基因總覽
CNOT7 的正式名稱為 CCR4-NOT transcription complex subunit 7，屬於蛋白質編碼基因，其產物歸入 CAF1 family。它是 CCR4-NOT complex 的組成部分，具有催化功能，與細胞 mRNA 的去腺苷化相關。來源指出，CNOT7 的部分功能可能與 CNOT8 重複；這表示兩者在某些作用上可能具有部分冗餘，但不代表功能完全相同。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000361272 ★ | 17,224,966–17,246,857 | 7 |
| ENST00000851024 | 17,224,966–17,246,891 | 8 |
| ENST00000851025 | 17,224,966–17,247,594 | 7 |
| ENST00001138419 | 17,224,966–17,246,891 | 7 |
| ENST00001049968 | 17,225,833–17,246,891 | 7 |
| ENST00001060687 | 17,226,733–17,246,891 | 7 |
| ENST00000931011 | 17,226,736–17,246,470 | 7 |
| ENST00000931013 | 17,229,224–17,246,486 | 8 |
| ENST00000931018 | 17,229,228–17,246,464 | 7 |
| ENST00000931016 | 17,229,228–17,246,464 | 7 |
| ENST00000931015 | 17,229,228–17,246,464 | 8 |
| ENST00000931014 | 17,229,228–17,246,473 | 7 |
顯示 12/45 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CNOT7 是 CCR4-NOT complex 的催化組成部分，具有 3′至5′多聚腺苷酸外切核糖核酸酶活性，可由 poly(A) RNA 的末端進行外切核酸水解。來源記載，這項活性曾以合成 poly(A) RNA 作為受質觀察；其反應可將 poly(A) 外切切割為 5′-AMP。CNOT7 每個亞基可結合兩個二價金屬陽離子，而其 RNA 酶活性在 Mn(2+) 存在時高於 Mg(2+) 或 Co(2+) 存在時。
CCR4-NOT complex 是細胞中主要的 mRNA 去腺苷化酶複合體之一。CNOT7 參與的複合體與多種細胞過程相關，包括廣泛性 mRNA 降解、miRNA 介導的抑制、翻譯起始階段的翻譯抑制，以及一般轉錄調控。於 miRNA 介導的抑制過程中，該複合體也似乎能在翻譯起始階段抑制翻譯；來源以「似乎」描述此作用，故不宜視為所有情境下均已確立的結果。複合體的其他功能則可能是透過改變 mRNA 表現而間接產生。
CNOT7 的功能有一部分似乎與 CNOT8 重複，但來源未指出兩者可完全互相取代。此外，CNOT7 與 BTG family 成員（包括 TOB1 和 BTG2）相關，且是這些成員發揮抗增殖活性所必需。這些資料將 CNOT7 的 RNA 代謝功能與細胞增殖調控連結起來，但未進一步界定所有相關作用的分子步驟。
Promoter 與基因調控
>CNOT7 ENST00000361272 GRCh38 chr8:17246757-17247857 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACTCTCAGACGAGAAGCATTCACTGATGAAAACTCTGGCTTCCCTTTCCTTTGATGTTGCAACAGTTCTA TTTTCCATTCTTTGTGAAACCTGGAGATTACTCTTCACAATTGTATTTTAACAATTCTGCTGACGCGGCA ATCAGGTGGGCAAAGGGAAAGATCAGTGGCGAAGCCTGGGCAGCAAGGGATACTGGAAATAGACTATGAG AGAGATTGAGAGATTACAGTCAGCAGCTATGTGTCAGGAGGGATGAGGAAATCCGAGTTAGAAGCGCTGA GCAGTGGTGCGGCAGGAGGCAGGGAGGGTCCGGAGGAAAACAGTAAAAGGGGGCAGGAGTGGCAGAGCAA GCGTGTGACCCACAACCAAGGGAGGTAAACCACATGAGGAGCTGGTGGGGAGCAGACTGAGGCGCTGTGA GGGTGGTTAGGACAAGCCCGCCCTCCCACCCTACTTTTTCCTCCGGTGGAGAGGCAGCGACCAGTCACCT GGAGTGTGAGTTCCGGAGGGACTCGATCAGGCGCTGCTTCTGCTGCTGGAGGCTGGTGAGGCCACCGGGG GACCCAGCCGCGGAGGAGGAGGCGCTCTTGGTCAGGGGAAAAAGCCAGCTCATCCTCCTCGGGTCCACGG GCCGGAGGCCCTGGAAGGCTCTGGCCTGCTTCTCCCAGTGGCTCGGCCCGGCGGTTCTCCAGCGACAGAG GAGCGGGGTGGGACGTCCGTGGCCCAAGCGCTGGGGACCGCGTCTTCTCTAAGCCTGTCCTGCCTGCGCT CCCCGAGTTCTGGGGGACATGCTACGAACGGCGGGCGGCTGGAGAGGGAAACTTGCGGCCCGGAACAGGA GGTCCCACCTTCACGGCCCAGACGCCCAAACCGGCCAGCCAGGGAGCCTGGCCGCCCAGCGCTCCACCAC CCGCGCCGCCGTCACTTGCGTGCCCCGCCCCCGGGGGCGCTCTCCGCCCCCTCTGCGTGTCGCGTCATCA TCTAGCGCCCCCGTCAGGACGTGCGAAAAGCGACGGCGCAGCACGGTGCGGCGCAGCTCCTGCTCGCCTT TCCCTTCGCTGGGCGAGAGGTGTCTATGGGGCACCCGCTGCCGCCGCCGCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CNOT7_1 ↗ | 8:17,246,857 | 負股 | 17,246,847–17,246,906 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR8_B5FF5 · enhancer · 17245936–17246844 · regulatory
ENSR8_98SSG · promoter · 17246845–17247254 · regulatory
ENSR8_563J9L · CTCF_binding_site · 17246856–17246877 · regulatory
ENSR8_98SSN · promoter · 17247554–17248054 · regulatory
