基因總覽
CNOT9 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 CCR4-NOT transcription complex subunit 9，其產物屬於 CNOT9 family，並構成 CCR4-NOT complex 的一部分。該複合體是細胞內主要的 mRNA 去腺苷化酶之一，與廣泛的 mRNA 調控及基因表現過程相關。CNOT9 因而位於連結 mRNA 命運調控與轉錄調節的複合體架構中；來源未提供其蛋白質長度或更細部的結構域資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000273064 ★ | 218,568,839–218,597,080 | 8 |
| ENST00000627282 | 218,568,580–218,597,080 | 9 |
| ENST00000295701 | 218,568,580–218,593,842 | 8 |
| ENST00000875549 | 218,568,580–218,597,080 | 7 |
| ENST00000934108 | 218,568,580–218,597,080 | 9 |
| ENST00000934109 | 218,568,580–218,597,080 | 4 |
| ENST00000934110 | 218,568,580–218,597,080 | 8 |
| ENST00001015584 | 218,568,580–218,593,849 | 7 |
| ENST00001080943 | 218,568,580–218,596,432 | 8 |
| ENST00001128167 | 218,568,580–218,570,323 | 2 |
| ENST00001128168 | 218,568,580–218,570,327 | 2 |
| ENST00001128655 | 218,568,580–218,597,080 | 7 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CNOT9 是 CCR4-NOT complex 的組成部分。此複合體是細胞內主要的 mRNA 去腺苷化酶之一，並與多種細胞過程相關，包括整體 mRNA 降解、miRNA 介導的抑制、翻譯起始期間的轉譯抑制，以及一般轉錄調控。複合體對其他過程的影響，可能是透過改變 mRNA 表現而間接產生。
在轉錄調節方面，CNOT9 參與下調 MYB 與 JUN 依賴的轉錄。另一方面，它可增強配體依賴的核 hormone receptor 轉錄活性，包括 RARA；對 ESR1 介導的轉錄則僅有輕微增強，或幾乎沒有增強。這些描述顯示其與不同轉錄因子及受體相關的調控結果並不完全相同，不能概括為對所有目標轉錄皆有一致方向的作用。
CNOT9 可能參與細胞分化，但此功能註記為 By similarity，應保留其推論性質。另有體外資料指出，CNOT9 可結合 poly-G、poly-C 或 poly-T 等寡核苷酸；其生理相關性尚不確定，而且不結合 poly-A。因此，體外核酸結合結果不能直接視為已確立的細胞內功能。
Promoter 與基因調控
>CNOT9 ENST00000273064 GRCh38 chr2:218567839-218568939 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGGCCTGGTGGATGTGCCGTAACGAAAGTCACCTGAAGAGACAGCAGGCCCTGTTAGAAGGTAAGAGGCG AACGACAACAGCCCCAGAGAAAAGGGGCCAGGTTTGAGTTTCGGAGGGAGCGAGTGGCAGTGGAGACCAA GTCAAAGGAGAGGTGGAAGCCGGGGCAGTGCACCCAAAGGTAGTACCTGTGAGGCTGGGGGTGCATCGAG GGGTTGTGGGCGGGCTGAGTAGCAGCAGGGCGAACTCCAGAGGAGTGAACGCCGAGTGGGCGGATCGCAC AGAAGGAGGAGGAGGTAGGGAAAACGGCTCAATTGAGAAGCTACCCCGGCCCGCCTTACCTGCGCCGAGG GTCCGGAGCCCCCGGACAGACCCGCGGAAAGCACGGAGCCCGCGAGGAGTGGGAGGAGCCGAGGGTAATG GAAGTAGGGATACCGAACCCAAAGGAGGGAGGCCGCTAGCTACCCCTAGTCAGGGAGAGCGGCTGATGGC GGGAACTGTGACCACACGCAAACACGCACGCACGCACGCACACTCGACGCGACCAGACAGGCGCGTGCGC GTCAGTCGAAAACTCCGCCCCTCACACGCCCTCGCCCCGCCCCGCCAGTACCTAGAGCGGCCTAGCCCGG GCAGCCCCGCCCCTGCCGTGACTGTAGTAGGCACGCGCACTTTCCACCTCACCCGATTTCGACGCCCCCC CACCATTTCCCTCCTACGCAACCCAGTCGGGCATGCGCAATAGTTGTCTTGCCGGGACTGTCCATCTTTT CCCGCCGTTCACTGGCTTTTGGAGGAGGGTCAGAGTTCACGCCGCTCTCTGGAAATAACTGCTCAAAGCC AGAAGTTGCGGGGACTAGTGGTCGCGGACGTCCTTCCGGTCCTAAATCTTAAGGGGCAAAGGACATACTC TGGGACTGTTAACTAGGCCCTGGAGGCGGGAAGAGGATGTGTGGGTGGGGTCAGGGGTGAGAGGTCAGAG GGCCGCGAAGTGGGCGGAGCGAGCCGGAGTCGGATGGCGGCTACGGCGGCTCATTGTTTTCCGCTGCAGG GGTGCTGAAGGGGGGACGCGGGTCGGACGCGTCCGGCTGTGGAAGAGAGCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RQCD1_2 ↗ | 2:218,568,584 | 正股 | 218,568,535–218,568,594 |
| RQCD1_1 ↗ | 2:218,568,839 | 正股 | 218,568,790–218,568,849 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_B3LD6H · enhancer · 218567388–218568280 · regulatory
