基因總覽
DDX39B（DExD-box helicase 39B）是蛋白質編碼基因，產物屬於 DEAD box helicase 家族的 DECD subfamily。它在細胞核內參與 RNA 相關過程，既是剪接因子，也是 TREX 複合體的組成成員；TREX 被認為能連結 mRNA 轉錄、加工與核輸出。DDX39B 的作用涵蓋不同類型的 mRNA，包括經剪接的 mRNA，以及不含內含子的 mRNA。其 RNA 解旋酶與 ATPase 活性，則為它參與 RNA 處理及輸送提供分子基礎。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000396172 ★ | 31,530,226–31,542,003 | 11 |
| ENST00000458640 | 31,530,218–31,542,451 | 11 |
| ENST00000866323 | 31,530,218–31,542,451 | 11 |
| ENST00000866324 | 31,530,218–31,542,451 | 11 |
| ENST00000866325 | 31,530,218–31,542,451 | 12 |
| ENST00000866326 | 31,530,218–31,542,451 | 12 |
| ENST00000866327 | 31,530,218–31,541,955 | 12 |
| ENST00000866328 | 31,530,218–31,541,955 | 10 |
| ENST00000866329 | 31,530,218–31,541,952 | 11 |
| ENST00000866330 | 31,530,218–31,541,955 | 11 |
| ENST00000866331 | 31,530,218–31,541,955 | 12 |
| ENST00000866332 | 31,530,218–31,541,955 | 11 |
顯示 12/71 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
DDX39B 參與剪接體組裝，是剪接體組裝第一個 ATP 依賴步驟所需的因子，也有助於 U2 snRNP 與分支點的互動。它具有 RNA 刺激的 ATP 結合與水解活性，以及 ATP 依賴的 RNA 解旋活性；在體外可解開帶有 5′ 或 3′ 突出端的 RNA 雙股，也可解開平端 RNA 雙股。其 ATPase 活性整體偏弱，且只能水解 ATP，不能水解其他 NTP。單股 RNA 對 ATPase 活性的刺激強於雙股 RNA；刺激作用並未明顯偏好 RNA 的序列或長度。U2AF2 不影響其 ATPase 與解旋酶活性，而 ALYREF/THOC4 是否能刺激這些活性，來源報告並不一致。
DDX39B 也是 TREX 複合體成員，參與 mRNA 從細胞核輸出。TREX 被認為能銜接 mRNA 轉錄、加工與輸出；它會以不依賴轉錄的方式被招募至已剪接 mRNA，並在依賴剪接與 5′ cap 的條件下，結合靠近 mRNA 5′ 端、位於 exon-junction complex 上游的區域，促進 mRNA 經 TAP/NXF1 路徑輸出至細胞質。來源亦指出 DDX39B 與剪接後 mRNA 特異性相關，而不是與未剪接的前體 mRNA 相關；另一方面，它也能不依賴 ALYREF/THOC4 與 pre-mRNA 產生關聯。
對不含內含子的 mRNA，DDX39B 也參與其核輸出。ATP 結合型 DDX39B 被提出可能將輸出接頭蛋白 ALYREF/THOC4 招募至這類 mRNA；RNA 與 ALYREF/THOC4 可協同刺激 DDX39B 的 ATPase 活性。ATP 水解被認為可能促使 DDX39B 從 RNA 解離，讓 ALYREF/THOC4 與 NXF1-NXT1 異源二聚體接續結合。組裝 TREX 時，DDX39B 可能進行多輪 ATP 水解，以推動 ALYREF/THOC4、CHTOP 等成分後續載入 mRNA；THOC1-THOC2-THOC3 核心複合體本身足以促進其 ATPase 活性。
此外，DDX39B 與轉錄延伸及基因組穩定性相關。在微生物感染情境中，TREX 複合體對 Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus（KSHV）不含內含子的 mRNA 輸出及感染性病毒產生至關重要。DDX39B 的 ATP 水解反應為 ATP + H2O → ADP + phosphate + H+。
Promoter 與基因調控
>DDX39B ENST00000396172 GRCh38 chr6:31541903-31543003 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCGGGGCCAAGAACATTCTGCTCGAATTAACAGTATTAATGGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAAT CCCAGCACTCTGGGAGGCCGAAGTGGGTGGATCACCTGAGGTCATACATGGGTGAAGCCCCGTCTCTACT AAAAAAACAAAAATTTGCTGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCTAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAG GAGAATCGCTTGAACCCGGGAAGCAGCGGTTGCAGTGAGCCGAGATCAGGACATTGCACTCCCGCCTGGG CGACAGGGCGAGACTCTGTCTCAAAACAAAAACAAAAACAGTATTAATGGAATGTAGTATAACCCTCAAG CCCTACTATTAACACTTGGGGCCGAATCCAGACCCCGTCTTCCCGCTCGGATTCAGAACACCTTCCTGAC