGGCCCGGACGCCATTTCCAGCGGTTGC40TGGTTCTGACGGGTTGTAGTCTGCCAGGACAATGAGTTAT80GACTACCATCAGAACTGGGGCCGTGATGGGGGTCCCCGCA120GCTCCGGTGGGGGCTATGGAGGGGGGCCAGCAGGGGGTCA160TGGAGGTAACCGAGGCTCCGGAGGAGGCGGCGGCGGCGGA200GGGGGTGGTCGAGGCGGCAGGGGCCGGCATCCCGGGCACC240TGAAAGGCCGCGAAATCGGCATGTGGTACGCGAAAAAACA280GGGGCAGAAGAACAAGGAAGCGGAGAGGCAAGAGAGAGCT320GTAGTACACATGGATGAACGACGAGAAGAACAAATTGTAC360AGTTACTGAATTCTGTTCAAGCGAAGAATGATAAAGAGTC400AGAAGCACAGATATCCTGGTTTGCTCCTGAGGATCATGGA440TACGGTACTGAAGTTTCTACTAAGAACACACCATGCTCAG480AGAACAAACTTGACATCCAGGAAAAGAAGTTGATAAATCA520AGAAAAAAAAATGTTTAGAATCAGGAACAGATCATATATT560GACCGAGATTCTGAGTATCTCTTGCAAGAAAATGAACCAG600ATGGAACTTTAGACCAAAAATTATTGGAAGATTTACAAAA640GAAAAAAAATGACCTTCGGTATATTGAAATGCAGCATTTC680AGAGAAAAGCTGCCTTCGTATGGAATGCAAAAGGAATTGG720TAAATTTAATTGATAACCATCAGGTAACAGTAATAAGTGG760TGAAACTGGTTGTGGCAAAACCACTCAAGTTACTCAGTTC800ATTTTGGATAACTACATTGAAAGAGGAAAAGGATCTGCTT840GCAGAATAGTTTGTACTCAGCCAAGAAGAATTAGTGCCAT880TTCAGTTGCGGAAAGAGTAGCTGCAGAAAGGGCAGAATCT920TGTGGCAGTGGTAATAGTACTGGATATCAAATTCGTCTCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。