基因總覽
CXCL13 的正式名稱為 C-X-C motif chemokine ligand 13,是人類的蛋白質編碼基因,產物屬於 intercrine alpha(chemokine CxC)家族。此蛋白質長 109 個胺基酸,序列包含位於第 1 至 22 個胺基酸的訊號序列。來源將其描述為分泌型蛋白質。其主要角色與 B 淋巴球的趨化有關;對其他細胞類型的作用差異及其與受體的關係,見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000682537 ★ | 77,605,820–77,611,834 | 4 |
| ENST00000286758 | 77,511,753–77,611,834 | 5 |
| ENST00001098117 | 77,605,807–77,611,834 | 4 |
| ENST00001135822 | 77,605,807–77,611,834 | 4 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CXCL13 具有細胞趨化作用,但來源所述的反應具有細胞類型差異:它可促使 B 淋巴球產生趨化反應,對 T 淋巴球、單核球與嗜中性球則未見相同作用。這表示來源支持的趨化效應並非對所有受測細胞類型一致,不能將其概括為普遍吸引各類免疫細胞。
CXCL13 與 BLR1/CXCR5 結合。這項結合關係與其對 B 淋巴球的趨化作用一同構成來源描述的功能資訊;來源未進一步說明下游訊號機制或其他受體作用,因此不延伸推論其分子作用流程。
在 B 淋巴球中,CXCL13 不會誘導鈣離子釋放。這項觀察限定了其在該細胞中的反應特徵:雖然具有趨化作用,卻不以誘導鈣離子釋放呈現。來源未提供其他生物學過程或功能結果,故其功能意義限於上述細胞趨化、受體結合及鈣離子反應資訊。
Promoter 與基因調控
>CXCL13 ENST00000682537 GRCh38 chr4:77604820-77605920 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCCAGGAAGCCCAAACCTCTGATTTCTTAGCAGATCAGTGGGTCTGGTTTGATACATCATCCTTGTCCAC TTCCAGGGCAGTTTAGTGGTACTCTAGGCCAGACTAGCCAGTCTACATACTTTTTTTTTAATCAAAGAGC TTCTAGAAAATGGGATAAGCTGTGGGCTGATTGTCCCCATGGACTAGTTGGTGGGATCAAAACCTAACTT CACATATGTTTATGTCAGACTGTAATATGGGGTTCACCCTCTAATGCAGTTCTAATGACTCCCTCCCCTG CCACATGGTTCTCAAGCTCATGGACTTGCACACGACAGCCAGAGAGATTCTCTTCCTCAAGGCTGTTGTC TCCCTCCCTTCATGCAGACACAGGCACACAAAGCAGGGGACTCCTACTGCCCCCTTCTAAGAATTCCATG ATGGTCAGATTATATAAGTAATCATATATTTCAGATAGCAAAATAAGAGATGGAAAAGACTGGTAGGAAA ATCAATAGCATAATCAGCGTTAGGATCTGTATATAAAGAGACATTCATTTGCTGTGCAAATATTTACTGA GCACCTACCAAAGGCCGGAATCCCTTCCACATGCTAGGGACGTGATGCGCTCGACGGAGTCCCCAATGTC ATGGAGTATATATCTAATGCCACTGAGAAACCTGGCTCACCCTGCACTGAGAGAAGCACTCAAAACCACC ATCACCAATAGCGCTACTAAAGACAGTGCTTTGGAGCTTCCAAGCTGATAGATTATCCTTTCTCCCCACC CTCAGATTTCTCCAGTGTCTCTGGCACTTATAGTCCATGTTTGCAAGAAATATTTTATTATAGTGCTCTG AAACAAATTTATAAAGTTTGCAAGAGAAGTTTTAAAAAAGCAAGCTCAGCAATATTTGGGGGCTTTTAAA GCTGATGATGCAGCTGACCTACTGGAGACAAAGGCAGTGGGAGGGCCCTTACTGGTATAAATAAATAGGA GTCTCTGGTACTGCAAACCCACAGCCTGGACTCAGAGCTCAAGTCTGAACTCTACCTCCAGACAGAATGA AGTTCATCTCGACATCTCTGCTTCTCATGCTGCTGGTCAGCAGCCTCTCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CXCL13_1 ↗ | 4:77,605,820 | 正股 | 77,605,771–77,605,830 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR4_849L92 · enhancer · 77600965–77601211 · regulatory
