基因總覽
CNOT6 是蛋白質編碼基因，產物正式名稱為 CCR4-NOT transcription complex subunit 6，屬於 CCR4/nocturin 家族。其蛋白質為 557 個胺基酸長，含有數個 LRR 重複序列及核酸酶區域。它是 CCR4-NOT 複合體的催化成員；此複合體與細胞 mRNA 的去腺苷化及多種基因表現調控過程相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000261951 ★ | 180,494,379–180,578,358 | 12 |
| ENST00000618123 | 180,494,334–180,578,404 | 13 |
| ENST00000968017 | 180,494,334–180,578,404 | 12 |
| ENST00000968019 | 180,494,334–180,578,404 | 10 |
| ENST00001123088 | 180,494,334–180,578,404 | 9 |
| ENST00001123089 | 180,494,334–180,578,404 | 11 |
| ENST00001139488 | 180,494,334–180,578,404 | 12 |
| ENST00000393356 | 180,494,433–180,578,404 | 14 |
| ENST00000968018 | 180,494,839–180,578,404 | 12 |
| ENST00000504343 | 180,529,275–180,567,968 | 6 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
CNOT6 是 CCR4-NOT 複合體的催化成分，具有 3′→5′ RNase 活性，可由 poly(A) 尾端進行外切核酸水解，產生 5′-AMP。此去腺苷化作用是細胞 mRNA 降解的重要環節；CCR4-NOT 複合體也與廣泛的 mRNA 降解、miRNA 介導的抑制、翻譯起始期間的轉譯抑制，以及一般轉錄調控有關。複合體的其他作用可能部分源自它對 mRNA 表現的影響。
在細胞質中，CNOT6 參與由 FOS 基因主要蛋白質編碼區不穩定性決定因子（mCRD）介導的 mRNA 降解。這項作用與其作為去腺苷化酶的角色相連，但來源未進一步說明其分子步驟。
CNOT6 也與轉錄調控相關。在 ZNF335 存在時，它會增強核內激素受體依賴配體的轉錄活性，包含 RARA。對 ESR1 介導的配體依賴轉錄活性，增幅則小得多，甚至可能沒有明顯增加，因此此效應不能概括為對所有核內激素受體都相同。
資料亦指出 CNOT6 參與細胞增殖與存活，並可防止細胞衰老。這些功能與其對 RNA 代謝及基因表現的調節相聯；現有描述未提供各項細胞效應之間的完整因果機制。
Promoter 與基因調控
>CNOT6 ENST00000261951 GRCh38 chr5:180493379-180494479 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGCTGACCTTCAAACACCAGAGTTTGCCCTGAACACCTTTTGATCTTGGAGCACAGCAGCTGCTGTCCG TTACCCAGGCTAGGACCCCAGCACCAAAACTGTCCATTAATGTAATGGAATGAATTACCATTAATAGGCT GAAGTGGTATGTTAACTTACTCTTCTTTGTATAATTGAGGAAGGAATAATATTCGACTGTTCACGATTGA ATGTCTTGTCTTTAGGCAGATCAAGATACTGGCTCCGGTCAAATACTGTGTTTCGACGTGATTGACAGGC GAAGGCTTAAGGAAAAGGAAGAGGAGAAAAAAAGGGGAGGACGATCAAGGAAAAGAGGAGATAAAAGTGG ACAACCCAGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGCCATCCCAGCACTTTGGGAGGCGGAGGTGGGCGGATCA CGAGGTCAGGAGATGGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAT GAGCCGGGCGCGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGTGTGAA CCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATCGCCCCACTGCACTCTGGCCTGGGTGAAAGAGCAAGAC ACCGTCTCAAAAAACAAAAAAAAAGTGGACAACCTGGGGCGGAAAAAGAAGTAGATGAAAAATGGAGGAG CGCTAAGGAGAGGAGAAAACAGAAGTGCCAAGGCAGGAAAGGAGCGAGGAGAGCGGGAACAGAAGGAGAC GAAGGATGGACGGAGAGGAAGGGATGGAGGGCGGCAGGCAGGGAGGCAGGGCCCGCAGCGCGCCGGGCCG GTCCACCGCTCTCCAGCGCGGGGGTAAGGGGGCGGGGCCTGGGCAGCTGCGTGCCGGGAGCGACCCCCGC ACCGAAGGGCGGATGGTTGTGCCCGGCGACGGCGCCCAATGAGCGGCCAGGATGTTGGAGCGCCGGCGGC GGTCCGGGCGCTCGCTGGCTGAGGGACGGCGGCCGCCGCCATGATGCTTGTTTGCTTTCAATGAAAACGA GGGGGGCGCGGAGGAGGAGGCGGCGGCGTCGGTGGCGGCGGCGACGGCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| CNOT6_1 ↗ | 5:180,494,396 | 正股 | 180,494,347–180,494,406 |