· motif · 17246314–17246336 · motif
· motif · 17246848–17246860 · motif
· motif · 17246858–17246874 · motif
· motif · 17246861–17246874 · motif
· motif · 17246892–17246905 · motif
· motif · 17246911–17246924 · motif
· motif · 17247577–17247588 · motif
· motif · 17247717–17247731 · motif
· motif · 17247717–17247731 · motif
· motif · 17247724–17247735 · motif
· motif · 17249708–17249720 · motif
· motif · 17250648–17250670 · motif
· motif · 17250648–17250670 · motif
· motif · 17251178–17251189 · motif
蛋白質結構域與序列
蛋白質三維結構
細胞內定位
CNOT7 位於細胞核與細胞質中的 P-body 及細胞質核糖核蛋白顆粒。 NANOS2 可能促進其定位至 P-body；CAPRIN1 則可將其招募至細胞質核糖核蛋白的無膜區室，並促進 mRNA 去腺苷化。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 13 個夥伴
- AGO2Q9UKV8 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- BTG1P62324 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- BTG2P78543 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- CNOT1A5YKK6 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- CNOT6Q9ULM6 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CNOT6LQ96LI5 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
- PATL1Q86TB9 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- TCP11L1Q9NUJ3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNRC6CQ9HCJ0 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TOB1P50616 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- TOB2Q14106 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- Zfp36P22893 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
CNOT7 是 CCR4-NOT complex 的成員，並在複合體中直接與 CNOT1 互作。來源描述的複合體包含兩個去腺苷化酶亞基：CNOT6 或 CNOT6L，以及 CNOT7 或 CNOT8；不同複合體似乎採用可能互斥的催化亞基。CNOT7 也與 TOB1、BTG1、BTG2、BTG4、AGO2、NANOS2、ZFP36、ZFP36L1、ZFP36L2、TARDBP 及 EIF4E 互作。TOB1 可招募 CNOT7 與 CPEB3 形成三元複合體，該複合體與 mRNA 去腺苷化及降解相關。PMA 處理會以 p38 MAPK 依賴方式抑制 CNOT7 與 ZFP36、ZFP36L1、ZFP36L2 的互作；CNOT7 與 BTG4 互作則會增強其與 EIF4E 的互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CNOT7 對合成 poly(A) RNA 具有 3′至5′外切核糖核酸酶活性，功能可能部分與 CNOT8 重複。作為 CCR4-NOT complex 的催化成分，它參與 mRNA 去腺苷化，並與 mRNA 降解、miRNA 介導的抑制、翻譯起始階段的翻譯抑制及一般轉錄調控相關；它也與 BTG family 成員互作，且是 TOB1、BTG2 抗增殖活性所必需。 | 含實驗來源 | 證據與來源Has 3'-5' poly(A) exoribonuclease activity for synthetic poly(A) RNA substrate. Its function seems to be partially redundant with that of CNOT8. Catalytic component of the CCR4-NOT complex which is one of the major cellular mRNA deadenylases and is linked to various cellular processes including bulk mRNA degradation, miRNA-mediated repression, translational repression during translational initiation and general transcription regulation. During miRNA-mediated repression the complex also seems to act as translational repressor during translational initiation. Additional complex functions may be a consequence of its influence on mRNA expression. Associates with members of the BTG family such as TOB1 and BTG2 and is required for their anti-proliferative activity PMID 19276069 ↗ · PMID 19605561 ↗ · PMID 20065043 ↗ · PMID 20634287 ↗ · PMID 23236473 ↗ · PMID 31439799 ↗ |
| 分子活性 | CNOT7 可透過外切核酸水解切割 poly(A)，產生 5′-AMP。 | 含實驗來源 | 證據與來源Exonucleolytic cleavage of poly(A) to 5'-AMP. PMID 15769875 ↗ · PMID 19276069 ↗ · PMID 20634287 ↗ |
