基因總覽
CRLF2(cytokine receptor like factor 2)是蛋白質編碼基因,產物屬於 type I cytokine receptor family 的 Type 5 subfamily。它是 TSLP 受體系統的組成部分;來源指出,CRLF2 可與 IL7R 形成異源二聚體,並與 TSLP 組成具功能的複合體。CRLF2 有兩種定位不同的異構型:Isoform 1 是單次跨膜蛋白,位於細胞膜;Isoform 2 則為分泌型。這些特徵界定了其受體家族身分、受體角色及異構型差異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000400841 ★ | 1,190,490–1,212,649 | 8 |
| ENST00000381567 | 1,190,897–1,212,634 | 7 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CRLF2 是 thymic stromal lymphopoietin(TSLP)的受體。它與 IL7R 及 TSLP 形成具功能的複合體,該複合體可透過活化 STAT3 與 STAT5 刺激細胞增殖。來源亦指出 CRLF2 可活化 JAK2,但此項註記標示為相似性推論(By similarity),因此應視為推定的功能資訊,而非同等程度的直接證據。
CRLF2 所參與的受體訊號與細胞增殖相關;此外,CRLF2 也被認為與造血系統的發育有關。現有資料未進一步說明該發育關聯涉及哪些細胞類型或具體過程,因此不宜延伸推論其作用細節。
Promoter 與基因調控
>CRLF2 ENST00000400841 GRCh38 chrX:1212549-1213649 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGAGGAGACGGAAGGGGGAGGGAGAGGGGAGGGAGGAGGGGGTGGGGGGAGGGGGGAGGGGAAGGGAGGG GAGGGGATGTACACATCTACGTATCCATCTATGCATGCATCCATCCACCCATCCACCTATGTATCTGTTC ATCCATTTATCCATCCATCCACCCACCTATCCACACATCCTTTCATCCACTTATCCATCCATCCATATAC CATCCATGGAGGGGAGGGGAGGGGATAGGTGGAGGGGGTGGGGGAAGGGAGGGGGACAAAAGATGAGGGG ATGGGAGGGGGATGGGAAGGGAGGGGGTGGGGTGGGGGGGAAGGGGAAGGGAGGGGAAGGGAAAGGAAGG GAAGGGAGGGGAGGGAAGGGGGAGGGGAGGGAAGGGGGAGGGGAGGGGGAGGGGAGGTGGGGAGGAGGAG GGGAGGGGAGGAAAGGGAAGGGGGAGGGGGAGGGGAGGGAGGAGGGGGTGGGGGAGAGGCAGAAGGGAAG GGAGGGGAGGGGAGGGGATGGAGGGGAGGGGAGAGGGGAGGGGGAGGGGAAGTGAAAGGAAGGGAAGGGA GGGGAGGGGAGGGGGAAGGGGAGGGGAGAGGGGGAAGGGGAGGGGAGAGGGGAGGGGAGGGGAAGGGAAA GGAAGGAAAGAGAGGGGAGGGGAAGGGGGAGGGGAGGGGAGTGGGGAGGGAATGGAGGGGAGGGGAGGGG AGGGGGAGGGAGGGAAGGGAATGGAGGGGAGGGGGAGGAGATGGGGGAGGGGGAGGGAAGGGGAGGGCTC AGCTCAGCAGTGTGCGTGGCAGTCCTGATCCTGGATTGATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TGTTCTTGACAAGTGTATCTTTGAAAATCAACTGTCACTGTGCTTCCTGCCTGTAATCATTTCCCTAGTT TCCTTTCTGACTTTTTAAAATCGATGGTGACCTCTGCTTATGAGTCATGAGTGATCTGTTCGTTGTAGGT CCCTGAGGACCTCACTCTCCACTCCTGTTTCAGGCATGGGGCGGCTGGTTCTGCTGTGGGGAGCTGCCGT CTTTCTGCTGGGAGGCTGGATGGCTTTGGGGCAAGGAGGAGCAGGTAATTA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_9GZW · promoter · 1212624–1212915 · regulatory
ENSRX_B8HS · enhancer · 1215160–1215684 · regulatory
· motif · 1207801–1207817 · motif
· motif · 1208341–1208353 · motif
· motif · 1208343–1208350 · motif
· motif · 1208343–1208358 · motif
· motif · 1208511–1208520 · motif
· motif · 1208644–1208652 · motif
· motif · 1208765–1208778 · motif
· motif · 1212509–1212517 · motif
· motif · 1212509–1212524 · motif
· motif · 1212659–1212672 · motif
· motif · 1212659–1212672 · motif
· motif · 1212704–1212716 · motif
· motif · 1215241–1215249 · motif
· motif · 1215312–1215325 · motif
· motif · 1215346–1215354 · motif
· motif · 1215346–1215361 · motif
· motif · 1216034–1216049 · motif
· motif · 1216039–1216051 · motif