TCACTGGCCCTAGGGCATCAGCTACCTCGGACAGCATCCTTTTGGGAAAATACCGCCCACCAGCCCCACG ACTGGGAAAGAGTCGGGAAACACCCCCGAGCAATCCAGTTCCCTGAGACTTCCCTCCTCCCTCCCCTCAG CTAGGGCCTGCCGGTTCCTAGTGCGTGCCCAGCAGTCCTCAGGTCACCTTCACTACCGGGCCAAGGACCC CGTGGGAACTCGCAGCCTTCGCCACACTCGTTCCTCGCGCATCCATGGAGGGGTGCCTACAGAGAAGACC TGCGTGGCAAAAACCTAAACGAAGAGATGAGGGGCATGGAGAGGAGTAGGATAAGAGAATAAAGATAACA GTGGGGGGGAGACGTTAGTTTCCTTTATATCTTTTGTTACTGGCGGTAGCAGTGAAGTTAGAAACGGTTT TAAAACAAATTTCAGACAGGCATTTTCCAAAGGCAAGCCTGGAGCGCACGGATCTGTATAACCGCGGAAG GCCCTGTTTCCGGTCCCTTGCGCCTGCGCTCTTGCAGCCAAGAAGGCGGGAGGCTGGAGTAGAGGGAAGC CTGCAACCGGAAGTGAAGGCAGATTTCCCTCCTTCGTCGCTGTTGCTGCCGCCATACGCGCTCTCCCTGT TTAGGTAAGCTTTGGCCTTCGCTACAATCCGTTTCCATCTGCGCTTCTCCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 7 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| DDX39B_4 ↗ | 6:31,530,363 | 負股 | 31,530,353–31,530,412 |
| DDX39B_2 ↗ | 6:31,534,554 | 負股 | 31,534,544–31,534,603 |
| DDX39B_5 ↗ | 6:31,538,824 | 負股 | 31,538,814–31,538,873 |
| DDX39B_6 ↗ | 6:31,540,397 | 負股 | 31,540,387–31,540,446 |
| DDX39B_3 ↗ | 6:31,541,177 | 負股 | 31,541,167–31,541,226 |
| BAT1_1 ↗ | 6:31,541,486 | 負股 | 31,541,476–31,541,535 |
| DDX39B_1 ↗ | 6:31,542,003 | 負股 | 31,541,993–31,542,052 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_73T439 · promoter · 31540526–31540626 · regulatory
ENSR6_9GJ2K · promoter · 31541174–31541674 · regulatory
ENSR6_9GJ2N · enhancer · 31541675–31541992 · regulatory
ENSR6_9GJ2R · promoter · 31541993–31542314 · regulatory
ENSR6_73T45D · enhancer · 31542315–31542437 · regulatory
ENSR6_9GJ2X · promoter · 31542438–31542938 · regulatory
ENSR6_C55J3 · promoter · 31546598–31547650 · regulatory
· motif · 31539034–31539047 · motif
· motif · 31541514–31541526 · motif
· motif · 31541602–31541614 · motif
· motif · 31542009–31542018 · motif
· motif · 31542009–31542020 · motif
· motif · 31542009–31542020 · motif
· motif · 31542064–31542075 · motif
· motif · 31542064–31542075 · motif
· motif · 31542080–31542089 · motif
· motif · 31542222–31542233 · motif
· motif · 31542365–31542378 · motif
· motif · 31542365–31542378 · motif
· motif · 31542487–31542497 · motif
· motif · 31546585–31546598 · motif
· motif · 31546585–31546598 · motif
· motif · 31546952–31546969 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：428 aa
DDX39B 屬於 DEAD box helicase 家族的 DECD subfamily。蛋白質包含 Helicase ATP-binding domain（第 76–249 位）與 Helicase C-terminal domain（第 261–422 位）；另有位於第 1–31 位的無序區域。Q motif 位於第 45–73 位，DECD box 位於第 196–199 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
DDX39B 位於細胞核、核斑與細胞質；有 MX1 存在時，它可轉位至細胞質。 TREX 複合體的組裝似乎發生在核斑周圍、稱為 perispeckles 的區域。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 12 個夥伴