ENSR2_B3LD6L · promoter · 218568281–218568885 · regulatory
ENSR2_CRNKT · enhancer · 218568886–218570463 · regulatory
ENSR2_957QCW · enhancer · 218570844–218571162 · regulatory
· motif · 218563929–218563944 · motif
· motif · 218564247–218564256 · motif
· motif · 218564266–218564275 · motif
· motif · 218566481–218566494 · motif
· motif · 218568207–218568224 · motif
· motif · 218568322–218568332 · motif
· motif · 218568388–218568399 · motif
· motif · 218568388–218568399 · motif
· motif · 218568410–218568420 · motif
· motif · 218568421–218568431 · motif
· motif · 218568423–218568436 · motif
· motif · 218568432–218568442 · motif
· motif · 218568472–218568482 · motif
· motif · 218568496–218568507 · motif
· motif · 218568496–218568507 · motif
· motif · 218568529–218568539 · motif
· motif · 218568529–218568542 · motif
· motif · 218568547–218568560 · motif
· motif · 218568566–218568577 · motif
· motif · 218568566–218568577 · motif
· motif · 218568629–218568639 · motif
· motif · 218568634–218568647 · motif
· motif · 218568636–218568651 · motif
· motif · 218568709–218568718 · motif
· motif · 218568730–218568743 · motif
· motif · 218568784–218568797 · motif
· motif · 218568789–218568799 · motif
· motif · 218568793–218568805 · motif
· motif · 218568795–218568802 · motif
· motif · 218568795–218568808 · motif
· motif · 218568801–218568816 · motif
· motif · 218568802–218568815 · motif
· motif · 218568807–218568819 · motif
· motif · 218568809–218568816 · motif
· motif · 218568809–218568822 · motif
· motif · 218568809–218568824 · motif
· motif · 218568828–218568838 · motif
· motif · 218568853–218568870 · motif
· motif · 218568974–218568989 · motif
· motif · 218569193–218569210 · motif
· motif · 218569495–218569511 · motif
· motif · 218569495–218569511 · motif
· motif · 218570287–218570300 · motif
· motif · 218570287–218570300 · motif
· motif · 218573505–218573516 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：299 aa
CNOT9 產物屬於 CNOT9 family。可用來源未提供其胺基酸長度、結構域或其他序列特徵註解，因此無法進一步描述蛋白質的結構區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
CNOT9 位於細胞核，也見於細胞質的 P-body。 NANOS2 會促進 CNOT9 定位至 P-body；來源未說明此定位改變的其他條件或時間動態。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- CNOT6LQ96LI5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TOB1P50616 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- GADD45AP24522 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GADD45BO75293 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GADD45GO95257 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MESDQ14696 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
