基因總覽
CPSF6（cleavage and polyadenylation specific factor 6）是蛋白質編碼基因，產物屬於 RRM CPSF6/7 家族，為 cleavage factor Im（CFIm）複合體的組成成員。其蛋白質具有 RNA recognition motif（RRM）及富含 Arg/Ser 的區域，並含有多段功能區；這些結構特色與其參與 RNA 處理及蛋白質互作相符。CPSF6 的基本角色與前體 mRNA 末端加工相關，並另有 mRNA 輸出方面的作用。其功能可在 CFIm 複合體脈絡下理解，而不應將其視為單獨執行所有加工步驟的因子。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000435070 ★ | 69,239,569–69,274,358 | 10 |
| ENST00000456847 | 69,239,543–69,269,939 | 10 |
| ENST00000266679 | 69,239,543–69,269,939 | 11 |
| ENST00000551516 | 69,239,543–69,274,358 | 4 |
| ENST00000886656 | 69,239,543–69,279,829 | 10 |
| ENST00000886657 | 69,239,543–69,274,358 | 10 |
| ENST00000886658 | 69,239,543–69,271,531 | 11 |
| ENST00000886659 | 69,239,543–69,270,126 | 10 |
| ENST00000886660 | 69,239,543–69,269,939 | 9 |
| ENST00000886661 | 69,239,543–69,269,938 | 10 |
| ENST00000886662 | 69,239,543–69,269,938 | 12 |
| ENST00000886663 | 69,239,543–69,269,938 | 10 |
顯示 12/43 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CPSF6 是 CFIm 的一員，參與活化前體 mRNA（pre-mRNA）的 3′端切割與多腺苷酸化；這些加工步驟是 pre-mRNA 成熟為具功能 mRNA 所需的過程。CFIm 可協助多蛋白質複合體被募集至 pre-mRNA 3′端的特定序列，即切割與多腺苷酸化訊號（pA signals），使末端加工機制得以運作。
多數 pre-mRNA 含有不只一個 pA 訊號，因此可能在不同位置進行選擇性切割與多腺苷酸化（APA），產生 3′端形式不同的 mRNA。CFIm 是 APA 過程中調節切割及多腺苷酸化位點選擇的重要因子之一；它辨識大量 pre-mRNA 3′非翻譯區（3′-UTR）中的 5′-UGUA-3′序列元件，參與決定使用哪個加工位點。
在此過程中，CPSF6 可增強 NUDT21/CPSF5 與位於 pA 訊號上游之 5′-UGUA-3′元件的結合，並促進 RNA 形成環狀結構。來源指出，這些作用使 CPSF6 能直接促進 mRNA 3′端加工機制的活性，連結序列辨識與末端處理。其角色因而涉及 pre-mRNA 加工位點的選擇及成熟 mRNA 末端形式的形成。
此外，CPSF6 也與 mRNA 輸出有關。感染研究中，CPSF6 可結合 HIV-1 capsid-nucleocapsid（CA-NC）複合體，並可能因此促進病毒在分裂中細胞的細胞核內整合；此描述限於體外研究，並以可能性表述。
Promoter 與基因調控
>CPSF6 ENST00000435070 GRCh38 chr12:69238569-69239669 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GATGTTGTTTGGGTTATTCTATGAATGATTTCTGGCCAGTTTCTCAGGAAACACGCTCTACTACAGTATA TTTTTTAATGAGTGAAAAAGAAATTAAGAATGGAGGGGAAAGTTTCAAACTGGAGAGACATCTTTGAGTA AAGTATCGTGGCTGAATGTTCCTACCTTTATTGACCATGTGACCTGGTTAAATCACTTAGGTTCTATTAG GCCTCAGTCTTCTCTTCTGTAAAATGAGATGTTTAGACCTAAGGACACCTTTCCAGTTCCCTTCCCGTTG GGACATTCTAGGATTCTGAGAGAGAAGCCCCCCTGGCCTCAAGATACCTCCACTCTCTTGGGTGTGCTCT AAGATGACTGCATTCATGTTAGAAGCATCTGAACTACGCCAGAGACAACCTACTGTAGATCTAAGGAAGA AAAAATGAATGGCAATGAATGCGAGAGGAAGGTGGGGGGGAAAGAAGCCCACGAAGATTAGAGATGGAAA TGGCAACATAAACAGCATGCAAAGATAACCACTGACGGGTATCTAGCGTTTACGATGCAAATAAAACTCT GCTGGTCTCTGAGGATGCAGAAACAAGACATTGTTTTTGGTCTTAAGCCGTTCACAGAATGCCCGGGGGT TACACTTTGCATTTAAGCACGGACATATAACTTCCACCTTTAAAAGTCCTGGATGTGAGAAAGATAAGAA CAACGGATAAATGAAAATATTAACAAAACGTCTGAGTATGCCAGAGGCCACGTGAAAAGACGGTGTGTGG AAACAGGTGGGACCCACTGCTAAGCTGGATGCGCGAGTAGGACAAAAAAATTGGCCCCCACTCCCGGGCC TCACCCAGACACAAAAGAAACGTCCTCTGCCCTCAGAGGCGCAGCCTTTCCTCAGCCAGCAGAGCGGCTG GGCTGCAGAGTCCCCGCCCCCGGCCGGCCCCTGTCGCCCGCGCCTCCCTCCCTCGGGCCTCGGAAGTGAC GCAAGCGCCCCCCCACCGCCGCTAGATCCGCTGCTGCTGCCGCGGCGGGCAGACCTGCAGGAGGCGGCGG CGGCGGCGGCGGCCGAGGCTGAAGGAAGATGGCGGACGGCGTGGACCACAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CPSF6_1 ↗ | 12:69,239,572 | 正股 | 69,239,523–69,239,582 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_BHQ28 · enhancer · 69238824–69239515 · regulatory
