基因總覽
CSRNP1 是蛋白質編碼基因,產物為 cysteine and serine rich nuclear protein 1,並歸屬於 AXUD1 家族。現有資料將其描述為核蛋白,並指出蛋白質全長為 589 個胺基酸。名稱所示的富含 cysteine 與 serine 特徵,以及家族分類,構成目前可確認的基本資訊;來源未提供更完整的家族特徵或蛋白質整體結構說明。其可能的分子作用與生物學角色見功能段落。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000273153 ★ | 39,141,855–39,153,591 | 5 |
| ENST00000514182 | 39,141,854–39,154,648 | 5 |
| ENST00000909282 | 39,141,854–39,154,688 | 5 |
| ENST00000909283 | 39,141,854–39,154,027 | 5 |
| ENST00000909284 | 39,141,854–39,153,659 | 5 |
| ENST00000909285 | 39,141,854–39,153,659 | 6 |
| ENST00000909286 | 39,141,854–39,154,023 | 5 |
| ENST00000909287 | 39,141,854–39,153,659 | 4 |
| ENST00000909288 | 39,141,854–39,148,048 | 5 |
| ENST00000909289 | 39,141,854–39,147,869 | 5 |
| ENST00000909290 | 39,141,854–39,147,208 | 5 |
| ENST00000938863 | 39,141,854–39,154,852 | 5 |
顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CSRNP1 被註解為可結合特定 DNA 共識序列 5'-AGAGTG-3',並具有轉錄活化因子活性;這項結合與活性描述標示為依相似性推定,因此不應視為已在此資料中直接確認的作用機制。
來源另指出 CSRNP1 可能具有腫瘤抑制功能,也可能參與細胞凋亡。這些角色均以「可能」表述,資料未提供其作用條件、調控路徑或具體分子機制,因此只能保留為尚未確定的功能註記,不能據此推定其對腫瘤或凋亡的影響方向與程度。
Promoter 與基因調控
>CSRNP1 ENST00000273153 GRCh38 chr3:39153491-39154591 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGGCATTGGGATTCTGGTAAGCAGAGAGAGGGCAGGAGAGCATTCCAGTCGAGAAGACCGGCTGCAGTAA AAGCGTGAGGGTGGAAACGCTCGAGGTGATGAGTAGACTCGTACCTGCGGTTGGGAAGTGGGGCTGAGGG TGGGCTCCCAGGCCAGGACTTGGTTGCCGGGGCATGTCGTACCGGGAGGGTTGGCCCCGAGTCAGGAAAG GCCTTGGCGGGAGCAGAGAAGGCAGTGGACCATTTTAAGTGGCCAAGATCTGGCCCGGAAGAAACCAGCC TTTTTATTTTTTTAAGGGAAGGTTGAGGTGGGAGTGGGGAAGCTAGTTCTAAGAACCCCTAGTTTGGAAC TTCTGCAGGGAAGGGTCTCTTGGCCCGTGGGCAGGAATGAAGTTCAGGCCCACTGATTACATCCATCCTT CCCGCTCCCTGCCTCCCCGCTCCCCACACACCCCAGATTCCTCTCCAGCCACAGTTTACTTTTCCGGCGG ATCTGGGGGTGGGTGGTAGGTTGGGGGCGGAGGGGGGAACTTTTAGATTGGAATAAAATAAACTCCCTCT AGAGGGGTGGGGGTGGAGAGCGTACAGGAGACGTCGGCTCTGCCACTGTCTAGCCCGTGGCCTTGCGGAG TTACGAGGTGCTCCCGGCCTCGGTCTACCCATCTGTAAACTGGGGCGGTGGGGCGAGGTGGGGATCTCTA CGCTCGGCTCTGCCGGCTTGAGTCGTCCGCGCCTTTAGGGACCGTGCTGGAAGCGGGGCGGGGAGGGCGC TGGCGGGAGAGGGCTGGGGGCGGAGAGCGGCGGAGGCGCAGTCGCCGGGTCACAGTCCGCAGGGAGGCCC CCAGGCCGCTGCGCCAGGCTCCAGGCGGGGGAGGAGGCGGCGCCTCCGGGGCGGGGCTGCCGGGCGGCCT GGCTGGAGGCCCGGCGTGCGTCAGCGCAGTGAGCCCCGGAGTTTTCCACTGACGAGGAGGGCGGAGCGGC GGGCGGGGCTGGGCGCAGGCAGTCTCCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGGACGCGCAGAGCGAGGGGCGGCT GGACCGACGGCTGCCGGGCCGAGCGCACAGAGTCGCGGCGCAGGGGGCGTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CSRNP1_1 ↗ | 3:39,153,591 | 負股 | 39,153,581–39,153,640 |
| CSRNP1_2 ↗ | 3:39,154,611 | 負股 | 39,154,601–39,154,660 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR3_5C7M8M · CTCF_binding_site · 39151638–39151659 · regulatory
