演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

CRIPTO3TDGF2

cripto, EGF-CFC family member 3

CRIPTO3 是 EGF-CFC 家族的蛋白質編碼基因,其產物可能參與胚層細胞的命運決定,並可活化 Nodal 依賴性訊息傳遞路徑。

Homo sapiensXq23UniProt P51864
OFFICIAL SYMBOL
CRIPTO3
CHROMOSOME
X
UNIPROT
P51864
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

CRIPTO3(cripto, EGF-CFC family member 3)是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因,產物屬於 EGF-CFC(Cripto-1/FRL1/Cryptic)家族。Protein CRIPTO3 長 188 個胺基酸,含有一段 EGF-like 結構域。這些資料界定了其蛋白質家族歸屬與基本序列特徵;其可能參與的生物學作用另見功能說明。

Official symbol
CRIPTO3
Gene name
cripto, EGF-CFC family member 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11703
UniProt
P51864
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
TDGF2CR-3CRIPTO-3TDGF3TDGF1P3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXq23
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegCRIPTO3pq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chrX:110,520,312–110,523,021
Gene span
2,710 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000602699 ★110,520,896–110,523,0211
ENST00000851044110,520,312–110,523,0211

顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

CRIPTO3 可能參與胚層細胞命運的決定,特別是後續會形成中胚層的上胚層細胞。來源以「可能」描述此角色,因此不能據此視為已確立的作用;可支持的功能範圍限於細胞命運決定與中胚層形成相關的早期發育過程。

CRIPTO3 也能活化 Nodal 依賴性訊息傳遞路徑。現有資料指出此一路徑活化作用,但未進一步說明其分子步驟、作用對象或特定實驗條件,因此不宜延伸推定更細緻的機制。這項訊息傳遞功能與其可能參與上胚層細胞命運決定的描述,構成目前來源所支持的主要功能資訊。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 110520896 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>CRIPTO3 ENST00000602699 GRCh38 chrX:110519896-110520996 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ACTTTTTCCCTGGTGCCCCCATTACCACTTCAGATCCTTTGTTAAGCAAACAATATAGGAGCTTTCTTAA
AACGGGGCTCTGAGTGCTTATTCTCAAATAAGCCCTGCCTCAGTTGCAAGGTCTTTCATCTGAAGATGAC
CTATCTTACATGTGTGGGAATACATTTTTCCATGATTACTTCAACAGCTGCATTCTGATAATCTGCCTGG
GGAATAACTGTTGATGGATAAAATACAGTCAGCTCATCTCGCCAGTGAATAATGTGCTTTCTGGTTCTAC
CACGTGAAAATGAACTGCTCAGATCCTCTTCATCTGGAATAATTTCCAGGGAAGAATGAGTGACTGAAAC
TGCTGACACTTTCAGAATAAACCCTTGATGTCTTTGACAATTGCTCCAAGTGATTTGTTTTGGGATAAGC
TTGCGCGCCATGTAAGGTAAAGTGACTGATTCTATAGCAATCCAATTGTTCCTTTGTCTGCCCGTTTACA
TATAACAATGTTGTCAATGTTTGATTGAAAATACCTAGCAGGCGACACACACACCTAGCTCCTCAGGCGG
AGAGCACCCCTTTCTTGGCCACCCGGGTATCCCCCAGGGGGAGTACGGGGCTCAAAACACCCTTTTGGAG
AAACAAAGGTGGAAGCAAATTTCAGGAAGTAAAACTTCCTGAAATAAAATAAAATATCGAATGCCTTGAG
ACCCATACATTTTCAGGTTTTCCTAATTAAAGCAATTACTTTCCACCACCCCTCCAACCTGGAATCACCA
ACTTGGTTAGAGAAACTGATTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTCCCAAAAGAGTACATCTGATCATTTTA
GCCTGCAACTAATGATAGAGATATTAGGGCTAGTTAACCACAGTTTTACAAGACTCCTCTCCCCGCGTGT
GGGCCATTGTCATGCTGGTGGGCGTCCCGCCCACCTGAAAGGTCTCCCCGCCCCGACTGGGGTTTGTTGT
TGAAGAAGGAGAATCCCCGGAAAGGCTGAGTCTCCAGCTCAAGGTCAAAACGTCCAAGGCCGAAAGCCCT
CCAGTTTCCCCTGGACACCTTGCTCCTGCTTCTGCTACGACCTTCTGGGGA
CRIPTO3 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:188 aa