- ALYREFQ86V81 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- API5Q9BZZ5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CHTOPQ9Y3Y2 · UniProt INTERACTION · 9 experiments · 2 筆來源紀錄
- DDX39AO00148 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- FYTTD1Q96QD9 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- LUZP4Q9P127 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNF4P78317 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SARNPP82979 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- SDCBPO00560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNRPAP09012 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- U2AF2P26368-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBE2IQ7KZS0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
DDX39B 可形成同源二聚體，也可與 DDX39A 形成異源二聚體。它與 THO subcomplex 組成 THO-DDX39B complex，並可多聚化為 28 個次單元的四聚體組裝體；在 TREX 複合體中，DDX39B 與 THOC2 互作，並連結 ALYREF/THOC4、THO subcomplex，以及依 ATP 狀態而定的 SARNP/CIP29。它也直接與 U2AF2、SARNP/CIP29 結合；後者透過 DDX39B 的 C-terminal domain 互作並促進其 RNA 結合。DDX39B 是剪接體及 TREX 的成員，THOC1-THOC2-THOC3-DDX39B subcomplex 足以與輸出因子 NXF1-NXT1 互作。另有多種蛋白質互作紀錄，包括與 RBM8A、RNPS1、SRRM1、FYTTD1/UIF、THOC1、MX1、POLDIP3、LUZP4 及人類巨細胞病毒蛋白 UL69 的互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | DDX39B 參與剪接與未剪接 mRNA 的核輸出，並是 TREX 複合體成員；TREX 被認為連結 mRNA 的轉錄、加工與核輸出。它會以不依賴轉錄的方式被招募至剪接後 mRNA，在剪接及 cap 依賴的條件下結合靠近 5′ 端的區域，促進 mRNA 經 TAP/NXF1 路徑輸出。DDX39B 也參與不含內含子 mRNA 的輸出、轉錄延伸及基因組穩定性；ATP 水解與 TREX 組裝中其他成分的載入有關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in nuclear export of spliced and unspliced mRNA. Component of the TREX complex which is thought to couple mRNA transcription, processing and nuclear export, and specifically associates with spliced mRNA and not with unspliced pre-mRNA. The TREX complex is recruited to spliced mRNAs by a transcription-independent mechanism, binds to mRNA upstream of the exon-junction complex (EJC) and is recruited in a splicing- and cap-dependent manner to a region near the 5' end of the mRNA where it functions in mRNA export to the cytoplasm via the TAP/NXF1 pathway. The THOC1-THOC2-THOC3 core complex alone is sufficient to promote ATPase activity of DDX39B; in the complex THOC2 is the only component that directly interacts with DDX39B. Associates with SARNP/CIP29, which facilitates RNA binding of DDX39B and likely plays a role in mRNA export. May undergo several rounds of ATP hydrolysis during assembly of TREX to drive subsequent loading of components such as ALYREF/THOC4 and CHTOP onto mRNA. Also associates with pre-mRNA independent of ALYREF/THOC4. Involved in the nuclear export