· motif · 1216042–1216049 · motif
· motif · 1216042–1216057 · motif
· motif · 1216189–1216202 · motif
· motif · 1216357–1216369 · motif
· motif · 1216359–1216366 · motif
· motif · 1216359–1216374 · motif
CRLF2 表現量在活化的周邊單核球及 THP-1 細胞中上調;來源未提供其他調控條件或機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:371 aa
CRLF2 蛋白長 371 個胺基酸,屬於 type I cytokine receptor family 的 Type 5 subfamily。其 N 端訊號胜肽位於第 1–22 個胺基酸,細胞外區域為第 23–231 位,接續第 232–252 位的螺旋型跨膜區;第 253–371 位則位於細胞質側。註解另標示 Fibronectin type-III 結構域、WSXWS motif、Box 1 motif,以及第 322–347 位的無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Isoform 1 位於細胞膜,屬單次跨膜的第一型膜蛋白;Isoform 2 則為分泌型。 兩種異構型的定位不同。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
CRLF2 與 IL7R 形成異源二聚體;另有功能註記指出,CRLF2、IL7R 與 TSLP 可組成具功能的複合體。資料未提供其他互作資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CRLF2 是 thymic stromal lymphopoietin(TSLP)的受體,可與 TSLP 及 IL7R 形成具功能的複合體,並透過活化 STAT3、STAT5 刺激細胞增殖。另有相似性推論指出它也會活化 JAK2;此外,CRLF2 與造血系統發育有關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Receptor for thymic stromal lymphopoietin (TSLP). Forms a functional complex with TSLP and IL7R which is capable of stimulating cell proliferation through activation of STAT3 and STAT5. Also activates JAK2 (By similarity). Implicated in the development of the hematopoietic system PMID 11418668 ↗ |
| 交互作用 | CRLF2 與 IL7R 形成異源二聚體;此項資訊描述兩者組成的二聚體關係,未提供其他結合對象或實驗條件。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | Isoform 1 位於細胞膜,是一種單次跨膜的第一型膜蛋白;此定位描述適用於該異構型。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | Isoform 2; Secreted | 推論支持 | |
| 調控 | CRLF2 在活化的周邊單核球及 THP-1 細胞中上調;此註記指出特定細胞狀態與細胞系中的表現變化,未說明其調控機制。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACTCCTGTTTCAGGCATGGGGCGGCTGGTTCTGCTGTGGG40GAGCTGCCGTCTTTCTGCTGGGAGGCTGGATGGCTTTGGG80GCAAGGAGGAGCAGCAGAAGGAGTACAGATTCAGATCATC120TACTTCAATTTAGAAACCGTGCAGGTGACATGGAATGCCA160GCAAATACTCCAGGACCAACCTGACTTTCCACTACAGATT200CAACGGTGATGAGGCCTATGACCAGTGCACCAACTACCTT240CTCCAGGAAGGTCACACTTCGGGGTGCCTCCTAGACGCAG280AGCAGCGAGACGACATTCTCTATTTCTCCATCAGGAATGG320GACGCACCCCGTTTTCACCGCAAGTCGCTGGATGGTTTAT360TACCTGAAACCCAGTTCCCCGAAGCACGTGAGATTTTCGT400GGCATCAGGATGCAGTGACGGTGACGTGTTCTGACCTGTC440CTACGGGGATCTCCTCTATGAGGTTCAGTACCGGAGCCCC480TTCGACACCGAGTGGCAGTCCAAACAGGAAAATACCTGCA520ACGTCACCATAGAAGGCTTGGATGCCGAGAAGTGTTACTC560TTTCTGGGTCAGGGTGAAGGCTATGGAGGATGTATATGGG600CCAGACACATACCCAAGCGACTGGTCAGAGGTGACATGCT640GGCAGAGAGGCGAGATTCGGGATGCCTGTGCAGAGACACC680AACGCCTCCCAAACCAAAGCTGTCCAAATTTATTTTAATT720TCCAGCCTGGCCATCCTTCTGATGGTGTCTCTCCTCCTTC760TGTCTTTATGGAAATTATGGAGAGTGAAGAAGTTTCTCAT800TCCCAGCGTGCCAGACCCGAAATCCATCTTCCCCGGGCTC840TTTGAGATACACCAAGGGAACTTCCAGGAGTGGATCACAG880ACACCCAGAACGTGGCCCACCTCCACAAGATGGCAGGTGC920AGAGCAAGAAAGTGGCCCCGAGGAGCCCCTGGTAGTCCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。