CNOT9 可形成同源二聚體，並是 CCR4-NOT complex 的組成部分；來源指出可能存在不同複合體，其催化次單元的參與可能互斥。CNOT9 與 MYB、ATF2、RARA、RARB、RARG、RXRA、RXRB、RXRG、NANOS2 及 ZNF335 有互作記錄；其中與 NANOS2 的互作標示為 By similarity，與 ZNF335 則被描述為直接互作。另有 By similarity 資料指出，CNOT9 與結合於目標 DNA 的 ATF2 同處一個複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CNOT9 是 CCR4-NOT complex 的組成部分；該複合體參與整體 mRNA 降解、miRNA 介導的抑制、翻譯起始期間的轉譯抑制及一般轉錄調控，其他功能可能源自其對 mRNA 表現的影響。CNOT9 參與下調 MYB 與 JUN 依賴的轉錄，並可能參與細胞分化。它可在體外結合 poly-G、poly-C 或 poly-T，但生理相關性未確定，且不結合 poly-A；它也能增強配體依賴的核 hormone receptor 轉錄活性，包含 RARA，而對 ESR1 介導的轉錄僅有輕微增強或幾乎沒有增強。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the CCR4-NOT complex which is one of the major cellular mRNA deadenylases and is linked to various cellular processes including bulk mRNA degradation, miRNA-mediated repression, translational repression during translational initiation and general transcription regulation. Additional complex functions may be a consequence of its influence on mRNA expression. Involved in down-regulation of MYB- and JUN-dependent transcription. May play a role in cell differentiation (By similarity). Can bind oligonucleotides, such as poly-G, poly-C or poly-T (in vitro), but the physiological relevance of this is not certain. Does not bind poly-A. Enhances ligand-dependent transcriptional activity of nuclear hormone receptors, including RARA, expect ESR1-mediated transcription that is not only slightly increased, if at all PMID 17189474 ↗ · PMID 18180299 ↗ |
| 交互作用 | CNOT9 可形成同源二聚體，並參與 CCR4-NOT complex；可能存在由不同催化次單元構成、且次單元參與可能互斥的複合體。它與 MYB、ATF2、RARA、RARB、RARG、RXRA、RXRB、RXRG、NANOS2 及 ZNF335 有互作記錄。依相似性資料，CNOT9 與結合目標 DNA 的 ATF2 同處一個複合體，也與 NANOS2 互作；來源另明確指出 CNOT9 直接與 ZNF335 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Component of the CCR4-NOT complex; distinct complexes seem to exist that differ in the participation of probably mutually exclusive catalytic subunits. Interacts with MYB, ATF2, RARA, RARB, RARG, RXRA, RXRB and RXRG. Identified in a complex with ATF2 bound to target DNA (By similarity). Interacts with NANOS2 (By similarity). Directly interacts with ZNF335 PMID 17189474 ↗ · PMID 18180299 ↗ · PMID 23232451 ↗ |
| 細胞定位 | CNOT9 位於細胞核及細胞質的 P-body；NANOS2 會促進 CNOT9 定位至 P-body。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GAGCCGGAGTCGGATGGCGGCTACGGCGGCTCATTGTTTT40CCGCTGCAGGGGTGCTGAAGGGGGGACGCGGGTCGGACGC80GTCCGGCTGTGGAAGAGAGCGGCGGCCGCTCACAACATGC120ACAGCCTGGCGACGGCTGCGCCTGTGCCTACTACACTGGC160ACAAGTGGATAGAGAAAAGATCTATCAGTGGATCAATGAG200CTGTCCAGTCCTGAGACTAGGGAAAATGCTTTGCTGGAGC240TAAGTAAGAAGCGAGAATCTGTTCCTGACCTTGCACCCAT280GCTGTGGCATTCATTTGGTACTATTGCAGCACTTTTACAG320GAAATTGTAAATATTTATCCATCTATCAACCCACCCACCT360TGACAGCACACCAGTCTAACAGAGTTTGCAATGCTCTGGC400ATTACTGCAATGTGTAGCATCACATCCAGAAACCAGGTCA440GCGTTTCTCGCAGCACACATCCCACTTTTTTTGTACCCCT480TTTTGCACACTGTCAGCAAAACACGTCCCTTTGAGTATCT520CCGGCTCACCAGCCTTGGAGTTATTGGGGCCCTGGTGAAA560ACAGATGAACAAGAAGTAATCAACTTTTTATTAACAACAG600AAATTATCCCTTTATGTTTGCGAATTATGGAATCTGGAAG640TGAACTTTCTAAAACAGTTGCCACATTCATCCTCCAGAAG680ATCTTGTTAGATGACACTGGTTTGGCTTATATATGTCAGA720CGTATGAGCGTTTCTCCCATGTTGCCATGATCTTGGGTAA760GATGGTCCTGCAGCTATCCAAAGAGCCTTCTGCCCGTCTG800CTGAAGCATGTAGTGAGATGTTACCTTCGACTTTCAGATA840ACCCCAGGGCACGTGAAGCACTCAGACAGTGCCTCCCTGA880CCAGCTGAAAGACACAACCTTCGCCCAGGTGCTAAAAGAT920GACACCACCACGAAACGCTGGCTTGCACAACTGGTGAAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。