1 aa188 aa結構域
依 P51864 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Protein CRIPTO3 長 188 個胺基酸,屬於 EGF-CFC(Cripto-1/FRL1/Cryptic)家族。其序列註解包含位於第 78 至 107 個胺基酸的 EGF-like 結構域。

結構域EGF-like78–107 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P51864…

AlphaFold · P51864

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

CRIPTO3 被註解為細胞膜相關的周邊膜蛋白。 現有資料未提供定位變化的條件、異構型差異或動態資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
TDGF2CRIPTO3
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能CRIPTO3 可能參與上胚層細胞的命運決定;這些細胞後續會形成中胚層。此外,CRIPTO3 可活化 Nodal 依賴性訊息傳遞路徑。來源將細胞命運決定的角色描述為可能性,並未提供更具體的作用條件或機制。含實驗來源
證據與來源

Could play a role in the determination of the epiblastic cells that subsequently give rise to the mesoderm. Activates the Nodal-dependent signaling pathway

PMID 18835250 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位CRIPTO3 被描述為細胞膜上的周邊膜蛋白。此定位資訊未說明特定實驗條件、定位變化或異構型差異。含實驗來源
證據與來源

Cell membrane / Peripheral membrane protein

PMID 18835250 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000602699 · 2,126 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AAAGGCTGAGTCTCCAGCTCAAGGTCAAAACGTCCAAGGC40
41CGAAAGCCCTCCAGTTTCCCCTGGACACCTTGCTCCTGCT80
81TCTGCTACGACCTTCTGGGGAACGCGAATTTCTCATTTTC120
121TTCTTAAATTGCCATTTTCGCTTTAGGAGATGAATGTTTT160
161CCTTTGGCTGTTTTGGCAATGACTCTGAATTAAAGCGATG200
201CTAACGCCTCTTTTCCCCCTAATTGTTAAAAGCTATGGAC240
241TGCAGGAAGATGGTCCGCTTCTCTTACAGTGTGATTTGGA280
281TCATGGCCATTTCTAAAGCCTTTGAACTGGGATTAGTTGC320
321CGGGCTGGGCCATCAGGAATTTGCTCGTCCATCTCGGGGA360
361GACCTGGCCTTCAGAGATGACAGCATTTGGCCCCAGGAGG400
401AGCCTGCAATTCGGCCTCGGTCTTCCCAGCGTGTGCTGCC440
441CATGGGAATACAGCACAGTAAGGAGCTAAACAGAACCTGC480
481TGCCTGAATGGGGGAACCTGCATGCTGGAGTCCTTTTGTG520
521CCTGCCCTCCCTCCTTCTACGGACGGAACTGTGAGCACGA560
561TGTGCGCAAAGAGAACTGTGGGTCTGTGCCCCATGACACC600
601TGGCTGCCCAAGAAGTGTTCCCTGTGTAAATGCTGGCACG640
641GTCAGCTCCGCTGCTTTCCTCAGGCATTTCTACCCGGCTG680
681TGATGGCCTTGTGATGGATGAGCACCTCGTGGCTTCCAGG720
721ACTCCAGAACTACCACCGTCTGCACGTACTACCACTTTTA760
761TGCTAGCTGGCATCTGCCTTTCTATACAAAGCTACTATTA800
801ATCGACATTGACCTATTTCCAGAAATACAATTTTAGATAT840
841TATGCAAATTTCATGACCCGTAAAGGCTGCTGCTACAATG880
881TCCTAACTGAAAGATGATCATTTGTTAGTTGCCTTAAAAT920
921AATGAATACATTTCCAAAACGGTCTCTAACATTTCCTTAC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。