基因總覽
CRIPTO3(cripto, EGF-CFC family member 3)是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因,產物屬於 EGF-CFC(Cripto-1/FRL1/Cryptic)家族。Protein CRIPTO3 長 188 個胺基酸,含有一段 EGF-like 結構域。這些資料界定了其蛋白質家族歸屬與基本序列特徵;其可能參與的生物學作用另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000602699 ★ | 110,520,896–110,523,021 | 1 |
| ENST00000851044 | 110,520,312–110,523,021 | 1 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CRIPTO3 可能參與胚層細胞命運的決定,特別是後續會形成中胚層的上胚層細胞。來源以「可能」描述此角色,因此不能據此視為已確立的作用;可支持的功能範圍限於細胞命運決定與中胚層形成相關的早期發育過程。
CRIPTO3 也能活化 Nodal 依賴性訊息傳遞路徑。現有資料指出此一路徑活化作用,但未進一步說明其分子步驟、作用對象或特定實驗條件,因此不宜延伸推定更細緻的機制。這項訊息傳遞功能與其可能參與上胚層細胞命運決定的描述,構成目前來源所支持的主要功能資訊。
Promoter 與基因調控
>CRIPTO3 ENST00000602699 GRCh38 chrX:110519896-110520996 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACTTTTTCCCTGGTGCCCCCATTACCACTTCAGATCCTTTGTTAAGCAAACAATATAGGAGCTTTCTTAA AACGGGGCTCTGAGTGCTTATTCTCAAATAAGCCCTGCCTCAGTTGCAAGGTCTTTCATCTGAAGATGAC CTATCTTACATGTGTGGGAATACATTTTTCCATGATTACTTCAACAGCTGCATTCTGATAATCTGCCTGG GGAATAACTGTTGATGGATAAAATACAGTCAGCTCATCTCGCCAGTGAATAATGTGCTTTCTGGTTCTAC CACGTGAAAATGAACTGCTCAGATCCTCTTCATCTGGAATAATTTCCAGGGAAGAATGAGTGACTGAAAC TGCTGACACTTTCAGAATAAACCCTTGATGTCTTTGACAATTGCTCCAAGTGATTTGTTTTGGGATAAGC TTGCGCGCCATGTAAGGTAAAGTGACTGATTCTATAGCAATCCAATTGTTCCTTTGTCTGCCCGTTTACA TATAACAATGTTGTCAATGTTTGATTGAAAATACCTAGCAGGCGACACACACACCTAGCTCCTCAGGCGG AGAGCACCCCTTTCTTGGCCACCCGGGTATCCCCCAGGGGGAGTACGGGGCTCAAAACACCCTTTTGGAG AAACAAAGGTGGAAGCAAATTTCAGGAAGTAAAACTTCCTGAAATAAAATAAAATATCGAATGCCTTGAG ACCCATACATTTTCAGGTTTTCCTAATTAAAGCAATTACTTTCCACCACCCCTCCAACCTGGAATCACCA ACTTGGTTAGAGAAACTGATTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTCCCAAAAGAGTACATCTGATCATTTTA GCCTGCAACTAATGATAGAGATATTAGGGCTAGTTAACCACAGTTTTACAAGACTCCTCTCCCCGCGTGT GGGCCATTGTCATGCTGGTGGGCGTCCCGCCCACCTGAAAGGTCTCCCCGCCCCGACTGGGGTTTGTTGT TGAAGAAGGAGAATCCCCGGAAAGGCTGAGTCTCCAGCTCAAGGTCAAAACGTCCAAGGCCGAAAGCCCT CCAGTTTCCCCTGGACACCTTGCTCCTGCTTCTGCTACGACCTTCTGGGGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:188 aa
Protein CRIPTO3 長 188 個胺基酸,屬於 EGF-CFC(Cripto-1/FRL1/Cryptic)家族。其序列註解包含位於第 78 至 107 個胺基酸的 EGF-like 結構域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CRIPTO3 被註解為細胞膜相關的周邊膜蛋白。 現有資料未提供定位變化的條件、異構型差異或動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CRIPTO3 可能參與上胚層細胞的命運決定;這些細胞後續會形成中胚層。此外,CRIPTO3 可活化 Nodal 依賴性訊息傳遞路徑。來源將細胞命運決定的角色描述為可能性,並未提供更具體的作用條件或機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Could play a role in the determination of the epiblastic cells that subsequently give rise to the mesoderm. Activates the Nodal-dependent signaling pathway PMID 18835250 ↗ |
| 細胞定位 | CRIPTO3 被描述為細胞膜上的周邊膜蛋白。此定位資訊未說明特定實驗條件、定位變化或異構型差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AAAGGCTGAGTCTCCAGCTCAAGGTCAAAACGTCCAAGGC40CGAAAGCCCTCCAGTTTCCCCTGGACACCTTGCTCCTGCT80TCTGCTACGACCTTCTGGGGAACGCGAATTTCTCATTTTC120TTCTTAAATTGCCATTTTCGCTTTAGGAGATGAATGTTTT160CCTTTGGCTGTTTTGGCAATGACTCTGAATTAAAGCGATG200CTAACGCCTCTTTTCCCCCTAATTGTTAAAAGCTATGGAC240TGCAGGAAGATGGTCCGCTTCTCTTACAGTGTGATTTGGA280TCATGGCCATTTCTAAAGCCTTTGAACTGGGATTAGTTGC320CGGGCTGGGCCATCAGGAATTTGCTCGTCCATCTCGGGGA360GACCTGGCCTTCAGAGATGACAGCATTTGGCCCCAGGAGG400AGCCTGCAATTCGGCCTCGGTCTTCCCAGCGTGTGCTGCC440CATGGGAATACAGCACAGTAAGGAGCTAAACAGAACCTGC480TGCCTGAATGGGGGAACCTGCATGCTGGAGTCCTTTTGTG520CCTGCCCTCCCTCCTTCTACGGACGGAACTGTGAGCACGA560TGTGCGCAAAGAGAACTGTGGGTCTGTGCCCCATGACACC600TGGCTGCCCAAGAAGTGTTCCCTGTGTAAATGCTGGCACG640GTCAGCTCCGCTGCTTTCCTCAGGCATTTCTACCCGGCTG680TGATGGCCTTGTGATGGATGAGCACCTCGTGGCTTCCAGG720ACTCCAGAACTACCACCGTCTGCACGTACTACCACTTTTA760TGCTAGCTGGCATCTGCCTTTCTATACAAAGCTACTATTA800ATCGACATTGACCTATTTCCAGAAATACAATTTTAGATAT840TATGCAAATTTCATGACCCGTAAAGGCTGCTGCTACAATG880TCCTAACTGAAAGATGATCATTTGTTAGTTGCCTTAAAAT920AATGAATACATTTCCAAAACGGTCTCTAACATTTCCTTAC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。