基因總覽
CST9 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 cystatin 9。其產物屬於 cystatin 家族,蛋白質長度為 159 個胺基酸,序列包含位於第 1 至 28 個胺基酸的訊號區域。現有資料將其描述為可分泌蛋白,並指出它可能經由分泌途徑通過 Golgi。關於 CST9 的生物學角色,資料涵蓋免疫調節、抗菌作用,以及可能參與的發育與造血相關過程;其中部分作用仍屬推測或依據相似性提出。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000376971 ★ | 23,602,410–23,605,917 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CST9 的產物被報告具有免疫調節與抗菌功能,作用對象包括革蘭氏陰性菌 Francisella tularensis。現有資料未提供其具體分子作用方式或實驗條件,因此無法進一步界定這些功能如何發生。
此外,CST9 可能參與造血分化或發炎;此角色與相關研究資料相連,但目前所提供的註解未詳述其作用方向、涉及的細胞類型或分子機制。資料亦指出 CST9 可能參與睪丸發育,但這項推論是依據相似性提出,不能視為已確立的作用。
Promoter 與基因調控
>CST9 ENST00000376971 GRCh38 chr20:23605817-23606917 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGGCATATTTCACAGGGACAAAGCTTAAGTCTGGTCTGTGAAGAGTGCATTATTCAGTCTTTTGAGAGCC CCATTTGCGGTTGGAGTTGGAGGCTATGTGGGTCTTGGTCGAGAACTCAGAATCTCCACCCACAAACTGT GCCGCAGAGTGCTGTGCCGGCTGTGGCCACAGGAGGGAACCCGTGACAACCTAATGGGTGCACTTCAGCC ATCCCTGAGGGCATCTTCGTCTTTCTGGTTCTCCACTGCTCCAATTGCAAGCGGCCACCCGTCCTGGAAA CACCTTTGAGGAATAGGGGCAGCCATAACTAGCCAGGCCCCTAGTACCAGCACTTGGCAGCGCGTCCCTG GGCTGGGAAGCTGCATTTAGGGAGGTGCAGAGAACAGGGTTGGGGGCTCCTGCTCTTGATTTCCTCAACC TCTGCCCACGACCCCCAGGCTGGTGCCCCCCTCCCGAGACCCTCGGGGGAGCAGACACCTGCAGGACATC CCGCCAATCCTCCCGGGCTCCCCGCCTCTCTCTCAAGAGGCCCAGTGCTTTCTCGGGGCGCTGTACCTGC TCACCCATGATACTAGCATCCACTGTCATCCCTTTCCATCCTTTTGTCTCTGCCTTTCCACCTAACCTCC CCCTCCCAGCCCACCCCCACTGCTGAGTCCAGGGCTCACCTTCCACTCATACCTCTCACACTTGTGTTCC TGTGCCGGGCTCTGACTCTGGGGCGCCCAGTAGAGGTCTCCTTTAGCCTGCGGAGGTGCTGGGGCAGCTG GGGCTGGGCCTCATGTTCAGGGCACTATCTCTCCCATTGCTAGTCTTTTCCAACCCACCTGCCTGGGTGC TGTTCCTCTCCCCTAAACAGGAGATGATTTAAACGCCTTTGGAAGAAGGGAGGCCATGTGTGGGAGAGAC AGGGTGTAACTGCAGAGGTGAGGCCTGGAGGGAGGAGTTTCTGCCCCAGCAGGTGAATTTAAAGGCCAGA CCTGAGCCCTGGAAGGCTCCAGTGGACGCCAGGGATCTGAAGGGCAAAGGCAAGGGCTGCTGGAGCCTGC ATCATGTCGAGTCCGCAGAGGAGGAAGGCTATGCCCTGGGCACTGTCACTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CST9_1 ↗ | 20:23,605,917 | 負股 | 23,605,907–23,605,966 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
在部分癌細胞中,細菌脂多醣(LPS)與 CST9 表現上升相關;所列細胞包括早幼粒細胞白血病細胞 HL-60,以及髓單核細胞白血病細胞 U-937。資料未提供其他細胞情境或調控機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:159 aa
