演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

CXCL13BLC

C-X-C motif chemokine ligand 13

CXCL13 是由人類蛋白質編碼基因產生的分泌型趨化因子,屬於 intercrine alpha(chemokine CxC)家族,具有引導 B 淋巴球移動的作用。

Homo sapiens4q21.1UniProt O43927
OFFICIAL SYMBOL
CXCL13
CHROMOSOME
4
UNIPROT
O43927
PDB / ALPHAFOLD
5CBA
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

CXCL13 的正式名稱為 C-X-C motif chemokine ligand 13,是人類的蛋白質編碼基因,產物屬於 intercrine alpha(chemokine CxC)家族。此蛋白質長 109 個胺基酸,序列包含位於第 1 至 22 個胺基酸的訊號序列。來源將其描述為分泌型蛋白質。其主要角色與 B 淋巴球的趨化有關;對其他細胞類型的作用差異及其與受體的關係,見功能說明。

Official symbol
CXCL13
Gene name
C-X-C motif chemokine ligand 13
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10639
UniProt
O43927
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
BLCBCA-1BLR1LANGIEANGIE2SCYB13

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 44q21.1
chr4 · 190,214,555 bp · GRCh38chr4p16.3 · 1–4500000 · gnegchr4p16.2 · 4500001–6000000 · gpos25chr4p16.1 · 6000001–11300000 · gnegchr4p15.33 · 11300001–15000000 · gpos50chr4p15.32 · 15000001–17700000 · gnegchr4p15.31 · 17700001–21300000 · gpos75chr4p15.2 · 21300001–27700000 · gnegchr4p15.1 · 27700001–35800000 · gpos100chr4p14 · 35800001–41200000 · gnegchr4p13 · 41200001–44600000 · gpos50chr4p12 · 44600001–48200000 · gnegchr4p11 · 48200001–50000000 · acenchr4q11 · 50000001–51800000 · acenchr4q12 · 51800001–58500000 · gnegchr4q13.1 · 58500001–65500000 · gpos100chr4q13.2 · 65500001–69400000 · gnegchr4q13.3 · 69400001–75300000 · gpos75chr4q21.1 · 75300001–78000000 · gnegchr4q21.21 · 78000001–81500000 · gpos50chr4q21.22 · 81500001–83200000 · gnegchr4q21.23 · 83200001–86000000 · gpos25chr4q21.3 · 86000001–87100000 · gnegchr4q22.1 · 87100001–92800000 · gpos75chr4q22.2 · 92800001–94200000 · gnegchr4q22.3 · 94200001–97900000 · gpos75chr4q23 · 97900001–100100000 · gnegchr4q24 · 100100001–106700000 · gpos50chr4q25 · 106700001–113200000 · gnegchr4q26 · 113200001–119900000 · gpos75chr4q27 · 119900001–122800000 · gnegchr4q28.1 · 122800001–127900000 · gpos50chr4q28.2 · 127900001–130100000 · gnegchr4q28.3 · 130100001–138500000 · gpos100chr4q31.1 · 138500001–140600000 · gnegchr4q31.21 · 140600001–145900000 · gpos25chr4q31.22 · 145900001–147500000 · gnegchr4q31.23 · 147500001–150200000 · gpos25chr4q31.3 · 150200001–154600000 · gnegchr4q32.1 · 154600001–160800000 · gpos100chr4q32.2 · 160800001–163600000 · gnegchr4q32.3 · 163600001–169200000 · gpos100chr4q33 · 169200001–171000000 · gnegchr4q34.1 · 171000001–175400000 · gpos75chr4q34.2 · 175400001–176600000 · gnegchr4q34.3 · 176600001–182300000 · gpos100chr4q35.1 · 182300001–186200000 · gnegchr4q35.2 · 186200001–190214555 · gpos25CXCL13pq1 bp190,214,555 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr4:77,511,753–77,611,834
Gene span
100,082 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000682537 ★77,605,820–77,611,8344
ENST0000028675877,511,753–77,611,8345
ENST0000109811777,605,807–77,611,8344
ENST0000113582277,605,807–77,611,8344

顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

CXCL13 具有細胞趨化作用,但來源所述的反應具有細胞類型差異:它可促使 B 淋巴球產生趨化反應,對 T 淋巴球、單核球與嗜中性球則未見相同作用。這表示來源支持的趨化效應並非對所有受測細胞類型一致,不能將其概括為普遍吸引各類免疫細胞。

CXCL13 與 BLR1/CXCR5 結合。這項結合關係與其對 B 淋巴球的趨化作用一同構成來源描述的功能資訊;來源未進一步說明下游訊號機制或其他受體作用,因此不延伸推論其分子作用流程。

在 B 淋巴球中,CXCL13 不會誘導鈣離子釋放。這項觀察限定了其在該細胞中的反應特徵:雖然具有趨化作用,卻不以誘導鈣離子釋放呈現。來源未提供其他生物學過程或功能結果,故其功能意義限於上述細胞趨化、受體結合及鈣離子反應資訊。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 77605820 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>CXCL13 ENST00000682537 GRCh38 chr4:77604820-77605920 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GCCAGGAAGCCCAAACCTCTGATTTCTTAGCAGATCAGTGGGTCTGGTTTGATACATCATCCTTGTCCAC
TTCCAGGGCAGTTTAGTGGTACTCTAGGCCAGACTAGCCAGTCTACATACTTTTTTTTTAATCAAAGAGC
TTCTAGAAAATGGGATAAGCTGTGGGCTGATTGTCCCCATGGACTAGTTGGTGGGATCAAAACCTAACTT
CACATATGTTTATGTCAGACTGTAATATGGGGTTCACCCTCTAATGCAGTTCTAATGACTCCCTCCCCTG
CCACATGGTTCTCAAGCTCATGGACTTGCACACGACAGCCAGAGAGATTCTCTTCCTCAAGGCTGTTGTC
TCCCTCCCTTCATGCAGACACAGGCACACAAAGCAGGGGACTCCTACTGCCCCCTTCTAAGAATTCCATG
ATGGTCAGATTATATAAGTAATCATATATTTCAGATAGCAAAATAAGAGATGGAAAAGACTGGTAGGAAA
ATCAATAGCATAATCAGCGTTAGGATCTGTATATAAAGAGACATTCATTTGCTGTGCAAATATTTACTGA
GCACCTACCAAAGGCCGGAATCCCTTCCACATGCTAGGGACGTGATGCGCTCGACGGAGTCCCCAATGTC
ATGGAGTATATATCTAATGCCACTGAGAAACCTGGCTCACCCTGCACTGAGAGAAGCACTCAAAACCACC
ATCACCAATAGCGCTACTAAAGACAGTGCTTTGGAGCTTCCAAGCTGATAGATTATCCTTTCTCCCCACC
CTCAGATTTCTCCAGTGTCTCTGGCACTTATAGTCCATGTTTGCAAGAAATATTTTATTATAGTGCTCTG
AAACAAATTTATAAAGTTTGCAAGAGAAGTTTTAAAAAAGCAAGCTCAGCAATATTTGGGGGCTTTTAAA
GCTGATGATGCAGCTGACCTACTGGAGACAAAGGCAGTGGGAGGGCCCTTACTGGTATAAATAAATAGGA
GTCTCTGGTACTGCAAACCCACAGCCTGGACTCAGAGCTCAAGTCTGAACTCTACCTCCAGACAGAATGA
AGTTCATCTCGACATCTCTGCTTCTCATGCTGCTGGTCAGCAGCCTCTCTC
CXCL13 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
CXCL13_1 ↗4:77,605,820正股77,605,771–77,605,830

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR4_849L92 · enhancer · 77600965–77601211 · regulatory