ENSR12_5L9PC8 · CTCF_binding_site · 69239489–69239510 · regulatory
ENSR12_842Z37 · promoter · 69239516–69239652 · regulatory
ENSR12_5L9PCQ · CTCF_binding_site · 69239598–69239619 · regulatory
ENSR12_5L9PCW · CTCF_binding_site · 69239636–69239657 · regulatory
ENSR12_C8THP · enhancer · 69239653–69241083 · regulatory
ENSR12_5L9PDS · CTCF_binding_site · 69239835–69239856 · regulatory
ENSR12_BHQ2T · enhancer · 69243124–69243946 · regulatory
· motif · 69239340–69239349 · motif
· motif · 69239491–69239504 · motif
· motif · 69239491–69239507 · motif
· motif · 69239552–69239565 · motif
· motif · 69239600–69239616 · motif
· motif · 69239609–69239622 · motif
· motif · 69239638–69239654 · motif
· motif · 69239645–69239655 · motif
· motif · 69239652–69239669 · motif
· motif · 69239729–69239742 · motif
· motif · 69239837–69239853 · motif
· motif · 69241001–69241013 · motif
· motif · 69241644–69241658 · motif
· motif · 69241644–69241658 · motif
· motif · 69242786–69242797 · motif
· motif · 69243244–69243257 · motif
· motif · 69243256–69243264 · motif
· motif · 69243324–69243335 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：551 aa
CPSF6 蛋白質長 551 個胺基酸，屬於 RRM CPSF6/7 家族。第 81–161 位具有 RRM，亦是與 NUDT21/CPSF5 互作及定位於核旁斑所需的區域；第 169–411 位與第 477–551 位被註記為無序區。C 端含 Arg/Ser-rich domain，並涉及核定位及多種互作；第 358–551 位則是 HIV-1 capsid protein p24 結合區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CPSF6 可在細胞核與細胞質間穿梭，此過程不依賴轉錄或 XPO1/CRM1，且可能主要以 CFIm 複合體形式進行。 它與 PSPC1 共定位於常鄰近核斑的核旁斑，並可出現在活躍轉錄位點；其在核斑與核旁斑的分布會隨細胞週期改變。 TNPO3 介導其核輸入，且不受 CPSF6 磷酸化狀態影響。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 14 個夥伴
- ARMC7Q9H6L4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- NUDT21O43809 · UniProt INTERACTION · 10 experiments · 3 筆來源紀錄
- OTUB2Q96DC9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLSCR1O15162 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PPIL1Q9Y3C6 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TOLLIPQ6FIE9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WWP1Q9H0M0 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- WWP2O00308 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- BAG3O95817 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NCK2O43639 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- USP21Q9UK80 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WWOXQ9NZC7-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- YES1P07947 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZMYND19Q96E35 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