Cystatin 9 長 159 個胺基酸,屬於 cystatin 家族。蛋白質序列第 1 至 28 個胺基酸被註記為訊號區域。現有資料未提供其他結構域或功能區域註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Cystatin 9 為分泌蛋白,可能經由分泌途徑通過 Golgi。 來源未提供其他定位變化或條件。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CST9 可能參與睪丸發育,此作用是依據相似性提出;資料也指出它可能參與造血分化或發炎。此外,CST9 對革蘭氏陰性菌 Francisella tularensis 具有免疫調節與抗菌功能。 | 含實驗來源 | 證據與來源May be involved in testis development (By similarity). May play a role in hematopoietic differentiation or inflammation. Has immunomodulatory and antimicrobial functions against Francisella tularensis, a Gram-negative bacteria PMID 12535658 ↗ · PMID 23922243 ↗ |
| 細胞定位 | CST9 可被分泌,並可能透過分泌途徑經過 Golgi。資料未說明此定位或運輸情形所需的特定條件。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | 在部分癌細胞中,細菌脂多醣(LPS)會使 CST9 表現上升;所列例子為早幼粒細胞白血病細胞 HL-60 與髓單核細胞白血病細胞 U-937。 | 含實驗來源 | 證據與來源Up-regulated by bacterial lipopolysaccharides (LPS), in some cancer cells such as promyelocytic leukemia cells (HL-60) or myelomonocytic leukemia cells (U-937) PMID 12535658 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTGGACGCCAGGGATCTGAAGGGCAAAGGCAAGGGCTGC40TGGAGCCTGCATCATGTCGAGTCCGCAGAGGAGGAAGGCT80ATGCCCTGGGCACTGTCACTGCTTCTCATGGGCTTCCAGC120TCCTGGTGACTTATGCCTGGTGTTCTGAAGAGGAAATGGG160TGGTAATAATAAAATAGTCCAGGATCCTATGTTCCTCGCC200ACAGTGGAGTTTGCCTTGAACACTTTCAACGTGCAGAGCA240AGGAGGAGCATGCCTACAGGCTGTTGCGCGTCCTGAGTTC280ATGGAGGGAGGATAGCATGGACAGAAAGTGGCGAGGTAAG320ATGGTGTTCTCCATGAATCTGCAACTGCGCCAAACCGTAT360GTAGGAAATTTGAAGATGACATTGACAACTGCCCTTTTCA400AGAAAGCCTGGAGCTGAACAACGTAAGACAGGGCATCAGC440TTTCCTCAGGTCCACAGCTGTGGATGCTGCATGGGGTGTG480GTGTGGGCACAGGAGCAGCTGACAAAGCCATTCCGAGGGA520CAAAGGGAAGTGAGCCCACAGCAGGCTGTACCAGGCTGCC560CTGCTTGTGCCTTAGTGGGAAGCCCAGTGAGGCATTAAGC600CCAGGGGTTCACTTTCAGGCCCCTGGCCAATCTGAGTTTC640CTGATTCTGCCCTCTGACACCATTGCAGCTGCCTGCACCT680GGGCCACATGGCCTTCAGAACCTTCTCTCTGGTCTTCCTC720CCCACTTCTTCCCTGCCTTCTAGAGAAAGAGCCTGGAGAC760AATGGTGACAATGTCTGTGGGTACTTTTCTCAGGGTTTCC800CTACCCTGCCCTAGACCCAAAAGTGGTGGAGGCTGAGAAG840AAGCCCCACTGCCCTCGCTCCTAGGCCCTGCTGAGCTGCA880GCACCTGCTCTAGGGGACGAGCTCCAAGCAAAGCCTGGCT920CTGGGAAAACTTCCCATTCTTAGTCAACCCCCTTATTGTA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。