ENSR3_5C7MD6 · CTCF_binding_site · 39152398–39152419 · regulatory
ENSR3_9KJKW · promoter · 39152416–39152916 · regulatory
ENSR3_B9QRJ · enhancer · 39152917–39153580 · regulatory
ENSR3_5C7MGQ · CTCF_binding_site · 39152959–39152980 · regulatory
ENSR3_5C7MJ3 · CTCF_binding_site · 39153239–39153260 · regulatory
ENSR3_5C7MJJ · CTCF_binding_site · 39153342–39153363 · regulatory
ENSR3_9KJL8 · promoter · 39153581–39154081 · regulatory
ENSR3_5C7MMN · CTCF_binding_site · 39154023–39154044 · regulatory
ENSR3_9KJLH · promoter · 39154552–39155052 · regulatory
ENSR3_9KJLS · enhancer · 39155699–39156050 · regulatory
ENSR3_9KJM3 · enhancer · 39156446–39156806 · regulatory
· motif · 39148817–39148833 · motif
· motif · 39148817–39148833 · motif
· motif · 39148826–39148835 · motif
· motif · 39148826–39148835 · motif
· motif · 39148877–39148893 · motif
· motif · 39148877–39148893 · motif
· motif · 39148886–39148895 · motif
· motif · 39148886–39148895 · motif
· motif · 39149097–39149112 · motif
· motif · 39149097–39149112 · motif
· motif · 39149593–39149601 · motif
· motif · 39149640–39149653 · motif
· motif · 39149640–39149653 · motif
· motif · 39149997–39150009 · motif
· motif · 39150645–39150658 · motif
· motif · 39150645–39150658 · motif
· motif · 39150761–39150776 · motif
· motif · 39150775–39150782 · motif
· motif · 39151169–39151182 · motif
· motif · 39151169–39151182 · motif
· motif · 39151456–39151466 · motif
· motif · 39151589–39151598 · motif
· motif · 39151597–39151610 · motif
· motif · 39151627–39151637 · motif
· motif · 39151640–39151656 · motif
· motif · 39151646–39151658 · motif
· motif · 39151648–39151655 · motif
· motif · 39151653–39151665 · motif
· motif · 39151656–39151663 · motif
· motif · 39151657–39151670 · motif
· motif · 39151664–39151677 · motif
· motif · 39151807–39151817 · motif
· motif · 39151844–39151866 · motif
· motif · 39151844–39151866 · motif
· motif · 39151852–39151865 · motif
· motif · 39152250–39152260 · motif
· motif · 39152308–39152323 · motif
· motif · 39152350–39152363 · motif
· motif · 39152392–39152402 · motif
· motif · 39152400–39152416 · motif
· motif · 39152771–39152784 · motif
· motif · 39152825–39152833 · motif
· motif · 39152908–39152916 · motif
· motif · 39152953–39152960 · motif
· motif · 39152961–39152977 · motif
· motif · 39152984–39153001 · motif
· motif · 39153032–39153045 · motif
· motif · 39153090–39153105 · motif
· motif · 39153200–39153217 · motif
· motif · 39153241–39153257 · motif
· motif · 39153344–39153360 · motif
· motif · 39153695–39153705 · motif
· motif · 39153715–39153725 · motif
· motif · 39153761–39153776 · motif
· motif · 39153796–39153806 · motif
· motif · 39153828–39153838 · motif
· motif · 39154025–39154041 · motif