| 分子活性 | 每個亞基可結合兩個二價金屬陽離子；其 RNA 酶活性在 Mn(2+) 存在時，高於 Mg(2+) 或 Co(2+) 存在時。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Binds 2 divalent metal cations per subunit with RNAase activity being higher in presence of Mn(2+) than of Mg(2+) or Co(2+). |
| 交互作用 | CNOT7 是 CCR4-NOT complex 成員，與 CNOT1 直接互作；不同複合體似乎由可能互斥的催化亞基組成，包括 CNOT6 或 CNOT6L，以及 CNOT7 或 CNOT8。它也與多種蛋白質互作；TOB1 可招募其與 CPEB3 形成參與 mRNA 去腺苷化及降解的三元複合體。PMA 處理會以 p38 MAPK 依賴方式抑制它與 ZFP36 家族成員的互作，而 BTG4 可增強其與 EIF4E 的互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the CCR4-NOT complex; distinct complexes seem to exist that differ in the participation of probably mutually exclusive catalytic subunits; the complex contains two deadenylase subunits, CNOT6 or CNOT6L, and CNOT7 or CNOT8. In the complex, interacts directly with CNOT1. Interacts with AGO2 (By similarity). Interacts with TOB1; recruited by TOB1 to a ternary complex with CPEB3 which is required for mRNA deadenylation and decay. Interacts with BTG1 (By similarity). Interacts with BTG2. Interacts with NANOS2 (By similarity). Interacts with ZFP36, ZFP36L1 and ZFP36L2; these interactions are inhibited in response to phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA) treatment in a p38 MAPK-dependent manner. Interacts with TARDBP. Interacts with BTG4. Interacts with EIF4E; this interaction is increased by CNOT7 interaction with BTG4 (By similarity) PMID 19276069 ↗ · PMID 19558367 ↗ · PMID 21336257 ↗ · PMID 22977175 ↗ · PMID 23236473 ↗ · PMID 25106868 ↗ · PMID 30520513 ↗ · PMID 32502391 ↗ |
| 細胞定位 | CNOT7 位於細胞核、細胞質 P-body 及細胞質核糖核蛋白顆粒。NANOS2 可能促進其定位至 P-body；CAPRIN1 可將其招募至細胞質核糖核蛋白無膜區室，並促進 mRNA 去腺苷化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm, P-body; Cytoplasm, Cytoplasmic ribonucleoprotein granule; NANOS2 promotes its localization to P-body (By similarity). Recruited to cytoplasmic ribonucleoprotein membraneless compartments by CAPRIN1, promoting deadenylation of mRNAs PMID 9820826 ↗ · PMID 31439799 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTGCGAAAAGCGACGGCGCAGCACGGTGCGGCGCAGCTCC40TGCTCGCCTTTCCCTTCGCTGGGCGAGAGGTGTCTATGGG80GCACCCGCTGCCGCCGCCGCTACCGCCACCGCCACCGCCA120CCGCCGCCGAGTGCTGTCTCTATGGCGAGGAGGAGGAGGA160GGAGCGCGAGCTCAGCGACACAAGTACATAAATAAAGGAT200AAAATATTTTATGAAACAAATCTTCAATCAAGTATAACAT240TTTGATGCTTGGCATCTAGACTCCCTTGTGCCCTCACTAT280GCCAGCGGCAACTGTAGATCATAGCCAAAGAATTTGTGAA320GTTTGGGCTTGCAACTTGGATGAAGAGATGAAGAAAATTC360GTCAAGTTATCCGAAAATATAATTACGTTGCTATGGACAC400CGAGTTTCCAGGTGTGGTTGCAAGACCCATTGGAGAATTC440AGGAGCAATGCTGACTATCAATACCAACTATTGCGGTGTA480ATGTAGACTTGTTAAAGATAATTCAGCTAGGACTGACATT520TATGAATGAGCAAGGAGAATACCCTCCAGGAACTTCAACT560TGGCAGTTTAATTTTAAATTTAATTTGACGGAGGACATGT600ATGCCCAGGACTCTATAGAGCTACTAACAACATCTGGTAT640CCAGTTTAAAAAACATGAGGAGGAAGGAATTGAAACCCAG680TACTTTGCAGAACTTCTTATGACTTCTGGAGTGGTCCTCT720GTGAAGGGGTCAAATGGTTGTCATTTCATAGCGGTTACGA760CTTTGGCTACTTAATCAAAATCCTAACCAACTCTAACTTG800CCTGAAGAAGAACTTGACTTCTTTGAGATCCTTCGATTGT840TTTTTCCTGTCATTTATGATGTGAAGTACCTCATGAAGAG880CTGCAAAAATCTCAAAGGTGGATTACAGGAGGTGGCAGAA920CAGTTAGAGCTGGAACGGATAGGACCACAACATCAGGCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。