CFIm 可由兩個 NUDT21/CPSF5 次單元搭配兩個 CPSF6 或 CPSF7 次單元形成異四聚體，也可由 CPSF6 與 CPSF7 形成異二聚體；此複合體並與 CPSF、CSTF 複合體相連，促進核心 mRNA 3′端加工機制組裝。CPSF6 透過 RRM 與 NUDT21/CPSF5 直接互作，增強 RNA 結合；也可與 FIP1L1、NXF1、剪接及無義介導 mRNA 降解相關因子互作。其亦與 EJC、80S 核糖體及 VIRMA 有關。感染情境下，CPSF6 的 C 端與 HIV-1 capsid protein p24 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CPSF6 是 CFIm 複合體成員，參與活化前體 mRNA 3′端切割及多腺苷酸化，協助成熟 mRNA 形成。CFIm 招募加工複合體至 3′端的切割與多腺苷酸化訊號；由於多數前體 mRNA 含有多個此類訊號，APA 可產生 3′端不同的 mRNA。CFIm 辨識 3′-UTR 的 5′-UGUA-3′元件以調節位點選擇；CPSF6 增強 NUDT21/CPSF5 結合上游元件並促進 RNA 成環，也參與 mRNA 輸出。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the cleavage factor Im (CFIm) complex that functions as an activator of the pre-mRNA 3'-end cleavage and polyadenylation processing required for the maturation of pre-mRNA into functional mRNAs. CFIm contributes to the recruitment of multiprotein complexes on specific sequences on the pre-mRNA 3'-end, so called cleavage and polyadenylation signals (pA signals). Most pre-mRNAs contain multiple pA signals, resulting in alternative cleavage and polyadenylation (APA) producing mRNAs with variable 3'-end formation. The CFIm complex acts as a key regulator of cleavage and polyadenylation site choice during APA through its binding to 5'-UGUA-3' elements localized in the 3'-untranslated region (UTR) for a huge number of pre-mRNAs. CPSF6 enhances NUDT21/CPSF5 binding to 5'-UGUA-3' elements localized upstream of pA signals and promotes RNA looping, and hence activates directly the mRNA 3'-processing machinery. Plays a role in mRNA export PMID 14690600 ↗ · PMID 15169763 ↗ · PMID 19864460 ↗ · PMID 20695905 ↗ · PMID 21295486 ↗ · PMID 23187700 ↗ · PMID 29276085 ↗ · PMID 8626397 ↗ · PMID 9659921 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染相關情境中，CPSF6 可結合 HIV-1 capsid-nucleocapsid（CA-NC）複合體；體外研究指出，這種結合可能促進病毒在分裂中細胞的細胞核內整合，該作用仍以可能性描述。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Binds HIV-1 capsid-nucleocapsid (HIV-1 CA-NC) complexes and might thereby promote the integration of the virus in the nucleus of dividing cells (in vitro) PMID 24130490 ↗ |
| 交互作用 | CFIm 可由兩個 NUDT21/CPSF5 與兩個 CPSF6 或 CPSF7 組成異四聚體，也可由 CPSF6、CPSF7 組成異二聚體，並與 CPSF、CSTF 複合體協助組裝核心 mRNA 3′端加工機制。CPSF6 經 RRM 直接結合 NUDT21/CPSF5 並增強 RNA 結合；另與 FIP1L1、NXF1、剪接及 RNA 降解相關因子、VIRMA 等互作。FIP1L1 互作偏好未磷酸化型，且可能受 CPSF6 過度磷酸化抑制；CPSF6 亦可經 TNPO3 促進核輸入。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the cleavage factor Im (CFIm) complex which is a heterotetramer composed of two subunits of NUDT21/CPSF5 and two subunits of CPSF6 or CPSF7 or a heterodimer of CPSF6 and CPSF7. The cleavage factor Im (CFIm) complex associates with the CPSF and CSTF complexes to promote the assembly of the core mRNA 3'-processing machinery. Associates with the exon junction complex (EJC). Associates with the 80S ribosome particle. Interacts (via the RRM domain) with NUDT21/CPSF5; this interaction is direct and enhances binding to RNA. Interacts (via Arg/Ser-rich domain) with FIP1L1 (preferentially via unphosphorylated form and Arg/Glu/Asp-rich domain); this interaction mediates, at least in part, the interaction between the CFIm and CPSF complexes and may be inhibited by CPSF6 hyper-phosphorylation. Interacts (via N-terminus) with NXF1; this interaction is