ENSR4_5N8S47 · CTCF_binding_site · 77601058–77601079 · regulatory

ENSR4_5N8T36 · CTCF_binding_site · 77606668–77606689 · regulatory

· motif · 77601060–77601076 · motif

· motif · 77605704–77605715 · motif

· motif · 77606670–77606686 · motif

· motif · 77609862–77609871 · motif

· motif · 77609862–77609871 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:109 aa

1 aa109 aa訊號胜肽
依 O43927 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

CXCL13 蛋白質長 109 個胺基酸,屬於 intercrine alpha(chemokine CxC)家族。其第 1 至 22 個胺基酸被註記為訊號序列;來源未提供其他結構域或功能區域資訊。

訊號胜肽1–22 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 5CBA…

PDB · 5CBA

X-ray · 2.50 A · E/F=23-109

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted

CXCL13 被註記為分泌型蛋白質。 來源未提供其他細胞內定位、定位變化條件或異構型差異資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
BLCCXCL13
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能CXCL13 可促使 B 淋巴球產生趨化反應,但來源未描述它對 T 淋巴球、單核球或嗜中性球具有相同作用。它可與 BLR1/CXCR5 結合;在 B 淋巴球中則不會誘導鈣離子釋放。資料庫紀錄
證據與來源

Chemotactic for B-lymphocytes but not for T-lymphocytes, monocytes and neutrophils. Does not induce calcium release in B-lymphocytes. Binds to BLR1/CXCR5

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Secreted資料庫紀錄
證據與來源

Secreted

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000682537 · 1,171 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ACAGCCTGGACTCAGAGCTCAAGTCTGAACTCTACCTCCA40
41GACAGAATGAAGTTCATCTCGACATCTCTGCTTCTCATGC80
81TGCTGGTCAGCAGCCTCTCTCCAGTCCAAGGTGTTCTGGA120
121GGTCTATTACACAAGCTTGAGGTGTAGATGTGTCCAAGAG160
161AGCTCAGTCTTTATCCCTAGACGCTTCATTGATCGAATTC200
201AAATCTTGCCCCGTGGGAATGGTTGTCCAAGAAAAGAAAT240
241CATAGTCTGGAAGAAGAACAAGTCAATTGTGTGTGTGGAC280
281CCTCAAGCTGAATGGATACAAAGAATGATGGAAGTATTGA320
321GAAAAAGAAGTTCTTCAACTCTACCAGTTCCAGTGTTTAA360
361GAGAAAGATTCCCTGATGCTGATATTTCCACTAAGAACAC400
401CTGCATTCTTCCCTTATCCCTGCTCTGGATTTTAGTTTTG440
441TGCTTAGTTAAATCTTTTCCAGGAAAAAGAACTTCCCCAT480
481ACAAATAAGCATGAGACTATGTAAAAATAACCTTGCAGAA520
521GCTGATGGGGCAAACTCAAGCTTCTTCACTCACAGCACCC560
561TATATACACTTGGAGTTTGCATTCTTATTCATCAGGGAGG600
601AAAGTTTCTTTGAAAATAGTTATTCAGTTATAAGTAATAC640
641AGGATTATTTTGATTATATACTTGTTGTTTAATGTTTAAA680
681ATTTCTTAGAAAACAATGGAATGAGAATTTAAGCCTCAAA720
721TTTGAACATGTGGCTTGAATTAAGAAGAAAATTATGGCAT760
761ATATTAAAAGCAGGCTTCTATGAAAGACTCAAAAAGCTGC800
801CTGGGAGGCAGATGGAACTTGAGCCTGTCAAGAGGCAAAG840
841GAATCCATGTAGTAGATATCCTCTGCTTAAAAACTCACTA880
881CGGAGGAGAATTAAGTCCTACTTTTAAAGAATTTCTTTAT920
921AAAATTTACTGTCTAAGATTAATAGCATTCGAAGATCCCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。