· motif · 39154642–39154652 · motif
· motif · 39154759–39154769 · motif
· motif · 39154763–39154773 · motif
· motif · 39157539–39157548 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:589 aa
Cysteine and serine rich nuclear protein 1 長 589 個胺基酸,屬於 AXUD1 家族。序列註解指出,胺基酸 1–62 與 309–388 為無序區域;資料未列出其他結構域或功能區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CSRNP1 的定位註解為細胞核。 此定位依相似性提供,來源未說明不同條件下的定位變化或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 9 個夥伴
- AQP1P29972 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MCRS1Q96EZ8 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PPP1CAP62136 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- PPP1CBP62140 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PPP1CCP36873 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- PRPF18Q99633 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TCEANCQ8N8B7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- ZNF417Q8TAU3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF587Q96SQ5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CSRNP1 可結合 5'-AGAGTG-3' 共識序列,並具有轉錄活化因子活性;此項描述是依相似性推定。此外,來源指出它可能具有腫瘤抑制功能,也可能參與細胞凋亡,兩項可能性均未提供進一步條件或機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds to the consensus sequence 5'-AGAGTG-3' and has transcriptional activator activity (By similarity). May have a tumor-suppressor function. May play a role in apoptosis PMID 11526492 ↗ |
| 細胞定位 | CSRNP1 的細胞內定位註記為細胞核;此定位資訊依相似性提供,來源未補充特定實驗系統或條件。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGTCTCCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGGACGCGCAGAGCG40AGGGGCGGCTGGACCGACGGCTGCCGGGCCGAGCGCACAG80AGTCGCGGCGCAGGGGGCGTCCCCGGCCGGGACGCGGGTC120GCGTCGTTGTCCTCCGCGAGCGTCCGGATTGCAGGCTGTC160TGTCCCCAGACCCCAGAGCACGTCCGGCACCACCATGACT200GGGCTGTTGAAGAGGAAATTTGACCAGCTGGATGAGGACA240ACTCCTCGGTCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCTGGGTGCCA280GTCTCGCTCCTGCTCCCCAAGCTCTTCTGTCTCCCGTGCC320TGGGACTCAGAGGAGGAAGGCCCCTGGGATCAGATGCCCC360TGCCTGACCGTGACTTCTGCGGCCCCAGAAGTTTCACCCC400CCTGTCTATCCTGAAGCGGGCTCGCCGGGAGCGCCCAGGC440CGTGTAGCCTTTGATGGGATCACCGTCTTCTACTTCCCCC480GCTGCCAGGGCTTCACCAGTGTGCCCAGCCGTGGTGGCTG520TACTCTGGGTATGGCCCTTCGCCACAGTGCTTGCCGTCGC560TTCTCTTTGGCTGAGTTTGCGCAGGAGCAAGCCCGTGCAC600GGCACGAGAAGCTCCGCCAGCGCTTGAAAGAGGAGAAGTT640GGAGATGCTGCAGTGGAAGCTTTCGGCAGCTGGGGTACCC680CAGGCAGAGGCAGGGCTGCCACCTGTGGTGGATGCCATTG720ATGACGCCTCTGTGGAGGAGGACTTGGCAGTCGCTGTGGC760AGGTGGCCGGTTGGAAGAAGTGAGCTTCCTACAGCCCTAC800CCAGCCCGGCGACGTCGAGCTCTGCTGAGGGCTTCAGGTG840TGCGAAGGATCGATCGGGAGGAGAAGCGGGAGCTGCAGGC880ACTGCGCCAATCCCGGGAGGATTGTGGCTGTCACTGCGAT920AGGATCTGCGACCCTGAGACCTGCAGCTGCAGCCTGGCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。