of intronless mRNA; the ATP-bound form is proposed to recruit export adapter ALYREF/THOC4 to intronless mRNA; its ATPase activity is cooperatively stimulated by RNA and ALYREF/THOC4 and ATP hydrolysis is thought to trigger the dissociation from RNA to allow the association of ALYREF/THOC4 and the NXF1-NXT1 heterodimer. Involved in transcription elongation and genome stability PMID 11675789 ↗ · PMID 15585580 ↗ · PMID 15833825 ↗ · PMID 15998806 ↗ · PMID 17190602 ↗ · PMID 17562711 ↗ · PMID 17984224 ↗ · PMID 20844015 ↗ · PMID 22144908 ↗ · PMID 23222130 ↗ · PMID 23299939 ↗ · PMID 33191911 ↗ · PMID 37578863 ↗ · PMID 9242493 ↗ |
| 功能 | DDX39B 是剪接因子，為剪接體組裝第一個 ATP 依賴步驟及 U2 snRNP 與分支點的互動所需。它具有 RNA 刺激的 ATP 結合／水解活性及 ATP 依賴的 RNA 解旋活性，但 ATPase 活性偏弱且只水解 ATP。單股 RNA 的刺激強於雙股 RNA，序列與長度沒有明顯偏好；體外可解開不同端部結構的 RNA 雙股。U2AF2 不影響其 ATPase 與解旋酶活性；ALYREF/THOC4 的影響報告不一致。 | 含實驗來源 | 證據與來源Splice factor that is required for the first ATP-dependent step in spliceosome assembly and for the interaction of U2 snRNP with the branchpoint. Has both RNA-stimulated ATP binding/hydrolysis activity and ATP-dependent RNA unwinding activity. Even with the stimulation of RNA, the ATPase activity is weak. Can only hydrolyze ATP but not other NTPs. The RNA stimulation of ATPase activity does not have a strong preference for the sequence and length of the RNA. However, ssRNA stimulates the ATPase activity much more strongly than dsRNA. Can unwind 5' or 3' overhangs or blunt end RNA duplexes in vitro. The ATPase and helicase activities are not influenced by U2AF2; the effect of ALYREF/THOC4 is reported conflictingly with reporting a stimulatory effect PMID 23299939 ↗ · PMID 9242493 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染情境中，TREX 複合體對 Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus（KSHV）不含內含子的 mRNA 輸出，以及感染性病毒的產生至關重要。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) The TREX complex is essential for the export of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) intronless mRNAs and infectious virus production PMID 18974867 ↗ |
| 分子活性 | ATP + H2O = ADP + phosphate + H(+) | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | DDX39B 可形成同源二聚體，並與 DDX39A 形成異源二聚體；它與 THO subcomplex 組成 THO-DDX39B complex，並多聚化為 28 個次單元的四聚體組裝體。DDX39B 是 TREX 與剪接體成員，可與 THOC2、U2AF2、SARNP/CIP29 等直接互作，並在 TREX 中連結 ALYREF/THOC4、THO subcomplex 與 SARNP/CIP29。