direct. Interacts with SRSF3. Interacts with SRSF7. Interacts with SNRNP70. Interacts with TRA2B/SFRS10. Interacts with UPF1. Interacts with UPF3B. Interacts with VIRMA. Interacts (via Arg/Ser-rich domain) with TNPO3; promoting nuclear import of CPSF6 independently of its phosphorylation status. Interacts with YTHDC1 (By similarity) PMID 14561889 ↗ · PMID 15169763 ↗ · PMID 19864460 ↗ · PMID 20695905 ↗ · PMID 21295486 ↗ · PMID 23187700 ↗ · PMID 29276085 ↗ · PMID 29507755 ↗ · PMID 30916345 ↗ · PMID 8626397 ↗ · PMID 9659921 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染相關情境中，CPSF6 透過其 C 端與 HIV-1 capsid protein p24（CA）互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts (via C-terminus) with HIV-1 capsid protein p24 (CA) PMID 24130490 ↗ · PMID 29997211 ↗ |
| 細胞定位 | CPSF6 可在細胞核與細胞質間穿梭，且不依賴轉錄或 XPO1/CRM1，可能主要隨 CFIm 複合體移動。它與 PSPC1 共定位於常鄰近核斑的核旁斑，也出現在活躍轉錄位點；核斑與核旁斑中的分布會隨細胞週期改變。TNPO3 介導 CPSF6 核輸入，且不受其磷酸化狀態影響。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Nucleus, nucleoplasm; Nucleus speckle; Cytoplasm; Shuttles between the nucleus and the cytoplasm in a transcription- and XPO1/CRM1-independent manner, most probably in complex with the cleavage factor Im complex (CFIm). Colocalizes with PSPC1 in punctate subnuclear structures often located adjacent to nuclear speckles, called paraspeckles, and corresponding to interchromatin granules-associated zones (IGAZs). Distribution in speckles and paraspeckles varies during the cell cycle. Associates at sites of active transcription on nascent perichromatin fibrils (PFs) and perichromatin granules. Nuclear import is mediated via interaction with TNPO3 independently of CPSF6 phosphorylation status PMID 15169763 ↗ · PMID 19864460 ↗ · PMID 20695905 ↗ · PMID 30916345 ↗ · PMID 9659921 ↗ · PMID 17267687 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCTAGATCCGCTGCTGCTGCCGCGGCGGGCAGACCTGCAG40GAGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGAGGCTGAAGGAAGAT80GGCGGACGGCGTGGACCACATAGACATTTACGCGGATGTC120GGCGAAGAGTTCAACCAGGAAGCTGAATATGGTGGGCATG160ATCAGATAGATTTGTATGACGATGTCATATCTCCATCTGC200AAATAATGGAGATGCCCCAGAAGACCGAGATTACATGGAT240ACTCTCCCACCAACTGTTGGTGATGATGTGGGTAAAGGAG280CAGCACCAAATGTTGTCTATACATATACTGGAAAGAGAAT320TGCATTATATATTGGAAATCTAACATGGTGGACAACAGAT360GAAGACTTAACTGAAGCAGTTCATTCTTTGGGAGTAAATG400ATATTTTGGAGATAAAATTTTTTGAAAATCGGGCAAATGG440CCAGTCAAAGGGGTTTGCCCTTGTTGGTGTTGGATCTGAA480GCATCTTCAAAAAAGTTAATGGATCTGTTACCTAAAAGAG520AACTTCATGGTCAGAATCCTGTTGTAACTCCATGCAATAA560ACAGTTCCTGAGTCAATTTGAAATGCAGTCCAGGAAAACT600ACACAATCAGGACAAATGTCTGGGGAAGGTAAAGCTGGTC640CTCCAGGAGGCAGTTCCCGTGCAGCATTTCCACAAGGTGG680TAGAGGACGGGGCCGTTTTCCAGGGGCTGTTCCTGGTGGG720GACAGATTTCCTGGGCCAGCAGGACCAGGAGGGCCACCCC760CACCTTTTCCAGCTGGACAGACTCCACCACGTCCACCCTT800AGGTCCTCCAGGCCCACCTGGTCCACCAGGTCCTCCACCT840CCTGGTCAGGTTCTGCCTCCTCCTCTAGCTGGGCCTCCTA880ATCGAGGAGATCGCCCTCCACCACCAGTTCTTTTTCCTGG920ACAACCTTTTGGGCAGCCTCCATTGGGTCCACTTCCTCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。