ENSR4_5N8S47 · CTCF_binding_site · 77601058–77601079 · regulatory
ENSR4_5N8T36 · CTCF_binding_site · 77606668–77606689 · regulatory
· motif · 77601060–77601076 · motif
· motif · 77605704–77605715 · motif
· motif · 77606670–77606686 · motif
· motif · 77609862–77609871 · motif
· motif · 77609862–77609871 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:109 aa
CXCL13 蛋白質長 109 個胺基酸,屬於 intercrine alpha(chemokine CxC)家族。其第 1 至 22 個胺基酸被註記為訊號序列;來源未提供其他結構域或功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CXCL13 被註記為分泌型蛋白質。 來源未提供其他細胞內定位、定位變化條件或異構型差異資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CXCL13 可促使 B 淋巴球產生趨化反應,但來源未描述它對 T 淋巴球、單核球或嗜中性球具有相同作用。它可與 BLR1/CXCR5 結合;在 B 淋巴球中則不會誘導鈣離子釋放。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Chemotactic for B-lymphocytes but not for T-lymphocytes, monocytes and neutrophils. Does not induce calcium release in B-lymphocytes. Binds to BLR1/CXCR5 |
| 細胞定位 | Secreted | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACAGCCTGGACTCAGAGCTCAAGTCTGAACTCTACCTCCA40GACAGAATGAAGTTCATCTCGACATCTCTGCTTCTCATGC80TGCTGGTCAGCAGCCTCTCTCCAGTCCAAGGTGTTCTGGA120GGTCTATTACACAAGCTTGAGGTGTAGATGTGTCCAAGAG160AGCTCAGTCTTTATCCCTAGACGCTTCATTGATCGAATTC200AAATCTTGCCCCGTGGGAATGGTTGTCCAAGAAAAGAAAT240CATAGTCTGGAAGAAGAACAAGTCAATTGTGTGTGTGGAC280CCTCAAGCTGAATGGATACAAAGAATGATGGAAGTATTGA320GAAAAAGAAGTTCTTCAACTCTACCAGTTCCAGTGTTTAA360GAGAAAGATTCCCTGATGCTGATATTTCCACTAAGAACAC400CTGCATTCTTCCCTTATCCCTGCTCTGGATTTTAGTTTTG440TGCTTAGTTAAATCTTTTCCAGGAAAAAGAACTTCCCCAT480ACAAATAAGCATGAGACTATGTAAAAATAACCTTGCAGAA520GCTGATGGGGCAAACTCAAGCTTCTTCACTCACAGCACCC560TATATACACTTGGAGTTTGCATTCTTATTCATCAGGGAGG600AAAGTTTCTTTGAAAATAGTTATTCAGTTATAAGTAATAC640AGGATTATTTTGATTATATACTTGTTGTTTAATGTTTAAA680ATTTCTTAGAAAACAATGGAATGAGAATTTAAGCCTCAAA720TTTGAACATGTGGCTTGAATTAAGAAGAAAATTATGGCAT760ATATTAAAAGCAGGCTTCTATGAAAGACTCAAAAAGCTGC800CTGGGAGGCAGATGGAACTTGAGCCTGTCAAGAGGCAAAG840GAATCCATGTAGTAGATATCCTCTGCTTAAAAACTCACTA880CGGAGGAGAATTAAGTCCTACTTTTAAAGAATTTCTTTAT920AAAATTTACTGTCTAAGATTAATAGCATTCGAAGATCCCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。