另有多種蛋白質互作紀錄；THOC1-THOC2-THOC3-DDX39B subcomplex 足以與輸出因子 NXF1-NXT1 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer, and heterodimer with DDX39A. DDX39B interacts with the THO subcomplex to form the THO-DDX39B complex which multimerizes into a 28-subunit tetrameric assembly. Component of the transcription/export (TREX) complex at least composed of ALYREF/THOC4, DDX39B, SARNP/CIP29, CHTOP and the THO subcomplex; in the complex interacts with THOC2. THOC1-THOC2-THOC3-DDX39B subcomplex is sufficient for the interaction with export factor NXF1-NXT1. TREX seems to have a dynamic structure involving ATP-dependent remodeling. Within the TREX complex bridges ALYREF/THOC4 and the THO subcomplex, and, in a ATP-dependent manner, ALYREF/THOC4 and SARNP/CIP29. Component of the spliceosome. Interacts directly with U2AF2. Interacts with RBM8A, RNPS1 and SRRM1, FYTTD1/UIF, THOC1, MX1 and POLDIP3. Interacts with LUZP4. Interacts with SARNP/CIP29 (via the C-terminal domain); the interaction is direct and facilitates RNA binding of DDX39B PMID 11675789 ↗ · PMID 12944400 ↗ · PMID 14667819 ↗ · PMID 15833825 ↗ · PMID 15870275 ↗ · PMID 15998806 ↗ · PMID 17984224 ↗ · PMID 19836239 ↗ · PMID 20844015 ↗ · PMID 21859714 ↗ · PMID 22928037 ↗ · PMID 23222130 ↗ · PMID 23299939 ↗ · PMID 25662211 ↗ · PMID 33191911 ↗ · PMID 37020021 ↗ · PMID 37578863 ↗ · PMID 9242493 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染相關的互作紀錄中，DDX39B 與人類巨細胞病毒（HHV-5）蛋白 UL69 互作。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | DDX39B 位於細胞核、核斑與細胞質；有 MX1 存在時可轉位至細胞質。TREX 複合體的組裝似乎發生於核斑周圍稱為 perispeckles 的區域。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Nucleus; Nucleus speckle; Cytoplasm; Can translocate to the cytoplasm in the presence of MX1. TREX complex assembly seems to occur in regions surrounding nuclear speckles known as perispeckles |
核酸與蛋白質序列
AGATTTCCCTCCTTCGTCGCTGTTGCTGCCGCCATACGCG40CTCTCCCTGTTTAGCTCTTCTGTTAGAAATAGTATCTTTG80TTTTCCTTTGCTGTTCCTCAATCCCCTACTCTTCACCCCT120TGTTTTCACCTATTTTGCGAGAACCCATCCAGATCCCCCT160TCCCTTCTTCCCCTGCCGGCCCAGTTATGGCAGAGAACGA200TGTGGACAATGAGCTCTTGGACTATGAAGATGATGAGGTG240GAGACAGCAGCTGGGGGAGATGGGGCTGAGGCCCCTGCCA280AGAAGGATGTCAAGGGCTCCTATGTCTCCATCCACAGCTC320TGGCTTTCGTGACTTCCTGCTCAAGCCAGAGTTGCTCCGG360GCCATTGTCGACTGTGGCTTTGAGCATCCGTCAGAAGTCC400AGCATGAGTGCATCCCTCAGGCCATTCTGGGAATGGATGT440CCTGTGCCAGGCCAAGTCGGGCATGGGAAAGACAGCAGTG480TTTGTCTTGGCCACACTGCAACAGCTGGAGCCAGTTACTG520GGCAGGTGTCTGTACTGGTGATGTGTCACACTCGGGAGTT560GGCTTTTCAGATCAGCAAGGAATATGAGCGCTTCTCTAAA600TACATGCCCAATGTCAAGGTTGCTGTTTTTTTTGGTGGTC640TGTCTATCAAGAAGGATGAAGAGGTGCTGAAGAAGAACTG680CCCGCATATCGTCGTGGGGACTCCAGGCCGTATCCTAGCC720CTGGCTCGAAATAAGAGCCTCAACCTCAAACACATTAAAC760ACTTTATTTTGGATGAATGTGATAAGATGCTTGAACAGCT800CGACATGCGTCGGGATGTCCAGGAAATTTTTCGCATGACC840CCCCACGAGAAGCAGGTCATGATGTTCAGTGCTACCTTGA880GCAAAGAGATCCGTCCAGTCTGCCGCAAGTTCATGCAAGA920TCCAATGGAGATCTTCGTGGATGATGAGACGAAGTTGACG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。