| CNOT6_3 ↗ | 5:180,512,464 | 正股 | 180,512,415–180,512,474 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR5_94MM9L · enhancer · 180491511–180491876 · regulatory
ENSR5_87B9L6 · enhancer · 180493257–180493453 · regulatory
ENSR5_B3BS66 · promoter · 180493889–180494517 · regulatory
ENSR5_53KG8X2 · CTCF_binding_site · 180494133–180494154 · regulatory
ENSR5_CMWKM · enhancer · 180494518–180495621 · regulatory
ENSR5_53KG938 · CTCF_binding_site · 180494822–180494843 · regulatory
· motif · 180493929–180493941 · motif
· motif · 180494047–180494061 · motif
· motif · 180494091–180494105 · motif
· motif · 180494092–180494105 · motif
· motif · 180494135–180494151 · motif
· motif · 180494241–180494254 · motif
· motif · 180494246–180494256 · motif
· motif · 180494278–180494291 · motif
· motif · 180494392–180494402 · motif
· motif · 180494433–180494446 · motif
· motif · 180494445–180494458 · motif
· motif · 180494477–180494490 · motif
· motif · 180494824–180494840 · motif
· motif · 180495035–180495049 · motif
· motif · 180497751–180497762 · motif
· motif · 180498055–180498066 · motif
· motif · 180498059–180498073 · motif
· motif · 180498059–180498073 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：557 aa
CCR4/nocturin 家族成員 CCR4-NOT transcription complex subunit 6 長 557 個胺基酸。其序列註解包括四段 LRR 重複區，分別位於胺基酸 52–73、75–96、98–120 與 121–143；核酸酶區域位於胺基酸 153–557。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- CNOT1A5YKK6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CNOT10Q9H9A5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CNOT3O75175 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CNOT7Q9UIV1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CNOT8Q9UFF9 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PATL1Q86TB9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNRC6CQ9HCJ0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
CNOT6 是 CCR4-NOT 複合體的組成成員。複合體似有不同形式，其催化亞基可能互斥參與；所述組合包含 CNOT6 或 CNOT6L，以及 CNOT7 或 CNOT8。CNOT6 與 CNOT7、CNOT8、UNR、ZFP36L1 及 ZNF335 有交互作用，其中與 ZFP36L1 的交互作用涉及 CNOT6 的 N 端。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | CNOT6 是具有 3′→5′ RNase 活性的 poly(A) 核酸酶，也是 CCR4-NOT 複合體的催化成員，參與 mRNA 去腺苷化、降解、miRNA 介導抑制、翻譯起始期的轉譯抑制及一般轉錄調控。它在細胞質參與 FOS mCRD 介導的 mRNA 降解；有 ZNF335 時可增強包含 RARA 在內的核內激素受體配體依賴轉錄活性，但 ESR1 的增幅很小或不明顯。亦參與細胞增殖、存活並防止細胞衰老。 | 含實驗來源 | 證據與來源Poly(A) nuclease with 3'-5' RNase activity. Catalytic component of the CCR4-NOT complex which is one of the major cellular mRNA deadenylases and is linked to various cellular processes including bulk mRNA degradation, miRNA-mediated repression, translational repression during translational initiation and general transcription regulation. Additional complex functions may be a consequence of its influence on mRNA expression. Involved in mRNA decay mediated by the major-protein-coding determinant of instability (mCRD) of the FOS gene in the cytoplasm. In the presence of ZNF335, enhances ligand-dependent transcriptional activity of nuclear hormone receptors, including RARA. The increase of ligand-dependent ESR1-mediated transcription is much smaller, if any. Mediates cell proliferation and cell survival and prevents cellular senescence PMID 11889047 ↗ · PMID 18180299 ↗ · PMID 20065043 ↗ · PMID 21233283 ↗ |
| 分子活性 | CNOT6 可進行外切核酸水解，切割 poly(A) 並產生 5′-AMP。 | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | CNOT6 可結合兩個鎂離子；每個離子僅與一個或兩個胺基酸殘基互相作用。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | CNOT6 是 CCR4-NOT 複合體成員；不同複合體形式似有不同催化亞基參與，且 CNOT6 與 CNOT6L、CNOT7 與 CNOT8 分別可能互斥地組成兩類去腺苷化酶亞基。CNOT6 與 CNOT7、CNOT8、UNR、ZFP36L1 及 ZNF335 有交互作用；與 ZFP36L1 的作用涉及 CNOT6 N 端。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the CCR4-NOT complex; distinct complexes seem to exist that differ in the participation of probably mutually exclusive catalytic subunits; the complex contains two deadenylase subunits, CNOT6 or CNOT6L, and CNOT7 or CNOT8. Interacts with CNOT7 and CNOT8. Interacts with UNR. Interacts with ZFP36L1 (via N-terminus). Interacts with ZNF335 PMID 11747467 ↗ · PMID 15314026 ↗ · PMID 15687258 ↗ · PMID 18180299 ↗ · PMID 19558367 ↗ |
| 細胞定位 | CNOT6 位於細胞質及細胞核，但主要分布於細胞質。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GAGGGACGGCGGCCGCCGCCATGATGCTTGTTTGCTTTCA40ATGAAAACGAGGGGGGCGCGGAGGAGGAGGCGGCGGCGTC80GGTGGCGGCGGCGACGGCGGCGCGGAGGCGAAGGCAGCGG120CGGGCGCAGCGAGGAGGGCGAGGCCGGGGGCCGAGAGGGC160GGGAGGGCGTAGTGGCGGCCCGTCGGGGCGGCTGAGGCGG200GCAGCCGAAGCAGTGGCTCTCGGAGGGGGAACAAAGAGCA240GCGACTAAGGCGGCAGAGGAGCGGCGGCGGTGGCGGCGCT280GCAGCAGCGGGCGGGACTGGTATGGTGGTTCCACAGGGCA320GACCCCGCTGCACTCACAGGGAGGAGGAGGCGGCAGCGGC360GGAGGAAGGCGGCGCACCCCGAGAGGCATGCCCAAAGAAA400AATACGAGCCCCCTGACCCTCGGAGGATGTATACAATTAT440GTCTTCTGAGGAAGCAGCAAATGGAAAGAAATCCCACTGG480GCAGAGCTTGAAATAAGTGGAAAAGTAAGAAGCTTAAGCG520CATCTTTGTGGTCACTAACTCACCTGACAGCTTTGCATTT560GAGTGACAATTCCCTGTCCCGAATTCCTTCAGACATTGCC600AAGCTTCACAATCTGGTGTATTTGGACCTGTCATCTAATA640AAATTCGTAGCTTACCCGCAGAACTCGGAAACATGGTATC680ACTCAGGGAGCTCCATTTAAATAACAACCTGTTACGAGTT720CTACCTTTTGAGCTGGGAAAACTGTTTCAGTTGCAGACTT760TAGGCCTGAAAGGAAATCCCCTTACCCAGGATATATTGAA800CCTTTATCAGGAACCAGATGGAACAAGACGGCTGCTGAAC840TATTTGCTTGATAATTTGTCAGGTACTGCAAAAAGAATTA880CAACAGAACAACCACCTCCAAGGTCTTGGATTATGTTACA920AGAACCAGATAGGACAAGGCCAACTGCCTTGTTTTCTGTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。